BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233K02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,521,925 - 40,713,745
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik
Upstream geneLOC100041443, LOC100041458, LOC100040882, Intu
Downstream geneLarp2, Pgrmc2, EG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233K02.bB6Ng01-233K02.g
ACCGA045630GA045631
length1,0551,085
definitionB6Ng01-233K02.b B6Ng01-233K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,521,925 - 40,522,970)(40,712,642 - 40,713,745)
sequence
gaattcttatgttaaataacaaaacaagtcttaaggagactgaaatatta
aatacctttgctgactagaatggaatggcttaaacataagaggatgaaag
tgcaatattgtaaaatcttaaattagtaacataattgaaacttctattga
ctattagccttccttgggttgtttagtttcatgtttaatgtagtgttgga
tgagtagttatataaattcagggtcactattctgcctgagcagtctgcct
cccattctccttttgcttatatttgcctatcatatttttataagttctac
atgcactacatgaacttttttgaataataaaatagatattattcacccca
agtcagtaatctgccttcttttttattcatggaggaaataatagatttac
tagaatttaagattcaggttataagtctttatgttatgtgtcatgtttgg
ttgactgataagaagaagtagagcttcacttgagtttgatcaggcagaag
gggtgatgactggcacttggacttgagcagatggcctctcaagggaccaa
ccacatacctgccctttctctccaggatcacctcctgtgggagtcgtctt
cttacctccttttcatgggtgtattttgtataagcagtcttcctcaatac
tgctcccctattttaggtaaattatatgtttgtaatataaggttaatatc
atagtgatttttaatggcctttatgtcagaggatctgtcagcaccatctg
aaacactatatgtgtatttatgtacatatgtgattttcctcctgtctggg
aaacaagtctatctctttctagcttttaaaaactcaaaaagtatcaaata
ttcaaaaaaataaatgtttttcattttctactcttactaataactaaata
gactctctaatatcttatgtctgatccctaagaaagtccagaatcagctc
gtgtttttctgcctgattatcatgggttagttacccagagttatatgcaa
tcctctcgaatccaattatctattctgcctgtacggtgtgaccacgtagt
acaga
gaattcagtaccattcaacagggctaggagtacagcttagtacagagcat
gtggcaagtagggagagcctgtattcaactctaggtaccacaaaaacaaa
aacaatcaaaatcattcaactatataaaagcaatcaaaagtacaatttgg
aagcagcagtaacttggtgcaatctaagctactatcaagcattcagagtg
gtttgatatcacatttcactatgtgatatgctgatgcattatgtaaggac
aaggggggatttttttctgtagtaaaaacaattcgtaggtacctgtacta
acatatgtttaaaatcaattcaattttgaagctgaggcaggaggcccatg
agttcaaagctagcttgggttgcatagcaagacatgtctcaacaacaaca
acaacaacaacaaaaaaccccaaaacaaacaataataaaaaaggcaattt
gctaacattcaatacctgagcttacttctcaagaatttactttttagtat
aaaaaatcctatttcaagtcaaaggttaaaattaaagtagcaggaaggta
tcacatattttcactataataaaaaaaaaaaagcagacaaaacaaaacaa
aaatctatgtcagtggctgcagttgttcagattcagtattttgtacctgt
gaattaagattagtaaactgtttttcttccttatagcaggtattctatca
atgatctatatttcttggccccatcattaaaaagacaaaactagaggcct
ggagagatggcccagtgggttaaaaaagcacatactgctcttcctgaggt
cctgcatttgagtcccagcacccacagtaggtggcttacaactgcctgta
accccagctccaggggactctcatccctctgagctctgtgggcacttgca
ttcatgtgcacaaacaacccccccccacattaaatatataaaaataaatc
taaaaaaaccccaaacatgctgggtgttttggggcatgctttatctcagc
acttacaggtggatctctgagatgaagcactgctctaacagagtgagttc
caagacagcaggctatatgaagaaactcttgacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40521925_40522970
seq2: B6Ng01-233K02.b_45_1099

seq1  GAATTCTTATGTTAAATAACAAAACAAGTCTTAAGGAGACTGAAATATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATGTTAAATAACAAAACAAGTCTTAAGGAGACTGAAATATTA  50

seq1  AATACCTTTGCTGACTAGAATGGAATGGCTTAAACATAAGAGGATGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTTTGCTGACTAGAATGGAATGGCTTAAACATAAGAGGATGAAAG  100

seq1  TGCAATATTGTAAAATCTTAAATTAGTAACATAATTGAAACTTCTATTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATATTGTAAAATCTTAAATTAGTAACATAATTGAAACTTCTATTGA  150

seq1  CTATTAGCCTTCCTTGGGTTGTTTAGTTTCATGTTTAATGTAGTGTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGCCTTCCTTGGGTTGTTTAGTTTCATGTTTAATGTAGTGTTGGA  200

seq1  TGAGTAGTTATATAAATTCAGGGTCACTATTCTGCCTGAGCAGTCTGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAGTTATATAAATTCAGGGTCACTATTCTGCCTGAGCAGTCTGCCT  250

seq1  CCCATTCTCCTTTTGCTTATATTTGCCTATCATATTTTTATAAGTTCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCTCCTTTTGCTTATATTTGCCTATCATATTTTTATAAGTTCTAC  300

seq1  ATGCACTACATGAACTTTTTTGAATAATAAAATAGATATTATTCACCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTACATGAACTTTTTTGAATAATAAAATAGATATTATTCACCCCA  350

seq1  AGTCAGTAATCTGCCTTCTTTTTTATTCATGGAGGAAATAATAGATTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTAATCTGCCTTCTTTTTTATTCATGGAGGAAATAATAGATTTAC  400

seq1  TAGAATTTAAGATTCAGGTTATAAGTCTTTATGTTATGTGTCATGTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTAAGATTCAGGTTATAAGTCTTTATGTTATGTGTCATGTTTGG  450

seq1  TTGACTGATAAGAAGAAGTAGAGCTTCACTTGAGTTTGATCAGGCAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGATAAGAAGAAGTAGAGCTTCACTTGAGTTTGATCAGGCAGAAG  500

seq1  GGGTGATGACTGGCACTTGGACTTGAGCAGATGGCCTCTCAAGGGACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATGACTGGCACTTGGACTTGAGCAGATGGCCTCTCAAGGGACCAA  550

seq1  CCACATACCTGCCCTTTCTCTCCAGGATCACCTCCTGTGGGAGTCGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATACCTGCCCTTTCTCTCCAGGATCACCTCCTGTGGGAGTCGTCTT  600

seq1  CTTACCTCCTTTTCATGGGTGTATTTTGTATAAGCAGTCTTCCTCAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTCCTTTTCATGGGTGTATTTTGTATAAGCAGTCTTCCTCAATAC  650

seq1  TGCTCCCCTATTTTAGGTAAATTATATGTTTGTAATATAAGGTTAATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCCTATTTTAGGTAAATTATATGTTTGTAATATAAGGTTAATATC  700

seq1  ATAGTGATTTTTAATGGCCTTTATGTCAGAGGATCTGTCAGCACCATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGATTTTTAATGGCCTTTATGTCAGAGGATCTGTCAGCACCATCTG  750

seq1  AAACACTATATGTGTATTTATGTACATATGTGATTTTCCTCCTGTCT-GG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAACACTATATGTGTATTTATGTACATATGTGATTTTCCTCCTGTCTGGG  800

seq1  AAACAAGTCTATCTC-TTCTAGCTTTTAAAAACTC-AAAAGTATCAAATA  847
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAACAAGTCTATCTCTTTCTAGCTTTTAAAAACTCAAAAAGTATCAAATA  850

seq1  -TCAAAAAAAT-AATG-TTTTCA-TTTCTACTCTTACTAATAACTAAATA  893
       |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAAAATAAATGTTTTTCATTTTCTACTCTTACTAATAACTAAATA  900

seq1  GACTCTCTAATATCTTATGTCTGATCCCTAAGAAAGTCCAG-ATCAGCTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACTCTCTAATATCTTATGTCTGATCCCTAAGAAAGTCCAGAATCAGCTC  950

seq1  GTGTTTTTCTGCCAGATTATCATGGGTTAGTTACCCCAGAGTTATATGCA  992
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTTCTGCCTGATTATCATGGGTTAGTTA-CCCAGAGTTATATGCA  999

seq1  AT-CTCTCG-ATCCAATTATCTA-TCTGCCTGTAACTGTGTGACACAGTA  1039
      || |||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||||||   |||
seq2  ATCCTCTCGAATCCAATTATCTATTCTGCCTGT-ACGGTGTGACCACGTA  1048

seq1  GTACAGA  1046
      |||||||
seq2  GTACAGA  1055

seq1: chr3_40712642_40713745
seq2: B6Ng01-233K02.g_66_1150 (reverse)

seq1  TTGTCAAGAGTTTCTCTATATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTG-  49
      |||||||||||||||  ||||||||   |||||| |||||||||||||| 
seq2  TTGTCAAGAGTTTCTTCATATAGCC--TGCTGTCTTGGAACTCACTCTGT  48

seq1  TAGAGCAGGTTGGCTTCAATCTCAGAGATCCACCTGTAAGTGCTGAGATT  99
      ||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAGAGCAG---TGCTTC-ATCTCAGAGATCCACCTGTAAGTGCTGAGA-T  93

seq1  AAAGCATGCCCCAAAACACCCAGCATGTTTTGGGATTTTTTTTTAGATTT  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||
seq2  AAAGCATGCCCCAAAACACCCAGCATGTTTGGGG---TTTTTTTAGATTT  140

seq1  ATTTTTATTATATTTAATTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGTTGTTTGTGCAC  199
      ||||||| |||||||||         ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTA-TATATTTAA---------TGTGGGGGGGGGTTGTTTGTGCAC  180

seq1  ATGAATGCAAGTGCCCACAGAGCTCAGAGGGATGAGAGTCCCCTGGAGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGCAAGTGCCCACAGAGCTCAGAGGGATGAGAGTCCCCTGGAGCT  230

seq1  GGGGTTACAGGCAGTTGTAAGTCACCTTCTGTGGGTGCTGGGACTCAAAT  299
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTACAGGCAGTTGTAAGCCACCTACTGTGGGTGCTGGGACTCAAAT  280

seq1  GCAGGACCTCAGGAAGAGCAGTATGTGCTTTTTTAA-CCACTGGGCCATC  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCAGGACCTCAGGAAGAGCAGTATGTGCTTTTTTAACCCACTGGGCCATC  330

seq1  TCTCCAGGCCTCTAGTTTTGTCTTTTTAATGATGGGGCCAAGGAATATAG  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTCCAGGCCTCTAGTTTTGTCTTTTTAATGATGGGGCCAAGAAATATAG  380

seq1  ATCATTGGTAGAATACCTGCTATATGGAAGAAGAACAGTTTACTAATCTT  448
      ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCATTGATAGAATACCTGCTATAAGGAAGAAAAACAGTTTACTAATCTT  430

seq1  AATTCACAGGTA-AAAATACTGAATCTGAACAACTGCAGCCACTGACATA  497
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACAGGTACAAAATACTGAATCTGAACAACTGCAGCCACTGACATA  480

seq1  GATTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTCTGCTTGTTTTTTGTTTTATTATAGT  547
      ||||||||||||||||||     ||||||  |||||| ||||||||||||
seq2  GATTTTTGTTTTGTTTTG-----TCTGCT--TTTTTTTTTTTATTATAGT  523

seq1  GAAAATATGTGATACCTTCCTGCTACTTTAATTTTAACCTTTGACTTGAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATGTGATACCTTCCTGCTACTTTAATTTTAACCTTTGACTTGAA  573

seq1  ATAGGATTTTTTACACTAAAAAGTAACTTCTTGAGAAGTAAGCTCAGGTA  647
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATTTTTTATACTAAAAAGTAAATTCTTGAGAAGTAAGCTCAGGTA  623

seq1  TTGAATGTTAGCAAATTGCCTTTTTTATTGTTGTTTGTTTTGGGGTTTT-  696
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TTGAATGTTAGCAAATTGCCTTTTTTATTATTGTTTGTTTTGGGGTTTTT  673

seq1  -----TTGTTGTTGTTGTTGTTGAGACATGTCTTGCTATGCAACCCAAGC  741
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGACATGTCTTGCTATGCAACCCAAGC  723

seq1  TAGCTTTGAACTCATGGGCCTCCTGCCTCAGCTTCAAAATTGAATTGATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGAACTCATGGGCCTCCTGCCTCAGCTTCAAAATTGAATTGATT  773

seq1  TTAAACATGTGTTACTATAGGTACCTACGAATTGTTTTTACTACGGAAAA  841
      |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||
seq2  TTAAACATATGTTAGTACAGGTACCTACGAATTGTTTTTACTACAG-AAA  822

seq1  AAAATCCCCCTTTGTCCTTACATAATGCACCAGCATATCACATAGTGAAA  891
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCCCCCTTGTCCTTACATAATGCATCAGCATATCACATAGTGAAA  872

seq1  TGTGATATCAAACCACTCTGAATGCTTGATAGTAGCTTAGATGGCACCAA  941
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTGATATCAAACCACTCTGAATGCTTGATAGTAGCTTAGATTGCACCAA  922

seq1  GTTACTGCTGCTTCCTAATTGTACTTTTGATTGCTTTTATATAGTTGAAT  991
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGCTGCTTCCAAATTGTACTTTTGATTGCTTTTATATAGTTGAAT  972

seq1  GATTTTGATTGTTTTTGTTTTTGTGGTACCTAGAGTTGAATACAGGATCT  1041
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATTTTGATTGTTTTTGTTTTTGTGGTACCTAGAGTTGAATACAGGCTCT  1022

seq1  CCCTACTTGCCACATGCTCTGTACTAAGCTGTACTCCTAGCCCTGTTGAA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTGCCACATGCTCTGTACTAAGCTGTACTCCTAGCCCTGTTGAA  1072

seq1  TGGTACTGAATTC  1104
      |||||||||||||
seq2  TGGTACTGAATTC  1085