BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242I03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 55,702,093 - 55,842,106
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene6030405A18Rik, Ccna1, 4931419H13Rik, Spg20, A730037C10Rik, Sohlh2, Dclk1, Mab21l1, 4933417G07Rik
Downstream geneLOC100040139
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242I03.bB6Ng01-242I03.g
ACCGA052132GA052133
length1,0851,098
definitionB6Ng01-242I03.b B6Ng01-242I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,702,093 - 55,703,181)(55,841,014 - 55,842,106)
sequence
gaattcttttagcagtaacatataaaaatgaacaatttatagttgtaatt
ttaaactacttatattctagctctcatcaattttaaaactcaaataaata
taagtcctgaaatttaagaaagtttaaatatgctctaacagtcacataaa
ctctttatatttgtattaaaaatgcaggttctttttctttcaagtactta
gcactaataagccatgataaatataaatgccaggtatcacattcttttca
tcagaaagctttcataaacttacagataaaaggctaagacaatttccaaa
aggaaactacttgataattattgtgatgaaagcacaaagggaaatgcttt
caagtggaggcagctcaagtggaggctggtcagggctattctcaagagtc
tcatccttgcccgacaattacagacttgaattatggaagcaatctgagaa
aataagtccttcaacagctgcgtgctcaagaattctaagttcttagactc
gtcctaggttgagcttctgtcataagtgtaacatttatagcaaacactaa
aggtgagcaatgagtcatctgtttttatttaatattagcaatgaaatgtg
gccttgaagattaagtaatataacataataaatattctcaaggttgcaga
agttataagctcatattttactgaaaagaataattcattgctatgacatt
tctcaaactgtgtaaacaaaataggtattatgctgttattaatttaattt
tgaactaaaattattttgtgtaattgtgggtctgtgaaacagatcatcag
gaaaaagcacaaacctgatgaccagagcttcatccttggaacccaaataa
aggcctaaataaagaatcaacgtcatacctcacacatgtgctcatgacat
gtgcatgcccacacatcatcacatacacacaacagtaatgtaaaaaatgt
aaacactgtcttggctaccaaataccccgaaatctaattcagtctagtta
taatcagagtaagattttaggtacaattatatacgatgatccaataatga
cttcatagagtttattgaaagtgtctatgttagac
gaattctctggagtagtctgagatcctgaaagccaatgagagcattgtgt
ccacaagagtcaggtttgctttaccatggccaggctaggccaggccaggc
caggccaggcaaagttttgctgaggcaagttaatttcatttgtcggtttt
gaaatgccctaaaggaataaaacagtagcttctgctatgcttgctttgga
actgttttaaataaaagcacttttgttatctttaatttttgaattatcat
aattatttaactctaagttctgtaagatcctttgtcttttttttgcgatt
tttactcataaattactttacttctttatattgacaagagtgtcttaact
gtaaatagactgggcttttaataatgagctttcactcaaaggaatatctt
tttttattagatattttctttatttaatttcaaatatcccctttcctagt
ttcccctccgaaaatcccctatcccttccccgcccctgctccccaaccta
cccactcccattcctggtccttgccattcccctgtactggggcatagaac
cttcacaggacctagggcctctcctcccattgatggccgactaggccatc
catagagccacaagttccaccatgtgttttctttgattggtggtatagtt
ccaaggagctctaggggtactggttagttcatcatattgatgttcctcct
aaggggcttcaaacccctttagctctcaaaggaatatcttaaaatttcat
gtaactacatttttactaacagacaatatatgattttgtgcttttaattt
aaatttttagggacaatttgaattattcctataaacattttgtaatttga
tgtcacagacatttctagatagaatttctgtttctgtctttagtcatcag
agttcatataactagagctgtcttggagcagtttttatcatttgcaaata
cctcgatggcttatctcatggagccccattgctgaagccagctttgtgac
cacattatgttcaatcccggccattctggattaccaaccacctgcaaagg
tctgtatttcatgtttcactcatttcacttttaggctaaaataaaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_55702093_55703181
seq2: B6Ng01-242I03.b_42_1126

seq1  GAATTCTTTTAGCAGTAACATATAAAAATGAACAATTTATAGTTGTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAGCAGTAACATATAAAAATGAACAATTTATAGTTGTAATT  50

seq1  TTAAACTACTTATATTCTAGCTCTCATCAATTTTAAAACTCAAATAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTACTTATATTCTAGCTCTCATCAATTTTAAAACTCAAATAAATA  100

seq1  TAAGTCCTGAAATTTAAGAAAGTTTAAATATGCTCTAACAGTCACATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTGAAATTTAAGAAAGTTTAAATATGCTCTAACAGTCACATAAA  150

seq1  CTCTTTATATTTGTATTAAAAATGCAGGTTCTTTTTCTTTCAAGTACTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATATTTGTATTAAAAATGCAGGTTCTTTTTCTTTCAAGTACTTA  200

seq1  GCACTAATAAGCCATGATAAATATAAATGCCAGGTATCACATTCTTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAATAAGCCATGATAAATATAAATGCCAGGTATCACATTCTTTTCA  250

seq1  TCAGAAAGCTTTCATAAACTTACAGATAAAAGGCTAAGACAATTTCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGCTTTCATAAACTTACAGATAAAAGGCTAAGACAATTTCCAAA  300

seq1  AGGAAACTACTTGATAATTATTGTGATGAAAGCACAAAGGGAAATGCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACTACTTGATAATTATTGTGATGAAAGCACAAAGGGAAATGCTTT  350

seq1  CAAGTGGAGGCAGCTCAAGTGGAGGCTGGTCAGGGCTATTCTCAAGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGAGGCAGCTCAAGTGGAGGCTGGTCAGGGCTATTCTCAAGAGTC  400

seq1  TCATCCTTGCCCGACAATTACAGACTTGAATTATGGAAGCAATCTGAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTGCCCGACAATTACAGACTTGAATTATGGAAGCAATCTGAGAA  450

seq1  AATAAGTCCTTCAACAGCTGCGTGCTCAAGAATTCTAAGTTCTTAGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTCCTTCAACAGCTGCGTGCTCAAGAATTCTAAGTTCTTAGACTC  500

seq1  GTCCTAGGTTGAGCTTCTGTCATAAGTGTAACATTTATAGCAAACACTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGTTGAGCTTCTGTCATAAGTGTAACATTTATAGCAAACACTAA  550

seq1  AGGTGAGCAATGAGTCATCTGTTTTTATTTAATATTAGCAATGAAATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGCAATGAGTCATCTGTTTTTATTTAATATTAGCAATGAAATGTG  600

seq1  GCCTTGAAGATTAAGTAATATAACATAATAAATATTCTCAAGGTTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAAGATTAAGTAATATAACATAATAAATATTCTCAAGGTTGCAGA  650

seq1  AGTTATAAGCTCATATTTTACTGAAAAGAATAATTCATTGCTATGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAGCTCATATTTTACTGAAAAGAATAATTCATTGCTATGACATT  700

seq1  TCTCAAACTGTGTAAACAAAATAGGTATTATGCTGTTATTAATTTAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTGTGTAAACAAAATAGGTATTATGCTGTTATTAATTTAATTT  750

seq1  TGAACTAAAATTATTTTGTGTAATTGTGGGTCTGTGAAACAGATCATCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTAAAATTATTTTGTGTAATTGTGGGTCTGTGAAACAGATCATCAG  800

seq1  GAAAAAGCACAAACCTGATGACCAGAGCTTCATCCTTGGAACCCAAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCACAAACCTGATGACCAGAGCTTCATCCTTGGAACCCAAATAA  850

seq1  AGGCCTAAATAAAGAATCAACGTCATACCTCACACATGTGCTCATGACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTAAATAAAGAATCAACGTCATACCTCACACATGTGCTCATGACAT  900

seq1  GTGCATGCCCACACATCATCACATACACACAACAGTAATGTAAAAAATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCCCACACATCATCACATACACACAACAGTAATGTAAAAAATGT  950

seq1  AAACACTGTCTTGGCTAACCAAATACCCC-AAATCTAATTCAAGTCTAGT  999
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  AAACACTGTCTTGGCT-ACCAAATACCCCGAAATCTAATTC-AGTCTAGT  998

seq1  TATAATTCAGAGTAAGATTTTAGGGACAAATTATATACCAATGATCCAAT  1049
      ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||
seq2  TATAA-TCAGAGTAAGATTTTAGGTAC-AATTATATA-CGATGATCCAAT  1045

seq1  AATGAC-TCATAGAAGTTTATATGAAAGTGTCTATG-TAGAC  1089
      |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  AATGACTTCATAG-AGTTTAT-TGAAAGTGTCTATGTTAGAC  1085

seq1: chr3_55841014_55842106
seq2: B6Ng01-242I03.g_67_1164 (reverse)

seq1  ACTTTTATTTTAACCTAAAA-TTAAATGAGTG-AACCTGAAATACAGACC  48
      |||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  ACTTTTATTTTAGCCTAAAAGTGAAATGAGTGAAACATGAAATACAGACC  50

seq1  TTTGCAGGTG--TGTGTATCCAG-ATGG-CGGGATTGAACAAAATGTGGT  94
      ||||||||||  ||   |||||| |||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TTTGCAGGTGGTTGGTAATCCAGAATGGCCGGGATTGAACATAATGTGGT  100

seq1  CACAAAGCT-GCTTCAGCAATGGGGCTCCATGAGATAAGCCATCGAGGTA  143
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGCTGGCTTCAGCAATGGGGCTCCATGAGATAAGCCATCGAGGTA  150

seq1  TTTTGCAAATGATAAAAACTGCTCCAAGACAGCTCTAGTTATATGAACTC  193
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTGCAAATGATAAAAACTGCTCCAAGACAGCTCTAGTTATATGAACTC  199

seq1  TTGATGACTAAAGACAGAAACAGAAATTCTATCTAGAAATGTCTGTGACA  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGATGACTAAAGACAGAAACAGAAATTCTATCTAGAAATGTCTGTGACA  248

seq1  TCAAATTACAAAATGTTTATAGGAATAATTCAAATTGTCCCTAAAAATTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTACAAAATGTTTATAGGAATAATTCAAATTGTCCCTAAAAATTT  298

seq1  AAATTAAAAGCACAAAATCATATATTGTCTGTTAGTAAAAATGTAGTTAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAAGCACAAAATCATATATTGTCTGTTAGTAAAAATGTAGTTAC  348

seq1  ATGAAATTTTAAGATATTCCTTTGAGAGCTAAAGGGGTTTGAAGCCCCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATTTTAAGATATTCCTTTGAGAGCTAAAGGGGTTTGAAGCCCCTT  398

seq1  AGGAGGAACATCAATATGATGAACTAACCAGTACCCCTAGAGCTCCTTGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAACATCAATATGATGAACTAACCAGTACCCCTAGAGCTCCTTGG  448

seq1  AACTATACCACCAATCAAAGAAAACACATGGTGGAACTTGTGGCTCTATG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATACCACCAATCAAAGAAAACACATGGTGGAACTTGTGGCTCTATG  498

seq1  GATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTAGGTCCTGTGAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGGAGAGGCCCTAGGTCCTGTGAAG  548

seq1  GTTCTATGCCCCAGTACAGGGGAATGGCAAGGACCAGGAATGGGAGTGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATGCCCCAGTACAGGGGAATGGCAAGGACCAGGAATGGGAGTGGG  598

seq1  TAGGTTGGGGAGCAGGGGCGGGGAAGGGATAGGGGATTTTCGGAGGGGAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTGGGGAGCAGGGGCGGGGAAGGGATAGGGGATTTTCGGAGGGGAA  648

seq1  ACTAGGAAAGGGGATATTTGAAATTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGAAAGGGGATATTTGAAATTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAA  698

seq1  AAGATATTCCTTTGAGTGAAAGCTCATTATTAAAAGCCCAGTCTATTTAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTCCTTTGAGTGAAAGCTCATTATTAAAAGCCCAGTCTATTTAC  748

seq1  AGTTAAGACACTCTTGTCAATATAAAGAAGTAAAGTAATTTATGAGTAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGACACTCTTGTCAATATAAAGAAGTAAAGTAATTTATGAGTAAA  798

seq1  AATCGCAAAAAAAAGACAAAGGATCTTACAGAACTTAGAGTTAAATAATT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGCAAAAAAAAGACAAAGGATCTTACAGAACTTAGAGTTAAATAATT  848

seq1  ATGATAATTCAAAAATTAAAGATAACAAAAGTGCTTTTATTTAAAACAGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATTCAAAAATTAAAGATAACAAAAGTGCTTTTATTTAAAACAGT  898

seq1  TCCAAAGCAAGCATAGCAGAAGCTACTGTTTTATTCCTTTAGGGCATTTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGCAAGCATAGCAGAAGCTACTGTTTTATTCCTTTAGGGCATTTC  948

seq1  AAAACCGACAAATGAAATTAACTTGCCTCAGCAAAACTTTGCCTGGCCTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCGACAAATGAAATTAACTTGCCTCAGCAAAACTTTGCCTGGCCTG  998

seq1  GCCTGGCCTGGCCTAGCCTGGCCATGGTAAAGCAAACCTGACTCTTGTGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCCTGGCCTAGCCTGGCCATGGTAAAGCAAACCTGACTCTTGTGG  1048

seq1  ACACAATGCTCTCATTGGCTTTCAGGATCTCAGACTACTCCAGAGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGCTCTCATTGGCTTTCAGGATCTCAGACTACTCCAGAGAATTC  1098