BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242G18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 71,253,797 - 71,396,450
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC670542, EG625901, EG667377
Downstream geneLOC667385, LOC100041459
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242G18.bB6Ng01-242G18.g
ACCGA052068GA052069
length1,1231,133
definitionB6Ng01-242G18.b B6Ng01-242G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,253,797 - 71,254,924)(71,395,310 - 71,396,450)
sequence
gaattcttcctatagttgcttccagggaagcatttggtcacataaaatag
aaaagtaactgctaaaaaccttagcaaatcttttaaaataagcaaaatga
ttataacaactcattatttatcaaggtattatggaggaatagtctgaaac
aatattactttgatatgtatgttgataaatcaaatagatggctgagatag
gacataactataaagaaagtgtgatgataactataatttttatatacgat
tgagttatgttgaaagaataaggatattagaatattaaccatattacatg
ataatccaaggaatgggcattacattttatttatttattttgtactctgg
aaaaagagtcagagtcagaaggcaacttgtaagttttttggttttggttt
tctttttttaacttctacactgtaagtcctgggactaatttatttgactt
ggtgggaagaatccttttccagtgagccatcttgcttgctcaagtggatg
tttagagtgaatagttggaccaagaattatttttttctatttattattgc
tataacattggaaaacataagagcattcatgtgaaatgtatttgtgtgtt
tggtttttgaatgaaaaaaattaccaagtaacattctactaagaaaacca
tcctagtgtaggcaagaaagtttctgtggattaatgggaagagaagaaat
gcataattatatttactcatctttgtcaaataattttaagacatgaatag
ctaaaatagagttgtttcccttataagtgactagaccctggaaatactaa
tttggagagcattgcacttttttattattttatttgctgtcatttttaat
ataacttgccatgttaattatgtttagaagacatttgaaaattcccagca
tgaacttttgtcattatttcataaaatcaaacaaacaaattaataccaat
ttaaattaaagcagactgtggcaattcatgacactctgtaaaagaaagac
atttttcatagctttgggtttgctacaaagtaattatactctgaatttat
ttgtcctggatttctagaaagacagatttggaagcaattagatgtgccat
tctactcagaaattggagcaata

gaattctgttacagcaaggtgcaagtaatttactcaaaaagatgtgacaa
gattgacacatggtacctgagcacaggtaaccagacatgtggcagaatgt
ataatggaatatatggattgttgtaagttatgatctagtcagagatgatc
ctagatatgtggccaaagtacttttaaatgtattttgagtgtgagccttg
tttgtgggaacataggactgggaggaagaacaagaattaagtgctacaat
tcattttatagatctatatcatgcagctatgttaccattcagtatacagc
aatacttccttttttcccttaaagggactttatatatcaggaacaaatgg
caggactaataagcatgtcatatcacacttctgatatttttctcatgaat
gttagaaattcatcatgaagaatagatgctgatgaatgccacttgaagaa
tctctgtattatatgcagttgaataaaatttgaatatataatggactatt
aaaaattaagtgtgagacattcttagacttggttgtccagtccacaaagt
gttaagcattattaccctactgcaaagtaacatacacataaaacaacttt
tcaagacgagaatatttctaattgcattaaatattccatcaagttaaaaa
tactgctgccacaaaactcatcagatagacttggattggaaacttaacaa
ttactgttaaataattacaatttggggtatcagtacatttcttatccgct
ttttagtatctcaatgtccatcagttaccaccttggccatcatcctttgt
taacctaactaatatctatatagaatttatgtacatagtcttctgggatt
gacaattttactttgtatctatgatcatgtagggaaaggtttatctttcc
gttaattaatcttttagccagaatgcaagaaattgcttcaagctagttta
ccttttaacatttttaccttatgcaaatatttatgtaattaatacaaata
tgcatttcattttttttaataaattaacttagtgataactaattcctaag
ttatattgtagaacacattagacatccaggcagaaaagaaagctaagtct
tatttttatataggctatctatctaattacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_71253797_71254924
seq2: B6Ng01-242G18.b_48_1170

seq1  GAATTCTTCCTATAGTTGCTTCCAGGGAAGCATTTGGTCACATAAAATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTATAGTTGCTTCCAGGGAAGCATTTGGTCACATAAAATAG  50

seq1  AAAAGTAACTGCTAAAAACCTTAGCAAATCTTTTAAAATAAGCAAAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAACTGCTAAAAACCTTAGCAAATCTTTTAAAATAAGCAAAATGA  100

seq1  TTATAACAACTCATTATTTATCAAGGTATTATGGAGGAATAGTCTGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACAACTCATTATTTATCAAGGTATTATGGAGGAATAGTCTGAAAC  150

seq1  AATATTACTTTGATATGTATGTTGATAAATCAAATAGATGGCTGAGATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTACTTTGATATGTATGTTGATAAATCAAATAGATGGCTGAGATAG  200

seq1  GACATAACTATAAAGAAAGTGTGATGATAACTATAATTTTTATATACGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAACTATAAAGAAAGTGTGATGATAACTATAATTTTTATATACGAT  250

seq1  TGAGTTATGTTGAAAGAATAAGGATATTAGAATATTAACCATATTACATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATGTTGAAAGAATAAGGATATTAGAATATTAACCATATTACATG  300

seq1  ATAATCCAAGGAATGGGCATTACATTTTATTTATTTATTTTGTACTCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCAAGGAATGGGCATTACATTTTATTTATTTATTTTGTACTCTGG  350

seq1  AAAAAGAGTCAGAGTCAGAAGGCAACTTGTAAGTTTTTTGGTTTTGGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAGTCAGAGTCAGAAGGCAACTTGTAAGTTTTTTGGTTTTGGTTT  400

seq1  TCTTTTTTTAACTTCTACACTGTAAGTCCTGGGACTAATTTATTTGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTTAACTTCTACACTGTAAGTCCTGGGACTAATTTATTTGACTT  450

seq1  GGTGGGAAGAATCCTTTTCCAGTGAGCCATCTTGCTTGCTCAAGTGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAAGAATCCTTTTCCAGTGAGCCATCTTGCTTGCTCAAGTGGATG  500

seq1  TTTAGAGTGAATAGTTGGACCAAGAATTATTTTTTTCTATTTATTATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGTGAATAGTTGGACCAAGAATTATTTTTTTCTATTTATTATTGC  550

seq1  TATAACATTGGAAAACATAAGAGCATTCATGTGAAATGTATTTGTGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATTGGAAAACATAAGAGCATTCATGTGAAATGTATTTGTGTGTT  600

seq1  TGGTTTTTGAATGAAAAAAATTACCAAGTAACATTCTACTAAGAAAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTGAATGAAAAAAATTACCAAGTAACATTCTACTAAGAAAACCA  650

seq1  TCCTAGTGTAGGCAAGAAAGTTTCTGTGGATTAATGGGAAGAGAAGAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTGTAGGCAAGAAAGTTTCTGTGGATTAATGGGAAGAGAAGAAAT  700

seq1  GCATAATTATATTTACTCATCTTTGTCAAATAATTTTAAGACATGAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATTATATTTACTCATCTTTGTCAAATAATTTTAAGACATGAATAG  750

seq1  CTAAAATAGAGTTGTTTCCCTTATAAGTGACTAGACCCTGGAAATACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATAGAGTTGTTTCCCTTATAAGTGACTAGACCCTGGAAATACTAA  800

seq1  TTTGGAGAGCATTGCACTTTTTTATTATTTTATTTGCTGTCATTTTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGAGCATTGCACTTTTTTATTATTTTATTTGCTGTCATTTTTAAT  850

seq1  ATAACTTGCCATGTTAATTATGTTTAGAAGACATTTGAAAATTCCCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTGCCATGTTAATTATGTTTAGAAGACATTTGAAAATTCCCAGCA  900

seq1  TGAACTTTTGTCATTATTTCATAAAAATCAAACAAACAAATTAATACCAA  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTTTGTCATTATTTCAT-AAAATCAAACAAACAAATTAATACCAA  949

seq1  TTTAAATTAAAGCAGACTGTGGCAATTCATGACACTCTGTAAAAGAAAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTAAAGCAGACTGTGGCAATTCATGACACTCTGTAAAAGAAAGA  999

seq1  CAATTTTTCATAAGCTTTGGTTTTGCTACAAAGTAAATTATACTCTGAAT  1050
      | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  C-ATTTTTCAT-AGCTTTGGGTTTGCTACAAAGT-AATTATACTCTGAAT  1046

seq1  TTA-TTGTCCTGGATTTCTAGAAAGAACAAGATTT-GAAGCAATTAAGAT  1098
      ||| ||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| ||||
seq2  TTATTTGTCCTGGATTTCTAGAAAGA--CAGATTTGGAAGCAATT-AGAT  1093

seq1  GTTGCCATTCTACTCAGAAA-TGGAGCAATA  1128
      | |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  G-TGCCATTCTACTCAGAAATTGGAGCAATA  1123


seq1: chr3_71395310_71396450
seq2: B6Ng01-242G18.g_67_1199 (reverse)

seq1  CAAGTAATTTAGATAGATAG-CTATATAAAAATAGGACTTAAGGCTTTCT  49
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  CAAGTAA-TTAGATAGATAGCCTATATAAAAATAAGACTTA--GCTTTCT  47

seq1  TTTCTGCTTGGGATTGTTCCTAATGTGTTCTAC-ATATAATTTGGGAATT  98
      ||||||| |||   |||  |||||||||||||| |||||| || |||| |
seq2  TTTCTGCCTGG--ATGT--CTAATGTGTTCTACAATATAACTTAGGAA-T  92

seq1  TAGTTTAATTCACTAAGTT-ATTTA-TAAAAAAATGGAAATGCATATTTG  146
      |||||    |||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||
seq2  TAGTT---ATCACTAAGTTAATTTATTAAAAAAAATGAAATGCATATTTG  139

seq1  TTATTAATTACATAAATATTTTGCATAAGGTAAAAATGTT-AAAGGTAAA  195
       ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TATTAATTACATAAATA-TTTGCATAAGGTAAAAATGTTAAAAGGTAAA  187

seq1  CTAGCTTGAAGCAATTTCTTGCATTCTGGCTAAAAGATTAATTAACGGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTGAAGCAATTTCTTGCATTCTGGCTAAAAGATTAATTAACGGAA  237

seq1  AGATAAACCTTTCCCTACATGATCATAGATACAAAGTAAAATTGTCAATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAACCTTTCCCTACATGATCATAGATACAAAGTAAAATTGTCAATC  287

seq1  CCAGAAGACTATGTACATAAATTCTATATAGATATTAGTTAGGTTAACAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGACTATGTACATAAATTCTATATAGATATTAGTTAGGTTAACAA  337

seq1  AGGATGATGGCCAAGGTGGTAACTGATGGACATTGAGATACTAAAAAGCG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGATGGCCAAGGTGGTAACTGATGGACATTGAGATACTAAAAAGCG  387

seq1  GATAAGAAATGTACTGATACCCCAAATTGTAATTATTTAACAGTAATTGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAAATGTACTGATACCCCAAATTGTAATTATTTAACAGTAATTGT  437

seq1  TAAGTTTCCAATCCAAGTCTATCTGATGAGTTTTGTGGCAGCAGTATTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTCCAATCCAAGTCTATCTGATGAGTTTTGTGGCAGCAGTATTTT  487

seq1  TAACTTGATGGAATATTTAATGCAATTAGAAATATTCTCGTCTTGAAAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTGATGGAATATTTAATGCAATTAGAAATATTCTCGTCTTGAAAAG  537

seq1  TTGTTTTATGTGTATGTTACTTTGCAGTAGGGTAATAATGCTTAACACTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTATGTGTATGTTACTTTGCAGTAGGGTAATAATGCTTAACACTT  587

seq1  TGTGGACTGGACAACCAAGTCTAAGAATGTCTCACACTTAATTTTTAATA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACTGGACAACCAAGTCTAAGAATGTCTCACACTTAATTTTTAATA  637

seq1  GTCCATTATATATTCAAATTTTATTCAACTGCATATAATACAGAGATTCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTATATATTCAAATTTTATTCAACTGCATATAATACAGAGATTCT  687

seq1  TCAAGTGGCATTCATCAGCATCTATTCTTCATGATGAATTTCTAACATTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGGCATTCATCAGCATCTATTCTTCATGATGAATTTCTAACATTC  737

seq1  ATGAGAAAAATATCAGAAGTGTGATATGACATGCTTATTAGTCCTGCCAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAAATATCAGAAGTGTGATATGACATGCTTATTAGTCCTGCCAT  787

seq1  TTGTTCCTGATATATAAAGTCCCTTTAAGGGAAAAAAGGAAGTATTGCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCTGATATATAAAGTCCCTTTAAGGGAAAAAAGGAAGTATTGCTG  837

seq1  TATACTGAATGGTAACATAGCTGCATGATATAGATCTATAAAATGAATTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGAATGGTAACATAGCTGCATGATATAGATCTATAAAATGAATTG  887

seq1  TAGCACTTAATTCTTGTTCTTCCTCCCAGTCCTATGTTCCCACAAACAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTAATTCTTGTTCTTCCTCCCAGTCCTATGTTCCCACAAACAAG  937

seq1  GCTCACACTCAAAATACATTTAAAAGTACTTTGGCCACATATCTAGGATC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACTCAAAATACATTTAAAAGTACTTTGGCCACATATCTAGGATC  987

seq1  ATCTCTGACTAGATCATAACTTACAACAATCCATATATTCCATTATACAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGACTAGATCATAACTTACAACAATCCATATATTCCATTATACAT  1037

seq1  TCTGCCACATGTCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACCATGTGTCAATCTTGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACATGTCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACCATGTGTCAATCTTGT  1087

seq1  CACATCTTTTTGAGTAAATTACTTGCACCTTGCTGTAACAGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTTTTGAGTAAATTACTTGCACCTTGCTGTAACAGAATTC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |