BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242K02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,520,428 - 65,660,692
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4933425M15Rik, LOC670110, Kcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866
Downstream geneCcnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242K02.bB6Ng01-242K02.g
ACCGA052223GA052224
length1,1741,010
definitionB6Ng01-242K02.b B6Ng01-242K02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,659,560 - 65,660,692)(65,520,428 - 65,521,433)
sequence
gaattcagtttcaacatgggccaggccacctgactccacacctccaatgt
ggtccctgtctgtcctccttgcatctccatcataacagttctctgcatct
gtttcccatgcagggaagcaagggaaacgcggcaagcgagcctgcagccc
atgctctttgtaacctctgctaagaggtccttgctgctcaaatattcttg
tacaacccagagggctttcttaacaaaagaagcactctttattcttaatc
ttacttactgagaaacaatcaactttacaagttcctgacatgtaattgtt
tacatgaggtgactgttgcctcacagactggtttggcaatgctccttgca
aggaaaacagggtcttctaagaaggagccgagccgagtcagagggccgta
caatagagcgctatctggaaaggctgctgaggcctgtcccgaaggaagtc
acgcattgtcaatggtagcaaggcatcagtgacagaggatttgaacatta
gttgctggtgactggttatatagccaaagtgaccaggtgaaatagttttt
agaagcaatttgcagatttagggatgttgcttcaattacaactcagtatc
aataaagaccaaggactagactccaacctacacaggtttttccatcctgg
gaaggtcaggaaatgttatgtgagagagaaagactaccattggtgtagtg
gtactgctaggggaagccacaagttgaggtttattgaatttaaagagcag
ccagactcatctggctggtagggtctgtcttgtcagtcatgggtcctcca
gactcatctggctggtaggagtctgtcttgtcagtcatggggtcctccag
actcatctggctgggtagggtctgtcttgtcagtcatggggtcctccaga
ctcatctgccttgttagggttctgtcttgtcagtcatgggatcctccaga
ctcaacctggctgggtagggtcttctttgccagccaatgggtcctagctt
cttgattcttttcctcagcccttccggtttccttaatgcattaacaagtt
tacccggcccgacaggctgcctggaggagcctgggggattggtttccgta
ttcagggactcaagatgctcctatttgcaaattcgaatgtttggaattag
gaggctattaatatggattactga
gaattctctgcaacccctttgtgctcactggatctgggccaaggtggaaa
gactggtttgagggaacaggcccatgtgccctccatacataggcttctta
ttcagagctgtcagagaattctgctcttgcacctcagtacagtgttggcc
accctctctgtggctccaacacaccaaaatatggctgccactgctctcca
gagagcacgcagtcaaccttgatagccatgctagctttccactgtggcaa
aaattgaatataacttataagaagaaaagtgttgctttgacttggttttt
gttggcccctctgctttgatcctgaagtgaagcagctcacgatgtgaaga
gagggtgggagaaaaaggctgagtatctcatggccagaaagtggaaaaga
gaaccaggacatgactagggtcttacattattaaatatatacccccagtg
atccaagactgcctataaggcctcatctattaaagtgttccaatagtttc
acactagtgagccctattcttttaacacatggaccagatccagcctatag
cagcaatatttacatccatatgatgctaattccatagagaaacagactat
aggttatagggggtccatcaacattttttaatgtttcccaactacctggg
agactaggctgatattgagtaagaatctttgtaaagattcactactatgg
tgtcaagagtttgactataaagtatcctcctttggcttctgttttagaac
actgggtgcctagttgatggcactgtttgggggaggttctggttcctttt
ggactatggcccacttggcataagtaggttgctagaagtgatggatgcct
gctctggcccacatctgtgcttccagatctgcctagtgtgagagcctctt
cacatgcttctgctggtacataccccaaccatgctttgcttacctttcag
ttgtcctctgctggggagccagcactgcagggtcagtgctgtgccagtgg
gatcccagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65659560_65660692
seq2: B6Ng01-242K02.b_43_1216 (reverse)

seq1  TCAGT-ATTCATATTAATA-CCTTCTA--TTCATACA-TCG-ATTTGCAT  44
      ||||| || |||||||||| ||| |||  | || ||| ||| ||||||| 
seq2  TCAGTAATCCATATTAATAGCCTCCTAATTCCAAACATTCGAATTTGCAA  50

seq1  AGAG----AT-TTGAGTCCCTGAATAC-GAAACC-ATCCCCCA-GCTCCT  86
      | ||    || |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  ATAGGAGCATCTTGAGTCCCTGAATACGGAAACCAATCCCCCAGGCTCCT  100

seq1  -CAGGCAG-CTGT-GGGC--GGTAA--CTGT--ATGCA-TAAGGAAA-CG  125
       ||||||| |||| ||||  |||||   |||  ||||| |||||||| ||
seq2  CCAGGCAGCCTGTCGGGCCGGGTAAACTTGTTAATGCATTAAGGAAACCG  150

seq1  GA--GGCTGA-GAAAAG-ATC-AGAAGCTAGGACCCA-TGGCTGGC-AAG  168
      ||  |||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GAAGGGCTGAGGAAAAGAATCAAGAAGCTAGGACCCATTGGCTGGCAAAG  200

seq1  AAGACCCTA-CCAGCCA-GCTGAGTCTGGAGGA-CCCATGACTGACAAGA  215
      ||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTACCCAGCCAGGTTGAGTCTGGAGGATCCCATGACTGACAAGA  250

seq1  CAG-ACCCT-ACCAGGCAGATGAGTCTGGAGGA-CCCATGACTGACAAGA  262
      ||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGAACCCTAACAAGGCAGATGAGTCTGGAGGACCCCATGACTGACAAGA  300

seq1  CAGACCCTA-CCAGCCAGATGAGTCTGGAGGA-CCCATGACTGACAAGAC  310
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGACCCTACCCAGCCAGATGAGTCTGGAGGACCCCATGACTGACAAGAC  350

seq1  AGAC-CCTACCAGCCAGATGAGTCTGGAGGACCCATGACTGACAAGACAG  359
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCTACCAGCCAGATGAGTCTGGAGGACCCATGACTGACAAGACAG  400

seq1  ACCCTACCAGCCAGATGAGTCTGGCTGCTCTTTAAATTCAATAAACCTCA  409
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTACCAGCCAGATGAGTCTGGCTGCTCTTTAAATTCAATAAACCTCA  450

seq1  ACTTGTGGCTTCCCCTAGCAGTACCACTACACCAATGGTAGTCTTTCTCT  459
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGGCTTCCCCTAGCAGTACCACTACACCAATGGTAGTCTTTCTCT  500

seq1  CTCACATAACATTTCCTGACCTTCCCAGGATGGAAAAACCTGTGTAGGTT  509
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATAACATTTCCTGACCTTCCCAGGATGGAAAAACCTGTGTAGGTT  550

seq1  GGAGTCTAGTCCTTGGTCTTTATTGATACTGAGTTGTAATTGAAGCAACA  559
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTAGTCCTTGGTCTTTATTGATACTGAGTTGTAATTGAAGCAACA  600

seq1  TCCCTAAATCTGCAAATTGCTTCTAAAAACTATTTCACCTGGTCACTTTG  609
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAATCTGCAAATTGCTTCTAAAAACTATTTCACCTGGTCACTTTG  650

seq1  GCTATATAACCAGTCACCAGCAACTAATGTTCAAATCCTCTGTCACTGAT  659
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATAACCAGTCACCAGCAACTAATGTTCAAATCCTCTGTCACTGAT  700

seq1  GCCTTGCTACCATTGACAATGCGTGACTTCCTTCGGGACAGGCCTCAGCA  709
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTACCATTGACAATGCGTGACTTCCTTCGGGACAGGCCTCAGCA  750

seq1  GCCTTTCCAGATAGCGCTCTATTGTACGGCCCTCTGACTCGGCTCGGCTC  759
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCCAGATAGCGCTCTATTGTACGGCCCTCTGACTCGGCTCGGCTC  800

seq1  CTTCTTAGAAGACCCTGTTTTCCTTGCAAGGAGCATTGCCAAACCAGTCT  809
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAGAAGACCCTGTTTTCCTTGCAAGGAGCATTGCCAAACCAGTCT  850

seq1  GTGAGGCAACAGTCACCTCATGTAAACAATTACATGTCAGGAACTTGTAA  859
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCAACAGTCACCTCATGTAAACAATTACATGTCAGGAACTTGTAA  900

seq1  AGTTGATTGTTTCTCAGTAAGTAAGATTAAGAATAAAGAGTGCTTCTTTT  909
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATTGTTTCTCAGTAAGTAAGATTAAGAATAAAGAGTGCTTCTTTT  950

seq1  GTTAAGAAAGCCCTCTGGGTTGTACAAGAATATTTGAGCAGCAAGGACCT  959
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAAAGCCCTCTGGGTTGTACAAGAATATTTGAGCAGCAAGGACCT  1000

seq1  CTTAGCAGAGGTTACAAAGAGCATGGGCTGCAGGCTCGCTTGCCGCGTTT  1009
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCAGAGGTTACAAAGAGCATGGGCTGCAGGCTCGCTTGCCGCGTTT  1050

seq1  CCCTTGCTTCCCTGCATGGGAAACAGATGCAGAGAACTGTTATGATGGAG  1059
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCTTCCCTGCATGGGAAACAGATGCAGAGAACTGTTATGATGGAG  1100

seq1  ATGCAAGGAGGACAGACAGGGACCACATTGGAGGTGTGGAGTCAGGTGGC  1109
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGGAGGACAGACAGGGACCACATTGGAGGTGTGGAGTCAGGTGGC  1150

seq1  CTGGCCCATGTTGAAACTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCCATGTTGAAACTGAATTC  1174

seq1: chr3_65520428_65521433
seq2: B6Ng01-242K02.g_66_1075

seq1  GAATTCTCTGCAACCCCTTTGTGCTCACTGGATCTGGGCCAAGGTGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCAACCCCTTTGTGCTCACTGGATCTGGGCCAAGGTGGAAA  50

seq1  GACTGGTTTGAGGGAACAGGCCCATGTGCCCTCCATACATAGGCTTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTTTGAGGGAACAGGCCCATGTGCCCTCCATACATAGGCTTCTTA  100

seq1  TTCAGAGCTGTCAGAGAATTCTGCTCTTGCACCTCAGTACAGTGTTGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGCTGTCAGAGAATTCTGCTCTTGCACCTCAGTACAGTGTTGGCC  150

seq1  ACCCTCTCTGTGGCTCCAACACACCAAAATATGGCTGCCACTGCTCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTCTGTGGCTCCAACACACCAAAATATGGCTGCCACTGCTCTCCA  200

seq1  GAGAGCACGCAGTCAACCTTGATAGCCATGCTAGCTTTCCACTGTGGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCACGCAGTCAACCTTGATAGCCATGCTAGCTTTCCACTGTGGCAA  250

seq1  AAATTGAATATAACTTATAAGAAGAAAAGTGTTGCTTTGACTTGGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAATATAACTTATAAGAAGAAAAGTGTTGCTTTGACTTGGTTTTT  300

seq1  GTTGGCCCCTCTGCTTTGATCCTGAAGTGAAGCAGCTCACGATGTGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCCCTCTGCTTTGATCCTGAAGTGAAGCAGCTCACGATGTGAAGA  350

seq1  GAGGGTGGGAGAAAAAGGCTGAGTATCTCATGGCCAGAAAGTGGAAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGGGAGAAAAAGGCTGAGTATCTCATGGCCAGAAAGTGGAAAAGA  400

seq1  GAACCAGGACATGACTAGGGTCTTACATTATTAAATATATACCCCCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGGACATGACTAGGGTCTTACATTATTAAATATATACCCCCAGTG  450

seq1  ATCCAAGACTGCCTATAAGGCCTCATCTATTAAAGTGTTCCAATAGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGACTGCCTATAAGGCCTCATCTATTAAAGTGTTCCAATAGTTTC  500

seq1  ACACTAGTGAGCCCTATTCTTTTAACACATGGACCAGATCCAGCCTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGTGAGCCCTATTCTTTTAACACATGGACCAGATCCAGCCTATAG  550

seq1  CAGCAATATTTACATCCATATGATGCTAATTCCATAGAGAAACAGACTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATATTTACATCCATATGATGCTAATTCCATAGAGAAACAGACTAT  600

seq1  AGGTTATAGGGGGTCCATCAACATTTTTTAATGTTTCCCAACTACCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATAGGGGGTCCATCAACATTTTTTAATGTTTCCCAACTACCTGGG  650

seq1  AGACTAGGCTGATATTGAGTAAGAATCTTTGTAAAGATTCACTACTATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAGGCTGATATTGAGTAAGAATCTTTGTAAAGATTCACTACTATGG  700

seq1  TGTCAAGAGTTTGACTATAAAGTATCCTCCTTTGGCTTCTGTTTTAGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGAGTTTGACTATAAAGTATCCTCCTTTGGCTTCTGTTTTAGAAC  750

seq1  ACTGGGTGCCTAGTTGATGGCACTGTTTGGGGGAGGTTCTGGTTCCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTGCCTAGTTGATGGCACTGTTTGGGGGAGGTTCTGGTTCCTTTT  800

seq1  GGACTATGGCCCACTTGGCATAAGTAGGTTGCTAGAAGGTGATGGATGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGACTATGGCCCACTTGGCATAAGTAGGTTGCTAGAA-GTGATGGATGCC  849

seq1  TGCTCTGGCCCACATCTGTGCTTCCAGATCTGCCTAGTGTGAGAGCCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGGCCCACATCTGTGCTTCCAGATCTGCCTAGTGTGAGAGCCTCT  899

seq1  TCCACATGCTTCTGCTGGCACATACCCC-ACCATGCTTTGCTTACC-TTC  948
      | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  T-CACATGCTTCTGCTGGTACATACCCCAACCATGCTTTGCTTACCTTTC  948

seq1  AGTTGT-CTCTGTTGGGGAGCCAGCACTG-AGGG-CAGTGCTGTG-CAGT  994
      |||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||
seq2  AGTTGTCCTCTGCTGGGGAGCCAGCACTGCAGGGTCAGTGCTGTGCCAGT  998

seq1  GGGATCCCAGAA  1006
      ||||||||||||
seq2  GGGATCCCAGAA  1010