BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241C03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 76,223,256 - 76,369,641
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFstl5
Upstream geneWdr49, Pdcd10, Serpini1, Golph4
Downstream geneLOC100041625, LOC100041635, Dnmt3a-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241C03.bB6Ng01-241C03.g
ACCGA051127GA051128
length1,1811,066
definitionB6Ng01-241C03.b B6Ng01-241C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,368,467 - 76,369,641)(76,223,256 - 76,224,326)
sequence
gaattcatggtccaaggccatacttaaatctaatatacatctgcatatat
atatattaaaatctaagatgacggtagtaaacttttcaaattaaatactg
actgaaaaaactgcaaaggcaattatctaaagtgaaaaagattactttga
attggagtgtttattaagatattcgaggagagaaatgaaatctctgacag
atctcaggaaattgtgacatcagccagagaaagtgagacatttaaggcag
tcaccatgcagtgattactttacacactcataggctttaggagcacaaac
ttatacacaagttccttcatcttatgagaaatcaccagaaaaagttataa
aagaccatgcaagtctttttgtacatttagtaaaatgtgttaaaggagga
caaaatgtatcaatctgacaaaatcataaaggcctatatgtatattgtaa
aatgtgatccattgaccatagtgccagaaaacagtataatattgactgaa
taacatctgtagaaccgatgttggtctatttctctatatgaataatttct
gtagccatctatttgaccacaattaataatgatatcttacaaaaacaata
aagaagtttgctgatatgtagttcaataaagtattctaatcacatgagaa
ttaattacatgagtgtaactatagattctcataattctatcagttatgca
aagctattgtttgaaagtaaaagatgtcattgtaactattttggcttgag
ctgaaattcaaataaaatacagaagaaataatcacgaacttcagttttag
tgatgaaaaacctgagatgtctccaccaataacagcaaagcaaacccagg
aaacaagatagatacattattagtttaaatgaagtgaaatttatttttag
atcacaggtattagcaagtgcacatgcaaattgcaaagggtgcttaaatt
ctaattaagctatcttgagaatgtcctcatgttaaatctttaagcgcaaa
tcagcatcattaccacattaacctccttttgactctcttgttacacaagt
atcaattacataatagtctttatgctgcctcttaaagtgctgccaccctc
gtgattatttgaaatttttctcataactttctaaacacaggcagtaatat
attacatggaaatatttctgtgggaagtgct
gaattccaaaatgagcccttctttccttcagggtttttgttttggtttgt
tttgctttgttttgttttgttttttctccagtatggtagattgtgtacta
gcagctatgccatgacatttggagtaaaatggttattattacttggaaac
atgtacccttcccctacattcccatggaacgtgaggtggtaggacaaaga
aacggctcaaatgacaagagttcttactacttctgcagaggacccagggt
agacctacagcacttacatttggtggctcaccactacctattaagttcca
ttccaaagagtctgagagttccttagccactttaggctcctggatgcacg
tggtacacatgtattcatgcaggcacatgaattataaatatatattatat
ataaatatacatatatatgctaaataaaaccaacaaaataaacaaaatac
tctttatgaacagaaaaaagagggaatagatttggtcatagaattcccct
aatgctgaatttaaataagtaacagtagaaagtattttggtttcagtttt
tctccatttagactctgtcatcttagcaagcctattcacattttaaatgc
acattaacataaaatattgtcctaatggacacatatgccaaatctttatt
aaaattatagaaagaaatgctttttacatgacttagattattctgttaca
taaatttgatttacaatgccatttgctcaatgaaaaccacatgtaaatac
atttacaaaattaaatactaagtaaaaataagtaaaaggagttggttttc
cagcaaacaagttagtcatgataatgatgatttttgcaatatttgcatat
aatatgtgtttatcttaaaataattaaaatagttacaaagggaccattta
agcttattttgaatcattgaaagctattatatttttctctttttgcttta
aatcgtagccgctcagcatacttatttactgtgagatagtaggatgtttt
tgtcttagacaaagctaattttagttagactagtagatgccaaacacaca
ggtacttctgtgaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_76368467_76369641
seq2: B6Ng01-241C03.b_42_1222 (reverse)

seq1  AGCACT--CCACAGAAATATTT-CATGT-ATATATTACTG-CTGTGTTTA  45
      ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  AGCACTTCCCACAGAAATATTTCCATGTAATATATTACTGCCTGTGTTTA  50

seq1  G-AAGTAATGAGAAAACTCCAAAATAATCACGAGGTGGCCAACACTTTAA  94
      | |||| ||||||||| |   ||||||||||||||  | || ||||||||
seq2  GAAAGTTATGAGAAAAATTTCAAATAATCACGAGGGTGGCAGCACTTTAA  100

seq1  GA-GCAGCATAAAGACTAATTAATGTAA-TGATACTTGTGTAACAAGAGA  142
      || |||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGCATAAAGACTA--TTATGTAATTGATACTTGTGTAACAAGAGA  148

seq1  GTCAAAAGGAGGTTAATGTGGTAATGATGCTGATTTGCGCTTAAAGATTT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAGGAGGTTAATGTGGTAATGATGCTGATTTGCGCTTAAAGATTT  198

seq1  AACATGAGGACATTCTCAAGATAGCTTAATTAGAATTTAAGCACCCTTTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAGGACATTCTCAAGATAGCTTAATTAGAATTTAAGCACCCTTTG  248

seq1  CAATTTGCATGTGCACTTGCTAATACCTGTGATCTAAAAATAAATTTCAC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTGCATGTGCACTTGCTAATACCTGTGATCTAAAAATAAATTTCAC  298

seq1  TTCATTTAAACTAATAATGTATCTATCTTGTTTCCTGGGTTTGCTTTGCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTAAACTAATAATGTATCTATCTTGTTTCCTGGGTTTGCTTTGCT  348

seq1  GTTATTGGTGGAGACATCTCAGGTTTTTCATCACTAAAACTGAAGTTCGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGGTGGAGACATCTCAGGTTTTTCATCACTAAAACTGAAGTTCGT  398

seq1  GATTATTTCTTCTGTATTTTATTTGAATTTCAGCTCAAGCCAAAATAGTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTCTTCTGTATTTTATTTGAATTTCAGCTCAAGCCAAAATAGTT  448

seq1  ACAATGACATCTTTTACTTTCAAACAATAGCTTTGCATAACTGATAGAAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGACATCTTTTACTTTCAAACAATAGCTTTGCATAACTGATAGAAT  498

seq1  TATGAGAATCTATAGTTACACTCATGTAATTAATTCTCATGTGATTAGAA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAATCTATAGTTACACTCATGTAATTAATTCTCATGTGATTAGAA  548

seq1  TACTTTATTGAACTACATATCAGCAAACTTCTTTATTGTTTTTGTAAGAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTATTGAACTACATATCAGCAAACTTCTTTATTGTTTTTGTAAGAT  598

seq1  ATCATTATTAATTGTGGTCAAATAGATGGCTACAGAAATTATTCATATAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTATTAATTGTGGTCAAATAGATGGCTACAGAAATTATTCATATAG  648

seq1  AGAAATAGACCAACATCGGTTCTACAGATGTTATTCAGTCAATATTATAC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGACCAACATCGGTTCTACAGATGTTATTCAGTCAATATTATAC  698

seq1  TGTTTTCTGGCACTATGGTCAATGGATCACATTTTACAATATACATATAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTGGCACTATGGTCAATGGATCACATTTTACAATATACATATAG  748

seq1  GCCTTTATGATTTTGTCAGATTGATACATTTTGTCCTCCTTTAACACATT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTATGATTTTGTCAGATTGATACATTTTGTCCTCCTTTAACACATT  798

seq1  TTACTAAATGTACAAAAAGACTTGCATGGTCTTTTATAACTTTTTCTGGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAATGTACAAAAAGACTTGCATGGTCTTTTATAACTTTTTCTGGT  848

seq1  GATTTCTCATAAGATGAAGGAACTTGTGTATAAGTTTGTGCTCCTAAAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCATAAGATGAAGGAACTTGTGTATAAGTTTGTGCTCCTAAAGC  898

seq1  CTATGAGTGTGTAAAGTAATCACTGCATGGTGACTGCCTTAAATGTCTCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGTGTGTAAAGTAATCACTGCATGGTGACTGCCTTAAATGTCTCA  948

seq1  CTTTCTCTGGCTGATGTCACAATTTCCTGAGATCTGTCAGAGATTTCATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTGGCTGATGTCACAATTTCCTGAGATCTGTCAGAGATTTCATT  998

seq1  TCTCTCCTCGAATATCTTAATAAACACTCCAATTCAAAGTAATCTTTTTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTCGAATATCTTAATAAACACTCCAATTCAAAGTAATCTTTTTC  1048

seq1  ACTTTAGATAATTGCCTTTGCAGTTTTTTCAGTCAGTATTTAATTTGAAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAGATAATTGCCTTTGCAGTTTTTTCAGTCAGTATTTAATTTGAAA  1098

seq1  AGTTTACTACCGTCATCTTAGATTTTAATATATATATATGCAGATGTATA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTACCGTCATCTTAGATTTTAATATATATATATGCAGATGTATA  1148

seq1  TTAGATTTAAGTATGGCCTTGGACCATGAATTC  1175
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTTAAGTATGGCCTTGGACCATGAATTC  1181

seq1: chr3_76223256_76224326
seq2: B6Ng01-241C03.g_64_1129

seq1  GAATTCCAAAATGAGCCCTTCTTTCCTTCAGGGTTTTTGTTTTGGTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAATGAGCCCTTCTTTCCTTCAGGGTTTTTGTTTTGGTTTGT  50

seq1  TTTGCTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCTCCAGTATGGTAGATTGTGTACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCTCCAGTATGGTAGATTGTGTACTA  100

seq1  GCAGCTATGCCATGACATTTGGAGTAAAATGGTTATTATTACTTGGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTATGCCATGACATTTGGAGTAAAATGGTTATTATTACTTGGAAAC  150

seq1  ATGTACCCTTCCCCTACATTCCCATGGAACGTGAGGTGGTAGGACAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCCTTCCCCTACATTCCCATGGAACGTGAGGTGGTAGGACAAAGA  200

seq1  AACGGCTCAAATGACAAGAGTTCTTACTACTTCTGCAGAGGACCCAGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGCTCAAATGACAAGAGTTCTTACTACTTCTGCAGAGGACCCAGGGT  250

seq1  AGACCTACAGCACTTACATTTGGTGGCTCACCACTACCTATTAAGTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTACAGCACTTACATTTGGTGGCTCACCACTACCTATTAAGTTCCA  300

seq1  TTCCAAAGAGTCTGAGAGTTCCTTAGCCACTTTAGGCTCCTGGATGCACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGAGTCTGAGAGTTCCTTAGCCACTTTAGGCTCCTGGATGCACG  350

seq1  TGGTACACATGTATTCATGCAGGCACATGAATTATAAATATATATTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACACATGTATTCATGCAGGCACATGAATTATAAATATATATTATAT  400

seq1  ATAAATATACATATATATGCTAAATAAAACCAACAAAATAAACAAAATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATACATATATATGCTAAATAAAACCAACAAAATAAACAAAATAC  450

seq1  TCTTTATGAACAGAAAAAAGAGGGAATAGATTTGGTCATAGAATTCCCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGAACAGAAAAAAGAGGGAATAGATTTGGTCATAGAATTCCCCT  500

seq1  AATGCTGAATTTAAATAAGTAACAGTAGAAAGTATTTTGGTTTCAGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAATTTAAATAAGTAACAGTAGAAAGTATTTTGGTTTCAGTTTT  550

seq1  TCTCCATTTAGACTCTGTCATCTTAGCAAGCCTATTCACATTTTAAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTTAGACTCTGTCATCTTAGCAAGCCTATTCACATTTTAAATGC  600

seq1  ACATTAACATAAAATATTGTCCTAATGGACACATATGCCAAATCTTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAACATAAAATATTGTCCTAATGGACACATATGCCAAATCTTTATT  650

seq1  AAAATTATAGAAAGAAATGCTTTTTACATGACTTAGATTATTCTGTTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATAGAAAGAAATGCTTTTTACATGACTTAGATTATTCTGTTACA  700

seq1  TAAATTTGATTTACAATGCCATTTGCTCAATGAAAACCACATGTAAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTGATTTACAATGCCATTTGCTCAATGAAAACCACATGTAAATAC  750

seq1  ATTTACAAAATTAAATACTAAGTAAAAATAAGTAAAAGGAGTTGGTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAAAATTAAATACTAAGTAAAAATAAGTAAAAGGAGTTGGTTTTC  800

seq1  CAGCAAACAAGTTAGTCATGATAATGATGATTTTTGCAATATTTGCATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAACAAGTTAGTCATGATAATGATGATTTTTGCAATATTTGCATAT  850

seq1  AATATGTGTTTATCTTAAAATAATTAAAATAGTTACAAAGGGACCATTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATATGTGTTTATCTTAAAATAATTAAAATAGTTACAAAGGGACCATTTA  900

seq1  GGCTTATTTTGAATCATTGAAAGCTATTATATTTTTCTCTTTTTGCTTTA  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATTTTGAATCATTGAAAGCTATTATATTTTTCTCTTTTTGCTTTA  950

seq1  AATCGTAGCCGCTCAGCATACTTATTTACTGTGAGATTAGTAAGGGTTGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |  |
seq2  AATCGTAGCCGCTCAGCATACTTATTTACTGTGAGA-TAGT-AGGATGTT  998

seq1  TTTGTCTTAAGGACAAAAGCT-ATTTTAGTTAGAACTAAGTAGATG-CAA  1048
      |||||||||  ||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||
seq2  TTTGTCTTA--GAC-AAAGCTAATTTTAGTTAG-ACT-AGTAGATGCCAA  1043

seq1  ACACACAAGTACTTCTGTGAATA  1071
      ||||||| |||||||||||||||
seq2  ACACACAGGTACTTCTGTGAATA  1066