BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243N09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,342,493 - 117,426,652
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik, EG668759
Upstream geneHiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneSnx7, LOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243N09.bB6Ng01-243N09.g
ACCGA053117GA053118
length1,182445
definitionB6Ng01-243N09.b B6Ng01-243N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,342,493 - 117,343,686)(117,426,202 - 117,426,652)
sequence
gaattcttgagttccttggtcatgtccccagcattctgcaaagtacagct
ttggacctctcagtagccaagtttagaatgatctttttatattcataaaa
agacctaacaattgccactatttgattcttattaaaaaaaaaacactgta
tttgtaagattagctgaataataagtagctaccttttataacatgtgcca
gggctacacatgtggattttcttttttaattcttgtagcctcatgccata
gatactccttggcactgttagtttttgtcaacctctgaaaaactaagaca
agccagggaagaccaagttttaactggtaaattgcctccatcagatttgc
atgtggacatgtcctgaaagcatatactttaatactaaattgctctacaa
ggatccattccactgtgaataatgttatcagacctaggcggtttaagtta
acagaggaatccagggtagctaatcagcaagtgccatctatccattgcca
tttaagttcctgaaaccaggtccttgcccagagctatttccttgacatta
ttcaatgatggaacatgacctaggatttgtaagatgagataaacctttcc
ctccctgacttccttttggtaagtgtttcattgagatagcagtaaaccaa
acttctaaattaaagatgagaaaacctaggctccgaggagcttaatactt
gaccccaagtcacacaggcagtaagtacatactggcatcaggatctaaag
cggcatgctcttcgtgcatactctctcagtggtcccgtcctgctgactgc
ccccatgctgtcagtaaacgaaaggatacacagtggagaatttcagctcc
ttgacttggaccctttgtttgggtgataaatgtttctctagttactgaag
tggaattttgattcttcccaagagtccttggtctctcacttagccatggc
ataataaaggagttctagtaataccacaagacatcacagtaagcccatta
gacaaagctgtgaaagaaagcacacacatacagcacccacacacacaccc
acacaccacacccacacacacatacccccacacagaacaggggggagaga
gaagaagagaatgttatatatggtacgtgtcattttgtgatgttgctgat
gactctcggaaactgattctctgtgcagccct

atactactttgatgtagaaaagatcaataaaactctaaatagctcttctc
aggctcattcttcaagaatgtctcttggtttggttggaaagtaatggctt
ttgccctggcaatgtgcaaggaaaccattactttatgattggctgtaaaa
gttaatgagatgacacatgcaacaaccagtcatttgtgaaggattgcctc
ttctcagtaataagtgctttgctttcaatgtttggtttatttttccttct
atgattgtaagtgtctctcatacaacccaactgtagggtgctatatgtta
ctttcaagcattcaaagtactatatactggttttgaaactgaattttgtt
accatatcaaaaagtgttgttatagcaattgaataacaatttgctcatgg
ttacagtctcatttttgtaccttaactggggggagggggaggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117342493_117343686
seq2: B6Ng01-243N09.b_48_1229

seq1  GAATTCTTGAGTTCCTTGGTCATGTCCCCAGCATTCTGCAAAGTACAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGTTCCTTGGTCATGTCCCCAGCATTCTGCAAAGTACAGCT  50

seq1  TTGGACCTCTCAGTAGCCAAGTTTAGAATGATCTTTTTATATTCATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCTCTCAGTAGCCAAGTTTAGAATGATCTTTTTATATTCATAAAA  100

seq1  AGACCTAACAATTGCCACTATTTGATTCTTATTAAAAAAAAAACACTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTAACAATTGCCACTATTTGATTCTTATTAAAAAAAAAACACTGTA  150

seq1  TTTGTAAGATTAGCTGAATAATAAGTAGCTACCTTTTATAACATGTGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGATTAGCTGAATAATAAGTAGCTACCTTTTATAACATGTGCCA  200

seq1  GGGCTACACATGTGGATTTTCTTTTTTAATTCTTGTAGCCTCATGCCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTACACATGTGGATTTTCTTTTTTAATTCTTGTAGCCTCATGCCATA  250

seq1  GATACTCCTTGGCACTGTTAGTTTTTGTCAACCTCTGAAAAACTAAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCCTTGGCACTGTTAGTTTTTGTCAACCTCTGAAAAACTAAGACA  300

seq1  AGCCAGGGAAGACCAAGTTTTAACTGGTAAATTGCCTCCATCAGATTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGAAGACCAAGTTTTAACTGGTAAATTGCCTCCATCAGATTTGC  350

seq1  ATGTGGACATGTCCTGAAAGCATATACTTTAATACTAAATTGCTCTACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACATGTCCTGAAAGCATATACTTTAATACTAAATTGCTCTACAA  400

seq1  GGATCCATTCCACTGTGAATAATGTTATCAGACCTAGGCGGTTTAAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATTCCACTGTGAATAATGTTATCAGACCTAGGCGGTTTAAGTTA  450

seq1  ACAGAGGAATCCAGGGTAGCTAATCAGCAAGTGCCATCTATCCATTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGAATCCAGGGTAGCTAATCAGCAAGTGCCATCTATCCATTGCCA  500

seq1  TTTAAGTTCCTGAAACCAGGTCCTTGCCCAGAGCTATTTCCTTGACATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTTCCTGAAACCAGGTCCTTGCCCAGAGCTATTTCCTTGACATTA  550

seq1  TTCAATGATGGAACATGACCTAGGATTTGTAAGATGAGATAAACCTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGATGGAACATGACCTAGGATTTGTAAGATGAGATAAACCTTTCC  600

seq1  CTCCCTGACTTCCTTTTGGTAAGTGTTTCATTGAGATAGCAGTAAACCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGACTTCCTTTTGGTAAGTGTTTCATTGAGATAGCAGTAAACCAA  650

seq1  ACTTCTAAATTAAAGATGAGAAAACCTAGGCTCCGAGGAGCTTAATACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAAATTAAAGATGAGAAAACCTAGGCTCCGAGGAGCTTAATACTT  700

seq1  GACCCCAAGTCACACAGGCAGTAAGTACATACTGGCATCAGGATCTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCAAGTCACACAGGCAGTAAGTACATACTGGCATCAGGATCTAAAG  750

seq1  CGGCATGCTCTTCGTGCATACTCTCTCAGTGGTCCCGTCCTGCTGACTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATGCTCTTCGTGCATACTCTCTCAGTGGTCCCGTCCTGCTGACTGC  800

seq1  CCCCATGCTGTCAGTAAACGAAAGGATACACAGTGGAGAATTTCAGGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCCATGCTGTCAGTAAACGAAAGGATACACAGTGGAGAATTTCA-GCTC  849

seq1  CTTGACTTGGACCCTTTGTTTGGGTGATAAATGTTTCTCTAGTTACTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTTGGACCCTTTGTTTGGGTGATAAATGTTTCTCTAGTTACTGAA  899

seq1  GTGGAATTTTGATTCTTCCCAAGAGTCCTTGGTCTCTCACTTAGCCATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATTTTGATTCTTCCCAAGAGTCCTTGGTCTCTCACTTAGCCATGG  949

seq1  CATAAT-AAGGAGTTCTAGTAATACCACAAGACATCACAGTAAGCCCATT  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAAGGAGTTCTAGTAATACCACAAGACATCACAGTAAGCCCATT  999

seq1  AGACAAAGGCTGTGAAAGAAAGCACACACATACAAGCACCCACACACACA  1049
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGACAAA-GCTGTGAAAGAAAGCACACACATAC-AGCACCCACACACACA  1047

seq1  CCCACACACCCACACCCACACACACATA-CCCCACACAG-ACAGGGGGGA  1097
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CCCACACA-CCACACCCACACACACATACCCCCACACAGAACAGGGGGGA  1096

seq1  GAGAGAAAGAAAGAGAAATGTTATATAT-GTAAGTGTCCTTTTTTGTTGT  1146
      |||||||   ||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| || |||
seq2  GAGAGAA--GAAGAG-AATGTTATATATGGTACGTGTCATTTTGTGATGT  1143

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGATTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGCAGCCCT  1194
      |  |         ||| | |  || ||   | ||||||||||||||||
seq2  TGCT-------GATGACTCTCGGAAAC--TGATTCTCTGTGCAGCCCT  1182


seq1: chr3_117426202_117426652
seq2: B6Ng01-243N09.g_67_517 (reverse)

seq1  CAACCTCCCCCTCCCCCCAGTTAAGGTACAAAAATGAGACTGTAACCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTCCCCCTCCCCCCAGTTAAGGTACAAAAATGAGACTGTAACCATG  50

seq1  AGCAAATTGTTATTCAATTGCTATAACAACACTTTTTGATATGGTAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTGTTATTCAATTGCTATAACAACACTTTTTGATATGGTAACAA  100

seq1  AATTCAGTTTCAAAACCAGTATATAGTACTTTGAATGCTTGAAAGTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTTTCAAAACCAGTATATAGTACTTTGAATGCTTGAAAGTAACA  150

seq1  TATAGCACCCTACAGTTGGGTTGTATGAGAGACACTTACAATCATAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCACCCTACAGTTGGGTTGTATGAGAGACACTTACAATCATAGAAG  200

seq1  GAAAAATAAACCAAACATTGAAAGCAAAGCACTTATTACTGAGAAGAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATAAACCAAACATTGAAAGCAAAGCACTTATTACTGAGAAGAGGC  250

seq1  AATCCTTCACAAATGACTGGTTGTTGCATGTGTCATCTCATTAACTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTCACAAATGACTGGTTGTTGCATGTGTCATCTCATTAACTTTTA  300

seq1  CAGCCAATCATAAAGTAATGGTTTCCTTGCACATTGCCAGGGCAAAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAATCATAAAGTAATGGTTTCCTTGCACATTGCCAGGGCAAAAGCC  350

seq1  ATTACTTTCCAACCAAACCAAGAGACATTCTTGAAGAATGAGCCTGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTCCAACCAAACCAAGAGACATTCTTGAAGAATGAGCCTGAGAA  400

seq1  GAGCTATTTAGAGTTTTATTGATCTTTTCTACATCAAAGTAGTATGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATTTAGAGTTTTATTGATCTTTTCTACATCAAAGTAGTATGAATT  450

seq1  C  451
      |
seq2  C  451


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |