BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236P03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,036,761 - 118,155,370
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236P03.bB6Ng01-236P03.g
ACCGA048038GA048039
length1,1691,090
definitionB6Ng01-236P03.b B6Ng01-236P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,154,196 - 118,155,370)(118,036,761 - 118,037,856)
sequence
gaattcaggttaaaaagtaagagttcaggttaaactacaattaaagatat
aagtcaaaacacaattaccaatgtgatttaaagtttctcttaaaaaatca
gagcataacccataaaaggttatagatgatagctctatgttttaatatta
tttctacatcaagctaagatattgagtcacattagagatcagatatattc
taagtggccatttttctctgagataaaagatttttatatggtgatgattt
gatatagtccagctttagtttgcaaatttaattctcattcctttgtttat
gaagataatttggagtaggggagtgcagctccatgatctcagttaagagt
gcttgcttagcatttaagaatcctggggccaatgtccaggacacaatcat
ggcacaatgaggcacacttgtaattccaacactcaggaagtggagatgaa
agggtcagaaacgtaaagccatccttggctacataatgagttcccaagga
tagagtagaatatataagacccttcctcaaaaaagaaataaatggggttt
tatttattggtctttaaattttacaaacaccacgaataatagaagagggt
tggaattaatttgaatattgtttaaattagcaactagaaatgctgtttaa
tgatgtttcctgttttgtcagatttttgtggaattaggtacactggtatg
tcagcctcatagcttcattaatcactgagcttgcatcagaaattatcact
tataatgtacacaactcatttggatcccaaaaagcagatgtcatagctgt
atgccatttcagtattctatttccaggtaatttgaggtcagggctaaaag
tatgattttgccttaaattcaccagtgacccagttgtgacattacagttg
agatggatcaaaagaaagaactgcagtcgcagaaatagaagcatttcggt
caatacaagggctataacaaaaccatcctgaaggtagtcgcaatcttaac
aggcatgcattaggagtggggagtggcctctgtgttgctttcacatttac
tcagatctacctcatggatcatcattattttcgctgcacaacgaacctcc
tccaatatgctcttttccttggaaaaaatgcatataggactactgaaggt
gacttccatggtcacagcc

gaattcatagcttcttatagttgcttggaccaccctagggaagtcagaag
tataggaagactcttgttttatagtataaaaacccctatatcttttttct
tcaattcctgttgcttcctattaatgaggaaacatatttgatatgacaag
aaaaatagctcctctaaggagctgccaagaaggcacagtggataaagata
cttgtcaccaagcctggcaatctgaattcaattcctagggtatacatgat
ggaaagagggagtctaattctacaacttgtcttctgacttcagcacactc
atacaggcacagggtagcttttcatgtgtatgcatacacacacacacacg
cacacaggcacaaacactgaataaataagcaaataaatattatacattat
tcttgaaccctcaactaagtatttttctcaatttcatgatgtgaaaaaca
caagaaaatgtaatttttacaacttggtgtaatttaaatcctggatatat
gttttcagatgtgcttgtcatcacacttttcatatctatggttatttaga
aatctgctttcctcggtatgttatataattattttttatttcctgcacca
tgataacttctcattatgttctctacactgatgttctacattgagtgtcc
ttgcctccagctgctgttcattaggtttagccacacatattttctgattt
tctcacttggtgaatctcttatcaggggtttcagcaaaacatagactgtg
cttatcaagataaaaattagaaactctaacgtactttgactagcactgtg
gaagatcaaactggtaccaaatacataaagatattatttttatctatttt
tgtggatggatggacagatggatggacatatggttataagatagatgatg
catagataaatagatagatgacaaagatagacgacgacgacgacagacag
acagatagatagacgataggtgttatattttgggctaatcacaataaaca
catgctctaataatatactacaaagtgaaatatccctttttattcagtag
tatgtccatataaccatttcagtttccaaagcgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118154196_118155370
seq2: B6Ng01-236P03.b_45_1213 (reverse)

seq1  GGCTGTGACCCACGAAGCCACC-TCAGTAGTCCTATATTGCATTTTTTTC  49
      ||||||||||   |||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GGCTGTGACCATGGAAGTCACCTTCAGTAGTCCTATA-TGCA-TTTTTTC  48

seq1  AAAAGAAAAGAGCATATGGGAGAGGTTTCGTTGTGCAGCGAAAATAATTG  99
       || ||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||  
seq2  CAAGGAAAAGAGCATATTGGAGGAGGTTCGTTGTGCAGCGAAAATAAT--  96

seq1  AATGGAATCCAAGGAAGTAGATCTGAGTAAATGTGAAAGC-ACACAGAGG  148
       |||  |||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATG--ATCC-ATGAGGTAGATCTGAGTAAATGTGAAAGCAACACAGAGG  143

seq1  CCACT-CCCACTCCTAATGCATGCCTGTTAAGATTTGCGACTACCTTCAG  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCCACTCCTAATGCATGCCTGTTAAGA-TTGCGACTACCTTCAG  192

seq1  GATGGTTTTGTTATAGCCCTTGTATTGACCGAAATGCTTCTATTTCTGCG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTTGTTATAGCCCTTGTATTGACCGAAATGCTTCTATTTCTGCG  242

seq1  ACTGCAGTTCTTTCTTTTTGATCCATCTCAACTGTAATGTCACAACTGGG  297
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGTTCTTTC-TTTTGATCCATCTCAACTGTAATGTCACAACTGGG  291

seq1  TCACTGGTGAATTTAAGGCAAAATCATACTTTTAGCCCTGACCTCAAATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGTGAATTTAAGGCAAAATCATACTTTTAGCCCTGACCTCAAATT  341

seq1  ACCTGGAAATAGAATACTGAAATGGCATACAGCTATGACATCTGCTTTTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAAATAGAATACTGAAATGGCATACAGCTATGACATCTGCTTTTT  391

seq1  GGGATCCAAATGAGTTGTGTACATTATAAGTGATAATTTCTGATGCAAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCCAAATGAGTTGTGTACATTATAAGTGATAATTTCTGATGCAAGC  441

seq1  TCAGTGATTAATGAAGCTATGAGGCTGACATACCAGTGTACCTAATTCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGATTAATGAAGCTATGAGGCTGACATACCAGTGTACCTAATTCCA  491

seq1  CAAAAATCTGACAAAACAGGAAACATCATTAAACAGCATTTCTAGTTGCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCTGACAAAACAGGAAACATCATTAAACAGCATTTCTAGTTGCT  541

seq1  AATTTAAACAATATTCAAATTAATTCCAACCCTCTTCTATTATTCGTGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAACAATATTCAAATTAATTCCAACCCTCTTCTATTATTCGTGGT  591

seq1  GTTTGTAAAATTTAAAGACCAATAAATAAAACCCCATTTATTTCTTTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAAAATTTAAAGACCAATAAATAAAACCCCATTTATTTCTTTTTT  641

seq1  GAGGAAGGGTCTTATATATTCTACTCTATCCTTGGGAACTCATTATGTAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGTCTTATATATTCTACTCTATCCTTGGGAACTCATTATGTAG  691

seq1  CCAAGGATGGCTTTACGTTTCTGACCCTTTCATCTCCACTTCCTGAGTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGATGGCTTTACGTTTCTGACCCTTTCATCTCCACTTCCTGAGTGT  741

seq1  TGGAATTACAAGTGTGCCTCATTGTGCCATGATTGTGTCCTGGACATTGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTACAAGTGTGCCTCATTGTGCCATGATTGTGTCCTGGACATTGG  791

seq1  CCCCAGGATTCTTAAATGCTAAGCAAGCACTCTTAACTGAGATCATGGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGATTCTTAAATGCTAAGCAAGCACTCTTAACTGAGATCATGGAG  841

seq1  CTGCACTCCCCTACTCCAAATTATCTTCATAAACAAAGGAATGAGAATTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTCCCCTACTCCAAATTATCTTCATAAACAAAGGAATGAGAATTA  891

seq1  AATTTGCAAACTAAAGCTGGACTATATCAAATCATCACCATATAAAAATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCAAACTAAAGCTGGACTATATCAAATCATCACCATATAAAAATC  941

seq1  TTTTATCTCAGAGAAAAATGGCCACTTAGAATATATCTGATCTCTAATGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTCAGAGAAAAATGGCCACTTAGAATATATCTGATCTCTAATGT  991

seq1  GACTCAATATCTTAGCTTGATGTAGAAATAATATTAAAACATAGAGCTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATATCTTAGCTTGATGTAGAAATAATATTAAAACATAGAGCTAT  1041

seq1  CATCTATAACCTTTTATGGGTTATGCTCTGATTTTTTAAGAGAAACTTTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATAACCTTTTATGGGTTATGCTCTGATTTTTTAAGAGAAACTTTA  1091

seq1  AATCACATTGGTAATTGTGTTTTGACTTATATCTTTAATTGTAGTTTAAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATTGGTAATTGTGTTTTGACTTATATCTTTAATTGTAGTTTAAC  1141

seq1  CTGAACTCTTACTTTTTAACCTGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTCTTACTTTTTAACCTGAATTC  1169


seq1: chr3_118036761_118037856
seq2: B6Ng01-236P03.g_64_1153

seq1  GAATTCATAGCTTCTTATAGTTGCTTGGACCACCCTAGGGAAGTCAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCTTCTTATAGTTGCTTGGACCACCCTAGGGAAGTCAGAAG  50

seq1  TATAGGAAGACTCTTGTTTTATAGTATAAAAACCCCTATATCTTTTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAAGACTCTTGTTTTATAGTATAAAAACCCCTATATCTTTTTTCT  100

seq1  TCAATTCCTGTTGCTTCCTATTAATGAGGAAACATATTTGATATGACAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCCTGTTGCTTCCTATTAATGAGGAAACATATTTGATATGACAAG  150

seq1  AAAAATAGCTCCTCTAAGGAGCTGCCAAGAAGGCACAGTGGATAAAGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGCTCCTCTAAGGAGCTGCCAAGAAGGCACAGTGGATAAAGATA  200

seq1  CTTGTCACCAAGCCTGGCAATCTGAATTCAATTCCTAGGGTATACATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACCAAGCCTGGCAATCTGAATTCAATTCCTAGGGTATACATGAT  250

seq1  GGAAAGAGGGAGTCTAATTCTACAACTTGTCTTCTGACTTCAGCACACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAGGGAGTCTAATTCTACAACTTGTCTTCTGACTTCAGCACACTC  300

seq1  ATACAGGCACAGGGTAGCTTTTCATGTGTATGCATACACACACACACACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGCACAGGGTAGCTTTTCATGTGTATGCATACACACACACACACG  350

seq1  CACACAGGCACAAACACTGAATAAATAAGCAAATAAATATTATACATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGGCACAAACACTGAATAAATAAGCAAATAAATATTATACATTAT  400

seq1  TCTTGAACCCTCAACTAAGTATTTTTCTCAATTTCATGATGTGAAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAACCCTCAACTAAGTATTTTTCTCAATTTCATGATGTGAAAAACA  450

seq1  CAAGAAAATGTAATTTTTACAACTTGGTGTAATTTAAATCCTGGATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAATGTAATTTTTACAACTTGGTGTAATTTAAATCCTGGATATAT  500

seq1  GTTTTCAGATGTGCTTGTCATCACACTTTTCATATCTATGGTTATTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAGATGTGCTTGTCATCACACTTTTCATATCTATGGTTATTTAGA  550

seq1  AATCTGCTTTCCTCGGTATGTTATATAATTATTTTTTATTTCCTGCACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCTTTCCTCGGTATGTTATATAATTATTTTTTATTTCCTGCACCA  600

seq1  TGATAACTTCTCATTATGTTCTCTACACTGATGTTCTACATTGAGTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACTTCTCATTATGTTCTCTACACTGATGTTCTACATTGAGTGTCC  650

seq1  TTGCCTCCAGCTGCTGTTCATTAGGTTTAGCCACACATATTTTCTGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCCAGCTGCTGTTCATTAGGTTTAGCCACACATATTTTCTGATTT  700

seq1  TCTCACTTGGTGAATCTCTTATCAGGGGTTTCAGCAAAACATAGACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTGGTGAATCTCTTATCAGGGGTTTCAGCAAAACATAGACTGTG  750

seq1  CTTATCAAGATAAAAATTAGAAACTCTAACGTACTTTGACTAGCACTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAAGATAAAAATTAGAAACTCTAACGTACTTTGACTAGCACTGTG  800

seq1  GAAGATCAAACTGGTACCAAATACATAAAGATATTATTTTTATCTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCAAACTGGTACCAAATACATAAAGATATTATTTTTATCTATTTT  850

seq1  TGTGGATGGATGGACAGATGGATGGACATATGGTTATAAGATAGATGATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGGATGGACAGATGGATGGACATATGGTTATAAGATAGATGATG  900

seq1  CATAGATAAATAGATAGATGACAAAGATAGACAGACAGACAGACAGACAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||
seq2  CATAGATAAATAGATAGATGACAAAGATAGAC-GAC-GAC-GAC-GACAG  946

seq1  ACAGACAGATAGATAGACAGATAGGTGTTATATTTTGGGCTAATCAC-AT  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGACAGATAGATAGAC-GATAGGTGTTATATTTTGGGCTAATCACAAT  995

seq1  AAACACATGCTCTAAATATATACTTACAAAGTGGAAAATTATCCTTTTTA  1049
      |||||||||||||||  |||||| |||||||||  ||||   ||||||||
seq2  AAACACATGCTCTAATAATATAC-TACAAAGTG--AAATATCCCTTTTTA  1042

seq1  TTCAGTAGTATGTTCATATAAACATTTCAGTTTTCAGAG-GTGTGTGT  1096
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||
seq2  TTCAGTAGTATGTCCATATAACCATTTCAGTTTCCAAAGCGTGTGTGT  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |