BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237A07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 138,220,106 - 138,387,489
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEif4e, EG545570, LOC668881, LOC668882, Ppia-ps3_1437.1
Upstream geneDdit4l, LOC668874, H2afz, Dnajb14, Map2k1ip1, Dapp1, EG329763, LOC100039528, Mttp, Rg9mtd2, 4930579F01Rik, Adh7, Adh1, Adh6a, LOC639769, Adh4, Adh5, Metap1, EG383925, EG668879
Downstream geneTspan5, LOC620771, Rap1gds1, EG229879, B930007M17Rik, LOC100039840
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237A07.bB6Ng01-237A07.g
ACCGA048089GA048090
length1,1381,092
definitionB6Ng01-237A07.b B6Ng01-237A07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(138,220,106 - 138,221,255)(138,386,384 - 138,387,489)
sequence
gaattcacactgataacttgataaagatccttataaaatacatacggaat
taatagcattgctcttattatgtacgtcaagaatgtataaccgcctgctc
ttgttgtcacagataactccctgttcagtgctttggaaatagcgatgctc
acgatctcagcattctgtaccctacatctactgtgtggatcattgagaga
tcttttgacattgcaacatgatatggtctatgttgggctgcattcctggc
tgtcttgtatgagaccccggttggctccctgaagctgattgatacagtgt
acaggcatgaaggtggctgatgaggctttcttaccaacatgtgggattct
agtagttgtatctattagagattaattctcatattccttttcattcattt
gtaagaagtatcaactttagaagtgaaaaaagaatcataaaatacagttt
ttaaagttaaaaactttgagtaggatgtatctttgttatagaaagttgaa
ataatttgtaatggatgaataattataatggaaaaatgaaaaaactggac
agaaagatttagcatatactatataggaattaataactacagcacttaca
taataagttaggcagtgttttattcttgtcacgtgttcataatatatgta
ggtatttctcccttttataaatgaatgagaattgggatttggtgtatcac
catttgatacattaagatttaaataatttcatagcttctgtcagatacag
agtatgaacttgtgaataattcttaatcacataaatcacacactccctga
agatgtaataaataggttgtagtacattagattctaaattccagttagac
tcagctacaagctaggcatataaacagccagcaaagctagtcacaaataa
ccatggagactaacgtacagggttaaagtatgaatgtttttattggtgct
ctaaatcaccatctaagatagatggtagtgttcaacttgacagaaataga
cgttcttgaatgctgctggagttgcattttaaagtaaatttagtaaatgc
tgtatggtgggtaacatattcttgtatcacagtgcttgaattgaatgaca
ataagcactggttacgttaaccttatccaagacaggac
gaattcctgtttcagacacaacaaaaccaaacaaaataaaagtcttactg
atgggccgcatatgaggattgaggaagacaaaggaatcaaatctgtcccc
taggtctctgctctgaagcacctgtttgctaaccccagtgaggaagactt
ggggaggaactaggacaagggtttgggccctgctgagtggaacatgcatg
acacttcacgtggagatggtgagcaggcagctgctctagtcttttgactc
tcagaggaagcatcttgggtcatcagcaaagagagaagagcagagctgga
gtctggacaaggtcatctgtagagagatgcacgtggaggctccagcacca
ccagcatccaatccaagataagagaaaagatccagcaaaggagacggaga
ggatgcctgatgaaacagaagacaacccatgagagtctgacatcccggaa
gacaaggaagtggtttaatataaatcccatttaaagtatccatggtttat
ctttattaactgacaaaatgattctaagccacgccagaaaagtgtaatgt
gtgcctgggataatggaccattccaccacatcctttccttcttagcaatt
gatatggttatggtgcttttatgatcttgaaaaaggaaaacaaaaacgtt
actttaaaaaagaaaagctccattcgttctgttttctacaacataatacc
tccattttatttatttatttttttacactagcacatttctctctgtcacc
ttgctggcgctcttgaataaaatcaataacatgcaacgtgttcttgaacg
aaatttgctctaataaatttggagtttcaaattcatggatcgaatccatc
tttgtttttgcttttgaaagagaatatgctgtgcaatctagaaaatgatc
tatgatagccatattttttggatttgatggataaattattaatgcacagc
aagccaaagtaaatataaatagcagccagtagacagacagctaaacatat
cagattgacactcagatatcagcagctcatagttcagagggagctatgca
gatgctagagaagaaaagaacgtaggttcttaccagctctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_138220106_138221255
seq2: B6Ng01-237A07.b_45_1182

seq1  GAATTCACACTGATAACTTGATAAAGATCCTTATAAAATACATACGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACTGATAACTTGATAAAGATCCTTATAAAATACATACGGAAT  50

seq1  TAATAGCATTGCTCTTATTATGTACGTCAAGAATGTATAACCGCCTGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCATTGCTCTTATTATGTACGTCAAGAATGTATAACCGCCTGCTC  100

seq1  TTGTTGTCACAGATAACTCCCTGTTCAGTGCTTTGGAAATAGCGATGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTCACAGATAACTCCCTGTTCAGTGCTTTGGAAATAGCGATGCTC  150

seq1  ACGATCTCAGCATTCTGTACCCTACATCTACTGTGTGGATCATTGAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATCTCAGCATTCTGTACCCTACATCTACTGTGTGGATCATTGAGAGA  200

seq1  TCTTTTGACATTGCAACATGATATGGTCTATGTTGGGCTGCATTCCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGACATTGCAACATGATATGGTCTATGTTGGGCTGCATTCCTGGC  250

seq1  TGTCTTGTATGAGACCCCGGTTGGCTCCCTGAAGCTGATTGATACAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTATGAGACCCCGGTTGGCTCCCTGAAGCTGATTGATACAGTGT  300

seq1  ACAGGCATGAAGGTGGCTGATGAGGCTTTCTTACCAACATGTGGGATTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATGAAGGTGGCTGATGAGGCTTTCTTACCAACATGTGGGATTCT  350

seq1  AGTAGTTGTATCTATTAGAGATTAATTCTCATATTCCTTTTCATTCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTGTATCTATTAGAGATTAATTCTCATATTCCTTTTCATTCATTT  400

seq1  GTAAGAAGTATCAACTTTAGAAGTGAAAAAAGAATCATAAAATACAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAGTATCAACTTTAGAAGTGAAAAAAGAATCATAAAATACAGTTT  450

seq1  TTAAAGTTAAAAACTTTGAGTAGGATGTATCTTTGTTATAGAAAGTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTAAAAACTTTGAGTAGGATGTATCTTTGTTATAGAAAGTTGAA  500

seq1  ATAATTTGTAATGGATGAATAATTATAATGGAAAAATGAAAAAACTGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGTAATGGATGAATAATTATAATGGAAAAATGAAAAAACTGGAC  550

seq1  AGAAAGATTTAGCATATACTATATAGGAATTAATAACTACAGCACTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATTTAGCATATACTATATAGGAATTAATAACTACAGCACTTACA  600

seq1  TAATAAGTTAGGCAGTGTTTTATTCTTGTCACGTGTTCATAATATATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGTTAGGCAGTGTTTTATTCTTGTCACGTGTTCATAATATATGTA  650

seq1  GGTATTTCTCCCTTTTATAAATGAATGAGAATTGGGATTTGGTGTATCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTCTCCCTTTTATAAATGAATGAGAATTGGGATTTGGTGTATCAC  700

seq1  CATTTGATACATTAAGATTTAAATAATTTCATAGCTTCTGTCAGATACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGATACATTAAGATTTAAATAATTTCATAGCTTCTGTCAGATACAG  750

seq1  AGTATGAACTTGTGAATAATTCTTAATCACATAAATCACACACTCCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAACTTGTGAATAATTCTTAATCACATAAATCACACACTCCCTGA  800

seq1  AGATGTAATAAATAGGTTGTAGTACATTAGATTCTAAATTCCAGTTAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAATAAATAGGTTGTAGTACATTAGATTCTAAATTCCAGTTAGAC  850

seq1  TCAGCTACAAGCTAGGCATATAAACAGCCAGCAAAGCTAGTCACAAATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTACAAGCTAGGCATATAAACAGCCAGCAAAGCTAGTCACAAATAA  900

seq1  CCATGGAGACTAAGGTACAGGGTTAAAGTATGAATGTTTTTATTGGTGCT  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAGACTAACGTACAGGGTTAAAGTATGAATGTTTTTATTGGTGCT  950

seq1  CTAAATCACCATCTAAGATAGATGGTAGTGTTCAACTTGACAGAAATAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCACCATCTAAGATAGATGGTAGTGTTCAACTTGACAGAAATAGA  1000

seq1  CGTTCTTGAATGCTGCTGGAGTTGCATTTAAAAGGTTAAATTTAGTAAAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||
seq2  CGTTCTTGAATGCTGCTGGAGTTGCATTTTAAAG--TAAATTTAGTAAAT  1048

seq1  GGCCTGTATGGTGGGT-ACATA-TCTGTAATCACAGTGCTGAGATGGAAT  1098
      |  ||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||   || ||||
seq2  G--CTGTATGGTGGGTAACATATTCTTGTATCACAGTGCTTGAATTGAAT  1096

seq1  GACCATAAGGCCAACCTGGGTTACGTAAACCCTTTATCAAAAAGACAAGG  1148
      ||| |||||  ||  || |||||||| ||||  |||||   ||||| |||
seq2  GACAATAAG--CA--CT-GGTTACGTTAACC--TTATC--CAAGAC-AGG  1136

seq1  AC  1150
      ||
seq2  AC  1138

seq1: chr3_138386384_138387489
seq2: B6Ng01-237A07.g_67_1158 (reverse)

seq1  CCAGAGCTGGGTAAGACCCTTACTGTCTTTTCTTCTCTAGCATTCTGCAT  50
      |||||||| ||||||| || |||  ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAGAGCT-GGTAAGAACC-TACGTTCTTTTCTTCTCTAGCA-TCTGCAT  47

seq1  AGCTCCTTCTGAAACTATGGAAGCTGCTGGATATTCTGAGTGTCCAATCT  100
      |||||| |||| |||||||  ||||||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  AGCTCCCTCTG-AACTATG--AGCTGCT-GATA-TCTGAGTGT-CAATCT  91

seq1  GATAATGTTTAGCTGTCTGTCTACTGGCTGCTATTTATTATTTTACTTTG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  GAT-ATGTTTAGCTGTCTGTCTACTGGCTGCTATTTAT--ATTTACTTTG  138

seq1  GCTTGCTGTGCATTTAATAATTTATCCATTCAAATCCAAAAAATATGGCT  200
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTGTGCA-TTAATAATTTATCCA-TCAAATCCAAAAAATATGGCT  186

seq1  ATCATAGATCATTTTCTAGATTGCACAGCATATTCTCTTTCAAAAGCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGATCATTTTCTAGATTGCACAGCATATTCTCTTTCAAAAGCAAA  236

seq1  AACAAAGATGGATTCGATCCATGAATTTGAAACTCCAAATTTATTAGAGC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||               
seq2  AACAAAGATGGATTCGATCCATGAATTTGAAACTCNNNNNNNNNNNNNNN  286

seq1  AAATTTCGTTCAAGAACACGTTGCATGTTATTGATTTTATTCAAGAGCGC  350
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  NNATTTCGTTCAAGAACACGTTGCATGTTATTGATTTTATTCAAGAGCGC  336

seq1  CAGCAAGGTGACAGAGAGAAATGTGCTAGTGTAAAAAAATAAATAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTGACAGAGAGAAATGTGCTAGTGTAAAAAAATAAATAAATAA  386

seq1  AATGGAGGTATTATGTTGTAGAAAACAGAACGAATGGAGCTTTTCTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGGTATTATGTTGTAGAAAACAGAACGAATGGAGCTTTTCTTTTT  436

seq1  TAAAGTAACGTTTTTGTTTTCCTTTTTCAAGATCATAAAAGCACCATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAACGTTTTTGTTTTCCTTTTTCAAGATCATAAAAGCACCATAAC  486

seq1  CATATCAATTGCTAAGAAGGAAAGGATGTGGTGGAATGGTCCATTATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCAATTGCTAAGAAGGAAAGGATGTGGTGGAATGGTCCATTATCCC  536

seq1  AGGCACACATTACACTTTTCTGGCGTGGCTTAGAATCATTTTGTCAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACACATTACACTTTTCTGGCGTGGCTTAGAATCATTTTGTCAGTTA  586

seq1  ATAAAGATAAACCATGGATACTTTAAATGGGATTTATATTAAACCACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGATAAACCATGGATACTTTAAATGGGATTTATATTAAACCACTTC  636

seq1  CTTGTCTTCCGGGATGTCAGACTCTCATGGGTTGTCTTCTGTTTCATCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTCCGGGATGTCAGACTCTCATGGGTTGTCTTCTGTTTCATCAG  686

seq1  GCATCCTCTCCGTCTCCTTTGCTGGATCTTTTCTCTTATCTTGGATTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTCTCCGTCTCCTTTGCTGGATCTTTTCTCTTATCTTGGATTGGA  736

seq1  TGCTGGTGGTGCTGGAGCCTCCACGTGCATCTCTCTACAGATGACCTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTGGTGCTGGAGCCTCCACGTGCATCTCTCTACAGATGACCTTGT  786

seq1  CCAGACTCCAGCTCTGCTCTTCTCTCTTTGCTGATGACCCAAGATGCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCCAGCTCTGCTCTTCTCTCTTTGCTGATGACCCAAGATGCTTC  836

seq1  CTCTGAGAGTCAAAAGACTAGAGCAGCTGCCTGCTCACCATCTCCACGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAGTCAAAAGACTAGAGCAGCTGCCTGCTCACCATCTCCACGTG  886

seq1  AAGTGTCATGCATGTTCCACTCAGCAGGGCCCAAACCCTTGTCCTAGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCATGCATGTTCCACTCAGCAGGGCCCAAACCCTTGTCCTAGTTC  936

seq1  CTCCCCAAGTCTTCCTCACTGGGGTTAGCAAACAGGTGCTTCAGAGCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAAGTCTTCCTCACTGGGGTTAGCAAACAGGTGCTTCAGAGCAGA  986

seq1  GACCTAGGGGACAGATTTGATTCCTTTGTCTTCCTCAATCCTCATATGCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTAGGGGACAGATTTGATTCCTTTGTCTTCCTCAATCCTCATATGCG  1036

seq1  GCCCATCAGTAAGACTTTTATTTTGTTTGGTTTTGTTGTGTCTGAAACAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCAGTAAGACTTTTATTTTGTTTGGTTTTGTTGTGTCTGAAACAG  1086

seq1  GAATTC  1106
      ||||||
seq2  GAATTC  1092