BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232A10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,650,231 - 38,833,551
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat4
Upstream gene4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824
Downstream geneLOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232A10.bB6Ng01-232A10.g
ACCGA044465GA044466
length1,243927
definitionB6Ng01-232A10.b B6Ng01-232A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,650,231 - 38,651,447)(38,832,816 - 38,833,551)
sequence
gaattcaacataagaatttggttggagtaaagtacttttagatgaactat
acgtaatattgtctgagcttaaaagtgtccagctcagttgactttaatgg
ccagttcttctaacgcataggtggcttatgctaaggaaaatattgataat
aagataggaataaaactctgtattttgtttttaaaacgtgttgaggttct
cgtcgcatttgtacattttctgtgtgtacatgagtgtgtacacacacaca
tgtgggggtcatgcataccactgtcaaaggcaatttgcacgaggggattc
tctttccactattagagtcctgggactgaactcaggttgtcaggcttggc
atcatgcatcttttcctgctgagctagctggccaactctgtgtaatttcc
ttgttgcaaaacacatcagttctatagagctacaaatgggtttatgggct
ttgagaagtaatggtctccattacaatttataatgcattctgggaagtat
tataattttattcttctgatgatcaccttccatgagtaataaatcacttg
catgtattgatagaagatgttccacagggcatgttaagattcatcttctc
ataacttcaaaatgttttcagatatgatgatttttatattcatgccaaac
ttgagatgccacatacaaagtgcctctgcattgaaagatgctatgtgtgc
cgaaaaaagtgtctatcagtgttcatgagacttctgactgccaacttaat
gcaaagtcatctcatggaggtctctaaattcatctctgcaaacacagcaa
ccatctgggcttctcactcattctttgtgcttatataatgggtgttaact
gcttacgttgttcttcacttatttttgctataataatgggaagacaaaga
catatataacaatgttgataatgaattaatgaaatattattttcccttaa
gtagcattttagttatctatgaggattaaggaactactttacatgggcat
ggaataaacttttaactcatatactagaatgtatgaatactattgccatt
ttaactgatccagccataattcccaattcatttggtgaaataactagtca
gtggaatgaaaaatactaaggttccttgaagctgccttggttctattcaa
ggcttactccacgcaaaaataccacaaaggttaacgctttcttaaggata
ttctcgtgacatttaaaggctcatactgcaatatattaagtct

gaattcttctaaagctgccatatgtacccacgtcaactttgccggaaacc
gacactgccgaattctacatttgccccgattgctgcacatgccctaaagg
atgtgcagactagaagatggaattaaaagatgtgtggctttcatgtggaa
cttgaggacatttttatgttcctacaaaccaagcaccctgcaaaagcatc
ccagagtgctcttttcggtagatgttgatctgaataagggagacacattg
caaagggaaattttataaaaactaaacaaatgaaaaagtactgtggagat
tagggaacccactttttcccttgcttagtgggctttagatatcgtgatgc
agagtcagcatctcctcagaccagtggaaaagctggaaggcagaccataa
agtgaagagcttgctttgcaagcatgagaactgcatgtccagccccaaaa
gcagtataaaagaaagccaggcatcctagtgtttgctggttatgctagag
ctttgaagcagagacagaaggaacgttccagcttgctggccggctaggct
agccttcatggttaaaccagccagagagtgactacccagccaaaaggtaa
aaggtggatggcttctgaggaaaaacacccaagactgaactctagcctca
acatgtgtgcacacacacacacacacacacacacatgtacacatactctt
gcatgcacacaaacacatgcacagagctacacacccaagtatgtatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatacataaaacaca
cacatgtacacagttacatacatatgcacacatagatatacacactgaca
cacagtgggagggagagtactatagacacacatgtatacttgcacacagc
tatacgcccattatgcacacacatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38650231_38651447
seq2: B6Ng01-232A10.b_45_1287

seq1  GAATTCAACATAAGAATTTGGTTGGAGTAAAGTACTTTTAGATGAACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATAAGAATTTGGTTGGAGTAAAGTACTTTTAGATGAACTAT  50

seq1  ACGTAATATTGTCTGAGCTTAAAAGTGTCCAGCTCAGTTGACTTTAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAATATTGTCTGAGCTTAAAAGTGTCCAGCTCAGTTGACTTTAATGG  100

seq1  CCAGTTCTTCTAACGCATAGGTGGCTTATGCTAAGGAAAATATTGATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCTTCTAACGCATAGGTGGCTTATGCTAAGGAAAATATTGATAAT  150

seq1  AAGATAGGAATAAAACTCTGTATTTTGTTTTTAAAACGTGTTGAGGTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGGAATAAAACTCTGTATTTTGTTTTTAAAACGTGTTGAGGTTCT  200

seq1  CGTCGCATTTGTACATTTTCTGTGTGTACATGAGTGTGTACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCGCATTTGTACATTTTCTGTGTGTACATGAGTGTGTACACACACACA  250

seq1  TGTGGGGGTCATGCATACCACTGTCAAAGGCAATTTGCACGAGGGGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGGTCATGCATACCACTGTCAAAGGCAATTTGCACGAGGGGATTC  300

seq1  TCTTTCCACTATTAGAGTCCTGGGACTGAACTCAGGTTGTCAGGCTTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCACTATTAGAGTCCTGGGACTGAACTCAGGTTGTCAGGCTTGGC  350

seq1  ATCATGCATCTTTTCCTGCTGAGCTAGCTGGCCAACTCTGTGTAATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCATCTTTTCCTGCTGAGCTAGCTGGCCAACTCTGTGTAATTTCC  400

seq1  TTGTTGCAAAACACATCAGTTCTATAGAGCTACAAATGGGTTTATGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCAAAACACATCAGTTCTATAGAGCTACAAATGGGTTTATGGGCT  450

seq1  TTGAGAAGTAATGGTCTCCATTACAATTTATAATGCATTCTGGGAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAAGTAATGGTCTCCATTACAATTTATAATGCATTCTGGGAAGTAT  500

seq1  TATAATTTTATTCTTCTGATGATCACCTTCCATGAGTAATAAATCACTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTATTCTTCTGATGATCACCTTCCATGAGTAATAAATCACTTG  550

seq1  CATGTATTGATAGAAGATGTTCCACAGGGCATGTTAAGATTCATCTTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTGATAGAAGATGTTCCACAGGGCATGTTAAGATTCATCTTCTC  600

seq1  ATAACTTCAAAATGTTTTCAGATATGATGATTTTTATATTCATGCCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTCAAAATGTTTTCAGATATGATGATTTTTATATTCATGCCAAAC  650

seq1  TTGAGATGCCACATACAAAGTGCCTCTGCATTGAAAGATGCTATGTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATGCCACATACAAAGTGCCTCTGCATTGAAAGATGCTATGTGTGC  700

seq1  CGAAAAAAGTGTCTATCAGTGTTCATGAGACTTCTGACTGCCAACTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAAAAGTGTCTATCAGTGTTCATGAGACTTCTGACTGCCAACTTAAT  750

seq1  GCAAAGTCATCTCATGGAGGTCTCTAAATTCATCTCTGCAAACACAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTCATCTCATGGAGGTCTCTAAATTCATCTCTGCAAACACAGCAA  800

seq1  CCATCTGGGCTTCTCACTCATTCTTTGTGCTTATATAATGGGTGTTAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGGCTTCTCACTCATTCTTTGTGCTTATATAATGGGTGTTAACT  850

seq1  GCTTACGTTGTTCTTCACTTATTTTTGCTATAATAAT-GGAAGACAAAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTACGTTGTTCTTCACTTATTTTTGCTATAATAATGGGAAGACAAAGA  900

seq1  CATATATAACAATGTTGATAATGAATTAATGAAAATATTATTTTCCCTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATATATAACAATGTTGATAATGAATTAATG-AAATATTATTTTCCCTTA  949

seq1  AGTAGCATTTTAGTTATCTATGAGGATTAAGGAACTAC-TTACAT-GGCA  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  AGTAGCATTTTAGTTATCTATGAGGATTAAGGAACTACTTTACATGGGCA  999

seq1  TGGAATAAACTTTTAACTCATATACTAGAATGTAATGATTACTATTGCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TGGAATAAACTTTTAACTCATATACTAGAATGT-ATGAATACTATTGCCA  1048

seq1  TTTTTACTGATCCAGCCATAATTCCC-ATTCATTTGTGGAAAT-ACCAGG  1095
      |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| || || 
seq2  TTTTAACTGATCCAGCCATAATTCCCAATTCATTTGGTGAAATAACTAGT  1098

seq1  CAGT-GAATG-AAAATAC-AAAGTTCC-TGTAGCTGCCTGTGG--GTATT  1139
      |||| ||||| ||||||| || ||||| || |||||||| |||   ||||
seq2  CAGTGGAATGAAAAATACTAAGGTTCCTTGAAGCTGCCT-TGGTTCTATT  1147

seq1  CAA-GCCTACTCAACG--AAAATACCACCAAGGT--ACACCTTCTTAAAG  1184
      ||| || ||||| |||  |||||||||| |||||  || | ||||||| |
seq2  CAAGGCTTACTCCACGCAAAAATACCACAAAGGTTAACGCTTTCTTAAGG  1197

seq1  -GATTC---TGACA-TTAAAAGCT-AT----CAATA---TAAGTCT  1217
        ||||   ||||| ||||| ||| ||    |||||   |||||||
seq2  ATATTCTCGTGACATTTAAAGGCTCATACTGCAATATATTAAGTCT  1243


seq1: chr3_38832816_38833551
seq2: B6Ng01-232A10.g_258_995 (reverse)

seq1  TGCATGTGTGTGCAT-ATGGGTGTATAGCTGTGTGCATGTATACATGTGT  49
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCATGTGTGTGCATAATGGGCGTATAGCTGTGTGCAAGTATACATGTGT  50

seq1  GTATATAGTTGTGTGCCTGCATATGTGTGTATGTGTGTATATGTATGTGT  99
      || ||||||  | | ||| |   |||||||  |||||||||| |||||||
seq2  GTCTATAGTACTCTCCCTCCCACTGTGTGTCAGTGTGTATATCTATGTGT  100

seq1  GCATATGTATGTAACTGTGTGCATGTGTGTG-TTTATGTATATATATATA  148
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTATGTAACTGTGTACATGTGTGTGTTTTATGTATATATATATA  150

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATACATACTTGGGTGTGTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATACATACTTGGGTGTGTA  200

seq1  GCTCTGTGCATGTGTTTGTGTGCATGCAAGAGTATGTGTACATGTGTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGCATGTGTTTGTGTGCATGCAAGAGTATGTGTACATGTGTGTG  250

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACATGTTGAGGCTAGAGTTCAGTCTTGGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGCACACATGTTGAGGCTAGAGTTCAGTCTTGGG  300

seq1  TGTTTTTCCTCAGAAGCCATCCACCTTTTACCTTTTGGCTGGGTAGTCAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTCCTCAGAAGCCATCCACCTTTTACCTTTTGGCTGGGTAGTCAC  350

seq1  TCTCTGGCTGGTTTAACCATGAAGGCTAGCCTAGCCGGCCAGCAAGCTGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTGGTTTAACCATGAAGGCTAGCCTAGCCGGCCAGCAAGCTGG  400

seq1  AACGTTCCTTCTGTCTCTGCTTCAAAGCTCTAGCATAACCAGCAAACACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTCCTTCTGTCTCTGCTTCAAAGCTCTAGCATAACCAGCAAACACT  450

seq1  AGGATGCCTGGCTTTCTTTTATACTGCTTTTGGGGCTGGACATGCAGTTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCCTGGCTTTCTTTTATACTGCTTTTGGGGCTGGACATGCAGTTC  500

seq1  TCATGCTTGCAAAGCAAGCTCTTCACTTTATGGTCTGCCTTCCAGCTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTGCAAAGCAAGCTCTTCACTTTATGGTCTGCCTTCCAGCTTTT  550

seq1  CCACTGGTCTGAGGAGATGCTGACTCTGCATCACGATATCTAAAGCCCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGTCTGAGGAGATGCTGACTCTGCATCACGATATCTAAAGCCCAC  600

seq1  TAAGCAAGGGAAAAAGTGGGTTCCCTAATCTCCACAGTACTTTTTCATTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGGGAAAAAGTGGGTTCCCTAATCTCCACAGTACTTTTTCATTT  650

seq1  GTTTAGTTTTTATAAAATTTCCCTTTGCAATGTGTCTCCCTTATTCAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGTTTTTATAAAATTTCCCTTTGCAATGTGTCTCCCTTATTCAGAT  700

seq1  CAACATCTACCGAAAAGAGCACTCTGGGATGCTTTTGC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCTACCGAAAAGAGCACTCTGGGATGCTTTTGC  738


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |