BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239O06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 75,992,637 - 76,156,478
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFstl5
Upstream geneSerpini2, Wdr49, Pdcd10, Serpini1, Golph4
Downstream geneLOC100041625, LOC100041635
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239O06.bB6Ng01-239O06.g
ACCGA050197GA050198
length1,1181,150
definitionB6Ng01-239O06.b B6Ng01-239O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,155,358 - 76,156,478)(75,992,637 - 75,993,797)
sequence
gaattctcctatggcatgcttgctactgctgtcacagattaactgcaatt
tgtaagaacaataaaacaatcctaggaaaacagatatgtcaaattaagat
gcaaaagagttgcatgggaaataactagcagaaaaggctatcagatcaac
ctgctgtgtgagtggaaattagaatcaatcgttatttgttctagtcacct
ttctagctatgtaacaacaacaacaacaaaacaacaacaatacattctga
agtactttacatataaaataaaactcactgtgagtgaagtttcttgggag
aacttgtgtctacaagtgtttgtgactgattagaacttcaatgatgttga
gaagttagaataatgtgagtccagattcacattatcttgaggcatcttca
gccccctattaatcatttattgttatcctttgtattttatttaagatctg
ttggaagcattacataaaattattgtactatataaagaaacacttagttc
tcaaatcagagatgaagcattctgtctgatagcaacacaggattgtaata
taatgatcactagtttgctttaatctgctaacctcctacacccaccaatg
cattggaaaagtgtgtttgatgtctatcttctattactataaatatttat
gaaactgttacctcattgcaacttgaatttgaggtgatgtaaatcaagta
ccacactacatcattggccactcatatttagcctcagaataaatgatgtt
tcctttaagataaagattgtaattttacattgacagatttatttggctca
tgatttaagaaatctatctctaattctatctctaattctagacatttctt
ttactccatgatctgtgacagtagtaaggaagatgtggtgcagcaaaaac
gccatcataagaaaatgaaagaaaaaagttaaaggcatcttcaaggtaat
aaagtgattgcctaaaaaaatcgaagcaaaaaatatcataaattctcaca
accttaatctcagaccacatcaaaaacatcattcacccacattcagtaag
cttcattccagggtgagggatagctcaataataagaaatgttgtcagtgt
atctgttcatataaacaa

gaattctagtgccttaatcagccctgcagagtacttatggaaaggtgcaa
ctttttggtaaatttgttcacagtacttagagtacaatcatgccttattt
ttgtctgctatgtgatatgtctccagttggatgtttacgctaagatagta
atttgaagttctctgttgtagaagtcctgagaaaaccatctttaagtaat
aatgctgagaggcctgggcagaaaaggagttaatttacagtgagcttata
atataggttctgattatccccaaagggagtactaggatagcctagttttg
cacaaggatgacagattttgtaacctgttattagccagttaccatggtgg
ctcacccttagaaataaataaagtagctctttggctatttcttcactgca
tggggtgagttgggatataaagacaaatagcaaaattcttgaatcttaaa
ctttctgttttgtcattaatagtttagtcattttcctataatatagtaga
ctggtattgccagccaccagcaaaattagaagactctcattattatgtaa
ggaaaatcattcctacagcttctccagttcttaatattgaaattgttaaa
actgatagacagcagactttcttgtccaaatgatgaatatccaggctctg
aagcctctaacatacatggtacttctcttctatggctcaattctgacact
gcaatatcaacaacatctccacgtctagccaatacccagctagttcttaa
gaacttatcctattttgtgactttccttaagattttatcacttttctgct
tttcagatctttgtaaccatttggactgttattggctccttaaccacata
tccaaattctataatatatacatgtgtatatagcaatttattgcataatg
tgtcatttgttagtttttaagacttgtataaagaatctgtgtgtaccttg
ccagggataccaagaagattgatattgtcagattgataaaaattaaatca
ccctaccttgtactatactgatatcaaatatttgatatctgagagttata
aatgtctttcttgcttctaacatacaacagtcatacctatagctcataag
gctttgttttatctctagttagcttctagggcaaaggtctagattctaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_76155358_76156478
seq2: B6Ng01-239O06.b_44_1161 (reverse)

seq1  TTGTTTATATG-ACAGATTACACTGACACATTTTCTTA-TATTGAGCTAT  48
      ||||||||||| ||||| ||||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  TTGTTTATATGAACAGA-TACACTGACAACATTTCTTATTATTGAGCTAT  49

seq1  CCCTCCACCCCTGGAATGAAGCTTACTTGATTGT-GGTGAATGATGTTTT  97
      |||||   |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
seq2  CCCTC--ACCCTGGAATGAAGCTTAC-TGAATGTGGGTGAATGATGTTTT  96

seq1  TGATGTGTTCTGAGATTAAGTTTGTGAGAATTTTATTGATTATTTTTGCT  147
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||  ||||||||
seq2  TGATGTGGTCTGAGATTAAGGTTGTGAGAATTT--ATGATATTTTTTGCT  144

seq1  TCGATTTTTTTAGGCAATCACTTTATTACCTTGAAGATGCCTTTAACTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATTTTTTTAGGCAATCACTTTATTACCTTGAAGATGCCTTTAACTTT  194

seq1  TTTCTTTCATTTTCTTATGATGGCGTTTTTGCTGCACCACATCTTCCTTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCATTTTCTTATGATGGCGTTTTTGCTGCACCACATCTTCCTTA  244

seq1  CTACTGTCACAGATCATGGAGTAAAAGAAATGTCTAGAATTAGAGATAGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTCACAGATCATGGAGTAAAAGAAATGTCTAGAATTAGAGATAGA  294

seq1  ATTAGAGATAGATTTCTTAAATCATGAGCCAAATAAATCTGTCAATGTAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGATAGATTTCTTAAATCATGAGCCAAATAAATCTGTCAATGTAA  344

seq1  AATTACAATCTTTATCTTAAAGGAAACATCATTTATTCTGAGGCTAAATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAATCTTTATCTTAAAGGAAACATCATTTATTCTGAGGCTAAATA  394

seq1  TGAGTGGCCAATGATGTAGTGTGGTACTTGATTTACATCACCTCAAATTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGCCAATGATGTAGTGTGGTACTTGATTTACATCACCTCAAATTC  444

seq1  AAGTTGCAATGAGGTAACAGTTTCATAAATATTTATAGTAATAGAAGATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCAATGAGGTAACAGTTTCATAAATATTTATAGTAATAGAAGATA  494

seq1  GACATCAAACACACTTTTCCAATGCATTGGTGGGTGTAGGAGGTTAGCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAAACACACTTTTCCAATGCATTGGTGGGTGTAGGAGGTTAGCAG  544

seq1  ATTAAAGCAAACTAGTGATCATTATATTACAATCCTGTGTTGCTATCAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGCAAACTAGTGATCATTATATTACAATCCTGTGTTGCTATCAGA  594

seq1  CAGAATGCTTCATCTCTGATTTGAGAACTAAGTGTTTCTTTATATAGTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCTTCATCTCTGATTTGAGAACTAAGTGTTTCTTTATATAGTAC  644

seq1  AATAATTTTATGTAATGCTTCCAACAGATCTTAAATAAAATACAAAGGAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTTATGTAATGCTTCCAACAGATCTTAAATAAAATACAAAGGAT  694

seq1  AACAATAAATGATTAATAGGGGGCTGAAGATGCCTCAAGATAATGTGAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAATGATTAATAGGGGGCTGAAGATGCCTCAAGATAATGTGAAT  744

seq1  CTGGACTCACATTATTCTAACTTCTCAACATCATTGAAGTTCTAATCAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTCACATTATTCTAACTTCTCAACATCATTGAAGTTCTAATCAGT  794

seq1  CACAAACACTTGTAGACACAAGTTCTCCCAAGAAACTTCACTCACAGTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACACTTGTAGACACAAGTTCTCCCAAGAAACTTCACTCACAGTGA  844

seq1  GTTTTATTTTATATGTAAAGTACTTCAGAATGTATTGTTGTTGTTTTGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTATTTTATATGTAAAGTACTTCAGAATGTATTGTTGTTGTTTTGTT  894

seq1  GTTGTTGTTGTTACATAGCTAGAAAGGTGACTAGAACAAATAACGATTGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTGTTACATAGCTAGAAAGGTGACTAGAACAAATAACGATTGA  944

seq1  TTCTAATTTCCACTCACACAGCAGGTTGATCTGATAGCCTTTTCTGCTAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATTTCCACTCACACAGCAGGTTGATCTGATAGCCTTTTCTGCTAG  994

seq1  TTATTTCCCATGCAACTCTTTTGCATCTTAATTTGACATATCTGTTTTCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCCATGCAACTCTTTTGCATCTTAATTTGACATATCTGTTTTCC  1044

seq1  TAGGATTGTTTTATTGTTCTTACAAATTGCAGTTAATCTGTGACAGCAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGTTTTATTGTTCTTACAAATTGCAGTTAATCTGTGACAGCAGT  1094

seq1  AGCAAGCATGCCATAGGAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCATGCCATAGGAGAATTC  1118


seq1: chr3_75992637_75993797
seq2: B6Ng01-239O06.g_68_1217

seq1  GAATTCTAGTGCCTTAATCAGCCCTGCAGAGTACTTATGGAAAGGTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGTGCCTTAATCAGCCCTGCAGAGTACTTATGGAAAGGTGCAA  50

seq1  CTTTTTGGTAAATTTGTTCACAGTACTTAGAGTACAATCATGCCTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGGTAAATTTGTTCACAGTACTTAGAGTACAATCATGCCTTATTT  100

seq1  TTGTCTGCTATGTGATATGTCTCCAGTTGGATGTTTACGCTAAGATAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGCTATGTGATATGTCTCCAGTTGGATGTTTACGCTAAGATAGTA  150

seq1  ATTTGAAGTTCTCTGTTGTAGAAGTCCTGAGAAAACCATCTTTAAGTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAAGTTCTCTGTTGTAGAAGTCCTGAGAAAACCATCTTTAAGTAAT  200

seq1  AATGCTGAGAGGCCTGGGCAGAAAAGGAGTTAATTTACAGTGAGCTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAGAGGCCTGGGCAGAAAAGGAGTTAATTTACAGTGAGCTTATA  250

seq1  ATATAGGTTCTGATTATCCCCAAAGGGAGTACTAGGATAGCCTAGTTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGGTTCTGATTATCCCCAAAGGGAGTACTAGGATAGCCTAGTTTTG  300

seq1  CACAAGGATGACAGATTTTGTAACCTGTTATTAGCCAGTTACCATGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGATGACAGATTTTGTAACCTGTTATTAGCCAGTTACCATGGTGG  350

seq1  CTCACCCTTAGAAATAAATAAAGTAGCTCTTTGGCTATTTCTTCACTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCTTAGAAATAAATAAAGTAGCTCTTTGGCTATTTCTTCACTGCA  400

seq1  TGGGGTGAGTTGGGATATAAAGACAAATAGCAAAATTCTTGAATCTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGAGTTGGGATATAAAGACAAATAGCAAAATTCTTGAATCTTAAA  450

seq1  CTTTCTGTTTTGTCATTAATAGTTTAGTCATTTTCCTATAATATAGTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTTTGTCATTAATAGTTTAGTCATTTTCCTATAATATAGTAGA  500

seq1  CTGGTATTGCCAGCCACCAGCAAAATTAGAAGACTCTCATTATTATGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTATTGCCAGCCACCAGCAAAATTAGAAGACTCTCATTATTATGTAA  550

seq1  GGAAAATCATTCCTACAGCTTCTCCAGTTCTTAATATTGAAATTGTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATCATTCCTACAGCTTCTCCAGTTCTTAATATTGAAATTGTTAAA  600

seq1  ACTGATAGACAGCAGACTTTCTTGTCCAAATGATGAATATCCAGGCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAGACAGCAGACTTTCTTGTCCAAATGATGAATATCCAGGCTCTG  650

seq1  AAGCCTCTAACATACATGGTACTTCTCTTCTATGGCTCAATTCTGACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTCTAACATACATGGTACTTCTCTTCTATGGCTCAATTCTGACACT  700

seq1  GCAATATCAACAACATCTCCACGTCTAGCCAATACCCAGCTAGTTCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCAACAACATCTCCACGTCTAGCCAATACCCAGCTAGTTCTTAA  750

seq1  GAACTTATCCTATTTTGTGACTTTCCTTAAGATTTTATCACTTTTCTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTATCCTATTTTGTGACTTTCCTTAAGATTTTATCACTTTTCTGCT  800

seq1  TTTCAGATCTTTGTAACCATTTGGACTGTTATTGGCTCCTTAACCACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATCTTTGTAACCATTTGGACTGTTATTGGCTCCTTAACCACATA  850

seq1  TCCAAATTCTATAATATATACATGTGTATATAGCAATTTATTGCATAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATTCTATAATATATACATGTGTATATAGCAATTTATTGCATAATG  900

seq1  TGTCATTTGTTAGTTTTTAAGACTTGTATAAAAGAATCTGTGTGTACCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTGTTAGTTTTTAAGACTTGTAT-AAAGAATCTGTGTGTACCTT  949

seq1  GCCAGGAATACCAAGAAGATTGATATTTGTCAGATTGATAAAAATTAAAT  1000
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGGATACCAAGAAGATTGATA-TTGTCAGATTGATAAAAATTAAAT  998

seq1  CACCCTACCTTGTTACTATACTGATATTCAAATAATTTTGATATTCTGGA  1050
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||
seq2  CACCCTACCTTG-TACTATACTGATA-TCAAATA--TTTGATA-TCT-GA  1042

seq1  GAGTTATAAATGTCTTTCCTTTGCTTCTAACATACCACAGTCATA-CTAT  1099
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GAGTTATAAATGTCTTTC--TTGCTTCTAACATACAACAGTCATACCTAT  1090

seq1  AGCTCATTAGGCTTAATTTTATCTCTTAGTAAAGTTTCTAGGGAAAAAGT  1149
      ||||||| ||||||  ||||||||| ||||  || |||||||| ||| ||
seq2  AGCTCATAAGGCTTTGTTTTATCTC-TAGT-TAGCTTCTAGGGCAAAGGT  1138

seq1  CTAGATTCTACA  1161
      ||||||||||||
seq2  CTAGATTCTACA  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |