BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231C11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 150,773,325 - 150,917,468
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040455, LOC100040463, LOC623554
Downstream geneEltd1, Ifi44, H28, Ptgfr, LOC100040741, LOC100040597, LOC676548, Gipc2, Dnajb4, Fubp1, Nexn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231C11.bB6Ng01-231C11.g
ACCGA043829GA043830
length836670
definitionB6Ng01-231C11.b B6Ng01-231C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,773,325 - 150,774,160)(150,916,800 - 150,917,468)
sequence
gaattctttctgccattatattgaccatgaatttatgccaaaaatattta
agagtttcccttctccatttctgtctacattgtcgatttttttcatttta
acaaaatataagctcattactatatacagtatagaaaatatcaagacaaa
caacaaatatctacaattaaatcactgaacaacatactgtttaaaaccta
atttagttctacacatctttatttccttcttcatgatttggtagaatttc
agcatcatttacttattgtacatttataactcagcattatgggcatttaa
gaaaataataacataccaagattttaaagtaaacttgtgctctgatacaa
gtgtaggtcaattcaatctaattccttagagttgggctgagcttagtttg
tttttcaaggtgcatctcagatggtaataataataataataataataaac
tagccagaaagagaatcacttatgagacaaagacaagtgttattaaatag
ctgccataaacattgttttaaataacttgatgtcataaaatatttgccag
tcatttagtgatgaatattaatagatccttctgcgatccactaacagata
tgaggtaaaaaatatatgtaaaaccacaccctcctagatagttagtacat
gacttctgagaaagaaccaaattattaaatagtcagattttactcaggtg
agactaattctcttgataattgaactatctaccaagtctataaggaaaag
taaatttatgtttaaaaactgagatttattgactattaatctaagaacac
tctatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtg

gaattcacttcagaaccatgagagctgatatctctagagactccacaggc
tctgaaagtacaccatatgaagctcctgaagctccctgaggttagcacat
ttccatatttcagaagattttctaacacatgaatactcatattcataaaa
caaccttaattagctaagggttcttagattcaattttaacaatttagtag
ataaggctttgaatacttttctcaaaattttcacaagtcgtgagtttagg
cctgaagacataaacttttcctatcacaattttatagcatgggttactag
agagcataatgatgcttaatagtttgtgtagtaattaaaatgaataagta
aacaaaaacacactatagataagaaaaatattttttggcttaacagctcc
tcaatatctttcctagtgttggaagtttagaatcaaagatcagagagtga
gcatggtcaagctttggtaaaggcctctttccttagtattttttaatatt
gtttcccatggaacacatatatgctcacaagcatttatgcacactcatac
atgtgcacagatacaggcataggcacttgtatgtgcacacatgtgtgcat
gcacacacacacacacacacagagagagagacagagagaaagagagagag
agagggagagagggagggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_150773325_150774160
seq2: B6Ng01-231C11.b_44_879

seq1  GAATTCTTTCTGCCATTATATTGACCATGAATTTATGCCAAAAATATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGCCATTATATTGACCATGAATTTATGCCAAAAATATTTA  50

seq1  AGAGTTTCCCTTCTCCATTTCTGTCTACATTGTCGATTTTTTTCATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTCCCTTCTCCATTTCTGTCTACATTGTCGATTTTTTTCATTTTA  100

seq1  ACAAAATATAAGCTCATTACTATATACAGTATAGAAAATATCAAGACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATATAAGCTCATTACTATATACAGTATAGAAAATATCAAGACAAA  150

seq1  CAACAAATATCTACAATTAAATCACTGAACAACATACTGTTTAAAACCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATATCTACAATTAAATCACTGAACAACATACTGTTTAAAACCTA  200

seq1  ATTTAGTTCTACACATCTTTATTTCCTTCTTCATGATTTGGTAGAATTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTCTACACATCTTTATTTCCTTCTTCATGATTTGGTAGAATTTC  250

seq1  AGCATCATTTACTTATTGTACATTTATAACTCAGCATTATGGGCATTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATTTACTTATTGTACATTTATAACTCAGCATTATGGGCATTTAA  300

seq1  GAAAATAATAACATACCAAGATTTTAAAGTAAACTTGTGCTCTGATACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAATAACATACCAAGATTTTAAAGTAAACTTGTGCTCTGATACAA  350

seq1  GTGTAGGTCAATTCAATCTAATTCCTTAGAGTTGGGCTGAGCTTAGTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGTCAATTCAATCTAATTCCTTAGAGTTGGGCTGAGCTTAGTTTG  400

seq1  TTTTTCAAGGTGCATCTCAGATGGTAATAATAATAATAATAATAATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAAGGTGCATCTCAGATGGTAATAATAATAATAATAATAATAAAC  450

seq1  TAGCCAGAAAGAGAATCACTTATGAGACAAAGACAAGTGTTATTAAATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGAAAGAGAATCACTTATGAGACAAAGACAAGTGTTATTAAATAG  500

seq1  CTGCCATAAACATTGTTTTAAATAACTTGATGTCATAAAATATTTGCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATAAACATTGTTTTAAATAACTTGATGTCATAAAATATTTGCCAG  550

seq1  TCATTTAGTGATGAATATTAATAGATCCTTCTGCGATCCACTAACAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAGTGATGAATATTAATAGATCCTTCTGCGATCCACTAACAGATA  600

seq1  TGAGGTAAAAAATATATGTAAAACCACACCCTCCTAGATAGTTAGTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAAAAAATATATGTAAAACCACACCCTCCTAGATAGTTAGTACAT  650

seq1  GACTTCTGAGAAAGAACCAAATTATTAAATAGTCAGATTTTACTCAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGAGAAAGAACCAAATTATTAAATAGTCAGATTTTACTCAGGTG  700

seq1  AGACTAATTCTCTTGATAATTGAACTATCTACCAAGTCTATAAGGAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAATTCTCTTGATAATTGAACTATCTACCAAGTCTATAAGGAAAAG  750

seq1  TAAATTTATGTTTAAAAACTGAGATTTATTGACTATTAATCTAAGAACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATGTTTAAAAACTGAGATTTATTGACTATTAATCTAAGAACAC  800

seq1  TCTATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATATATATATATATATATATATGTGTGTGTG  836


seq1: chr3_150916800_150917468
seq2: B6Ng01-231C11.g_66_734 (reverse)

seq1  TCCCTCCCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTGTCTCTCTCTCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTGTCTCTCTCTCTG  50

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCACACATGTGTGCACATACAAGTGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCACACATGTGTGCACATACAAGTGCCTA  100

seq1  TGCCTGTATCTGTGCACATGTATGAGTGTGCATAAATGCTTGTGAGCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTATCTGTGCACATGTATGAGTGTGCATAAATGCTTGTGAGCATA  150

seq1  TATGTGTTCCATGGGAAACAATATTAAAAAATACTAAGGAAAGAGGCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTTCCATGGGAAACAATATTAAAAAATACTAAGGAAAGAGGCCTT  200

seq1  TACCAAAGCTTGACCATGCTCACTCTCTGATCTTTGATTCTAAACTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGCTTGACCATGCTCACTCTCTGATCTTTGATTCTAAACTTCCA  250

seq1  ACACTAGGAAAGATATTGAGGAGCTGTTAAGCCAAAAAATATTTTTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGGAAAGATATTGAGGAGCTGTTAAGCCAAAAAATATTTTTCTTA  300

seq1  TCTATAGTGTGTTTTTGTTTACTTATTCATTTTAATTACTACACAAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGTGTGTTTTTGTTTACTTATTCATTTTAATTACTACACAAACTA  350

seq1  TTAAGCATCATTATGCTCTCTAGTAACCCATGCTATAAAATTGTGATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATCATTATGCTCTCTAGTAACCCATGCTATAAAATTGTGATAGG  400

seq1  AAAAGTTTATGTCTTCAGGCCTAAACTCACGACTTGTGAAAATTTTGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTATGTCTTCAGGCCTAAACTCACGACTTGTGAAAATTTTGAGA  450

seq1  AAAGTATTCAAAGCCTTATCTACTAAATTGTTAAAATTGAATCTAAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATTCAAAGCCTTATCTACTAAATTGTTAAAATTGAATCTAAGAAC  500

seq1  CCTTAGCTAATTAAGGTTGTTTTATGAATATGAGTATTCATGTGTTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCTAATTAAGGTTGTTTTATGAATATGAGTATTCATGTGTTAGAA  550

seq1  AATCTTCTGAAATATGGAAATGTGCTAACCTCAGGGAGCTTCAGGAGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCTGAAATATGGAAATGTGCTAACCTCAGGGAGCTTCAGGAGCTT  600

seq1  CATATGGTGTACTTTCAGAGCCTGTGGAGTCTCTAGAGATATCAGCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGTGTACTTTCAGAGCCTGTGGAGTCTCTAGAGATATCAGCTCTC  650

seq1  ATGGTTCTGAAGTGAATTC  669
      |||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCTGAAGTGAATTC  669


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |