BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230I07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 26,141,603 - 26,286,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1, LOC229152
Upstream geneLOC621017
Downstream geneSpata16, LOC665258, Ect2, Aadacl1, LOC100040527, Tnfsf10, Ghsr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230I07.bB6Ng01-230I07.g
ACCGA043363GA043364
length1,1591,190
definitionB6Ng01-230I07.b B6Ng01-230I07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,285,796 - 26,286,978)(26,141,603 - 26,142,787)
sequence
gaattcttacccatgtttaccctgtcaaatttataagatatccttctcaa
atatctttatcatggttttgaaaatgtctttatctggagctaatcaagag
ctttgtaaaagtcctgttgttaatatgtttccagtttccagcatttatag
ctcttccaattaaaggcacatgtgtaggtgtaaaaagcataatgcaaaat
taacctatcagaaaatattgtggttcctcctacccagtcctttctatttg
tgatcagaacagattctgatgtagccatataacaaaatattaatatctag
gcaatactaaatatgttggcattttgtaagagtgttaaatccaaagataa
ttaaaattatattgttgtataaacagtaaggatagtctgtattaaatact
gaactagttccaccaaataatacaaatgtaactagttatacaattaacat
agtgtttgtagtgttgaatagtcagcaccaatacactgacatttttatta
agcaacagttgtgaatcatctcatgaatgtaacttgtttgttaaatagga
gttcaatcttatagaagataagatgattggtgttgagggatacattaata
gtagagttagtgcttaccatgtacaaagctttgtgtgctagtcccagcaa
tgtagcatatcaaagaaaaaaaagtgataaacaagagggctagagagatg
gctcagcatttgaaagaactttctgttcttatggagagctacttagctct
ctgcacacatgtacattggcagcttcgtataatgccagctactgaggaag
tgactttctctgttggtctccataggcacttgccatggactggactcagt
tggtccctccacccgtggggaatcaggtctcagtatcagtaggcaaggag
tcggctgatgacaacaaacacggacacagagagaatgctgtatgggaatg
taatttctcaaagtgagcatcagacttatatattacagaagaaagcaaag
aatttagtgatgcattaaggtcatccaaggtacatgagttaccctattgc
aaatgacttttacacaaaaacagagatgcatacataaagctacagacact
aggataaatcatgtttaccactggaatcaaacagctcactagtcaactat
tctttgaag

gaattcactgtatggccaaggatggccttgaaaatcccacatccctgctt
tcttctttggagtgctgaggtgacagttctgcattcccacacctagtttc
atatttcaattttaagccttaatcaaagactctggaattatcaagaaaag
attaaaagtaaaatataatcaccaaagaaataatataggtattttcgatg
aatcatttgagctatttgtgttaaatatttcttacttctatttttccaaa
gaactggttgcctacattcttccatatcatatcctagataatatgattta
taacatgtactaataagtcagaaagcactgtttaatgagtggcttacgtt
cttccttttgtgtcacccaatgcctacttctctctttccctctttattca
gtgtacttgcctttgcaggctacctgatttggtgcttttatttcaaatgt
tttcctgccagctatatttctttttatgtaatcatgttgccttattatag
ccaaatctctttctaatttatttaattttagtacagacatgaacaatgca
tatgcatgcttattttacagtgccttaaaaatatccaaatatgtcggaaa
tcctaaggtagcaaatgcttccatttaaaactttcatctttatctgcttt
ccaattttgcttgattgacccataagaactacatgtctatccacaatgct
gtgcatggaacaattaccatgcctagcactcgaatcataagtgaattatg
caccatatctaagcaggttaacattaaatgcttaggctcattaaatgatt
atgtgtgacagctcccccttacacagaggtgttgttagcagatgcagaga
cccattcctaacagttatagaagttaacattgcttgacagccaccatatg
acaggcagagcatgaaacacttctcatgcattttgtccttaaatacttct
atcagattcatgatgtgatattatcatctctaccactttatgagctttgg
aaattttcataaagacagaagatgtgagctaaaggcttgcttcttacgct
gacccttgtcatacctcctcagtgaagaagaaacatcagaaaacttaact
gatactgaacagggctacggtggcaaaataaactaaagccaaattcactt
gagatagaataaatcagggtcggttactggactgcataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_26285796_26286978
seq2: B6Ng01-230I07.b_43_1201 (reverse)

seq1  CTTCAAAGAATAAGTTGACCTTAGGTGGGGCTGTTTTTGATCCCAGTTGT  50
      ||||||||||| |||||||  |||   | ||||  |||||| ||||| ||
seq2  CTTCAAAGAAT-AGTTGAC--TAG--TGAGCTG--TTTGATTCCAGTGGT  43

seq1  TAACATTGATTTTTATCCTAGTTGGTTCCTGTTAGCTTTTATGTATGCAT  100
       |||| |||  |||||||||||  ||  ||| |||| |||||||||||||
seq2  AAACA-TGA--TTTATCCTAGT--GT--CTG-TAGC-TTTATGTATGCAT  84

seq1  TCCTCTGTTTTGTTGTAAAAGTCATTTTGCATAGGGTAACTTCATTGTAC  150
        |||||||||  ||||||||||||||   |||||||||| ||| |||||
seq2  --CTCTGTTTTTGTGTAAAAGTCATTTGCAATAGGGTAAC-TCA-TGTAC  130

seq1  CTTGGATGACCTTAATGCATCACTTAAATTCTTTGCTTTCTTCTGTAATA  200
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATGACCTTAATGCATCAC-TAAATTCTTTGCTTTCTTCTGTAATA  179

seq1  TATAAGTCTGATGCTCACTTTGAGAAATTACATTCCCATACAGCATTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTCTGATGCTCACTTTGAGAAATTACATTCCCATACAGCATTCTC  229

seq1  TCTGTGTCCGTGTTTGTTTGTCATCAGCCGACTCCTTGCCTACCTGATAC  300
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTGTGTCCGTGTTTG-TTGTCATCAGCCGACTCCTTGCCTA-CTGATAC  277

seq1  TGAGACCCTGATTCCCCACGGGTGGAGGGACCAACTGAGTCCAGTCCATG  350
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGA-CCTGATTCCCCACGGGTGGAGGGACCAACTGAGTCCAGTCCATG  326

seq1  GCAAGTGCCTATGGAGACCAACAGAGAAAGTCACTTCCTCAGTAGCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTGCCTATGGAGACCAACAGAGAAAGTCACTTCCTCAGTAGCTGGC  376

seq1  ATTATACGAAGCTGCCAATGTACATGTGTGCAGAGAGCTAAGTAGCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACGAAGCTGCCAATGTACATGTGTGCAGAGAGCTAAGTAGCTCTC  426

seq1  CATAAGAACAGAAAGTTCTTTCAAATGCTGAGCCATCTCTCTAGCCCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGAACAGAAAGTTCTTTCAAATGCTGAGCCATCTCTCTAGCCCTCT  476

seq1  TGTTTATCACTTTTTTTTCTTTGATATGCTACATTGCTGGGACTAGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATCACTTTTTTTTCTTTGATATGCTACATTGCTGGGACTAGCACA  526

seq1  CAAAGCTTTGTACATGGTAAGCACTAACTCTACTATTAATGTATCCCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTTGTACATGGTAAGCACTAACTCTACTATTAATGTATCCCTCA  576

seq1  ACACCAATCATCTTATCTTCTATAAGATTGAACTCCTATTTAACAAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAATCATCTTATCTTCTATAAGATTGAACTCCTATTTAACAAACAA  626

seq1  GTTACATTCATGAGATGATTCACAACTGTTGCTTAATAAAAATGTCAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATTCATGAGATGATTCACAACTGTTGCTTAATAAAAATGTCAGTG  676

seq1  TATTGGTGCTGACTATTCAACACTACAAACACTATGTTAATTGTATAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTGCTGACTATTCAACACTACAAACACTATGTTAATTGTATAACT  726

seq1  AGTTACATTTGTATTATTTGGTGGAACTAGTTCAGTATTTAATACAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACATTTGTATTATTTGGTGGAACTAGTTCAGTATTTAATACAGACT  776

seq1  ATCCTTACTGTTTATACAACAATATAATTTTAATTATCTTTGGATTTAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACTGTTTATACAACAATATAATTTTAATTATCTTTGGATTTAAC  826

seq1  ACTCTTACAAAATGCCAACATATTTAGTATTGCCTAGATATTAATATTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTACAAAATGCCAACATATTTAGTATTGCCTAGATATTAATATTTT  876

seq1  GTTATATGGCTACATCAGAATCTGTTCTGATCACAAATAGAAAGGACTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATGGCTACATCAGAATCTGTTCTGATCACAAATAGAAAGGACTGG  926

seq1  GTAGGAGGAACCACAATATTTTCTGATAGGTTAATTTTGCATTATGCTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGGAACCACAATATTTTCTGATAGGTTAATTTTGCATTATGCTTT  976

seq1  TTACACCTACACATGTGCCTTTAATTGGAAGAGCTATAAATGCTGGAAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCTACACATGTGCCTTTAATTGGAAGAGCTATAAATGCTGGAAAC  1026

seq1  TGGAAACATATTAACAACAGGACTTTTACAAAGCTCTTGATTAGCTCCAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACATATTAACAACAGGACTTTTACAAAGCTCTTGATTAGCTCCAG  1076

seq1  ATAAAGACATTTTCAAAACCATGATAAAGATATTTGAGAAGGATATCTTA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACATTTTCAAAACCATGATAAAGATATTTGAGAAGGATATCTTA  1126

seq1  TAAATTTGACAGGGTAAACATGGGTAAGAATTC  1183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGACAGGGTAAACATGGGTAAGAATTC  1159


seq1: chr3_26141603_26142787
seq2: B6Ng01-230I07.g_66_1255

seq1  GAATTCACTGTATGGCCAAGGATGGCCTTGAAAATCCCACATCCCTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTATGGCCAAGGATGGCCTTGAAAATCCCACATCCCTGCTT  50

seq1  TCTTCTTTGGAGTGCTGAGGTGACAGTTCTGCATTCCCACACCTAGTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGGAGTGCTGAGGTGACAGTTCTGCATTCCCACACCTAGTTTC  100

seq1  ATATTTCAATTTTAAGCCTTAATCAAAGACTCTGGAATTATCAAGAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCAATTTTAAGCCTTAATCAAAGACTCTGGAATTATCAAGAAAAG  150

seq1  ATTAAAAGTAAAATATAATCACCAAAGAAATAATATAGGTATTTTCGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAGTAAAATATAATCACCAAAGAAATAATATAGGTATTTTCGATG  200

seq1  AATCATTTGAGCTATTTGTGTTAAATATTTCTTACTTCTATTTTTCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTTGAGCTATTTGTGTTAAATATTTCTTACTTCTATTTTTCCAAA  250

seq1  GAACTGGTTGCCTACATTCTTCCATATCATATCCTAGATAATATGATTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGTTGCCTACATTCTTCCATATCATATCCTAGATAATATGATTTA  300

seq1  TAACATGTACTAATAAGTCAGAAAGCACTGTTTAATGAGTGGCTTACGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGTACTAATAAGTCAGAAAGCACTGTTTAATGAGTGGCTTACGTT  350

seq1  CTTCCTTTTGTGTCACCCAATGCCTACTTCTCTCTTTCCCTCTTTATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTGTGTCACCCAATGCCTACTTCTCTCTTTCCCTCTTTATTCA  400

seq1  GTGTACTTGCCTTTGCAGGCTACCTGATTTGGTGCTTTTATTTCAAATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTTGCCTTTGCAGGCTACCTGATTTGGTGCTTTTATTTCAAATGT  450

seq1  TTTCCTGCCAGCTATATTTCTTTTTATGTAATCATGTTGCCTTATTATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGCCAGCTATATTTCTTTTTATGTAATCATGTTGCCTTATTATAG  500

seq1  CCAAATCTCTTTCTAATTTATTTAATTTTAGTACAGACATGAACAATGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCTCTTTCTAATTTATTTAATTTTAGTACAGACATGAACAATGCA  550

seq1  TATGCATGCTTATTTTACAGTGCCTTAAAAATATCCAAATATGTCGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGCTTATTTTACAGTGCCTTAAAAATATCCAAATATGTCGGAAA  600

seq1  TCCTAAGGTAGCAAATGCTTCCATTTAAAACTTTCATCTTTATCTGCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGGTAGCAAATGCTTCCATTTAAAACTTTCATCTTTATCTGCTTT  650

seq1  CCAATTTTGCTTGATTGACCCATAAGAACTACATGTCTATCCACAATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTTGCTTGATTGACCCATAAGAACTACATGTCTATCCACAATGCT  700

seq1  GTGCATGGAACAATTACCATGCCTAGCACTCGAATCATAAGTGAATTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGAACAATTACCATGCCTAGCACTCGAATCATAAGTGAATTATG  750

seq1  CACCATATCTAAGCAGGTTAACATTAAATGCTTAGGCTCATTAAATGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATATCTAAGCAGGTTAACATTAAATGCTTAGGCTCATTAAATGATT  800

seq1  ATGTGTGACAGCTCCCCCTTACACAGAGGTGTTGTTAGCAGATGCAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGACAGCTCCCCCTTACACAGAGGTGTTGTTAGCAGATGCAGAGA  850

seq1  CCCATTCCTAACAGTTATAGAAGTTAACATTGCTTGACAGCCACCATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCTAACAGTTATAGAAGTTAACATTGCTTGACAGCCACCATATG  900

seq1  ACAGGCAGAGCATGAAACACTTCTCATGCATTTTGTCCTTAAATACTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGAGCATGAAACACTTCTCATGCATTTTGTCCTTAAATACTTCT  950

seq1  ATCAGATTCATGATGTGAATATTATCATCTCTACCACTTTATGAGGCTTT  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCAGATTCATGATGTG-ATATTATCATCTCTACCACTTTATGA-GCTTT  998

seq1  GGAAATTTTCATAAAGACAG-AGATGTGAGCTAAAGCCTTTGCTTC-TAC  1048
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||
seq2  GGAAATTTTCATAAAGACAGAAGATGTGAGCTAAAGGC-TTGCTTCTTAC  1047

seq1  GCTGACCCTTGTCATACCT-CTCAGTGAAG-AGAAACATCAGAGA--CTA  1094
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |   ||
seq2  GCTGACCCTTGTCATACCTCCTCAGTGAAGAAGAAACATCAGAAAACTTA  1097

seq1  ACTGATTACTGAACAGGGCTACGGTGGCAAA--TAACTAAAG-CAAATTC  1141
      ||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||
seq2  ACTGA-TACTGAACAGGGCTACGGTGGCAAAATAAACTAAAGCCAAATTC  1146

seq1  ACTTGAG-TAGAAT-AATCAGGGTCTGGTTACTGGTACTGCATACA  1185
      ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  ACTTGAGATAGAATAAATCAGGGTC-GGTTACTGG-ACTGCATACA  1190


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |