BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243G01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,134,348 - 41,258,696
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666004
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
Downstream genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243G01.bB6Ng01-243G01.g
ACCGA052777GA052778
length1,1261,084
definitionB6Ng01-243G01.b B6Ng01-243G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,257,563 - 41,258,696)(41,134,348 - 41,135,441)
sequence
gaattctcagtgtctccagaaagcttagacatggaatctctcctttacag
gtgtttggtgtcgtgtccccttgccttcttgtttgaccgtagagttggca
aaacaggttgaccaacatgactgcctgctataaatgtggtatgagacatt
tcttatcctccttctctccactgcatttcctcctcccctccccttcttca
cgtcctccattttcccctcccttcttctccttctccttttgtgtatgtga
gtatgcctgtgaggtatgtgtgtatgtatgcatatgtgcatatgcatgtg
agcccacaagttcacacaaggccagaggagaacatcaggtgccctgttcc
acccctcttctgtttctcttgaggaaggcccttctactgaatttagagct
gggctggttgccaacaagtccccgaaatcctccttctccaaccttctcag
cactggggtcacaagcatgagtggggccaagcctccgtctttacataggg
acgcgaagctcatgcttgcacagcaagggccctgtcttaagagtttcatt
gctgcgaagagacaccaggaccaaggcaactcccataaaggaaaacactt
ttttaatttaggctggcttacagcttcagaggtttactccattattgtca
gggtgggaagcatggcagtgtacaggtaaacaagatgctggaggagccag
aagttctacatctttatctgtaggaagcaggaggaacagacagccaggag
gaggctctcttccaaaagcagccaggaaaagactatattctacactgggt
gtagcttgagtttatgtgagacttcaaaacccctagcccacaatggcaca
cctctttcagcaaggccatacctcctccaacaaggccacactcagacaga
cacactagtaagctggactacccccaaaggaaggtaatagatcttgaagc
cattttcagagagggcatgcttctttcagcagagatgagccgcctgcagg
ggatctgatgatcagccatatgggaaactgtcacttatttttgcgtgatc
cagatgtagaacaggtcaccagagcagaagtggatgtgctcagaatctgc
aacaatacaaaccatatcctttagta
gaattcagttcagcagagatgctgtttgtatttcggaaattcatctagca
ccttccattctccaggcctcggccgaagggaggccaagaggaagatgcca
gaaagcctcagacaatttgagggcaaaggggcctgaggatgtttggatgg
agggagatgtctgcttaggctgacctgagggggtgcctggtgacaaagat
tctgtccgtgacagtgagatttctctgagtcctcccacttctttattagg
cctcagcttgggtccccattttgtctttggcctgttaaccaagactttca
tggaatcacccccagtgtagccatgaaccaagtttctttccttagcctat
ctcccttcctctttcccctcctccctatttttccgtccctctctcctttt
ctcccttcccaacctaagatctcatgtaccataagctggcttcaaatttg
gcacatatctcaggctaaccttgaacctctgaaccttttgttcagagagc
taggatttcaagtgcacacaactgtgcccagttctccttgatgtctgtta
gtatttttccattcactctgactccttggctctgctatttggctttctga
gctgatttttttttccaacttgacacaagctagggtcacccgggaagaca
tgagaaaattcctttatcagactagcctgggaaagtgggtgggggcattt
tcttgattgatatttgatagggaagagcccagatcgctgtaggcagtgct
accccaggaagttagtcctgagatgtatagaaaaagtagctgaaaatgag
ctcggagaacaaccagtaagcagcattcccccacagtctcatcttcagtt
tcagactccagatttctgcagtgcttgacttcctgccttggtttctctga
tgatgggctgttgggtgtaagatgaaataagccctctcctccccggggtt
ccttttggtcatgttgttcatcatagcagagaaagcaaacaaggatgctc
tcatctcactgccttgctgtgtcggactcagcacatccctcttcatattg
caacagatgggacttaactgtaaagccttgaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41257563_41258696
seq2: B6Ng01-243G01.b_45_1170 (reverse)

seq1  TACTAAAGGGATATGGGTTTGTATTGTTGCCAGATTCTGAGCCACATCAA  50
      ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
seq2  TACTAAA-GGATAT-GGTTTGTATTGTTG-CAGATTCTGAG-CACATCCA  46

seq1  CTCTGGCTCTGGTGACTGGTTCTAACATCTGGAACCACGCAAAAATAAGT  100
      ||   |||||||||||  ||||| |||||||| | |||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTCTGGTGACCTGTTCT-ACATCTGG-ATCACGCAAAAATAAGT  94

seq1  GGACCAGTTT-CCATATGGCTGATCATCAGATCCCCCTGCAGGCGGCTCA  149
      |   |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  G--ACAGTTTCCCATATGGCTGATCATCAGAT-CCCCTGCAGGCGGCTCA  141

seq1  TCTCTGCTGAAAGAAGCATGCCCTCTCTGAAAATGGCTTCAAGATCTATT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTGAAAGAAGCATGCCCTCTCTGAAAATGGCTTCAAGATCTATT  191

seq1  ACCTTCCTTTGGGGGTAGTCCAGCTTACTAGTGTGTCTGTCTGAGTGTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCTTTGGGGGTAGTCCAGCTTACTAGTGTGTCTGTCTGAGTGTGG  241

seq1  CCTTGTTGGAGGAGGTATGGCCTTGCTGAAAGAGGTGTGCCATTGTGGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTGGAGGAGGTATGGCCTTGCTGAAAGAGGTGTGCCATTGTGGGC  291

seq1  TAGGGGTTTTGAAGTCTCACATAAACTCAAGCTACACCCAGTGTAGAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTTTTGAAGTCTCACATAAACTCAAGCTACACCCAGTGTAGAATA  341

seq1  TAGTCTTTTCCTGGCTGCTTTTGGAAGAGAGCCTCCTCCTGGCTGTCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTTTTCCTGGCTGCTTTTGGAAGAGAGCCTCCTCCTGGCTGTCTGT  391

seq1  TCCTCCTGCTTCCTACAGATAAAGATGTAGAACTTCTGGCTCCTCCAGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCTTCCTACAGATAAAGATGTAGAACTTCTGGCTCCTCCAGCA  441

seq1  TCTTGTTTACCTGTACACTGCCATGCTTCCCACCCTGACAATAATGGAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTTACCTGTACACTGCCATGCTTCCCACCCTGACAATAATGGAGT  491

seq1  AAACCTCTGAAGCTGTAAGCCAGCCTAAATTAAAAAAGTGTTTTCCTTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTGAAGCTGTAAGCCAGCCTAAATTAAAAAAGTGTTTTCCTTTA  541

seq1  TGGGAGTTGCCTTGGTCCTGGTGTCTCTTCGCAGCAATGAAACTCTTAAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTTGCCTTGGTCCTGGTGTCTCTTCGCAGCAATGAAACTCTTAAG  591

seq1  ACAGGGCCCTTGCTGTGCAAGCATGAGCTTCGCGTCCCTATGTAAAGACG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCCCTTGCTGTGCAAGCATGAGCTTCGCGTCCCTATGTAAAGACG  641

seq1  GAGGCTTGGCCCCACTCATGCTTGTGACCCCAGTGCTGAGAAGGTTGGAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGGCCCCACTCATGCTTGTGACCCCAGTGCTGAGAAGGTTGGAG  691

seq1  AAGGAGGATTTCGGGGACTTGTTGGCAACCAGCCCAGCTCTAAATTCAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGATTTCGGGGACTTGTTGGCAACCAGCCCAGCTCTAAATTCAGT  741

seq1  AGAAGGGCCTTCCTCAAGAGAAACAGAAGAGGGGTGGAACAGGGCACCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCCTTCCTCAAGAGAAACAGAAGAGGGGTGGAACAGGGCACCTG  791

seq1  ATGTTCTCCTCTGGCCTTGTGTGAACTTGTGGGCTCACATGCATATGCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCCTCTGGCCTTGTGTGAACTTGTGGGCTCACATGCATATGCAC  841

seq1  ATATGCATACATACACACATACCTCACAGGCATACTCACATACACAAAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATACATACACACATACCTCACAGGCATACTCACATACACAAAAG  891

seq1  GAGAAGGAGAAGAAGGGAGGGGAAAATGGAGGACGTGAAGAAGGGGAGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAGAAGAAGGGAGGGGAAAATGGAGGACGTGAAGAAGGGGAGGG  941

seq1  GAGGAGGAAATGCAGTGGAGAGAAGGAGGATAAGAAATGTCTCATACCAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGAAATGCAGTGGAGAGAAGGAGGATAAGAAATGTCTCATACCAC  991

seq1  ATTTATAGCAGGCAGTCATGTTGGTCAACCTGTTTTGCCAACTCTACGGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAGCAGGCAGTCATGTTGGTCAACCTGTTTTGCCAACTCTACGGT  1041

seq1  CAAACAAGAAGGCAAGGGGACACGACACCAAACACCTGTAAAGGAGAGAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGAAGGCAAGGGGACACGACACCAAACACCTGTAAAGGAGAGAT  1091

seq1  TCCATGTCTAAGCTTTCTGGAGACACTGAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTAAGCTTTCTGGAGACACTGAGAATTC  1126

seq1: chr3_41134348_41135441
seq2: B6Ng01-243G01.g_67_1150

seq1  GAATTCAGTTCAGCAGAGATGCTGTTTGTATTTCGGAAATTCATCTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCAGCAGAGATGCTGTTTGTATTTCGGAAATTCATCTAGCA  50

seq1  CCTTCCATTCTCCAGGCCTCGGCCGAAGGGAGGCCAAGAGGAAGATGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCATTCTCCAGGCCTCGGCCGAAGGGAGGCCAAGAGGAAGATGCCA  100

seq1  GAAAGCCTCAGACAATTTGAGGGCAAAGGGGCCTGAGGATGTTTGGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTCAGACAATTTGAGGGCAAAGGGGCCTGAGGATGTTTGGATGG  150

seq1  AGGGAGATGTCTGCTTAGGCTGACCTGAGGGGGTGCCTGGTGACAAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGTCTGCTTAGGCTGACCTGAGGGGGTGCCTGGTGACAAAGAT  200

seq1  TCTGTCCGTGACAGTGAGATTTCTCTGAGTCCTCCCACTTCTTTATTAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCGTGACAGTGAGATTTCTCTGAGTCCTCCCACTTCTTTATTAGG  250

seq1  CCTCAGCTTGGGTCCCCATTTTGTCTTTGGCCTGTTAACCAAGACTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGCTTGGGTCCCCATTTTGTCTTTGGCCTGTTAACCAAGACTTTCA  300

seq1  TGGAATCACCCCCAGTGTAGCCATGAACCAAGTTTCTTTCCTTAGCCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCACCCCCAGTGTAGCCATGAACCAAGTTTCTTTCCTTAGCCTAT  350

seq1  CTCCCTTCCTCTTTCCCCTCCTCCCTATTTTTCCGTCCCTCTCTCCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCCTCTTTCCCCTCCTCCCTATTTTTCCGTCCCTCTCTCCTTTT  400

seq1  CTCCCTTCCCAACCTAAGATCTCATGTACCATAAGCTGGCTTCAAATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCCCAACCTAAGATCTCATGTACCATAAGCTGGCTTCAAATTTG  450

seq1  GCACATATCTCAGGCTAACCTTGAACCTCTGAACCTTTTGTTCAGAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATCTCAGGCTAACCTTGAACCTCTGAACCTTTTGTTCAGAGAGC  500

seq1  TAGGATTTCAAGTGCACACAACTGTGCCCAGTTCTCCTTGATGTCTGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTTCAAGTGCACACAACTGTGCCCAGTTCTCCTTGATGTCTGTTA  550

seq1  GTATTTTTCCATTCACTCTGACTCCTTGGCTCTGCTATTTGGCTTTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTCCATTCACTCTGACTCCTTGGCTCTGCTATTTGGCTTTCTGA  600

seq1  GCTGATTTTTTTTTCCAACTTGACACAAGCTAGGGTCACCCGGGAAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTTTTTTTTCCAACTTGACACAAGCTAGGGTCACCCGGGAAGACA  650

seq1  TGAGAAAATTCCTTTATCAGACTAGCCTGGGAAAGTGGGTGGGGGCATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATTCCTTTATCAGACTAGCCTGGGAAAGTGGGTGGGGGCATTT  700

seq1  TCTTGATTGATATTTGATAGGGAAGAGCCCAGATCGCTGTAGGCAGTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTGATATTTGATAGGGAAGAGCCCAGATCGCTGTAGGCAGTGCT  750

seq1  ACCCCAGGAAGTTAGTCCTGAGATGTATAGAAAAAGTAGCTGAAAATGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGGAAGTTAGTCCTGAGATGTATAGAAAAAGTAGCTGAAAATGAG  800

seq1  CTCGGAGAACAACCAGTAAGCAGCATTCCCCCACAGTCTCATCTTCAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAGAACAACCAGTAAGCAGCATTCCCCCACAGTCTCATCTTCAGTT  850

seq1  TCAGACTCCAGATTTCTGCAGTGCTTGACTTCCTGCCTTGGTTTCTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTCCAGATTTCTGCAGTGCTTGACTTCCTGCCTTGGTTTCTCTGA  900

seq1  TGATGGGCTGTTGGGTGTAAGATGAAATAAGCCCTCTCCTCCCCGGGG-T  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGATGGGCTGTTGGGTGTAAGATGAAATAAGCCCTCTCCTCCCCGGGGTT  950

seq1  CCTTTTGGTCATGGTGTTCATCATAGCAAGAGAAAGCAAACAAGGATGCT  999
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTGGTCATGTTGTTCATCATAGC-AGAGAAAGCAAACAAGGATGCT  999

seq1  CTTCATCTTCACCTGCCTTTGCTGTGTTCGGACTCAAGCACAATCCCTCT  1049
      | ||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| 
seq2  C-TCATC-TCA-CTGCC-TTGCTGTG-TCGGACTC-AGCAC-ATCCCTC-  1041

seq1  TTCATATTGCAACAGATGGGACCTTTACTGTAAAGCTTTTGAACA  1094
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||
seq2  TTCATATTGCAACAGATGGGA-CTTAACTGTAAAGC-CTTGAACA  1084