BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245C03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,563,496 - 155,677,407
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956, Scp2-ps1, EG668902
Downstream geneLOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, Negr1, LOC100041152, LOC668853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245C03.bB6Ng01-245C03.g
ACCGA054096GA054097
length1,1681,162
definitionB6Ng01-245C03.b B6Ng01-245C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,676,237 - 155,677,407)(155,563,496 - 155,564,671)
sequence
gaattcagacttgagtgacagaaaagtggctacagcatttgtcagatcct
ctcttaggattgtatctatagacaaattctccacagcaactgctgatgcg
gtggaacaataaaggtacaaggtgcaatgcctctcagccagttatcttaa
attcagacaaatgaattatattgtgtccaaagattgtttttccatattta
aacacagatattgacatctgataagtgtttgaaagtgacaaaatctgaat
gggcctaaacattcttaggcagggcagatagtcacaatacatttatcaca
gtgtagtctttttccctttctcgtggtcagagctaactgacactcaagag
agttatgactttcagtcattccaatatcatatcataaaaaagctttgcta
tcagcatatctaggaagcatgcttacactccataaccttatacatacata
tttctgtttcttctattgagttaattaaaatgataaatcagtgaattgtt
tttaatctttaaaaactctgtaaaaatgagtttccaatattgtcagatac
atctcccatcttgatatttattacagcaatctgatacattttaatgtgtg
ttctatttaatggaatttttaggccatcactttactaaaatttcatttgg
gcattacttatttcataacattattatttagatttaatgggcacctttgt
tatttccttgacttatgaatgcaaatcatattttattctaaaccacgtgt
ctttatccttggaattttcaagggtcattttagatatgccatgctaatct
agattctggacacatttcttaattctttttaatcatggattttgcttaat
tccaagagagttcctgacctgagccaggtgcacaaaaaaacagggtcctt
atcactggcattgtctgggcagatatcactgcttccagcagtgtggcaga
tttatccactatgccacaatttgggtctatccagagatgtgtcactcaat
agaaaatattcagataatccttcccatgtatttggaggttttattaaaat
aataagatcatatcaccagagaatctgtgtggcaaatgaagagtaagtta
ggacagaaactcatgcctactgacctttctcatctgtcaattgctaggca
atacattgaatgtgtgtg

gaattcaaccatccagtgacaagctaggagtgggaaccttaagaccctga
aaaaaagttaccttccaggcttgctggacagccatgagatcatggcaaca
agcattctgccacttggcaaaagtccaaaatgtctttctcaaaattctgc
ttatcacattggaaattaatttagcttcatacaatcaaatacagacaagt
attagtggttcctcttgcaactcctaatttacatataggctgtatggtgg
gtatgggaacaccataagcttaagtttttatgtagctttgagatttggct
gtgtttaatatgtaaaaatgggtatataaaacaaataacaagggcaatga
caggaattcgtgagaatacatcttcttgcttaatagcttcatggtaagaa
actgaattattgatctgtcaaatatggtcttttctgtatatttacaagaa
tatgaagcacttgtaagaaagggacactggggcatagtcacagggcaagt
agtaagagacgttcttcctgtgcagtatgcaaagttcctaactcctattc
atgtgcaggtagaagtggacattctacacaattggccttctatgtttata
cattttttttttagttagccactgaaaagaaagagatagtgtgcagattt
tccagagaacaacaaatttgtcagtgtgtgggatagcagacttgaagctt
tctggaatgatctagaagagtaggtcttaaaatgccacaccatggcaaac
aaacaaacaaacaacaaacaaacaaaccaagttattaactctttactgtt
aagcaaaatatatacttgcttctaagttcccatcattgtatgaagacagg
ttgtcacttgggtatcaagtctttgaagacatatctgttaggataaaaag
tgtctaattttgaagatcaaacagacccaggcaggcctcccaacactatg
tcaacagatgctctttatatgtgagaccaatgtcaatgctgcttctagag
aaacacttatctgtggaatgtttgggggagcttctgatcagtcaaagtat
ttagtgacagatcaaggagcttggtggtctgtggcaagagatgtcggatt
accaagcctgtttgagtatagtggaagcctcatcatagcttcagaataaa
tcctcttacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155676237_155677407
seq2: B6Ng01-245C03.b_46_1213 (reverse)

seq1  CACACACA-TCCATGTA-TCCCTAGCACTGAACAGATTTGAGAAGTCAGT  48
      |||||||| || ||||| | ||||||| |  ||||||  || | ||||||
seq2  CACACACATTCAATGTATTGCCTAGCAATTGACAGATGAGAAAGGTCAGT  50

seq1  A-GCATGAGTTTTCTGTCCTACCTTTACTCTTCATTTGCCCACACAGATT  97
      | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGGCATGAG-TTTCTGTCCTAAC-TTACTCTTCATTTG-CCACACAGATT  97

seq1  CTCTGGTGATATGATCTTTAATAATTTTAATAAAACCTCCAAATACATGG  147
      ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGATATGATCTT--ATTATTTTAATAAAACCTCCAAATACATGG  145

seq1  GAAGGATTATCTGAATTATTTCTA-TGAGTGACACATCTTCTGGATAAGA  196
      ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GAAGGATTATCTGAATATTTTCTATTGAGTGACACATC-TCTGGAT-AGA  193

seq1  CCCAAATTGTGGCATAGTGGATAAATCTGCCACACTGCTGGAAGCAGTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATTGTGGCATAGTGGATAAATCTGCCACACTGCTGGAAGCAGTGA  243

seq1  TATCTGCCCAGACAATGCCAGTGATAAGGACCCTGTTTTTTTGTGCACCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCCCAGACAATGCCAGTGATAAGGACCCTGTTTTTTTGTGCACCT  293

seq1  GGCTCAGGTCAGGAACTCTCTTGGAATTAAGCAAAATCCATGATTAAAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGTCAGGAACTCTCTTGGAATTAAGCAAAATCCATGATTAAAAA  343

seq1  GAATTAAGAAATGTGTCCAGAATCTAGATTAGCATGGCATATCTAAAATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGAAATGTGTCCAGAATCTAGATTAGCATGGCATATCTAAAATG  393

seq1  ACCCTTGAAAATTCCAAGGATAAAGACACGTGGTTTAGAATAAAATATGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGAAAATTCCAAGGATAAAGACACGTGGTTTAGAATAAAATATGA  443

seq1  TTTGCATTCATAAGTCAAGGAAATAACAAAGGTGCCCATTAAATCTAAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTCATAAGTCAAGGAAATAACAAAGGTGCCCATTAAATCTAAAT  493

seq1  AATAATGTTATGAAATAAGTAATGCCCAAATGAAATTTTAGTAAAGTGAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTTATGAAATAAGTAATGCCCAAATGAAATTTTAGTAAAGTGAT  543

seq1  GGCCTAAAAATTCCATTAAATAGAACACACATTAAAATGTATCAGATTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAAAAATTCCATTAAATAGAACACACATTAAAATGTATCAGATTGC  593

seq1  TGTAATAAATATCAAGATGGGAGATGTATCTGACAATATTGGAAACTCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAAATATCAAGATGGGAGATGTATCTGACAATATTGGAAACTCAT  643

seq1  TTTTACAGAGTTTTTAAAGATTAAAAACAATTCACTGATTTATCATTTTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGAGTTTTTAAAGATTAAAAACAATTCACTGATTTATCATTTTA  693

seq1  ATTAACTCAATAGAAGAAACAGAAATATGTATGTATAAGGTTATGGAGTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCAATAGAAGAAACAGAAATATGTATGTATAAGGTTATGGAGTG  743

seq1  TAAGCATGCTTCCTAGATATGCTGATAGCAAAGCTTTTTTATGATATGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGCTTCCTAGATATGCTGATAGCAAAGCTTTTTTATGATATGAT  793

seq1  ATTGGAATGACTGAAAGTCATAACTCTCTTGAGTGTCAGTTAGCTCTGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAATGACTGAAAGTCATAACTCTCTTGAGTGTCAGTTAGCTCTGAC  843

seq1  CACGAGAAAGGGAAAAAGACTACACTGTGATAAATGTATTGTGACTATCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAGAAAGGGAAAAAGACTACACTGTGATAAATGTATTGTGACTATCT  893

seq1  GCCCTGCCTAAGAATGTTTAGGCCCATTCAGATTTTGTCACTTTCAAACA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCTAAGAATGTTTAGGCCCATTCAGATTTTGTCACTTTCAAACA  943

seq1  CTTATCAGATGTCAATATCTGTGTTTAAATATGGAAAAACAATCTTTGGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAGATGTCAATATCTGTGTTTAAATATGGAAAAACAATCTTTGGA  993

seq1  CACAATATAATTCATTTGTCTGAATTTAAGATAACTGGCTGAGAGGCATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATATAATTCATTTGTCTGAATTTAAGATAACTGGCTGAGAGGCATT  1043

seq1  GCACCTTGTACCTTTATTGTTCCACCGCATCAGCAGTTGCTGTGGAGAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTGTACCTTTATTGTTCCACCGCATCAGCAGTTGCTGTGGAGAAT  1093

seq1  TTGTCTATAGATACAATCCTAAGAGAGGATCTGACAAATGCTGTAGCCAC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTATAGATACAATCCTAAGAGAGGATCTGACAAATGCTGTAGCCAC  1143

seq1  TTTTCTGTCACTCAAGTCTGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTCACTCAAGTCTGAATTC  1168


seq1: chr3_155563496_155564671
seq2: B6Ng01-245C03.g_66_1227

seq1  GAATTCAACCATCCAGTGACAAGCTAGGAGTGGGAACCTTAAGACCCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCATCCAGTGACAAGCTAGGAGTGGGAACCTTAAGACCCTGA  50

seq1  AAAAAAGTTACCTTCCAGGCTTGCTGGACAGCCATGAGATCATGGCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTTACCTTCCAGGCTTGCTGGACAGCCATGAGATCATGGCAACA  100

seq1  AGCATTCTGCCACTTGGCAAAAGTCCAAAATGTCTTTCTCAAAATTCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCTGCCACTTGGCAAAAGTCCAAAATGTCTTTCTCAAAATTCTGC  150

seq1  TTATCACATTGGAAATTAATTTAGCTTCATACAATCAAATACAGACAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACATTGGAAATTAATTTAGCTTCATACAATCAAATACAGACAAGT  200

seq1  ATTAGTGGTTCCTCTTGCAACTCCTAATTTACATATAGGCTGTATGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGGTTCCTCTTGCAACTCCTAATTTACATATAGGCTGTATGGTGG  250

seq1  GTATGGGAACACCATAAGCTTAAGTTTTTATGTAGCTTTGAGATTTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGGAACACCATAAGCTTAAGTTTTTATGTAGCTTTGAGATTTGGCT  300

seq1  GTGTTTAATATGTAAAAATGGGTATATAAAACAAATAACAAGGGCAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAATATGTAAAAATGGGTATATAAAACAAATAACAAGGGCAATGA  350

seq1  CAGGAATTCGTGAGAATACATCTTCTTGCTTAATAGCTTCATGGTAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTCGTGAGAATACATCTTCTTGCTTAATAGCTTCATGGTAAGAA  400

seq1  ACTGAATTATTGATCTGTCAAATATGGTCTTTTCTGTATATTTACAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATTATTGATCTGTCAAATATGGTCTTTTCTGTATATTTACAAGAA  450

seq1  TATGAAGCACTTGTAAGAAAGGGACACTGGGGCATAGTCACAGGGCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGCACTTGTAAGAAAGGGACACTGGGGCATAGTCACAGGGCAAGT  500

seq1  AGTAAGAGACGTTCTTCCTGTGCAGTATGCAAAGTTCCTAACTCCTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAGACGTTCTTCCTGTGCAGTATGCAAAGTTCCTAACTCCTATTC  550

seq1  ATGTGCAGGTAGAAGTGGACATTCTACACAATTGGCCTTCTATGTTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGGTAGAAGTGGACATTCTACACAATTGGCCTTCTATGTTTATA  600

seq1  CATTTTTTTTTTAGTTAGCCACTGAAAAGAAAGAGATAGTGTGCAGATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTTTTTTAGTTAGCCACTGAAAAGAAAGAGATAGTGTGCAGATTT  650

seq1  TCCAGAGAACAACAAATTTGTCAGTGTGTGGGATAGCAGACTTGAAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGAACAACAAATTTGTCAGTGTGTGGGATAGCAGACTTGAAGCTT  700

seq1  TCTGGAATGATCTAGAAGAGTAGGTCTTAAAATGCCACACCATGGCAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATGATCTAGAAGAGTAGGTCTTAAAATGCCACACCATGGCAAAC  750

seq1  AAACAAACAAACAACAAACAAACAAACCAAGTTATTAACTCTTTACTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAACAAACAAACAAACCAAGTTATTAACTCTTTACTGTT  800

seq1  AAGCAAAATATATACTTGCTTCTAAGTTCCCATCATTGTATGAAGACAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAATATATACTTGCTTCTAAGTTCCCATCATTGTATGAAGACAGG  850

seq1  TTGTCACTTGGGTATCAAGTCTTTGAAGACATATCTGTTAGGATAAAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTTGGGTATCAAGTCTTTGAAGACATATCTGTTAGGATAAAAAG  900

seq1  TGTCTAATTTTGAAGATCAAACAGACCCAGGCAGGCCTCCCCAACACTAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTCTAATTTTGAAGATCAAACAGACCCAGGCAGGCCT-CCCAACACTAT  949

seq1  GTCAACAGATGCTCTTTATATGTGAAGACCCAATGTTCAATGCTGCTTCT  1000
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GTCAACAGATGCTCTTTATATGTG-AGA-CCAATG-TCAATGCTGCTTCT  996

seq1  AGGAGAAACACTTATCCTGTGGAATGTTT-GGGGAGCTCTTGATCAGTCA  1049
      | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| 
seq2  A-GAGAAACACTTAT-CTGTGGAATGTTTGGGGGAGCTTCTGATCAGTC-  1043

seq1  AAAGTATTTAGTGACAGATCAA-GAGCTT-GTGGTCCTGTGGCAGGAAGA  1097
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| | |||
seq2  AAAGTATTTAGTGACAGATCAAGGAGCTTGGTGGT-CTGTGGCAAG-AGA  1091

seq1  TGTTGGGAATTTACAAAGCTGTTTTGAGTATAGT-GAAGCCTCCATCACT  1146
      ||| ||    |||| ||||   |||||||||||| ||||||| ||||| |
seq2  TGTCGG---ATTACCAAGCCTGTTTGAGTATAGTGGAAGCCT-CATCA-T  1136

seq1  AACCTCAAGAATAAAATTCCTCTCTACACA  1176
      | | || ||||||||  |||||| ||||||
seq2  AGCTTC-AGAATAAA--TCCTCT-TACACA  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |