BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239I11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 126,920,598 - 127,060,625
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneArsj, Camk2d, Ank2, LOC100043749
Downstream geneLOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp, BC002199, 5730508B09Rik, LOC100043382, EG668828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239I11.bB6Ng01-239I11.g
ACCGA049929GA049930
length1,0301,117
definitionB6Ng01-239I11.b B6Ng01-239I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,920,598 - 126,921,629)(127,059,509 - 127,060,625)
sequence
gaattctataggttgacaatgcactaccaaatgtgtatcctatcagccat
gctcttgtgatatgatgtggcactataagatttctctgggttgctcatga
ctttattcttggatagtaacatccatgtggattgtaaattccatggaggt
acctacctagacattgactttcagcccattggcccagctcacaatgagat
acacccagcaaatcaatatcaaattattacatcaaggcagctttctaact
caggaggaagaaacgcctgcagtacactgattacaacagactgattcttg
gaagctgaagctcattaagcaaaagctagaaatcacggtcttcatcttaa
tgactacaaacacaaattaatacgcagaagtcattaactgtgtgtgagtt
caaagaaaaacctgagtttgaaaaaacgggtctgagtcaggtgatggtgg
tgcacgcctttaatctcagtactaaagaggcagaggcaggcagatctctg
agttcaaggccagactgctttgtggtgcaagttccaagtctgccaggaag
acgtggaaaaaccctatcttgaaaaaccaaaataaacaaacaacaaaaca
aacgaagaaaaacaaagcaaaacgagaacaggtctggaaagctggacttg
atagcataggcctataattctgtcacttgtgaggcaaagaaaggcagttt
tctctgtgttcaaagccaggtttgtctacacagcaaattcaagccagtca
tagatatctagtgagacactatttaaaaataagataaaaacaacaacaac
aaacagcaaaaataaaaaaaaatttaaaaaataaaaaaataaaaaaataa
aaaataaaaaaaacacccagatctggtttgcagattactggtaaacaact
tgtctcatacacacaaaaccttgggtttgaatgctagaaccaaaacaaac
aaaaaatcttttctaatgactaatacttcacccctcagagtgtatgtgtg
tgtgtgtgtatgtgtgtgtggtgttgtgtg
gaattcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatctgtctgcc
tctgcttcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccactgcccggtt
atccttgtattttcaaagaattggctacttagaggaaactatatatttgg
caatatattaccttgaggaattgaacatttttagggtgtatactatagaa
tgctctataatttcctaatagagtgttgtggaaaacacagtaaaattcaa
ggattctcaaatgcatgatattcctttgaatgaagtcattcctcgaactc
agcatcctatattttctaccatcctcaattcttccagcttgattccacag
gactggagcaaagatggaagatttacgctcatgttttagctgttctttct
tttaacctttgaacatcaagggagtgtgccatgaaacagtagcactcaaa
gacacaatgaggctacaagatcagagaggcaagtctgtgtccagtgtccc
ttttatttcagtctttgaccaacaagaatttccattaattccctgagtgc
ccaggagggttaatgaacacagatcactggtgatatcaggaccctagtgc
atttgtgctggggctttgtgtgtcctgtcccaaaggaggccctttgacat
aacgtatgagcaggccggctaatgatctaagggtaactttgttatcctta
atgctcttaagcatattttcctagtggaaatttttatcaagataagcact
gaagcacttagcttcattgttcccatattccatttgtctgggtaaaaaca
cagatagcaccaaaaacaggcatcttgagctaataccacatggggtgaca
tcaatacagtacttagtgagaacttgatccacttccataaagcccttttc
gttgtctttcaccgactcttgagtaggcaagtctgttttcgaattagatg
gggaaaatcactcaagtgagatttccagaagaacttttcatttattaccg
acaatcgtgttacacgcctcacaagctttacagtctgtaggtgtcagtgc
tcctctcccctctctggagattgtagaagctgtggcttgtctactctctg
ggagataacagagctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_126920598_126921629
seq2: B6Ng01-239I11.b_46_1075

seq1  GAATTCTATAGGTTGACAATGCACTACCAAATGTGTATCCTATCAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAGGTTGACAATGCACTACCAAATGTGTATCCTATCAGCCAT  50

seq1  GCTCTTGTGATATGATGTGGCACTATAAGATTTCTCTGGGTTGCTCATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGTGATATGATGTGGCACTATAAGATTTCTCTGGGTTGCTCATGA  100

seq1  CTTTATTCTTGGATAGTAACATCCATGTGGATTGTAAATTCCATGGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCTTGGATAGTAACATCCATGTGGATTGTAAATTCCATGGAGGT  150

seq1  ACCTACCTAGACATTGACTTTCAGCCCATTGGCCCAGCTCACAATGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTAGACATTGACTTTCAGCCCATTGGCCCAGCTCACAATGAGAT  200

seq1  ACACCCAGCAAATCAATATCAAATTATTACATCAAGGCAGCTTTCTAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGCAAATCAATATCAAATTATTACATCAAGGCAGCTTTCTAACT  250

seq1  CAGGAGGAAGAAACGCCTGCAGTACACTGATTACAACAGACTGATTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAAGAAACGCCTGCAGTACACTGATTACAACAGACTGATTCTTG  300

seq1  GAAGCTGAAGCTCATTAAGCAAAAGCTAGAAATCACGGTCTTCATCTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAAGCTCATTAAGCAAAAGCTAGAAATCACGGTCTTCATCTTAA  350

seq1  TGACTACAAACACAAATTAATACGCAGAAGTCATTAACTGTGTGTGAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACAAACACAAATTAATACGCAGAAGTCATTAACTGTGTGTGAGTT  400

seq1  CAAAGAAAAACCTGAGTTTGAAAAAACGGGTCTGAGTCAGGTGATGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAAACCTGAGTTTGAAAAAACGGGTCTGAGTCAGGTGATGGTGG  450

seq1  TGCACGCCTTTAATCTCAGTACTAAAGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCCTTTAATCTCAGTACTAAAGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTG  500

seq1  AGTTCAAGGCCAGACTGCTTTGTGGTGCAAGTTCCAAGTCTGCCAGGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGGCCAGACTGCTTTGTGGTGCAAGTTCCAAGTCTGCCAGGAAG  550

seq1  ACGTGGAAAAACCCTATCTTGAAAAACCAAAATAAACAAACAACAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGAAAAACCCTATCTTGAAAAACCAAAATAAACAAACAACAAAACA  600

seq1  AACGAAGAAAAACAAAGCAAAACGAGAACAGGTCTGGAAAGCTGGACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAGAAAAACAAAGCAAAACGAGAACAGGTCTGGAAAGCTGGACTTG  650

seq1  ATAGCATAGGCCTATAATTCTGTCACTTGTGAGGCAAAGAAAGGCAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATAGGCCTATAATTCTGTCACTTGTGAGGCAAAGAAAGGCAGTTT  700

seq1  TCTCTGTGTTCAAAGCCAGGTTTGTCTACACAGCAAATTCAAGCCAGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTTCAAAGCCAGGTTTGTCTACACAGCAAATTCAAGCCAGTCA  750

seq1  TAGATATCTAGTGAGACACTATTTAAAAATAAGATAAAAACAACAACAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATCTAGTGAGACACTATTTAAAAATAAGATAAAAACAACAACAAC  800

seq1  AAACAGCAAAAATAAAAAAAAATTTAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAAAAATAAAAAAAAATTTAAAAAATAAAAAAATAAAAAAATAA  850

seq1  AAAATAAAAAAAACACCCAGATCTGGTTTGCAGATTACTGGTAAACAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAAAAACACCCAGATCTGGTTTGCAGATTACTGGTAAACAACT  900

seq1  TGTCTCATACACACAAAACCTTGGGTTTGAATGCTAGAACCAAAACAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCATACACACAAAACCTTGGGTTTGAATGCTAGAACCAAAACAAAC  950

seq1  AAAAAATCTTTTCTAATGACTAATACTTCACCCCTCAGAGTGTATGTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTTTTCTAATGACTAATACTTCACCCCTCAGAGTGTATGTGTG  1000

seq1  TGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  1032
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TGTGTGTGTATGTGTGTGTG-GTGT-TGTGTG  1030

seq1: chr3_127059509_127060625
seq2: B6Ng01-239I11.g_65_1181 (reverse)

seq1  CTAGCTCTGTAATTCTCCAGAGAGTAGAC-AGCCACAGCCTTCTACCATT  49
      |||||||||| ||   ||||||||||||| |||||||| |||||| || |
seq2  CTAGCTCTGTTATCTCCCAGAGAGTAGACAAGCCACAG-CTTCTA-CAAT  48

seq1  CTCCAGAGA-GGGAGA-GAGCACTGGACACCTAACAGACTGTAAAGCTTG  97
      ||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAGAGGGGAGAGGAGCACT-GACACCT-ACAGACTGTAAAGCTTG  96

seq1  TGAGGCGTGTAACACCGATTGTCGGTAATAAATG-AAAGTTCTTCTGGAA  146
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGAGGCGTGTAACA-CGATTGTCGGTAATAAATGAAAAGTTCTTCTGGAA  145

seq1  ATCTCACTTTGAGTGATTTTCCCCATCTAATTCGAAAACAGACTTGCCTA  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAC-TTGAGTGATTTTCCCCATCTAATTCGAAAACAGACTTGCCTA  194

seq1  CTCAAGAGTCGGTGAAAGACAACGAAAA-GGCTTTATGGAAGTGGATCAA  245
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGAGTCGGTGAAAGACAACGAAAAGGGCTTTATGGAAGTGGATCAA  244

seq1  GTTCTCACTAAGTACTGTATTGATGTCA-CCCATGTGGTATTAGCTCAAG  294
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCACTAAGTACTGTATTGATGTCACCCCATGTGGTATTAGCTCAAG  294

seq1  ATGCCTGTTTTTGGTGCTATCTGTGTTTTTACCCAGACAAATGGAATATG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTTTTTGGTGCTATCTGTGTTTTTACCCAGACAAATGGAATATG  344

seq1  GGAACAATGAAGCTAAGTGCTTCAGTGCTTATCTTGATAAAAATTTCCAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAATGAAGCTAAGTGCTTCAGTGCTTATCTTGATAAAAATTTCCAC  394

seq1  TAGGAAAATATGCTTAAGAGCATTAAGGATAACAAAGTTACCCTTAGATC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAATATGCTTAAGAGCATTAAGGATAACAAAGTTACCCTTAGATC  444

seq1  ATTAGCCGGCCTGCTCATACGTTATGTCAAAGGGCCTCCTTTGGGACAGG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCGGCCTGCTCATACGTTATGTCAAAGGGCCTCCTTTGGGACAGG  494

seq1  ACACACAAAGCCCCAGCACAAATGCACTAGGGTCCTGATATCACCAGTGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAAGCCCCAGCACAAATGCACTAGGGTCCTGATATCACCAGTGA  544

seq1  TCTGTGTTCATTAACCCTCCTGGGCACTCAGGGAATTAATGGAAATTCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTTCATTAACCCTCCTGGGCACTCAGGGAATTAATGGAAATTCTT  594

seq1  GTTGGTCAAAGACTGAAATAAAAGGGACACTGGACACAGACTTGCCTCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCAAAGACTGAAATAAAAGGGACACTGGACACAGACTTGCCTCTC  644

seq1  TGATCTTGTAGCCTCATTGTGTCTTTGAGTGCTACTGTTTCATGGCACAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTGTAGCCTCATTGTGTCTTTGAGTGCTACTGTTTCATGGCACAC  694

seq1  TCCCTTGATGTTCAAAGGTTAAAAGAAAGAACAGCTAAAACATGAGCGTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGATGTTCAAAGGTTAAAAGAAAGAACAGCTAAAACATGAGCGTA  744

seq1  AATCTTCCATCTTTGCTCCAGTCCTGTGGAATCAAGCTGGAAGAATTGAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTCCATCTTTGCTCCAGTCCTGTGGAATCAAGCTGGAAGAATTGAG  794

seq1  GATGGTAGAAAATATAGGATGCTGAGTTCGAGGAATGACTTCATTCAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAGAAAATATAGGATGCTGAGTTCGAGGAATGACTTCATTCAAAG  844

seq1  GAATATCATGCATTTGAGAATCCTTGAATTTTACTGTGTTTTCCACAACA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATCATGCATTTGAGAATCCTTGAATTTTACTGTGTTTTCCACAACA  894

seq1  CTCTATTAGGAAATTATAGAGCATTCTATAGTATACACCCTAAAAATGTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTAGGAAATTATAGAGCATTCTATAGTATACACCCTAAAAATGTT  944

seq1  CAATTCCTCAAGGTAATATATTGCCAAATATATAGTTTCCTCTAAGTAGC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTCAAGGTAATATATTGCCAAATATATAGTTTCCTCTAAGTAGC  994

seq1  CAATTCTTTGAAAATACAAGGATAACCGGGCAGTGGTGGCACACACCTTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTTGAAAATACAAGGATAACCGGGCAGTGGTGGCACACACCTTT  1044

seq1  AATCCCAGCACTTGGGAAGCAGAGGCAGACAGATTTCTGAGTTCGAGGCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTTGGGAAGCAGAGGCAGACAGATTTCTGAGTTCGAGGCC  1094

seq1  AGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1117