BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235C05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,568,305 - 81,715,722
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGria2, Glrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
Downstream geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235C05.bB6Ng01-235C05.g
ACCGA046695GA046696
length1,1391,165
definitionB6Ng01-235C05.b B6Ng01-235C05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,714,585 - 81,715,722)(81,568,305 - 81,569,471)
sequence
gaattcctctgcccttaagacacacagaagacacattgtgtccttaggga
attttcatcgatgttgttctatcttgagacaagaatcttgaatggcttaa
gggataaaaatatgggtttcatagtcaataggctggtgatggttttcaag
tctgcattcatcacttgccagagctgtgaacctgtgactattctcaaatc
tcttctttgtttccattacttttcaatggagcaataataatgtatattgg
caaaatattataaataagatgcattaatatttacctcaaggtccctcatt
ggtgagaatgaaatagtaagtcacattcttactttttttaatttttttga
agtatacatatcctaaaagcacatttgaagcacttgctgagactggctcc
attctagtaagtgttagccattaatcaaatactgtatcatgaaagcagtt
ccaagatagaatggaggcatcagaatttgtctgaatgtggaaccatgttg
attttgaaagtgtttttgtaatgctggcctcaaaaatgccactagattca
caatttcttgtgtcctctggaaaaaacattcctagattactttgcgacac
atggaaataatgtaattaacatctactgtatcagagaccctggagctttg
agtttcttttgtaataaattctagcaagaagggagaagcattgagcactc
tgctgtccccagcatgagtatgactatttggctttaatccttgacattta
catgttctcaaatatcatggccaggagagttaatgacaaatattggatct
gactctgccctgggcatgcctcaataccctagattcttgtatgactcaaa
ataccatcatctcagcaaggtaagagcatgtgtttcattttcttccagat
ctagctcccatgattaaaattcgacagtccagaacatgcagtgcttaatt
accccacaacctctgaatctcattcgagcaaaaacagtttgatcgatggg
tccagctgtgaccattgtgcggcttgaattttctgatgctttaaagtgtg
ggcttgtgcagctgtcatctggaacttttatatggcgccagcattaaatg
ccaaggctattttacagatcctgttcaggcatcatgaga
gaattcaccagagtaaatgtcagaatccggtttttagaaagctttgggaa
acagactgtaaagtcatggggcataggcaatttactcaactaaaatatag
cttgcttgatttttgctataagtttagagaaatgcatttaatttgggttg
tggtatattatctctttccaatcattctgtgagcagcatcttctttaaag
gcaggatccctaggggaaacattctcattgattcagtgttactgctcttg
tgtagcttgtagaataacactgtaatcctctgagaaagtcccctcattaa
acagatgactgagttttctgcttgcttacttacttctgcagcttcctgaa
gtttctgattattgatgtcactactaagataaaggttttagtttgtcata
ttcattttgctgttggctcattataatttcaaattataagtcaaaacctc
cacaccacactttgtgataaggcaaaggatgtctgctacatttatatttt
tcatttatattttaactagttctcttaacttatagaaaaatgaaaattcc
tttaaacataatgcataacttgattgtcctgatttcatcttgtataatgc
attaaaaacagccaaaatgattgctatgctagctaccagtgtcgttttgt
acctgcatttgtgtttgtattctaataattctgtgtgaacagtgtgacaa
gccttgtcatacattgggaagtgtcagtctttcttacatcattagtccat
agcactttggatgcatgctaatgcaccctgttagcacaaaacattgaaag
acaaaacagtatgctgctctcccccatctccatggtaaagacacaacatt
tcatgaggaaaatgtcaccagcatttcttacccggcagctattctcagca
agctcaaaaaagaagtggataaactgcttctttaaggaaaaaggatgtgt
ccgaagtatatggctcacactcagattcgggagccatccacttccccata
ttacaaaaaatattagctctatacatttttaaaaggctgtgtctatctat
tctgccctggtggcttccaatatgcatggagaaagactaggccacaatgg
tcatgcctgtggatagaacttgacaatgaattatgatcaaataattgaag
ggcttctccttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81714585_81715722
seq2: B6Ng01-235C05.b_49_1187 (reverse)

seq1  TCTCATGGATG-CTG-ACAGGA-CTGTAAAATAGCTTTGGCATTTTAATG  47
      |||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TCTCAT-GATGCCTGAACAGGATCTGTAAAATAGCCTTGGCA-TTTAATG  48

seq1  CTAGCGCATTAT-AAAGTTCCAGATGACAGCTGCAC-AGCCAACACTTTA  95
      || ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  CTGGCGCCATATAAAAGTTCCAGATGACAGCTGCACAAGCCCACACTTTA  98

seq1  AAGCCATCAGAAAATTCAAGCCGCACAATGGTCACAGCTGGACCCATCGA  145
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAG-CATCAGAAAATTCAAGCCGCACAATGGTCACAGCTGGACCCATCGA  147

seq1  TCAAACTGTTTTTGCTCGAATGAGATTCAGAGGTTGTTGGGTAATTAAGC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCAAACTGTTTTTGCTCGAATGAGATTCAGAGGTTGTGGGGTAATTAAGC  197

seq1  ACTGCATGTTCTGGACTGTCGAATTTTAATCATGGGAGCTAGATCTGGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCATGTTCTGGACTGTCGAATTTTAATCATGGGAGCTAGATCTGGAA  247

seq1  GAAAATGAAACACATGCTCTTACCTTGCCTGAGATGATGGTATTTTGAGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGAAACACATGCTCTTACCTTG-CTGAGATGATGGTATTTTGAGT  296

seq1  CATACAAGAATCTAGGGTATTGAGGCATGCCCAGGGCAGAGTCAGATCCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAGAATCTAGGGTATTGAGGCATGCCCAGGGCAGAGTCAGATCCA  346

seq1  ATATTTGTCATTAACTCTCCTGGCCATGATATTTGAGAACATGTAAATGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTCATTAACTCTCCTGGCCATGATATTTGAGAACATGTAAATGT  396

seq1  CAAGGATTAAAGCCAAATAGTCATACTCATGCTGGGGACAGCAGAGTGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATTAAAGCCAAATAGTCATACTCATGCTGGGGACAGCAGAGTGCT  446

seq1  CAATGCTTCTCCCTTCTTGCTAGAATTTATTACAAAAGAAACTCAAAGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTTCTCCCTTCTTGCTAGAATTTATTACAAAAGAAACTCAAAGCT  496

seq1  CCAGGGTCTCTGATACAGTAGATGTTAATTACATTATTTCCATGTGTCGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTCTCTGATACAGTAGATGTTAATTACATTATTTCCATGTGTCGC  546

seq1  AAAGTAATCTAGGAATGTTTTTTCCAGAGGACACAAGAAATTGTGAATCT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATCTAGGAATGTTTTTTCCAGAGGACACAAGAAATTGTGAATCT  596

seq1  AGTGGCATTTTTGAGGCCAGCATTACAAAAACACTTTCAAAATCAACATG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCATTTTTGAGGCCAGCATTACAAAAACACTTTCAAAATCAACATG  646

seq1  GTTCCACATTCAGACAAATTCTGATGCCTCCATTCTATCTTGGAACTGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACATTCAGACAAATTCTGATGCCTCCATTCTATCTTGGAACTGCT  696

seq1  TTCATGATACAGTATTTGATTAATGGCTAACACTTACTAGAATGGAGCCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATACAGTATTTGATTAATGGCTAACACTTACTAGAATGGAGCCA  746

seq1  GTCTCAGCAAGTGCTTCAAATGTGCTTTTAGGATATGTATACTTCAAAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCAAGTGCTTCAAATGTGCTTTTAGGATATGTATACTTCAAAAA  796

seq1  AATTAAAAAAAGTAAGAATGTGACTTACTATTTCATTCTCACCAATGAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAAAAGTAAGAATGTGACTTACTATTTCATTCTCACCAATGAGG  846

seq1  GACCTTGAGGTAAATATTAATGCATCTTATTTATAATATTTTGCCAATAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGAGGTAAATATTAATGCATCTTATTTATAATATTTTGCCAATAT  896

seq1  ACATTATTATTGCTCCATTGAAAAGTAATGGAAACAAAGAAGAGATTTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTATTGCTCCATTGAAAAGTAATGGAAACAAAGAAGAGATTTGA  946

seq1  GAATAGTCACAGGTTCACAGCTCTGGCAAGTGATGAATGCAGACTTGAAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTCACAGGTTCACAGCTCTGGCAAGTGATGAATGCAGACTTGAAA  996

seq1  ACCATCACCAGCCTATTGACTATGAAACCCATATTTTTATCCCTTAAGCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCACCAGCCTATTGACTATGAAACCCATATTTTTATCCCTTAAGCC  1046

seq1  ATTCAAGATTCTTGTCTCAAGATAGAACAACATCGATGAAAATTCCCTAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGATTCTTGTCTCAAGATAGAACAACATCGATGAAAATTCCCTAA  1096

seq1  GGACACAATGTGTCTTCTGTGTGTCTTAAGGGCAGAGGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAATGTGTCTTCTGTGTGTCTTAAGGGCAGAGGAATTC  1139

seq1: chr3_81568305_81569471
seq2: B6Ng01-235C05.g_66_1230

seq1  GAATTCACCAGAGTAAATGTCAGAATCCGGTTTTTAGAAAGCTTTGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAGAGTAAATGTCAGAATCCGGTTTTTAGAAAGCTTTGGGAA  50

seq1  ACAGACTGTAAAGTCATGGGGCATAGGCAATTTACTCAACTAAAATATAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGTAAAGTCATGGGGCATAGGCAATTTACTCAACTAAAATATAG  100

seq1  CTTGCTTGATTTTTGCTATAAGTTTAGAGAAATGCATTTAATTTGGGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGATTTTTGCTATAAGTTTAGAGAAATGCATTTAATTTGGGTTG  150

seq1  TGGTATATTATCTCTTTCCAATCATTCTGTGAGCAGCATCTTCTTTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATATTATCTCTTTCCAATCATTCTGTGAGCAGCATCTTCTTTAAAG  200

seq1  GCAGGATCCCTAGGGGAAACATTCTCATTGATTCAGTGTTACTGCTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATCCCTAGGGGAAACATTCTCATTGATTCAGTGTTACTGCTCTTG  250

seq1  TGTAGCTTGTAGAATAACACTGTAATCCTCTGAGAAAGTCCCCTCATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTTGTAGAATAACACTGTAATCCTCTGAGAAAGTCCCCTCATTAA  300

seq1  ACAGATGACTGAGTTTTCTGCTTGCTTACTTACTTCTGCAGCTTCCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGACTGAGTTTTCTGCTTGCTTACTTACTTCTGCAGCTTCCTGAA  350

seq1  GTTTCTGATTATTGATGTCACTACTAAGATAAAGGTTTTAGTTTGTCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGATTATTGATGTCACTACTAAGATAAAGGTTTTAGTTTGTCATA  400

seq1  TTCATTTTGCTGTTGGCTCATTATAATTTCAAATTATAAGTCAAAACCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTGCTGTTGGCTCATTATAATTTCAAATTATAAGTCAAAACCTC  450

seq1  CACACCACACTTTGTGATAAGGCAAAGGATGTCTGCTACATTTATATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCACACTTTGTGATAAGGCAAAGGATGTCTGCTACATTTATATTTT  500

seq1  TCATTTATATTTTAACTAGTTCTCTTAACTTATAGAAAAATGAAAATTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATATTTTAACTAGTTCTCTTAACTTATAGAAAAATGAAAATTCC  550

seq1  TTTAAACATAATGCATAACTTGATTGTCCTGATTTCATCTTGTATAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATAATGCATAACTTGATTGTCCTGATTTCATCTTGTATAATGC  600

seq1  ATTAAAAACAGCCAAAATGATTGCTATGCTAGCTACCAGTGTCGTTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAACAGCCAAAATGATTGCTATGCTAGCTACCAGTGTCGTTTTGT  650

seq1  ACCTGCATTTGTGTTTGTATTCTAATAATTCTGTGTGAACAGTGTGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATTTGTGTTTGTATTCTAATAATTCTGTGTGAACAGTGTGACAA  700

seq1  GCCTTGTCATACATTGGGAAGTGTCAGTCTTTCTTACATCATTAGTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTCATACATTGGGAAGTGTCAGTCTTTCTTACATCATTAGTCCAT  750

seq1  AGCACTTTGGATGCATGCTAATGCACCCTGTTAGCACAAAACATTGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTTGGATGCATGCTAATGCACCCTGTTAGCACAAAACATTGAAAG  800

seq1  ACAAAACAGTATGCTGCTCTCCCCCATCTCCATGGTAAAGACACAACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGTATGCTGCTCTCCCCCATCTCCATGGTAAAGACACAACATT  850

seq1  TCATGAGGAAAATGTCACCAGCATTTCTTACCCGGCAGCTATTCTCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAGGAAAATGTCACCAGCATTTCTTACCCGGCAGCTATTCTCAGCA  900

seq1  AGCTCAAAAAAGAAGTGGATAAACTGCTTCTTTAAGGAAAAAGGATGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAAAAGAAGTGGATAAACTGCTTCTTTAAGGAAAAAGGATGTGT  950

seq1  CCGAAGTATATGGCTCAACACTCAGATTCGGGAGCCATCCAC-TCCCCAT  999
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCGAAGTATATGGCTC-ACACTCAGATTCGGGAGCCATCCACTTCCCCAT  999

seq1  ATTTACAAAAAAATTATTAGCTCTAATACATTTT--AAAGGCTGTGTTCT  1047
      | ||||||||||  |||||||||| |||||||||  |||||||||| |||
seq2  A-TTACAAAAAA--TATTAGCTCT-ATACATTTTTAAAAGGCTGTG-TCT  1044

seq1  ATCTATTCTGCCTTG--TGCTTCC-ATATGCATGAGAAAAGACTAAGCCA  1094
      |||||||||||| ||   |||||| |||||||||   |||||||| ||||
seq2  ATCTATTCTGCCCTGGTGGCTTCCAATATGCATGGAGAAAGACTAGGCCA  1094

seq1  CAAATGTCATG-CTGT-GATATGACTTGACAAATGAATTAATGATCTAGA  1142
      |||  |||||| |||| ||||  ||||||| |||||||| ||||||   |
seq2  CAATGGTCATGCCTGTGGATAGAACTTGAC-AATGAATT-ATGATC--AA  1140

seq1  ATAATTAAAGGCTTCCTCCTTGAAA  1167
      |||||| ||||  | ||||||||||
seq2  ATAATTGAAGGGCTTCTCCTTGAAA  1165