BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242N13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,115,228 - 41,247,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666004
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
Downstream genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242N13.bB6Ng01-242N13.g
ACCGA052383GA052384
length1,1121,170
definitionB6Ng01-242N13.b B6Ng01-242N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,115,228 - 41,116,328)(41,246,338 - 41,247,509)
sequence
gaattctttatagatcagttggccttgaactcagaggtctgcctgcctct
gcttccccagtgctaggtgtgctgcatttgccaccacaccgcactcccac
ctttatgttcttaaatctatcactgaacccgaagctcatggatttggctg
cgctcaccagtcaatgagcttcagcgacctgccagactctgcttgatccc
caagtgcagggttacccgcccatgacaccaacccagcctttggatgcgct
tgctcaggatctgagctcaggttcccctgcctttgtgacaagaatattac
catccagccacctccccagcctcaacactgcctttatttctttatggatc
tggctggtgacaaaacacttcagggacaggaagcaatgtgaagtactgtc
actctgtctgtctgtgttccttattttcccattgttgctctcaaaaccta
acagaaagcagcttgaggctagaaacattcattttggccctcaacttgag
ggaatatagcccatttttatagggaaaaatggcggcagggaattgaggtg
aatatgtgtctgaacaggagagccaataggaggcatttcacatgctagac
aaccaattttaccagctcctaatttccagctttctgacattgtcttcttt
cctatttccttggctgcccattgcttatttgttccccttcaacaatacac
tcaggtccatttcctacaatagcaccatcttggttgcaactggtggggcc
agctctaggaggccctgaggctgaaccttccttcctagtgttggtactgt
gagcaccattgttgcctctgatgaaggtgagcatacacacggctacaaaa
atatgtcaagtcaggccagagtcctccacaataacagcaaaggtgattaa
tagtttgctttaaatgatgtaacggacatttaataagtcattgatttttc
ttagcatcttaataaaaatgggttttggggggagtctccagctcctacaa
gcaatattgaatatgaaattcacacactgggttctgggtgcttttgttat
ctggtgtggagcacaatattaacccgatgaatattttaacttgcagtgta
ggccatttggtg
gaattctctcaagatcgctcatcatttttactgaatgaagtgtactcaca
aaatgaggagaactgtcactttcaacagaagacatttggtcttgaaacaa
taaatgttctgggagattactctgggttctaggggcttctaggatctgtg
actaggtgagaaaaggagagtcctaattttattttgtaacccatttatcg
gaaacctttctcttaatatccatttgcttttatttatgtgtatatgtgtg
cccatggtgaccagagagcactgaatccttgggaactgaaattataggca
gttgtgagccacctggtgtgggtgctgaaaaccagtcctgaattctcttg
caagagtagcaagtactctcaaacaccgagtcatctctgcacacctcatt
tctagaactctcagggaaagagtgtttctgtttgttaacccaagatacct
ttattgaaatcatttaaggcttccagacatctccttatacattacagcag
tcacacacatacctcgaccccttgactgttttcaaacctttccctaggct
aataggcatgtacaaactttgtctttctgggcgtcactgcacgaggtaaa
ctaagcatgtccataccgcatctccttgggtgtcactgcaaggtcactag
tctctctttgacattctagccctacagattctgtgtgaacatctgattgg
tcctgcatacgttctttgaaagcagttcgaggagatgtttatcctcctaa
actaagagactgtgtcaagcttgcatttagcaaatgttagccctacactg
tcttcctccacctccctaccctctttcatttgatggaaaatgtgacatgg
agactctgaggacagtacacagtcatacagtcctgccactgtcttctcag
tgtgtagccaatgtggttttcattacaactctagattagacatttgggta
gaaaatattcacttgggccttttgaaactgaagtcatactctgagaacaa
atctaggaccagggatttgactgtgaaatcatttgctaataagtttatcg
tgagctgtgttggctactttttgtgtcactttgacattattatagagagt
cattttggaggaggaacaggcattagaaaattcccaactgatgttaggct
tggggtgtccattttcctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41115228_41116328
seq2: B6Ng01-242N13.b_48_1159

seq1  GAATTCTTTATAGATCAGTTGGCCTTGAACTCAGAGGTCTGCCTGCCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATAGATCAGTTGGCCTTGAACTCAGAGGTCTGCCTGCCTCT  50

seq1  GCTTCCCCAGTGCTAGGTGTGCTGCATTTGCCACCACACCGCACTCCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCCAGTGCTAGGTGTGCTGCATTTGCCACCACACCGCACTCCCAC  100

seq1  CTTTATGTTCTTAAATCTATCACTGAACCCGAAGCTCATGGATTTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTTCTTAAATCTATCACTGAACCCGAAGCTCATGGATTTGGCTG  150

seq1  CGCTCACCAGTCAATGAGCTTCAGCGACCTGCCAGACTCTGCTTGATCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCACCAGTCAATGAGCTTCAGCGACCTGCCAGACTCTGCTTGATCCC  200

seq1  CAAGTGCAGGGTTACCCGCCCATGACACCAACCCAGCCTTTGGATGCGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCAGGGTTACCCGCCCATGACACCAACCCAGCCTTTGGATGCGCT  250

seq1  TGCTCAGGATCTGAGCTCAGGTTCCCCTGCCTTTGTGACAAGAATATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGGATCTGAGCTCAGGTTCCCCTGCCTTTGTGACAAGAATATTAC  300

seq1  CATCCAGCCACCTCCCCAGCCTCAACACTGCCTTTATTTCTTTATGGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGCCACCTCCCCAGCCTCAACACTGCCTTTATTTCTTTATGGATC  350

seq1  TGGCTGGTGACAAAACACTTCAGGGACAGGAAGCAATGTGAAGTACTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGTGACAAAACACTTCAGGGACAGGAAGCAATGTGAAGTACTGTC  400

seq1  ACTCTGTCTGTCTGTGTTCCTTATTTTCCCATTGTTGCTCTCAAAACCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCTGTCTGTGTTCCTTATTTTCCCATTGTTGCTCTCAAAACCTA  450

seq1  ACAGAAAGCAGCTTGAGGCTAGAAACATTCATTTTGGCCCTCAACTTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGCAGCTTGAGGCTAGAAACATTCATTTTGGCCCTCAACTTGAG  500

seq1  GGAATATAGCCCATTTTTATAGGGAAAAATGGCGGCAGGGAATTGAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATAGCCCATTTTTATAGGGAAAAATGGCGGCAGGGAATTGAGGTG  550

seq1  AATATGTGTCTGAACAGGAGAGCCAATAGGAGGCATTTCACATGCTAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTCTGAACAGGAGAGCCAATAGGAGGCATTTCACATGCTAGAC  600

seq1  AACCAATTTTACCAGCTCCTAATTTCCAGCTTTCTGACATTGTCTTCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATTTTACCAGCTCCTAATTTCCAGCTTTCTGACATTGTCTTCTTT  650

seq1  CCTATTTCCTTGGCTGCCCATTGCTTATTTGTTCCCCTTCAACAATACAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTCCTTGGCTGCCCATTGCTTATTTGTTCCCCTTCAACAATACAC  700

seq1  TCAGGTCCATTTCCTACAATAGCACCATCTTGGTTGCAACTGGTGGGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCATTTCCTACAATAGCACCATCTTGGTTGCAACTGGTGGGGCC  750

seq1  AGCTCTAGGAGGCCCTGAGGCTGAACCTTCCTTCCTAGTGTTGGTACTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGGAGGCCCTGAGGCTGAACCTTCCTTCCTAGTGTTGGTACTGT  800

seq1  GAGCACCATTGTTGCCTCTGATGAAGGTGAGCATACACACGGCTACAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACCATTGTTGCCTCTGATGAAGGTGAGCATACACACGGCTACAAAA  850

seq1  ATATGTCAAGTCAGGCCAGAGTCCTCCACAATAACAGCAAAGGTGATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCAAGTCAGGCCAGAGTCCTCCACAATAACAGCAAAGGTGATTAA  900

seq1  TAGTTTGCTTT-AATGATGTAACGGACATTTAATAAGTCATTGATTTTTC  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGCTTTAAATGATGTAACGGACATTTAATAAGTCATTGATTTTTC  950

seq1  TTAGCATCTTAATAAAA--TGGTTTTGGGGGGAGTCTCCAGCTCCTACAA  997
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATCTTAATAAAAATGGGTTTTGGGGGGAGTCTCCAGCTCCTACAA  1000

seq1  GGCAATATTGATTATG-AATTCACACACTGGGTTCTGGGTGC-TTTGTTA  1045
       |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -GCAATATTGAATATGAAATTCACACACTGGGTTCTGGGTGCTTTTGTTA  1049

seq1  TCCTGGTGT-GAGCAC-ATATT-ACCCGATGAATATTT--AC-TGCAGTG  1089
      | ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||  || |||||||
seq2  T-CTGGTGTGGAGCACAATATTAACCCGATGAATATTTTAACTTGCAGTG  1098

seq1  TA-GCCA-TTGGTG  1101
      || |||| ||||||
seq2  TAGGCCATTTGGTG  1112

seq1: chr3_41246338_41247509
seq2: B6Ng01-242N13.g_67_1236 (reverse)

seq1  TCAGGAAAATG--CACCCCAAGCCTACCAATCTGGTTGGGATATTTTCTT  48
      |||||||||||  ||||||||||||| | |||  ||||||| |||||| |
seq2  TCAGGAAAATGGACACCCCAAGCCTAAC-ATC-AGTTGGGA-ATTTTC-T  46

seq1  AATTGCTGTTCCCTCTTCCAAAATGACTCTCTATA--TATGTCAAAGTTG  96
      |||  ||||| |||| |||||||||||||||||||   ||||||||| ||
seq2  AATGCCTGTT-CCTCCTCCAAAATGACTCTCTATAATAATGTCAAAG-TG  94

seq1  ACACAAAAAGTAGCCAACACAGCTCACGATAAACTTA-TAGCAAATGATT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACACAAAAAGTAGCCAACACAGCTCACGATAAACTTATTAGCAAATGATT  144

seq1  TCACAGTCAAATCCCTGGTTCCTAGATTTGTTCTCAGAGTATGACTTCAG  195
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCAAATCCCTGG-TCCTAGATTTGTTCTCAGAGTATGACTTCAG  193

seq1  TTTTCAAAAGGCCCAAGTGAATA-TTTCTACCCAAATGTCTAATCTAGAG  244
       |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTCAAAAGGCCCAAGTGAATATTTTCTACCCAAATGTCTAATCTAGAG  242

seq1  TTGTAATGAAAACCACATTGGCTACACACTGAGAAGACAGTGGCAGGACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATGAAAACCACATTGGCTACACACTGAGAAGACAGTGGCAGGACT  292

seq1  GTATGACTGTGTACTGTCCTCAGAGTCTCCATGTCACATTTTCCATCAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGACTGTGTACTGTCCTCAGAGTCTCCATGTCACATTTTCCATCAAA  342

seq1  TGAAAGAGGGTAGGGAGGTGGAGGAAGACAGTGTAGGGCTAACATTTGCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGGGTAGGGAGGTGGAGGAAGACAGTGTAGGGCTAACATTTGCT  392

seq1  AAATGCAAGCTTGACACAGTCTCTTAGTTTAGGAGGATAAACATCTCCTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAAGCTTGACACAGTCTCTTAGTTTAGGAGGATAAACATCTCCTC  442

seq1  GAACTGCTTTCAAAGAACGTATGCAGGACCAATCAGATGTTCACACAGAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCTTTCAAAGAACGTATGCAGGACCAATCAGATGTTCACACAGAA  492

seq1  TCTGTAGGGCTAGAATGTCAAAGAGAGACTAGTGACCTTGCAGTGACACC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGGCTAGAATGTCAAAGAGAGACTAGTGACCTTGCAGTGACACC  542

seq1  CAAGGAGATGCGGTATGGACATGCTTAGTTTACCTCGTGCAGTGACGCCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGATGCGGTATGGACATGCTTAGTTTACCTCGTGCAGTGACGCCC  592

seq1  AGAAAGACAAAGTTTGTACATGCCTATTAGCCTAGGGAAAGGTTTGAAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACAAAGTTTGTACATGCCTATTAGCCTAGGGAAAGGTTTGAAAA  642

seq1  CAGTCAAGGGGTCGAGGTATGTGTGTGACTGCTGTAATGTATAAGGAGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAGGGGTCGAGGTATGTGTGTGACTGCTGTAATGTATAAGGAGAT  692

seq1  GTCTGGAAGCCTTAAATGATTTCAATAAAGGTATCTTGGGTTAACAAACA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGAAGCCTTAAATGATTTCAATAAAGGTATCTTGGGTTAACAAACA  742

seq1  GAAACACTCTTTCCCTGAGAGTTCTAGAAATGAGGTGTGCAGAGATGACT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTCTTTCCCTGAGAGTTCTAGAAATGAGGTGTGCAGAGATGACT  792

seq1  CGGTGTTTGAGAGTACTTGCTACTCTTGCAAGAGAATTCAGGACTGGTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTTTGAGAGTACTTGCTACTCTTGCAAGAGAATTCAGGACTGGTTT  842

seq1  TCAGCACCCACACCAGGTGGCTCACAACTGCCTATAATTTCAGTTCCCAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACCCACACCAGGTGGCTCACAACTGCCTATAATTTCAGTTCCCAA  892

seq1  GGATTCAGTGCTCTCTGGTCACCATGGGCACACATATACACATAAATAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAGTGCTCTCTGGTCACCATGGGCACACATATACACATAAATAAA  942

seq1  AGCAAATGGATATTAAGAGAAAGGTTTCCGATAAATGGGTTACAAAATAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGGATATTAAGAGAAAGGTTTCCGATAAATGGGTTACAAAATAA  992

seq1  AATTAGGACTCTCCTTTTCTCACCTAGTCACAGATCCTAGAAGCCCCTAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGACTCTCCTTTTCTCACCTAGTCACAGATCCTAGAAGCCCCTAG  1042

seq1  AACCCAGAGTAATCTCCCAGAACATTTATTGTTTCAAGACCAAATGTCTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGAGTAATCTCCCAGAACATTTATTGTTTCAAGACCAAATGTCTT  1092

seq1  CTGTTGAAAGTGACAGTTCTCCTCATTTTGTGAGTACACTTCATTCAGTA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAAAGTGACAGTTCTCCTCATTTTGTGAGTACACTTCATTCAGTA  1142

seq1  AAAATGATGAGCGATCTTGAGAGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATGAGCGATCTTGAGAGAATTC  1170