BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244J21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 67,517,903 - 67,665,798
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625115, Shox2, Rsrc1, Mlf1, Gfm1, Lxn, Rarres1, Mfsd1, LOC667207, Gm412
Downstream geneEG208426, EG545531, LOC631379, Schip1, Il12a, LOC639530
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244J21.bB6Ng01-244J21.g
ACCGA053706GA053707
length1,1401,084
definitionB6Ng01-244J21.b B6Ng01-244J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,517,903 - 67,519,041)(67,664,718 - 67,665,798)
sequence
gaattcaatgagatccacttgcctctgcctcctgaatgctgggatcgaag
gtacatgccaccacatgtaacctagaggtgtgagtgaaataaactttttc
ttccttaaattgcctttgtcagggtattatatcacagtcacagaaggaaa
attaggacagagtaagtacaggcaaagaattatgaccagaggtattgtct
tagtagggttgtactgctgtgaacagacgccatgaccaaggcaactatta
taaaggacaacatttaatcagggctggcttacagattcagaggttcagtc
cattatcgtcaaagtgggatcatggcagcatccagactgatgtgggactg
gacctgctgaaagagctacatcatcatccaaaggcagacaggataagact
ggcttcaaggcagctagggtgagggtgttaaagcccatgcccacagtgat
acacttcttccatcaaggccacacctacttcaatgaggccacacctccaa
atagtgctactccctgggccaagaatatacaaaccagcacgggtttcatc
atagactggacgataaggacatttttccacttttgctaaaagacttgagt
aaagtgaaggctgggagttgggtttatgtctcttcactagaacacaatac
tggaaggttgtatgtagattgtgctttaagtattgtattagtttattacc
cactgctaaaacaaaatacccaaggctaagtaatctatgaaaacaatgtt
tgcctcatggttctgtggggctggcttctgatcagtcctattggaggaag
cctaaggacagatgcacagcaaagtaaggagcacgtttgagaagggtcac
agtgtgagacagaacattggagagcaaggaggggccagcccactctctca
ggaacttgttcactgagggttcagcaatcccttcctgccaagggcatcac
cctttatgacttactttgcatttgaccccattttcaaagctctcccactg
catacatttgcactgaagatacacttcagcacaggaggctttgtgacgcg
tgacacggttagtgccaaccatgtaacactaggtgagtgttttacccaag
agcctgctgtgagtgccagtgcctggagattaagaacagc
gaattcaagtcatgattggctgacctaccatcagcatgtgtggttgtatc
ctgcattagatagcttatttaacttgtgacttccaaagtcatgatcagta
caagcattctttgttctggagtgaggatatagctcagtggtagaatggct
aagtgagaaacactggtttcagttttctctactgcaattttaaaaaagtg
cacatttatatcgcttccatttttaggcagaacatcgcgtgttgaacagt
tgtcttccattttctacttactcagatgccctctttgctgtgtttagctc
tctgggctcaccctgtattctgccctaaagaattctcagcctttgtgtca
gtttatcactgtccccgtggaggcaaagcttaataaaccaagattcaaaa
ctcacaatacatgcacagaaaaataccaagattcttcaaacttaaaaatc
acagaaaaaaacaaactgttgaaaggataagagaattttgtaggaagaaa
agttttaaatatttaatgttctttacaaggtctttttggaagagattaat
acgattaaaatgcagtttgtttgcattaaagtatttaaatgttatgcttt
taatgtaaaatacatattcttatttcttccttgatgtaaaggcacattgg
gagttatgtgatcatgtgcaatttgttaaatgcaaatcacacattaaaca
ttcatataccatatttgcattttaaaatcataacttttaaaaggaagagt
acataagaggaataaaatctaaagtgcattatagtgaagacagcaaggaa
aatttaatatgcataatagatggaattttctgctactactggcaagataa
acagggaaatctacacagatttgagatttgaggatcacatcaagagagct
tatgaaaactaaggccagtgatactcaaggttagcccttatcccttcact
ttgagaaaaaagatatagaggttcaaagacgctaagtgacctgaaccttt
gtagaccaaaaagaaacagatgccagttaatttctgtgacagatgttcca
aacaactggagacgacctcttacctacatccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_67517903_67519041
seq2: B6Ng01-244J21.b_46_1185

seq1  GAATTCAATGAGATCCACTTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGGATCGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGAGATCCACTTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGGATCGAAG  50

seq1  GTACATGCCACCACATGTAACCTAGAGGTGTGAGTGAAATAAACTTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGCCACCACATGTAACCTAGAGGTGTGAGTGAAATAAACTTTTTC  100

seq1  TTCCTTAAATTGCCTTTGTCAGGGTATTATATCACAGTCACAGAAGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAAATTGCCTTTGTCAGGGTATTATATCACAGTCACAGAAGGAAA  150

seq1  ATTAGGACAGAGTAAGTACAGGCAAAGAATTATGACCAGAGGTATTGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGACAGAGTAAGTACAGGCAAAGAATTATGACCAGAGGTATTGTCT  200

seq1  TAGTAGGGTTGTACTGCTGTGAACAGACGCCATGACCAAGGCAACTATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGGGTTGTACTGCTGTGAACAGACGCCATGACCAAGGCAACTATTA  250

seq1  TAAAGGACAACATTTAATCAGGGCTGGCTTACAGATTCAGAGGTTCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGACAACATTTAATCAGGGCTGGCTTACAGATTCAGAGGTTCAGTC  300

seq1  CATTATCGTCAAAGTGGGATCATGGCAGCATCCAGACTGATGTGGGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCGTCAAAGTGGGATCATGGCAGCATCCAGACTGATGTGGGACTG  350

seq1  GACCTGCTGAAAGAGCTACATCATCATCCAAAGGCAGACAGGATAAGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGCTGAAAGAGCTACATCATCATCCAAAGGCAGACAGGATAAGACT  400

seq1  GGCTTCAAGGCAGCTAGGGTGAGGGTGTTAAAGCCCATGCCCACAGTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAAGGCAGCTAGGGTGAGGGTGTTAAAGCCCATGCCCACAGTGAT  450

seq1  ACACTTCTTCCATCAAGGCCACACCTACTTCAATGAGGCCACACCTCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTTCCATCAAGGCCACACCTACTTCAATGAGGCCACACCTCCAA  500

seq1  ATAGTGCTACTCCCTGGGCCAAGAATATACAAACCAGCACGGGTTTCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCTACTCCCTGGGCCAAGAATATACAAACCAGCACGGGTTTCATC  550

seq1  ATAGACTGGACGATAAGGACATTTTTCCACTTTTGCTAAAAGACTTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTGGACGATAAGGACATTTTTCCACTTTTGCTAAAAGACTTGAGT  600

seq1  AAAGTGAAGGCTGGGAGTTGGGTTTATGTCTCTTCACTAGAACACAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAAGGCTGGGAGTTGGGTTTATGTCTCTTCACTAGAACACAATAC  650

seq1  TGGAAGGTTGTATGTAGATTGTGCTTTAAGTATTGTATTAGTTTATTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTTGTATGTAGATTGTGCTTTAAGTATTGTATTAGTTTATTACC  700

seq1  CACTGCTAAAACAAAATACCCAAGGCTAAGTAATCTATGAAAACAATGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTAAAACAAAATACCCAAGGCTAAGTAATCTATGAAAACAATGTT  750

seq1  TGCCTCATGGTTCTGTGGGGCTGGCTTCTGATCAGTCCTATTGGAGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCATGGTTCTGTGGGGCTGGCTTCTGATCAGTCCTATTGGAGGAAG  800

seq1  CCTAAGGACAGATGCACAGCAAAGTAAGGAGCACGTTTGAGAA-GGTCAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTAAGGACAGATGCACAGCAAAGTAAGGAGCACGTTTGAGAAGGGTCAC  850

seq1  AGTGTGAGACAGAACATTGGAGAGCAAGGAGGGGCCAGCCCACTCTCTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAGACAGAACATTGGAGAGCAAGGAGGGGCCAGCCCACTCTCTCA  900

seq1  GGAACTTGTTCACTGAGGGTTCAGCAATCCCTTCCTGCCAAGGGCATCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTGTTCACTGAGGGTTCAGCAATCCCTTCCTGCCAAGGGCATCAC  950

seq1  CCTTTATGACTTTACTTTGCATTTGACCCCATTTTCAAAAGGCTCTCCCA  999
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CCTTTATGAC-TTACTTTGCATTTGACCCCATTTTCAAA--GCTCTCCCA  997

seq1  CTGCATACATTTGCACTGAAGATACACTTTCAGCACAGGAGGCTTTTGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGCATACATTTGCACTGAAGATACAC-TTCAGCACAGGAGGC-TTTGTG  1045

seq1  AACGCGTGACACGGTTAGTGCAAACCATGTAACACTA-GTGAGTGTTTTA  1098
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -ACGCGTGACACGGTTAGTGCCAACCATGTAACACTAGGTGAGTGTTTTA  1094

seq1  CC--AAAGCCTGCTGTGAGTG-CAGTG-CTGGAGA-TAAGAACAGC  1139
      ||  | ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||
seq2  CCCAAGAGCCTGCTGTGAGTGCCAGTGCCTGGAGATTAAGAACAGC  1140

seq1: chr3_67664718_67665798
seq2: B6Ng01-244J21.g_65_1148 (reverse)

seq1  AAAGGATGTAGGGTAGAGGTCGTCT-CAGTTGTTTGG-ACATCTGTCACA  48
      ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGGATGTAGGTAAGAGGTCGTCTCCAGTTGTTTGGAACATCTGTCACA  50

seq1  GAATTTAACTGGCATCTGTTTCTTTTTGGTCTACCAAGGTTCAGGTCACT  98
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAAATTAACTGGCATCTGTTTCTTTTTGGTCTACAAAGGTTCAGGTCACT  100

seq1  TAGCGTCTTTGAACCTCTATATCTTTTTTCTCAAAGTGAAGGGATAA-GG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGCGTCTTTGAACCTCTATATCTTTTTTCTCAAAGTGAAGGGATAAGGG  150

seq1  CTAACCTTGAGTATCACTGGCCTTAGTTTTTCAT-AGCTCTCTTGATGTG  196
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTAACCTTGAGTATCACTGGCCTTAG-TTTTCATAAGCTCTCTTGATGTG  199

seq1  ATCCTCAAATCTCAAATCTGTGTAGATTTCCCTGTTTATCTTGCCAGTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAAATCTCAAATCTGTGTAGATTTCCCTGTTTATCTTGCCAGTAG  249

seq1  TAGCAGAAAATTCCATCTATTATGCATATTAAATTTTCCTTGCTGTCTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGAAAATTCCATCTATTATGCATATTAAATTTTCCTTGCTGTCTTC  299

seq1  ACTATAATGCACTTTAGATTTTATTCCTCTTATGTACTCTTCCTTTTAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATGCACTTTAGATTTTATTCCTCTTATGTACTCTTCCTTTTAAA  349

seq1  AGTTATGATTTTAAAATGCAAATATGGTATATGAATGTTTAATGTGTGAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGATTTTAAAATGCAAATATGGTATATGAATGTTTAATGTGTGAT  399

seq1  TTGCATTTAACAAATTGCACATGATCACATAACTCCCAATGTGCCTTTAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTAACAAATTGCACATGATCACATAACTCCCAATGTGCCTTTAC  449

seq1  ATCAAGGAAGAAATAAGAATATGTATTTTACATTAAAAGCATAACATTTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGAAGAAATAAGAATATGTATTTTACATTAAAAGCATAACATTTA  499

seq1  AATACTTTAATGCAAACAAACTGCATTTTAATCGTATTAATCTCTTCCAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTAATGCAAACAAACTGCATTTTAATCGTATTAATCTCTTCCAA  549

seq1  AAAGACCTTGTAAAGAACATTAAATATTTAAAACTTTTCTTCCTACAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCTTGTAAAGAACATTAAATATTTAAAACTTTTCTTCCTACAAAA  599

seq1  TTCTCTTATCCTTTCAACAGTTTGTTTTTTTCTGTGATTTTTAAGTTTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTATCCTTTCAACAGTTTGTTTTTTTCTGTGATTTTTAAGTTTGA  649

seq1  AGAATCTTGGTATTTTTCTGTGCATGTATTGTGAGTTTTGAATCTTGGTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTTGGTATTTTTCTGTGCATGTATTGTGAGTTTTGAATCTTGGTT  699

seq1  TATTAAGCTTTGCCTCCACGGGGACAGTGATAAACTGACACAAAGGCTGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGCTTTGCCTCCACGGGGACAGTGATAAACTGACACAAAGGCTGA  749

seq1  GAATTCTTTAGGGCAGAATACAGGGTGAGCCCAGAGAGCTAAACACAGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGGGCAGAATACAGGGTGAGCCCAGAGAGCTAAACACAGCA  799

seq1  AAGAGGGCATCTGAGTAAGTAGAAAATGGAAGACAACTGTTCAACACGCG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCATCTGAGTAAGTAGAAAATGGAAGACAACTGTTCAACACGCG  849

seq1  ATGTTCTGCCTAAAAATGGAAGCGATATAAATGTGCACTTTTTTAAAATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTGCCTAAAAATGGAAGCGATATAAATGTGCACTTTTTTAAAATT  899

seq1  GCAGTAGAGAAAACTGAAACCAGTGTTTCTCACTTAGCCATTCTACCACT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGAGAAAACTGAAACCAGTGTTTCTCACTTAGCCATTCTACCACT  949

seq1  GAGCTATATCCTCACTCCAGAACAAAGAATGCTTGTACTGATCATGACTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATATCCTCACTCCAGAACAAAGAATGCTTGTACTGATCATGACTT  999

seq1  TGGAAGTCACAAGTTAAATAAGCTATCTAATGCAGGATACAACCACACAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTCACAAGTTAAATAAGCTATCTAATGCAGGATACAACCACACAT  1049

seq1  GCTGATGGTAGGTCAGCCAATCATGACTTGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGGTAGGTCAGCCAATCATGACTTGAATTC  1084