BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243E09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 47,562,903 - 47,710,353
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC545517, LOC383849, LOC383850, LOC100039426
Downstream geneLOC666202, LOC666208, 1700018B24Rik, LOC100039404
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243E09.bB6Ng01-243E09.g
ACCGA052702GA052703
length1,138176
definitionB6Ng01-243E09.b B6Ng01-243E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,562,903 - 47,564,039)(47,710,181 - 47,710,353)
sequence
gaattcagatgaccagcacaagggaagcatttcttagtttaccagaatac
tactaagaaaaatgagcatccatgatcacaggctgctgccaaaggagaag
gggatgtaaaacagccaaactggacagacaatttgcaagaacgatcattt
gtctgacggtgagaagagaatgcagtatcagcatgaaactctatgagaca
atgggttgtctcccatggcgccatgaaaaagcatttgattgatggtaatc
agatattccaagttacagtgatgttcaagaattcaagatagactccatca
acaaagtctcaccaagtttcctaattagatacatttcaagatggtaaacc
atggtcatgaagaaatttctggggtgcaggtgtgaatctgaaaactcttg
gcaaagtacaaaaatatataagtgatgttaaaactatctaaaaatgtgga
aaataattacaagtgagctactgtacagtgttataatagatggtaaaaga
tagtcgcatcaaaatttattaaactattttactaagaaacagcatgttaa
ggaaaaaattttgattttatatataagtatatgcatacaaatatatgtaa
atattactaaaggtatatatacagaatagagatgaaggttaaaataaaag
cagaaatgcttcatgaaattgacaatatatactaaactattaaatatgca
tatgaaaaattaaatataacaatgtctgaatagaaaatgaattaatattt
cattcaagacatagacaaaatacataaaactatatttatgaaatgttcat
acagtggttttatagaattataaatacttataaaactaataattatgaca
ccttgttctgatgatatcaacctaaaaatggaaaagaagtatgtatttgt
ctatatacaataaaccaataaatgtatttaaacacttttaaagggtagaa
gaaaaacttatgtcatttaaaattaatattcagatatatgaatttatttt
ctgtgaattacaacaatggaatatcaaaatgagtattgttttttaaagat
tatttacttgcggtatgtagtgacagccttttgaatcaaaacataagtgt
tttgtacaaaacccgaattgtagtacgatctaaaaggc

tgcatgcatagtgacatgaataacagtgagcaaacatgcgaggggcatgt
gtgcccagttttctaattgccttctctctctctctctctctctctccctc
tctctctctctctctctctaaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgagagatgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_47562903_47564039
seq2: B6Ng01-243E09.b_44_1181

seq1  GAATTCAGATGACCAGCACAAGGGAAGCATTTCTTAGTTTACCAGAATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGACCAGCACAAGGGAAGCATTTCTTAGTTTACCAGAATAC  50

seq1  TACTAAGAAAAATGAGCATCCATGATCACAGGCTGCTGCCAAAGGAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGAAAAATGAGCATCCATGATCACAGGCTGCTGCCAAAGGAGAAG  100

seq1  GGGATGTAAAACAGCCAAACTGGACAGACAATTTGCAAGAACGATCATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTAAAACAGCCAAACTGGACAGACAATTTGCAAGAACGATCATTT  150

seq1  GTCTGACGGTGAGAAGAGAATGCAGTATCAGCATGAAACTCTATGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACGGTGAGAAGAGAATGCAGTATCAGCATGAAACTCTATGAGACA  200

seq1  ATGGGTTGTCTCCCATGGCGCCATGAAAAAGCATTTGATTGATGGTAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTGTCTCCCATGGCGCCATGAAAAAGCATTTGATTGATGGTAATC  250

seq1  AGATATTCCAAGTTACAGTGATGTTCAAGAATTCAAGATAGACTCCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTCCAAGTTACAGTGATGTTCAAGAATTCAAGATAGACTCCATCA  300

seq1  ACAAAGTCTCACCAAGTTTCCTAATTAGATACATTTCAAGATGGTAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTCTCACCAAGTTTCCTAATTAGATACATTTCAAGATGGTAAACC  350

seq1  ATGGTCATGAAGAAATTTCTGGGGTGCAGGTGTGAATCTGAAAACTCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATGAAGAAATTTCTGGGGTGCAGGTGTGAATCTGAAAACTCTTG  400

seq1  GCAAAGTACAAAAATATATAAGTGATGTTAAAACTATCTAAAAATGTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTACAAAAATATATAAGTGATGTTAAAACTATCTAAAAATGTGGA  450

seq1  AAATAATTACAAGTGAGCTACTGTACAGTGTTATAATAGATGGTAAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTACAAGTGAGCTACTGTACAGTGTTATAATAGATGGTAAAAGA  500

seq1  TAGTCGCATCAAAATTTATTAAACTATTTTACTAAGAAACAGCATGTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCGCATCAAAATTTATTAAACTATTTTACTAAGAAACAGCATGTTAA  550

seq1  GGAAAAAATTTTGATTTTATATATAAGTATATGCATACAAATATATGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAATTTTGATTTTATATATAAGTATATGCATACAAATATATGTAA  600

seq1  ATATTACTAAAGGTATATATACAGAATAGAGATGAAGGTTAAAATAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTAAAGGTATATATACAGAATAGAGATGAAGGTTAAAATAAAAG  650

seq1  CAGAAATGCTTCATGAAATTGACAATATATACTAAACTATTAAATATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGCTTCATGAAATTGACAATATATACTAAACTATTAAATATGCA  700

seq1  TATGAAAAATTAAATATAACAATGTCTGAATAGAAAATGAATTAATATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAAATTAAATATAACAATGTCTGAATAGAAAATGAATTAATATTT  750

seq1  CATTCAAGACATAGACAAAATACATAAAACTATATTTATGAAATGTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAGACATAGACAAAATACATAAAACTATATTTATGAAATGTTCAT  800

seq1  ACAGTGGTTTTATAGAATTATAAATACTTATAAAACTAATAATTATGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTTTTATAGAATTATAAATACTTATAAAACTAATAATTATGACA  850

seq1  CCTTGTTCTGATGATATCAACCTAAAAATGGAAAAGAAGTATGTATTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTCTGATGATATCAACCTAAAAATGGAAAAGAAGTATGTATTTGT  900

seq1  CTATATACAATAAACCAATAAATGTATTTAAACACTTTTAAAGGGTAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATACAATAAACCAATAAATGTATTTAAACACTTTTAAAGGGTAGAA  950

seq1  GAAAAACTTATGTCATTTAAAATTAATATTCAGATATATGAATTTATTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACTTATGTCATTTAAAATTAATATTCAGATATATGAATTTATTTT  1000

seq1  CTGTGAATTACAACAATGGAATATCAAAATGAGTAT--GTTTTTAAAGAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CTGTGAATTACAACAATGGAATATCAAAATGAGTATTGTTTTTTAAAGAT  1050

seq1  TATTTACCTTGCGGTAATGTAGTGACAG-CTTTTGAATCAAAACATTAGT  1097
      |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TATTTA-CTTGCGGT-ATGTAGTGACAGCCTTTTGAATCAAAACATAAGT  1098

seq1  GTTATGTACAAAACCAGA--TGTAAATACAGATCTAAAAGGC  1137
      ||| ||||||||||| ||  ||| | ||| ||||||||||||
seq2  GTTTTGTACAAAACCCGAATTGT-AGTAC-GATCTAAAAGGC  1138


seq1: chr3_47710181_47710353
seq2: B6Ng01-243E09.g_71_246 (reverse)

seq1  CACACACAT---ACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  47
      |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACATCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  50

seq1  ACACACGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  97
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  100

seq1  GAGAAGGCAATTAGAAAACTGGGCACACATGCCCCTCGCATGTTTGCTCA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCAATTAGAAAACTGGGCACACATGCCCCTCGCATGTTTGCTCA  150

seq1  CTGTTATTCATGTCACTATGCATGCA  173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATTCATGTCACTATGCATGCA  176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |