BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232I15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 56,973,415 - 57,110,835
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTm4sf1
Upstream geneLOC100040139, LOC666585
Downstream geneLOC383862, Tm4sf4, Wwtr1, Commd2, Gm410, EG623114, Rnf13, LOC675537, Pfn2, EG433594, LOC100040216, 4921539H07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232I15.bB6Ng01-232I15.g
ACCGA044850GA044851
length1,1831,132
definitionB6Ng01-232I15.b B6Ng01-232I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,109,666 - 57,110,835)(56,973,415 - 56,974,545)
sequence
gaattccattctatctttgtatgtgcacatgtgtgtgttctgaggcatgt
ttgctctagtgtttgcttgtgcgtgtacacattgaggccagaagttgctg
atgttacgatgtcttctttgctttctaccttgtctgtctgatttgtttgt
ttgtttgtttgtttaagacaaagactctaactgaacttagaactaggctg
tatgaccaatgacccttcagatgaatctgtctcagtgaatcaggtacagg
tatgtcatggggtcttcctttatttgggtgcaaaaccttattttcctata
attgtacagcaaacacttttgtctgctgagctgtctcctccagttgcctg
ttgttagtgtgctatgtgaagctgacaagcctataaatgccacatatgga
ttttagagaaagcaatgtggaggccaggttatgtcctgctctaggtgact
ccctatcatttaaagcagtggttttcaaagctttccctttccctaggaac
tctgccttaaacaaagacatctggcaccatttatgagtgcaaatgcagag
gcaggatgactctcagcaagcaattttacatgtgctgacatcaacacctg
ttcatcgccacaacgagacaccaactattcctaagaggaaaaagatgtaa
cctatatacccacaaagtggattgggaatatatggtcatatggtatatta
aaaccatatcatagaaactattgagaatttacctaacacatcatgacaac
aaagtgaacagcaccctacctgaaccatgtaaaagggaaaaagctgtaat
gaagacatccctatgaacctgtcaactatcttgtgtgtgtacactggaaa
gacagacagacatagaagtcctgactgtccttgatgcttcagctcagcat
gctacttgatgtcctacagcttgatgtcgcccactaaagtttctagtttt
gacaggtcctatgtctcttaggctctactctacctgcaacccaataactt
ggctatgtgggtctacaaaatcttcaaccagattataaaggtctactgta
aaccaccttccagtgacctcttcataatatgcatcagcttttctgcctgc
cctctttcgaaggtcttcttgaacttggaggcctctttcaatccttttat
aagccattcctattttcatgattatttggcata

gaattcaatggagtttaaattggatcactcattaagttggagtttaaagt
actcattttgaaaattacttcacagaaaaataaaaagattaaatacttga
tgcttttaactgagatctttagagacagaaaaatggtattcaagcttgtt
cttcattgtctttttgttctcagtaatctctattaggatgattagtgcta
atatttaaattagccaaaaaaagaattaatttcattctcataaaatgata
atgaattaaatctataagaaccttttcattctagaatttttgcataacaa
ttgcatgatgtctccttcaccagaagtacttgggctgcaatttaaatgtg
atttttataatgagctgtattcacagggaacttttcatgtagtttattcg
tcttgaggacattcatttttgttacatgtgctaacttggggcagtaaaac
ttgacccaagatttatcattactttttaaaatatttcatcttatttttat
tttacttgtgtgttttcttccatgtatgtctatatactgggtgctggtgg
tgttctgggtgatgcaggatgattgagaaaggaagatgctgtaggatgaa
attgggcttctcaagcagcaggggatccatccatctctcaaggactgaat
gcaagcagcttcctagaagctctgtttataatttcacagaagttaccttt
agcaaatcaatttctgaataccaaaagctcttatctgatctaggggtttg
tctttgaaagaaccataaccttaagcaattctcagccacatgagactttc
tggtttgacagatctgtagattaagttatacaaagactctgagaatcctt
caaagtaacaaccacataaattcttagataataatcattgacaaaaagct
acttcaaagcctaggtgccatcactctggaattcatgccaggtacaatgg
ttctgctaaagttttcctacagggtgcatgtggttcccacagagcccaaa
gcatgcagcagaatatcctagaactgggattacagcttgttgtaactgcc
ttggtgagggggtgaatcaaccacgaatttcttagccactgagcaatctc
tgccatcaccaattatcatttcttatggtgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_57109666_57110835
seq2: B6Ng01-232I15.b_38_1220 (reverse)

seq1  TATGCAATAT-ATCATG-AAATA-GAATGGC-TATAAAAGGATTG-AAGA  45
      ||||| | || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TATGCCAAATAATCATGAAAATAGGAATGGCTTATAAAAGGATTGAAAGA  50

seq1  AGCCTCAAATGTCA--GAGACC-TCG-AAGA-GGCAGGCAG-AAAGCTGA  89
       ||||| ||  |||   ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||
seq2  GGCCTCCAAGTTCAAGAAGACCTTCGAAAGAGGGCAGGCAGAAAAGCTGA  100

seq1  TGCATA-TATGAAGA-GTCACT-GAAGGT-GTTTACAGTAGACCTTTATT  135
      |||||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| |
seq2  TGCATATTATGAAGAGGTCACTGGAAGGTGGTTTACAGTAGACCTTTA-T  149

seq1  AATCTGGTTGAAGATTTTGTAGACCCACATAGCCAAGTTATTGGGTTGCA  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGTTGAAGATTTTGTAGACCCACATAGCCAAGTTATTGGGTTGCA  199

seq1  GGGTAGAGTAGAGCCTAAGAGACATAGGACCTGTCAAAAACTAGAAACTT  235
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -GGTAGAGTAGAGCCTAAGAGACATAGGACCTGTC-AAAACTAGAAACTT  247

seq1  TAGTGGGCGACATCAAGCTGTAGGACATCAAGTAGCATGCTGAGCTGAAG  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGCGACATCAAGCTGTAGGACATCAAGTAGCATGCTGAGCTGAAG  297

seq1  CATCAAGGACAGTCAGGACTTCTATGTCTGTCTGTC-TTCCAGTGTACAC  334
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATCAAGGACAGTCAGGACTTCTATGTCTGTCTGTCTTTCCAGTGTACAC  347

seq1  ACACAAGATAGTTGACAGGTTCATAGGGATGTCTTCATTACAGCTTTTTC  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGATAGTTGACAGGTTCATAGGGATGTCTTCATTACAGCTTTTTC  397

seq1  CCTTTTACATGGTTCAGGTAGGGTGCTGTTCACTTTGTTGTCATGATGTG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTACATGGTTCAGGTAGGGTGCTGTTCACTTTGTTGTCATGATGTG  447

seq1  TTAGGTAAATTCTCAATAGTTTCTATGATATGGTTTTAATATACCATATG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTAAATTCTCAATAGTTTCTATGATATGGTTTTAATATACCATATG  497

seq1  ACCATATATTCCCAATCCACTTTGTGGGTATATAGGTTACATCTTTTTCC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATATTCCCAATCCACTTTGTGGGTATATAGGTTACATCTTTTTCC  547

seq1  TCTTAGGAATAGTTGGTGTCTCGTTGTGGCGATGAACAGGTGTTGATGTC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAATAGTTGGTGTCTCGTTGTGGCGATGAACAGGTGTTGATGTC  597

seq1  AGCACATGTAAAATTGCTTGCTGAGAGTCATCCTGCCTCTGCATTTGCAC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATGTAAAATTGCTTGCTGAGAGTCATCCTGCCTCTGCATTTGCAC  647

seq1  TCATAAATGGTGCCAGATGTCTTTGTTTAAGGCAGAGTTCCTAGGGAAAG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATGGTGCCAGATGTCTTTGTTTAAGGCAGAGTTCCTAGGGAAAG  697

seq1  GGAAAGCTTTGAAAACCACTGCTTTAAATGATAGGGAGTCACCTAGAGCA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTTTGAAAACCACTGCTTTAAATGATAGGGAGTCACCTAGAGCA  747

seq1  GGACATAACCTGGCCTCCACATTGCTTTCTCTAAAATCCATATGTGGCAT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATAACCTGGCCTCCACATTGCTTTCTCTAAAATCCATATGTGGCAT  797

seq1  TTATAGGCTTGTCAGCTTCACATAGCACACTAACAACAGGCAACTGGAGG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGCTTGTCAGCTTCACATAGCACACTAACAACAGGCAACTGGAGG  847

seq1  AGACAGCTCAGCAGACAAAAGTGTTTGCTGTACAATTATAGGAAAATAAG  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGCTCAGCAGACAAAAGTGTTTGCTGTACAATTATAGGAAAATAAG  897

seq1  GTTTTGCACCCAAATAAAGGAAGACCCCATGACATACCTGTACCTGATTC  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCACCCAAATAAAGGAAGACCCCATGACATACCTGTACCTGATTC  947

seq1  ACTGAGACAGATTCATCTGAAGGGTCATTGGTCATACAGCCTAGTTCTAA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGACAGATTCATCTGAAGGGTCATTGGTCATACAGCCTAGTTCTAA  997

seq1  GTTCAGTTAGAGTCTTTGTCTTAAACAAACAAACAAACAAACAAATCAGA  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTAGAGTCTTTGTCTTAAACAAACAAACAAACAAACAAATCAGA  1047

seq1  CAGACAAGGTAGAAAGCAAAGAAGACATCGTAACATCAGCAACTTCTGGC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAGGTAGAAAGCAAAGAAGACATCGTAACATCAGCAACTTCTGGC  1097

seq1  CTCAATGTGTACACGCACAAGCAAACACTAGAGCAAACATGCCTCAGAAC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGTGTACACGCACAAGCAAACACTAGAGCAAACATGCCTCAGAAC  1147

seq1  ACACACATGTGCACATACAAAGATAGAATGGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGTGCACATACAAAGATAGAATGGAATTC  1183


seq1: chr3_56973415_56974545
seq2: B6Ng01-232I15.g_68_1199

seq1  GAATTCAATGGAGTTTAAATTGGATCACTCATTAAGTTGGAGTTTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGAGTTTAAATTGGATCACTCATTAAGTTGGAGTTTAAAGT  50

seq1  ACTCATTTTGAAAATTACTTCACAGAAAAATAAAAAGATTAAATACTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTTTGAAAATTACTTCACAGAAAAATAAAAAGATTAAATACTTGA  100

seq1  TGCTTTTAACTGAGATCTTTAGAGACAGAAAAATGGTATTCAAGCTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTAACTGAGATCTTTAGAGACAGAAAAATGGTATTCAAGCTTGTT  150

seq1  CTTCATTGTCTTTTTGTTCTCAGTAATCTCTATTAGGATGATTAGTGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTGTCTTTTTGTTCTCAGTAATCTCTATTAGGATGATTAGTGCTA  200

seq1  ATATTTAAATTAGCCAAAAAAAGAATTAATTTCATTCTCATAAAATGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAATTAGCCAAAAAAAGAATTAATTTCATTCTCATAAAATGATA  250

seq1  ATGAATTAAATCTATAAGAACCTTTTCATTCTAGAATTTTTGCATAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTAAATCTATAAGAACCTTTTCATTCTAGAATTTTTGCATAACAA  300

seq1  TTGCATGATGTCTCCTTCACCAGAAGTACTTGGGCTGCAATTTAAATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGATGTCTCCTTCACCAGAAGTACTTGGGCTGCAATTTAAATGTG  350

seq1  ATTTTTATAATGAGCTGTATTCACAGGGAACTTTTCATGTAGTTTATTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATAATGAGCTGTATTCACAGGGAACTTTTCATGTAGTTTATTCG  400

seq1  TCTTGAGGACATTCATTTTTGTTACATGTGCTAACTTGGGGCAGTAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGACATTCATTTTTGTTACATGTGCTAACTTGGGGCAGTAAAAC  450

seq1  TTGACCCAAGATTTATCATTACTTTTTAAAATATTTCATCTTATTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCAAGATTTATCATTACTTTTTAAAATATTTCATCTTATTTTTAT  500

seq1  TTTACTTGTGTGTTTTCTTCCATGTATGTCTATATACTGGGTGCTGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGTGTGTTTTCTTCCATGTATGTCTATATACTGGGTGCTGGTGG  550

seq1  TGTTCTGGGTGATGCAGGATGATTGAGAAAGGAAGATGCTGTAGGATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGGGTGATGCAGGATGATTGAGAAAGGAAGATGCTGTAGGATGAA  600

seq1  ATTGGGCTTCTCAAGCAGCAGGGGATCCATCCATCTCTCAAGGACTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGCTTCTCAAGCAGCAGGGGATCCATCCATCTCTCAAGGACTGAAT  650

seq1  GCAAGCAGCTTCCTAGAAGCTCTGTTTATAATTTCACAGAAGTTACCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAGCTTCCTAGAAGCTCTGTTTATAATTTCACAGAAGTTACCTTT  700

seq1  AGCAAATCAATTTCTGAATACCAAAAGCTCTTATCTGATCTAGGGG-TTG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGCAAATCAATTTCTGAATACCAAAAGCTCTTATCTGATCTAGGGGTTTG  750

seq1  TC-TTGAAAGAACCATAACCTTAAGCAATTCTCAGCCACATGAGACTTTC  798
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAAGAACCATAACCTTAAGCAATTCTCAGCCACATGAGACTTTC  800

seq1  TGGTTTGACAGATCTGTAGATTAAGTTATACAAAGACTCTGAGAATCCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGACAGATCTGTAGATTAAGTTATACAAAGACTCTGAGAATCCTT  850

seq1  CAAAGTAACAACCACATAAATTCTTAGATAATAATCATTGACAAAAAGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAACAACCACATAAATTCTTAGATAATAATCATTGACAAAAAGCT  900

seq1  ACTTCAAAGCCTAGGTGCCATCACTCTGGAATTCATGCCAGGTACAATGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAAGCCTAGGTGCCATCACTCTGGAATTCATGCCAGGTACAATGG  950

seq1  TTCTGCTAAAGTTTTCCTACAGGGTGCATGTGGTCCCCACAGAAGCCCAA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TTCTGCTAAAGTTTTCCTACAGGGTGCATGTGGTTCCCACAG-AGCCCAA  999

seq1  AGCATGCAGCAG-ATATCCTAGAACTGGGATTACAGCTGGTTGTAAACTG  1047
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  AGCATGCAGCAGAATATCCTAGAACTGGGATTACAGCTTGTTGT-AACTG  1048

seq1  CCTT-GTGAGGGGTGGAATCAAACACAGAATTCTTAGCCACTGAGCCATC  1096
      |||| ||||||||  ||||||| |||  | |||||||||||||||| |||
seq2  CCTTGGTGAGGGGGTGAATCAACCACGAATTTCTTAGCCACTGAGCAATC  1098

seq1  TCTGCAATCCCACATTTATCATTTCTTAAGGTGAC  1131
      ||||| ||| | || ||||||||||||| ||||||
seq2  TCTGCCATCAC-CAATTATCATTTCTTATGGTGAC  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |