BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238I15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 110,344,833 - 110,521,838
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneVav3, Ntng1, LOC100043181, LOC100043183, Prmt6
Downstream geneLOC100043190, LOC668712
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238I15.bB6Ng01-238I15.g
ACCGA049207GA049208
length1,1691,109
definitionB6Ng01-238I15.b B6Ng01-238I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,520,690 - 110,521,838)(110,344,833 - 110,345,953)
sequence
gaattctcttcacttttcctgaatgtctgtgttatcaggttcaggagcaa
aatgttggttctccctttcattggctgattatctgaggtgactggtatct
ttctctgttctaccagcacctcagtgctacatctgcccctgggacactaa
tatatccaatttcccaggttcttcaatctgccttagccttgctgctggct
ggatcttgatttatatcaacatattttaggcctcgttaatatcactccag
gtagactgtcaactggaataagcactctactgagtttgttcccatctcct
ctcaaattcaagttcatcaaacaaggcatatgtttccattgttgcccaat
tactgacatactctactgaaaatatatttccattaattatactgctgtgt
cagaaattccctgacagtgaatctggtgaaggtagccattatgcatgcac
taatggtataccttgtgcttccccctaaagcccagctacaaaatgccaag
catttttcatcatgaagtgaaatcattagagagtatgggtgacttttggc
aagtgcctacacttgaaggacttttagtgaatagaaaattatagtagtat
atttttagaaagaaatgccctacagaaatgcatattttattatatattta
taaataaagtctctcactctatattaaacaccaatgctgaaaaataacaa
aattccatagtatattcagttaattactcctgatgattcatatctcatta
ctcataggcttatatatgaatatggaagagttcttcggtcgtagagctaa
caatatgtgtttcagaatactaatatttggcatgtgaagagcaaatacgg
gtaaagtggagcacaagtgatcagatgcttggtcataaaaaaaatgatga
gactttgatctagatttggggaaggtaagcagagtgggttacaagttgga
gatgagcacagagcttattgattttacagaatgccacagttgtcatttca
tagattcaatactgaatgttttccactattttaaagaataaacctaacca
tgctgacattcacagctagccttgtaataaatgtctctatctctcagaga
gtatccctcctggctccttctttgtttccatccttttctctcttgtgttg
ccacaggagtgaatggcat

gaattcaggaataagggcaaagacaaatggtcctaacaagattcacggaa
gaaggatccatattgctaagcactgataaaccgcatttagctgggtttta
ggaagccaactaaggacaggtgacagataaccagaaactatctgcagaag
agctatcctagcacacctgcctagagtgcttattaatccaaatgagtttt
aaaatttagtttgcagatttctttttgaatcatctgtccttttattacaa
cgttggatataaagtagtatgttgttgcatttttatgaccttggctgata
tcccatcccatcttcccttgaagatgatcttgtaagatccttaaatcccc
aaacaattgctaagagtgtaacagtaacacagtgttcctttttgagattt
tctaagcatgtaatacgttgcagctttagaaagcatcttgataacttaaa
acaataaacatggtgcatttattactcttttgatggatcaatatatgaag
aattatcacagattaaagggcaaacactgagagctggacagatgctgatt
attaaggtctctatgcatctacttcctaactctgtgaccttgagcatgtt
gcataacctctctaaatcttagttacatcatttgtaaactggggaataat
aaaactacctacttcataacaccgctgtgatagtttaatgaaataatgtt
tgtaaatcactcacgacggtggctggctcataattagtgctcaataaata
tagactcttattaaagtgatggtacactttgtgaagttgatttacttttc
tgaagtgaacaatgtcactctcttcttcctggcaaggataagctcaccaa
tatatccccacagtgtcaccgatatcctggcagaagtgcagggactggaa
aggaatatagagagaaatgactcatctacccagagcctagtgttagacat
ggggtggggtggtttctgacacatacctttctgctgatgtgaggggataa
tacactcaatgaatatacaccactgtacaaaatgacacacctatgacagc
atggtttgcagatcaatataaatcagtgcagatgttcaatttggatacaa
acattacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_110520690_110521838
seq2: B6Ng01-238I15.b_46_1214 (reverse)

seq1  ATGCCATTCA-TCCTGT-GCAACA----AGAGAAA--GATGG-AACAAAG  41
      |||||||||| |||||| ||||||    |||||||  ||||| |||||||
seq2  ATGCCATTCACTCCTGTGGCAACACAAGAGAGAAAAGGATGGAAACAAAG  50

seq1  A--GAG-CAG--AGGATACTCT---GGAGAT-GAGACATTTATTAC-AGC  81
      |  ||| |||   |||||||||    ||||| |||||||||||||| || 
seq2  AAGGAGCCAGGAGGGATACTCTCTGAGAGATAGAGACATTTATTACAAGG  100

seq1  CTAGCTGTG-ATGTCAGCATGGTTTAGGTTTATTCTTTAAAATAGTG--A  128
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |
seq2  CTAGCTGTGAATGTCAGCATGG-TTAGGTTTATTCTTTAAAATAGTGGAA  149

seq1  TACATTCAGTATTTGAATCTATGAAATGACAACTGT-GCATTCTGTAAAA  177
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AACATTCAGTA-TTGAATCTATGAAATGACAACTGTGGCATTCTGTAAAA  198

seq1  TCAATAAGCTCTGTGCTCATCTCCAACTTGTAACCCACTCTGCTTACCTT  227
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAGCTCTGTGCTCATCTCCAACTTGTAACCCACTCTGCTTACCTT  248

seq1  CCCCAAATCTAGATCAAAGTCTCATCATTTTTTTTATGACCAAGCATCTG  277
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAATCTAGATCAAAGTCTCATCATTTTTTTTATGACCAAGCATCTG  298

seq1  ATCACTTGTGCCTCCACTTTACCCGTATTTGCTCTTCACATGCCAAATAT  327
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTGTG-CTCCACTTTACCCGTATTTGCTCTTCACATGCCAAATAT  347

seq1  TAGTATTCTGAAACACATATTGTTAGCTCTACGACCGAAGAACTCTTCCA  377
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATTCTGAAACACATATTGTTAGCTCTACGACCGAAGAACTCTTCCA  397

seq1  TATTCATATATAAGCCTATGAGTAATGAGATATGAATCATCAGGAGTAAT  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATATATAAGCCTATGAGTAATGAGATATGAATCATCAGGAGTAAT  447

seq1  TAACTGAATATACTATGGAATTTTGTTATTTTTCAGCATTGGTGTTTAAT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAATATACTATGGAATTTTGTTATTTTTCAGCATTGGTGTTTAAT  497

seq1  ATAGAGTGAGAGACTTTATTTATAAATATATAATAAAATATGCATTTCTG  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTGAGAGACTTTATTTATAAATATATAATAAAATATGCATTTCTG  547

seq1  TAGGGCATTTCTTTCTAAAAATATACTACTATAATTTTCTATTCACTAAA  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCATTTCTTTCTAAAAATATACTACTATAATTTTCTATTCACTAAA  597

seq1  AGTCCTTCAAGTGTAGGCACTTGCCAAAAGTCACCCATACTCTCTAATGA  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCAAGTGTAGGCACTTGCCAAAAGTCACCCATACTCTCTAATGA  647

seq1  TTTCACTTCATGATGAAAAATGCTTGGCATTTTGTAGCTGGGCTTTAGGG  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTCATGATGAAAAATGCTTGGCATTTTGTAGCTGGGCTTTAGGG  697

seq1  GGAAGCACAAGGTATACCATTAGTGCATGCATAATGGCTACCTTCACCAG  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCACAAGGTATACCATTAGTGCATGCATAATGGCTACCTTCACCAG  747

seq1  ATTCACTGTCAGGGAATTTCTGACACAGCAGTATAATTAATGGAAATATA  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGTCAGGGAATTTCTGACACAGCAGTATAATTAATGGAAATATA  797

seq1  TTTTCAGTAGAGTATGTCAGTAATTGGGCAACAATGGAAACATATGCCTT  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTAGAGTATGTCAGTAATTGGGCAACAATGGAAACATATGCCTT  847

seq1  GTTTGATGAACTTGAATTTGAGAGGAGATGGGAACAAACTCAGTAGAGTG  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGAACTTGAATTTGAGAGGAGATGGGAACAAACTCAGTAGAGTG  897

seq1  CTTATTCCAGTTGACAGTCTACCTGGAGTGATATTAACGAGGCCTAAAAT  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCCAGTTGACAGTCTACCTGGAGTGATATTAACGAGGCCTAAAAT  947

seq1  ATGTTGATATAAATCAAGATCCAGCCAGCAGCAAGGCTAAGGCAGATTGA  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATATAAATCAAGATCCAGCCAGCAGCAAGGCTAAGGCAGATTGA  997

seq1  AGAACCTGGGAAATTGGATATATTAGTGTCCCAGGGGCAGATGTAGCACT  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGGGAAATTGGATATATTAGTGTCCCAGGGGCAGATGTAGCACT  1047

seq1  GAGGTGCTGGTAGAACAGAGAAAGATACCAGTCACCTCAGATAATCAGCC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGCTGGTAGAACAGAGAAAGATACCAGTCACCTCAGATAATCAGCC  1097

seq1  AATGAAAGGGAGAACCAACATTTTGCTCCTGAACCTGATAACACAGACAT  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGGGAGAACCAACATTTTGCTCCTGAACCTGATAACACAGACAT  1147

seq1  TCAGGAAAAGTGAAGAGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAAGTGAAGAGAATTC  1169


seq1: chr3_110344833_110345953
seq2: B6Ng01-238I15.g_68_1176

seq1  GAATTCAGGAATAAGGGCAAAGACAAATGGTCCTAACAAGATTCACGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAATAAGGGCAAAGACAAATGGTCCTAACAAGATTCACGGAA  50

seq1  GAAGGATCCATATTGCTAAGCACTGATAAACCGCATTTAGCTGGGTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATCCATATTGCTAAGCACTGATAAACCGCATTTAGCTGGGTTTTA  100

seq1  GGAAGCCAACTAAGGACAGGTGACAGATAACCAGAAACTATCTGCAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAACTAAGGACAGGTGACAGATAACCAGAAACTATCTGCAGAAG  150

seq1  AGCTATCCTAGCACACCTGCCTAGAGTGCTTATTAATCCAAATGAGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCCTAGCACACCTGCCTAGAGTGCTTATTAATCCAAATGAGTTTT  200

seq1  AAAATTTAGTTTGCAGATTTCTTTTTGAATCATCTGTCCTTTTATTACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAGTTTGCAGATTTCTTTTTGAATCATCTGTCCTTTTATTACAA  250

seq1  CGTTGGATATAAAGTAGTATGTTGTTGCATTTTTATGACCTTGGCTGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGATATAAAGTAGTATGTTGTTGCATTTTTATGACCTTGGCTGATA  300

seq1  TCCCATCCCATCTTCCCTTGAAGATGATCTTGTAAGATCCTTAAATCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCCATCTTCCCTTGAAGATGATCTTGTAAGATCCTTAAATCCCC  350

seq1  AAACAATTGCTAAGAGTGTAACAGTAACACAGTGTTCCTTTTTGAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATTGCTAAGAGTGTAACAGTAACACAGTGTTCCTTTTTGAGATTT  400

seq1  TCTAAGCATGTAATACGTTGCAGCTTTAGAAAGCATCTTGATAACTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCATGTAATACGTTGCAGCTTTAGAAAGCATCTTGATAACTTAAA  450

seq1  ACAATAAACATGGTGCATTTATTACTCTTTTGATGGATCAATATATGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAAACATGGTGCATTTATTACTCTTTTGATGGATCAATATATGAAG  500

seq1  AATTATCACAGATTAAAGGGCAAACACTGAGAGCTGGACAGATGCTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCACAGATTAAAGGGCAAACACTGAGAGCTGGACAGATGCTGATT  550

seq1  ATTAAGGTCTCTATGCATCTACTTCCTAACTCTGTGACCTTGAGCATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTCTCTATGCATCTACTTCCTAACTCTGTGACCTTGAGCATGTT  600

seq1  GCATAACCTCTCTAAATCTTAGTTACATCATTTGTAAACTGGGGAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAACCTCTCTAAATCTTAGTTACATCATTTGTAAACTGGGGAATAAT  650

seq1  AAAACTACCTACTTCATAACACCGCTGTGATAGTTTAATGAAATAATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTACCTACTTCATAACACCGCTGTGATAGTTTAATGAAATAATGTT  700

seq1  TGTAAATCACTCACGACGGTGGCTGGCTCATAATTAGTGCTCAATAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCACTCACGACGGTGGCTGGCTCATAATTAGTGCTCAATAAATA  750

seq1  TAGACTCTTATTAAAGTGATGGTACACTTTGTGAAGTTGATTTACTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCTTATTAAAGTGATGGTACACTTTGTGAAGTTGATTTACTTTTC  800

seq1  TGAAGTGAACAATGTCACTCTCTTCTTCCTGGCAAGGATAAGCTCACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGAACAATGTCACTCTCTTCTTCCTGGCAAGGATAAGCTCACCAA  850

seq1  TATATCCCCACAGTGTCACCGATATCCTGGCAGAAGTGCAGGGACTGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCCCACAGTGTCACCGATATCCTGGCAGAAGTGCAGGGACTGGAA  900

seq1  AGGAATATAGAGAGAAAATGACTCAATCTACCCAGAGCCTAGTGTTAGAC  950
      |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATATAGAGAG-AAATGACTC-ATCTACCCAGAGCCTAGTGTTAGAC  948

seq1  AATGGGT-GGGTGGTTTCTGACACATACCTTCCTGCTTGATGTTGAGGGG  999
      |  |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||
seq2  ATGGGGTGGGGTGGTTTCTGACACATACCTTTCTGC-TGATG-TGAGGGG  996

seq1  AT-ATACACCTCAATGAATATACA-CACTGTACAAAAATGACACA-CTAT  1046
      || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATAATACA-CTCAATGAATATACACCACTGTAC-AAAATGACACACCTAT  1044

seq1  GAACCAGCATGGGTTTGCCAAGATCAA-ATAAATACAGTGCCAGATG-TC  1094
      ||  |||||| |||||||  ||||||| |||||| ||||| |||||| ||
seq2  GA--CAGCAT-GGTTTGC--AGATCAATATAAAT-CAGTG-CAGATGTTC  1087

seq1  AATTTGGGATTACAAAACAATTTACAA  1121
      |||||||   ||| |||||  ||||||
seq2  AATTTGG--ATAC-AAACA--TTACAA  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |