BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242O14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,583,022 - 65,744,293
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4933425M15Rik, LOC670110, Kcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866
Downstream geneCcnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3, LOC625115
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242O14.bB6Ng01-242O14.g
ACCGA052433GA052434
length1,1381,068
definitionB6Ng01-242O14.b B6Ng01-242O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,583,022 - 65,584,154)(65,743,226 - 65,744,293)
sequence
gaattccaggatagccagaggtacatagtgcaccctgtttcaaacaaaac
aaaaatcctccttcagtcctaaaccaccataggtagtattaaaccctaca
cacacagttttttctgtaccttctttagttacttttctattgttgtgtta
aatgatcaatgaccaaggcaattcatgaaagaaagcatttaattggggct
tacagtctcagaggattggagtccatgatggcagaacaaaagcatggcag
caggaacagctgagagctcacatcttcatccacaagcaggagcagagaaa
gggcctattaggaatggcagtagccttttgagacctcaaagtctactcca
ccccaccctagtgacatacctccttcaacaagactatatcttccaatccc
tcccaaacaattccaccaactagggaccgtgaattcacttatctaagcct
ttgggggtgcattctcagttttaaattgctcacgattctgacgactgtta
tgaactctactgtcctaccacatcccaccaagattggccatcactttgcc
ctgtgtactcacattctagaagctatcctgcccagcagccagatctactc
ctgtttcacaccgtgtctgcttttaagtaatctttacatagcagccccag
gaccatagtacatagtcactgaccacgttttatcaggtagaccttgtaag
tatctcattagatagcgaacacaggataataggatatgaaagagagctta
ttcctatagctttcattgcattatgactatcttatcatttgcttaatata
taaattaaactttgagcacacagatgtggtggactgagaatgccccccaa
aaggcttagatgaacgaatacatgggtccctagttggtggaattgtatgt
ctaaaatgggttacacaaacacattttctaacctctggcccctgggtgac
atgcttatcccttgattagcagctactgctcatcacttaacagtctgtgc
cacaatacgcttctatctatcgggggtataatgtgtgaagcctttacaca
gctgggacaccttctattagagcttttgctccttattagccatgtaactg
taatgttctgatttcccagtaactctgtgaatgacttg
gaattcaactcaggacttcatacaccgaggcaagcactgagctacaacct
cagtcttgaaagagtccttgtgtttcattaataatgcactctattttttt
ttttctttaaacataggaaaccaagcaagttgactaatgcatgcagagca
cgccatgcaggagaaagctctacagactagggctgtgagcagtggctcag
tacttaggctttaccacagcattctcactaaaggacaggagggttttaga
gaggtgggaaaatggacatgaggtgtggccttggttttcatggatgcttc
cttatgaacactgagtgtggaaataagccagtggctcgtggaatcctcag
ctacctcatctgaattgctgagaggtcccattcagtgataaatgtctgat
gttccttgcagacatgggagtggagacctctttataattttatgtcctga
tatttaccttggtttggcaagccagggtttctctatggtgccttgactgg
ctggaaacttactctgtagtccatgctgacttcgaactcctacggatcca
cctgcctctgctttcctcccaggtcctgggattaaaggtgatcagccgtc
accatgggccagctttatgccctgttttaaagagttttcctgactgctgc
ctgcaggtcaaaactattcatgttaaagagacatattttgggatgatata
ttccggcttccttcacaactactgaagaatttacaggcaagacacgcgaa
tccttttaggatacacctaatgaagaaaagccacttcacatatttgtacg
ttaattataacccacagccataacagctttctgaacaactgacaagaatc
ctgagctttagttcttccttcccttgaggatctgcttactcaagatgagt
actgtccaacttcatattttcctcctttcctttaggctcagggaaaacat
aagcgggctcattacacttagggtcagtagtagtgactaataaatttccc
attttcacaatggcttttctgctttcttattcagggttgatctttatgca
agtcactgggttccacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65583022_65584154
seq2: B6Ng01-242O14.b_45_1182

seq1  GAATTCCAGGATAGCCAGAGGTACATAGTGCACCCTGTTTCAAACAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATAGCCAGAGGTACATAGTGCACCCTGTTTCAAACAAAAC  50

seq1  AAAAATCCTCCTTCAGTCCTAAACCACCATAGGTAGTATTAAACCCTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCCTCCTTCAGTCCTAAACCACCATAGGTAGTATTAAACCCTACA  100

seq1  CACACAGTTTTTTCTGTACCTTCTTTAGTTACTTTTCTATTGTTGTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTTTTTTCTGTACCTTCTTTAGTTACTTTTCTATTGTTGTGTTA  150

seq1  AATGATCAATGACCAAGGCAATTCATGAAAGAAAGCATTTAATTGGGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCAATGACCAAGGCAATTCATGAAAGAAAGCATTTAATTGGGGCT  200

seq1  TACAGTCTCAGAGGATTGGAGTCCATGATGGCAGAACAAAAGCATGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTCAGAGGATTGGAGTCCATGATGGCAGAACAAAAGCATGGCAG  250

seq1  CAGGAACAGCTGAGAGCTCACATCTTCATCCACAAGCAGGAGCAGAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACAGCTGAGAGCTCACATCTTCATCCACAAGCAGGAGCAGAGAAA  300

seq1  GGGCCTATTAGGAATGGCAGTAGCCTTTTGAGACCTCAAAGTCTACTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTATTAGGAATGGCAGTAGCCTTTTGAGACCTCAAAGTCTACTCCA  350

seq1  CCCCACCCTAGTGACATACCTCCTTCAACAAGACTATATCTTCCAATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCTAGTGACATACCTCCTTCAACAAGACTATATCTTCCAATCCC  400

seq1  TCCCAAACAATTCCACCAACTAGGGACCGTGAATTCACTTATCTAAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAACAATTCCACCAACTAGGGACCGTGAATTCACTTATCTAAGCCT  450

seq1  TTGGGGGTGCATTCTCAGTTTTAAATTGCTCACGATTCTGACGACTGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGTGCATTCTCAGTTTTAAATTGCTCACGATTCTGACGACTGTTA  500

seq1  TGAACTCTACTGTCCTACCACATCCCACCAAGATTGGCCATCACTTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTACTGTCCTACCACATCCCACCAAGATTGGCCATCACTTTGCC  550

seq1  CTGTGTACTCACATTCTAGAAGCTATCCTGCCCAGCAGCCAGATCTACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTACTCACATTCTAGAAGCTATCCTGCCCAGCAGCCAGATCTACTC  600

seq1  CTGTTTCACACCGTGTCTGCTTTTAAGTAATCTTTACATAGCAGCCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCACACCGTGTCTGCTTTTAAGTAATCTTTACATAGCAGCCCCAG  650

seq1  GACCATAGTACATAGTCACTGACCACGTTTTATCAGGTAGACCTTGTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATAGTACATAGTCACTGACCACGTTTTATCAGGTAGACCTTGTAAG  700

seq1  TATCTCATTAGATAGCGAACACAGGATAATAGGATATGAAAGAGAGCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCATTAGATAGCGAACACAGGATAATAGGATATGAAAGAGAGCTTA  750

seq1  TTCCTATAGCTTTCATTGCATTATGACTATCTTATCATTTGCTTAATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATAGCTTTCATTGCATTATGACTATCTTATCATTTGCTTAATATA  800

seq1  TAAATTAAACTTTGAGCACACAGATGTGGTGGACTGAGAATGCCCCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAACTTTGAGCACACAGATGTGGTGGACTGAGAATGCCCCCCAA  850

seq1  AAGGCTTAGATGAACGAATACAT-GGTCCCTAGTTGGTGGAATTGTATGT  899
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTAGATGAACGAATACATGGGTCCCTAGTTGGTGGAATTGTATGT  900

seq1  CTAAAAT-GGTTACACAAAACACATTTTCTAACCTCTGGCCCCT-GGTGA  947
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTAAAATGGGTTACAC-AAACACATTTTCTAACCTCTGGCCCCTGGGTGA  949

seq1  CATGCTTAT-CCTTGATTAGCAGCTACTGCTCATCACTTAACAGTCTGTG  996
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTATCCCTTGATTAGCAGCTACTGCTCATCACTTAACAGTCTGTG  999

seq1  CCACAATACGCTTCTATCTATCGGGGGTATTAATGTGTGAAGCCCTTTAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |
seq2  CCACAATACGCTTCTATCTATCGGGGGTA-TAATGTGTGAAGCC--TTTA  1046

seq1  CACAGCT-GGACAC--TCTATTAGAGCTTTTGCT-CTTATTAG-CATGTA  1091
      ||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  CACAGCTGGGACACCTTCTATTAGAGCTTTTGCTCCTTATTAGCCATGTA  1096

seq1  ACTGTTAATGTTCTGATTTCCCAGTACCTCTGTG-ATGACTTG  1133
      |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  ACTG-TAATGTTCTGATTTCCCAGTAACTCTGTGAATGACTTG  1138

seq1: chr3_65743226_65744293
seq2: B6Ng01-242O14.g_75_1142 (reverse)

seq1  CTGTGGAAACCAGTGGACTTGCATAAAGATCAACCTGGAAT-AGAAAGCA  49
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||
seq2  CTGTGGAACCCAGT-GACTTGCATAAAGATCAACCCTGAATAAGAAAGCA  49

seq1  GAAAAGGCCATGGTGAAAATTGGAAATTTA-TAGTCACTACTACTGACCC  98
      ||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAAA-GCCATTGTGAAAATGGGAAATTTATTAGTCACTACTACTGACCC  98

seq1  TAAGTGTAATGAGCCCGCTTATGTTTTCCCTGAGCCTAAAGGAAAGGA-G  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAGTGTAATGAGCCCGCTTATGTTTTCCCTGAGCCTAAAGGAAAGGAGG  148

seq1  AAAATATGAAGTTGGACAGTACTCATCTTGAGTAAGCAGATCCTCAAGGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGAAGTTGGACAGTACTCATCTTGAGTAAGCAGATCCTCAAGGG  198

seq1  AAGGAAGAACTAAAGCTCAGGATTTCTTGTCAGTTGTTCAGAAAGCTGTT  247
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAACTAAAGCTCAGGA-TTCTTGTCAGTTGTTCAGAAAGCTGTT  247

seq1  ATGGCTGTGGGTTATAATTAACGTACAAATATGTGAAGTGGCTTTTCTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTGGGTTATAATTAACGTACAAATATGTGAAGTGGCTTTTCTTC  297

seq1  ATTAGGTGTATCCTAAAAGGATTCGCGTGTCTTGCCTGTAAATTCTTCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTGTATCCTAAAAGGATTCGCGTGTCTTGCCTGTAAATTCTTCAG  347

seq1  TAGTTGTGAAGGAAGCCGGAATATATCATCCCAAAATATGTCTCTTTAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTGAAGGAAGCCGGAATATATCATCCCAAAATATGTCTCTTTAAC  397

seq1  ATGAATAGTTTTGACCTGCAGGCAGCAGTCAGGAAAACTCTTTAAAACAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAGTTTTGACCTGCAGGCAGCAGTCAGGAAAACTCTTTAAAACAG  447

seq1  GGCATAAAGCTGGCCCATGGTGACGGCTGATCACCTTTAATCCCAGGACC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAAGCTGGCCCATGGTGACGGCTGATCACCTTTAATCCCAGGACC  497

seq1  TGGGAGGAAAGCAGAGGCAGGTGGATCCGTAGGAGTTCGAAGTCAGCATG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAAAGCAGAGGCAGGTGGATCCGTAGGAGTTCGAAGTCAGCATG  547

seq1  GACTACAGAGTAAGTTTCCAGCCAGTCAAGGCACCATAGAGAAACCCTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACAGAGTAAGTTTCCAGCCAGTCAAGGCACCATAGAGAAACCCTGG  597

seq1  CTTGCCAAACCAAGGTAAATATCAGGACATAAAATTATAAAGAGGTCTCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCAAACCAAGGTAAATATCAGGACATAAAATTATAAAGAGGTCTCC  647

seq1  ACTCCCATGTCTGCAAGGAACATCAGACATTTATCACTGAATGGGACCTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCATGTCTGCAAGGAACATCAGACATTTATCACTGAATGGGACCTC  697

seq1  TCAGCAATTCAGATGAGGTAGCTGAGGATTCCACGAGCCACTGGCTTATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATTCAGATGAGGTAGCTGAGGATTCCACGAGCCACTGGCTTATT  747

seq1  TCCACACTCAGTGTTCATAAGGAAGCATCCATGAAAACCAAGGCCACACC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACTCAGTGTTCATAAGGAAGCATCCATGAAAACCAAGGCCACACC  797

seq1  TCATGTCCATTTTCCCACCTCTCTAAAACCCTCCTGTCCTTTAGTGAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCCATTTTCCCACCTCTCTAAAACCCTCCTGTCCTTTAGTGAGAA  847

seq1  TGCTGTGGTAAAGCCTAAGTACTGAGCCACTGCTCACAGCCCTAGTCTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGTAAAGCCTAAGTACTGAGCCACTGCTCACAGCCCTAGTCTGT  897

seq1  AGAGCTTTCTCCTGCATGGCGTGCTCTGCATGCATTAGTCAACTTGCTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTCTCCTGCATGGCGTGCTCTGCATGCATTAGTCAACTTGCTTG  947

seq1  GTTTCCTATGTTTAAAGAAAAAAAAAAATAGAGTGCATTATTAATGAAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTATGTTTAAAGAAAAAAAAAAATAGAGTGCATTATTAATGAAAC  997

seq1  ACAAGGACTCTTTCAAGACTGAGGTTGTAGCTCAGTGCTTGCCTCGGTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGACTCTTTCAAGACTGAGGTTGTAGCTCAGTGCTTGCCTCGGTGT  1047

seq1  ATGAAGTCCTGAGTTGAATTC  1068
      |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCCTGAGTTGAATTC  1068