BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240J08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 32,731,004 - 32,863,430
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp13, Pex2
Upstream geneKcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik, Pik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1, Gnb4, LOC100040977, Actl6a, Mrpl47, Ndufb5
Downstream geneEG545512, LOC100041058, Ttc14, Ccdc39
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240J08.bB6Ng01-240J08.g
ACCGA050716GA050717
length1,1031,069
definitionB6Ng01-240J08.b B6Ng01-240J08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,731,004 - 32,732,106)(32,862,356 - 32,863,430)
sequence
gaattctctgaacacctgctgattgacagtgtggagagtttttatttgaa
atgactgctcacttgtgtcttggagacttgtgcccttgacctttggatgg
gaatcttctgtcactgttttaaatggcagacaatggagaagaagtcactt
tgccccgatggtactcacaaatgcacgcagggtaatacagagtagagaac
tggctgtgtacatgccacacacatattgaaatacaatacatgggctttcg
acactgcttgtgtagtatttgatcctgtgtgggagatgttgtcaggtaaa
ttcaacgtagagttctgggcagtctgtccgtctgtcttgtgtgtgtgtaa
ggtcagctggaaagtaaattatttccatccacagttcctgttgtttgtcc
cataacatgtaagtgtcgacactggaaagggaaggtgggtacttatgcat
gcagctgatttagtgaattttttggatgaagaggacctttaaccactgag
ccatctcatggcctaagattgttttaatagccattacttcaggaggttgt
gagaatgtaagaagttagtctttattattatttttttatatatacattta
acaccaaaacgcctagtgtggtggtgcacacaggtaattccagaggctga
gggaagcaattgtgtagctcaaggctagcctgagttacatggtttgttta
gggacatcttggattatacagtgagactctgtctctaaaaatgaagacta
attgcaaactcccatcttcctgcaaagctccaaaatttatctttgaaaaa
ctcttactgagttaaatttcagtgttgttgccttgtgacgtgtcagcttt
gcttttgtgtggatatgggctttattcataagactcttaatctttcttcc
tcctgagccatctcttccatcccctgtagtgtattttacaggacaccttt
attctccctgtctctctgtctctgtctctccatctctgtctcgtcttctc
cataacacagtgcatggtgtggaggtcactggatgacccacgtgttctgt
cctcactctccaccttgcctgaagatcggggcccttttgatgggttactg
ctg
gaattccaaaaactgtgaacacacacacatacttgccacatatatggata
catacagataagcatgagcacacatatgttcatatacaggtacacacata
ttcatatacatatagtgcatacatatatgcacagcacatatctcaagcca
tcagcatagaatgtctaagcagaaagaattcagaggtatagaattgatcc
agagcctagataaatgactcagtcagtaacttgcctgtcagtcaagcagg
agaatctgagaggtcctcagaacaatgggaacctgggtaccacaacacac
gcctgtgatcctagtgccagggagtcaggggtgtgggatccttggggctc
tctggccagccagcctagctgagcaagtaagaaacactatcctccaaaat
aaggctgacagcaactgaggaaggaagacaatggacattaatcagcctct
gagcacacgtataccatacatacatacatacagacagacagacagacaga
cagacagatagatagatagatagatagatagatagattacatatatatag
ataaacacagtctacagcatacatatgtatacataacacgcaccatacat
atgtatatacaatacagtctacagcatacatatgtatgcacaacaagcgc
acacatatatgtatatacaacacataacaacatatagatgtatacacaac
acacatacaccatacttatgtatacaaacacacatacaccatacatatgt
atacacaagccttgcacacgtgtaccacatcaagggggggcgggaaattg
acacactctgaagtcattgaagacactggaatagaattgaaacaattaag
ctttctttttaaaaaaaaaataccaccaaaataaaatgcttgctaacaat
ttaaaaaaatgggggggggatattctgaaaagtacaagaaagactatgga
gcaaatttctcccaatcgcatcctttaaagcgttgctgctggcacactca
tcggcagccatgttccctacagcctgtttgccagcacaggacgttacaca
acatcagagtttataatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_32731004_32732106
seq2: B6Ng01-240J08.b_41_1143

seq1  GAATTCTCTGAACACCTGCTGATTGACAGTGTGGAGAGTTTTTATTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAACACCTGCTGATTGACAGTGTGGAGAGTTTTTATTTGAA  50

seq1  ATGACTGCTCACTTGTGTCTTGGAGACTTGTGCCCTTGACCTTTGGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGCTCACTTGTGTCTTGGAGACTTGTGCCCTTGACCTTTGGATGG  100

seq1  GAATCTTCTGTCACTGTTTTAAATGGCAGACAATGGAGAAGAAGTCACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTCTGTCACTGTTTTAAATGGCAGACAATGGAGAAGAAGTCACTT  150

seq1  TGCCCCGATGGTACTCACAAATGCACGCAGGGTAATACAGAGTAGAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCGATGGTACTCACAAATGCACGCAGGGTAATACAGAGTAGAGAAC  200

seq1  TGGCTGTGTACATGCCACACACATATTGAAATACAATACATGGGCTTTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTGTACATGCCACACACATATTGAAATACAATACATGGGCTTTCG  250

seq1  ACACTGCTTGTGTAGTATTTGATCCTGTGTGGGAGATGTTGTCAGGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTTGTGTAGTATTTGATCCTGTGTGGGAGATGTTGTCAGGTAAA  300

seq1  TTCAACGTAGAGTTCTGGGCAGTCTGTCCGTCTGTCTTGTGTGTGTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACGTAGAGTTCTGGGCAGTCTGTCCGTCTGTCTTGTGTGTGTGTAA  350

seq1  GGTCAGCTGGAAAGTAAATTATTTCCATCCACAGTTCCTGTTGTTTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCTGGAAAGTAAATTATTTCCATCCACAGTTCCTGTTGTTTGTCC  400

seq1  CATAACATGTAAGTGTCGACACTGGAAAGGGAAGGTGGGTACTTATGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATGTAAGTGTCGACACTGGAAAGGGAAGGTGGGTACTTATGCAT  450

seq1  GCAGCTGATTTAGTGAATTTTTTGGATGAAGAGGACCTTTAACCACTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGATTTAGTGAATTTTTTGGATGAAGAGGACCTTTAACCACTGAG  500

seq1  CCATCTCATGGCCTAAGATTGTTTTAATAGCCATTACTTCAGGAGGTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCATGGCCTAAGATTGTTTTAATAGCCATTACTTCAGGAGGTTGT  550

seq1  GAGAATGTAAGAAGTTAGTCTTTATTATTATTTTTTTATATATACATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTAAGAAGTTAGTCTTTATTATTATTTTTTTATATATACATTTA  600

seq1  ACACCAAAACGCCTAGTGTGGTGGTGCACACAGGTAATTCCAGAGGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAAACGCCTAGTGTGGTGGTGCACACAGGTAATTCCAGAGGCTGA  650

seq1  GGGAAGCAATTGTGTAGCTCAAGGCTAGCCTGAGTTACATGGTTTGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCAATTGTGTAGCTCAAGGCTAGCCTGAGTTACATGGTTTGTTTA  700

seq1  GGGACATCTTGGATTATACAGTGAGACTCTGTCTCTAAAAATGAAGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATCTTGGATTATACAGTGAGACTCTGTCTCTAAAAATGAAGACTA  750

seq1  ATTGCAAACTCCCATCTTCCTGCAAAGCTCCAAAATTTATCTTTGAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAAACTCCCATCTTCCTGCAAAGCTCCAAAATTTATCTTTGAAAAA  800

seq1  CTCTTACTGAGTTAAATTTCAGTGTTGTTGCCTTGTGACGTGTCAGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTGAGTTAAATTTCAGTGTTGTTGCCTTGTGACGTGTCAGCTTT  850

seq1  GCTTTTGTGTGGATATGGGCTTTATTCATAAGACTCTTAATCTTTCTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTGTGTGGATATGGGCTTTATTCATAAGACTCTTAATCTTTCTTCC  900

seq1  TCCTGAGCCATCTC-TCCATCCCCTGTAGTGTATTTTAACAGGACACCTT  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTGAGCCATCTCTTCCATCCCCTGTAGTGTATTTT-ACAGGACACCTT  949

seq1  TATTCTCCCTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCCATCTCTGTCTCGTCTTTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TATTCTCCCTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCCATCTCTGTCTCGTC-TTC  998

seq1  TCCATAACACAGTGCAT-GTGTGGAGGTCACTGGATGACCCACGGTGTTT  1048
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TCCATAACACAGTGCATGGTGTGGAGGTCACTGGATGACCCAC-GTG-TT  1046

seq1  CTGTCCTCACTCTCCACCTTGCCTG-AGGTCGGGTCTCTTTTGAT-GGTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||| ||||
seq2  CTGTCCTCACTCTCCACCTTGCCTGAAGATCGGGGCCCTTTTGATGGGTT  1096

seq1  ACTGCTG  1103
      |||||||
seq2  ACTGCTG  1103

seq1: chr3_32862356_32863430
seq2: B6Ng01-240J08.g_62_1130 (reverse)

seq1  GCATTATAAACTCTGGATGTTGTGTAACGTTCCCTGGTGCTGGGCAAACA  50
      |||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| ||||||||
seq2  GCATTATAAACTCT-GATGTTGTGTAACGT--CCT-GTGCT-GGCAAACA  45

seq1  GGCTGTAGGGAACATGGCTGCCGATGAGTGTGCCAGCAGCAACGCTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGGGAACATGGCTGCCGATGAGTGTGCCAGCAGCAACGCTTTAA  95

seq1  AGGGATGCGATTGGGAGAAATTTGCTCCATAGTCTTTTCTTGTACTTTTC  150
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  A-GGATGCGATTGGGAGAAATTTGCTCCATAGTC-TTTCTTGTACTTTTC  143

seq1  AGAATATCCCCCCCCC-TTTTTTTAAATTGTTAGCAAGCATTTTATTTTG  199
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATCCCCCCCCCATTTTTTTAAATTGTTAGCAAGCATTTTATTTTG  193

seq1  GTGGTATTTTTTTTTTAAAAAGAAAGCTTAATTGTTTCAATTCTATTCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATTTTTTTTTTAAAAAGAAAGCTTAATTGTTTCAATTCTATTCCA  243

seq1  GTGTCTTCAATGACTTCAGAGTGTGTCAATTTCCCGCCCCCCCTTGATGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTCAATGACTTCAGAGTGTGTCAATTTCCCGCCCCCCCTTGATGT  293

seq1  GGTACACGTGTGCAAGGCTTGTGTATACATATGTATGGTGTATGTGTGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACACGTGTGCAAGGCTTGTGTATACATATGTATGGTGTATGTGTGTT  343

seq1  TGTATACATAAGTATGGTGTATGTGTGTTGTGTATACATCTATATGTTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATAAGTATGGTGTATGTGTGTTGTGTATACATCTATATGTTGT  393

seq1  TATGTGTTGTATATACATATATGTGTGCGCTTGTTGTGCATACATATGTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTTGTATATACATATATGTGTGCGCTTGTTGTGCATACATATGTA  443

seq1  TGCTGTAGACTGTATTGTATATACATATGTATGGTGCGTGTTATGTATAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAGACTGTATTGTATATACATATGTATGGTGCGTGTTATGTATAC  493

seq1  ATATGTATGCTGTAGACTGTGTTTATCTATATATATGTAATCTATCTATC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGCTGTAGACTGTGTTTATCTATATATATGTAATCTATCTATC  543

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTATG  593

seq1  TATGTATGTATGGTATACGTGTGCTCAGAGGCTGATTAATGTCCATTGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGGTATACGTGTGCTCAGAGGCTGATTAATGTCCATTGTC  643

seq1  TTCCTTCCTCAGTTGCTGTCAGCCTTATTTTGGAGGATAGTGTTTCTTAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTCAGTTGCTGTCAGCCTTATTTTGGAGGATAGTGTTTCTTAC  693

seq1  TTGCTCAGCTAGGCTGGCTGGCCAGAGAGCCCCAAGGATCCCACACCCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGCTAGGCTGGCTGGCCAGAGAGCCCCAAGGATCCCACACCCCT  743

seq1  GACTCCCTGGCACTAGGATCACAGGCGTGTGTTGTGGTACCCAGGTTCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTGGCACTAGGATCACAGGCGTGTGTTGTGGTACCCAGGTTCCC  793

seq1  ATTGTTCTGAGGACCTCTCAGATTCTCCTGCTTGACTGACAGGCAAGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTCTGAGGACCTCTCAGATTCTCCTGCTTGACTGACAGGCAAGTTA  843

seq1  CTGACTGAGTCATTTATCTAGGCTCTGGATCAATTCTATACCTCTGAATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGAGTCATTTATCTAGGCTCTGGATCAATTCTATACCTCTGAATT  893

seq1  CTTTCTGCTTAGACATTCTATGCTGATGGCTTGAGATATGTGCTGTGCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCTTAGACATTCTATGCTGATGGCTTGAGATATGTGCTGTGCAT  943

seq1  ATATGTATGCACTATATGTATATGAATATGTGTGTACCTGTATATGAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGCACTATATGTATATGAATATGTGTGTACCTGTATATGAACA  993

seq1  TATGTGTGCTCATGCTTATCTGTATGTATCCATATATGTGGCAAGTATGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGCTCATGCTTATCTGTATGTATCCATATATGTGGCAAGTATGT  1043

seq1  GTGTGTGTTCACAGTTTTTGGAATTC  1075
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTCACAGTTTTTGGAATTC  1069