BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245G23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 26,575,816 - 26,733,327
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpata16
Upstream geneNlgn1, LOC621017, LOC229152
Downstream geneLOC665258, Ect2, Aadacl1, LOC100040527, Tnfsf10, Ghsr, Fndc3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245G23.bB6Ng01-245G23.g
ACCGA054319GA054320
length1,1061,069
definitionB6Ng01-245G23.b B6Ng01-245G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,732,224 - 26,733,327)(26,575,816 - 26,576,876)
sequence
gaattcctcgcgagtccacagtctcccagccataaatagcttcttatgca
gtttgaatctgctggctttagaactctctccaggcctaacgcaacccgac
tggccttcttctttagaagagcaattctaaatatctccgcaaccatttgt
taacattcgttaacatggccgggttaattaattaacccatctggtttgct
ctttctctgcggccctttttctcaccattagctggtttcatggtcgcctt
tttaattcttttaaatccccctcttcttcctgttgcaactggaaatgggc
tccgccagagtctgaggagctgtgtaggcttctcatgcagcttctccatt
gatttcttgggcacagaaactcagaagggtgcgtgtatgttggctaacta
tagactctatccattttaacatacttaagaacttgtttcttcctccctgt
gcttaaaaaaaattcctcaggatgacacatgttacatattcatatgcata
tatgttattaattttagatgaattaatattgatgcccaaatgtatattcc
ttttgagtataaatacataataataagaaggagctgttattctgagcaga
aagggcaaaccaccaggttcactccaacacacagacatacacagtcacac
acacagacatgcacatagacacacacatgcacatagacacacacagataa
agacacacacacacacacatacacacacaccccccaagcatctttatgca
gattcatatttttccaatatagcagttggctacagtagcattctgctaac
aatgtaaaatgcaaacgacatgcagacatgcagtgaggcctgaactcctg
gggggtgacctacagttctcagctgactctgttttttctccttcagcaca
tttccttgcagctccactcacactcccaccgagcgctctgccaccagagt
ctggttggccctttgttgctgggatttcttaatagcaacttatgggtttt
cttgatgttgtcctctttcttctagacttgtgctagccaaaaagggcttg
taactatccccagaggttattatattgagatggaagaaaattgaaaatta
atcagt
gaattctttaggaccggtcctcgactgtcacagttctcagcatctttggc
aacaatctgccttcagtgtggttcaacgcagagagagctttctttgatca
aggcagagagtagtttttacttatgggtataaatggatatttagaaggca
gtttgatgttattcagtttatttaaacaataataagtatcccattagacc
tatgacctctccaggcataggttgttaaacaggctaataatactagacat
ggattctctcctgtggaagcagaattctaagtagttggaagatggttgat
tgccaccataatggttatgtcactactgcatgggcaggcccatcttgtct
aacagattggttttgtatctcttaaggttaacgggaataaaaaaaatgtg
ttttttaataattaagcatgaagaaaatagatctcctgaaaaattaaaat
ttacaaatataagaaaaaaaggtatgaaccagaggactcatgtagcctcg
ggtgtcctgccaaaggacatggagtctgatgttctctaggcatgtgtgta
agcctggagcatgcagtgtggaaactcgggatctctccaggaggaaccaa
gagacaagtgaaacatgtattatgccagaagcagtgtggggcatcacttg
aaatcagacagatattaatacagatgctgagacataaatgaagagcactg
ggtcatagaccctacccaggactggttaaggtagagaccatagaggaaac
acagaagccctacttccaaattacattaagactttaatgctttctgcaga
tatcttaccctctcctcccaccttagatggtggtggtgactttaggcctt
tggagggaggtgttgtggggacaaatggggacagcctttcaaatacagcc
tctttttggtgtcccctacttccatcctccaaacgaaaaaagacctaagt
cgagagatttcagctaacattaccctaccactttttggtttgcctctatc
aactggccctgaagaataagaattcaggatgcaggaacagggcataataa
ttattgcagatggacaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_26732224_26733327
seq2: B6Ng01-245G23.b_48_1153 (reverse)

seq1  ACTGAATTAAATTTTTAAATTTTCTTCCATCTAAATATAATTAACCTCTT  50
      |||| |||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
seq2  ACTG-ATTAA--TTTTCAATTTTCTTCCATCTCAATATAA-TAACCTC-T  45

seq1  GGGGATAGTAAC-AGCCC-TTTTGGCTAGCACAGGTCTAG-AGAAAGGAG  97
      ||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  |
seq2  GGGGATAGTTACAAGCCCTTTTTGGCTAGCACAAGTCTAGAAGAAAGAGG  95

seq1  ACAACATCAAGAAAA-CCATAAGTTGCTATT-AGGAATCCCAGCAACAAA  145
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  ACAACATCAAGAAAACCCATAAGTTGCTATTAAGAAATCCCAGCAACAAA  145

seq1  GGGCCAACCAAGACTCTGGTGGCAGAGCGCTCGGTGGGAGTGTGAGTGGA  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAACC-AGACTCTGGTGGCAGAGCGCTCGGTGGGAGTGTGAGTGGA  194

seq1  GCTGCAAGGAAATGTGCTG-AGGAG-AAAAACAGAGTCAGCTGAGAACTG  243
      ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAAGGAAATGTGCTGAAGGAGAAAAAACAGAGTCAGCTGAGAACTG  244

seq1  TAGGTCACCCCCCAGGAGTTCAGGCCTCACTGCATGTCTGCATGTCGTTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCACCCCCCAGGAGTTCAGGCCTCACTGCATGTCTGCATGTCGTTT  294

seq1  GCATTTTACATTGTTAGCAGAATGCTACTGTAGCCAACTGCTATA-TGGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCATTTTACATTGTTAGCAGAATGCTACTGTAGCCAACTGCTATATTGGA  344

seq1  AAAATATGAATCTGCATAAAGATGCTTGGGGGGTGTGTGTGTATGTGTGT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGAATCTGCATAAAGATGCTTGGGGGGTGTGTGTGTATGTGTGT  394

seq1  GTGTGTGTGTCTTTATCTGTGTGTGTCTATGTGCATGTGTGTGTCTATGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTCTTTATCTGTGTGTGTCTATGTGCATGTGTGTGTCTATGT  444

seq1  GCATGTCTGTGTGTGTGACTGTGTATGTCTGTGTGTTGGAGTGAACCTGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTCTGTGTGTGTGACTGTGTATGTCTGTGTGTTGGAGTGAACCTGG  494

seq1  TGGTTTGCCCTTTCTGCTCAGAATAACAGCTCCTTCTTATTATTATGTAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGCCCTTTCTGCTCAGAATAACAGCTCCTTCTTATTATTATGTAT  544

seq1  TTATACTCAAAAGGAATATACATTTGGGCATCAATATTAATTCATCTAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTCAAAAGGAATATACATTTGGGCATCAATATTAATTCATCTAAA  594

seq1  ATTAATAACATATATGCATATGAATATGTAACATGTGTCATCCTGAGGAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAACATATATGCATATGAATATGTAACATGTGTCATCCTGAGGAA  644

seq1  TTTTTTTTAAGCACAGGGAGGAAGAAACAAGTTCTTAAGTATGTTAAAAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTAAGCACAGGGAGGAAGAAACAAGTTCTTAAGTATGTTAAAAT  694

seq1  GGATAGAGTCTATAGTTAGCCAACATACACGCACCCTTCTGAGTTTCTGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAGTCTATAGTTAGCCAACATACACGCACCCTTCTGAGTTTCTGT  744

seq1  GCCCAAGAAATCAATGGAGAAGCTGCATGAGAAGCCTACACAGCTCCTCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAGAAATCAATGGAGAAGCTGCATGAGAAGCCTACACAGCTCCTCA  794

seq1  GACTCTGGCGGAGCCCATTTCCAGTTGCAACAGGAAGAAGAGGGGGATTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGGCGGAGCCCATTTCCAGTTGCAACAGGAAGAAGAGGGGGATTT  844

seq1  AAAAGAATTAAAAAGGCGACCATGAAACCAGCTAATGGTGAGAAAAAGGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATTAAAAAGGCGACCATGAAACCAGCTAATGGTGAGAAAAAGGG  894

seq1  CCGCAGAGAAAGAGCAAACCAGATGGGTTAATTAATTAACCCGGCCATGT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGAGAAAGAGCAAACCAGATGGGTTAATTAATTAACCCGGCCATGT  944

seq1  TAACGAATGTTAACAAATGGTTGCGGAGATATTTAGAATTGCTCTTCTAA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGAATGTTAACAAATGGTTGCGGAGATATTTAGAATTGCTCTTCTAA  994

seq1  AGAAGAAGGCCAGTCGGGTTGCGTTAGGCCTGGAGAGAGTTCTAAAGCCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGGCCAGTCGGGTTGCGTTAGGCCTGGAGAGAGTTCTAAAGCCA  1044

seq1  GCAGATTCAAACTGCATAAGAAGCTATTTATGGCTGGGAGACTGTGGACT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTCAAACTGCATAAGAAGCTATTTATGGCTGGGAGACTGTGGACT  1094

seq1  CGCGAGGAATTC  1104
      ||||||||||||
seq2  CGCGAGGAATTC  1106

seq1: chr3_26575816_26576876
seq2: B6Ng01-245G23.g_69_1137

seq1  GAATTCTTTAGGACCGGTCCTCGACTGTCACAGTTCTCAGCATCTTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGGACCGGTCCTCGACTGTCACAGTTCTCAGCATCTTTGGC  50

seq1  AACAATCTGCCTTCAGTGTGGTTCAACGCAGAGAGAGCTTTCTTTGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCTGCCTTCAGTGTGGTTCAACGCAGAGAGAGCTTTCTTTGATCA  100

seq1  AGGCAGAGAGTAGTTTTTACTTATGGGTATAAATGGATATTTAGAAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGAGTAGTTTTTACTTATGGGTATAAATGGATATTTAGAAGGCA  150

seq1  GTTTGATGTTATTCAGTTTATTTAAACAATAATAAGTATCCCATTAGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATGTTATTCAGTTTATTTAAACAATAATAAGTATCCCATTAGACC  200

seq1  TATGACCTCTCCAGGCATAGGTTGTTAAACAGGCTAATAATACTAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCTCTCCAGGCATAGGTTGTTAAACAGGCTAATAATACTAGACAT  250

seq1  GGATTCTCTCCTGTGGAAGCAGAATTCTAAGTAGTTGGAAGATGGTTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTCTCCTGTGGAAGCAGAATTCTAAGTAGTTGGAAGATGGTTGAT  300

seq1  TGCCACCATAATGGTTATGTCACTACTGCATGGGCAGGCCCATCTTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCATAATGGTTATGTCACTACTGCATGGGCAGGCCCATCTTGTCT  350

seq1  AACAGATTGGTTTTGTATCTCTTAAGGTTAACGGGAATAAAAAAAATGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTGGTTTTGTATCTCTTAAGGTTAACGGGAATAAAAAAAATGTG  400

seq1  TTTTTTAATAATTAAGCATGAAGAAAATAGATCTCCTGAAAAATTAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATAATTAAGCATGAAGAAAATAGATCTCCTGAAAAATTAAAAT  450

seq1  TTACAAATATAAGAAAAAAAGGTATGAACCAGAGGACTCATGTAGCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAATATAAGAAAAAAAGGTATGAACCAGAGGACTCATGTAGCCTCG  500

seq1  GGTGTCCTGCCAAAGGACATGGAGTCTGATGTTCTCTAGGCATGTGTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCTGCCAAAGGACATGGAGTCTGATGTTCTCTAGGCATGTGTGTA  550

seq1  AGCCTGGAGCATGCAGTGTGGAAACTCGGGATCTCTCCAGGAGGAACCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGAGCATGCAGTGTGGAAACTCGGGATCTCTCCAGGAGGAACCAA  600

seq1  GAGACAAGTGAAACATGTATTATGCCAGAAGCAGTGTGGGGCATCACTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAGTGAAACATGTATTATGCCAGAAGCAGTGTGGGGCATCACTTG  650

seq1  AAATCAGACAGATATTAATACAGATGCTGAGACATAAATGAAGAGCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGACAGATATTAATACAGATGCTGAGACATAAATGAAGAGCACTG  700

seq1  GGTCATAGACCCTACCCAGGACTGGTTAAGGTAGAGACCATAGAGGAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATAGACCCTACCCAGGACTGGTTAAGGTAGAGACCATAGAGGAAAC  750

seq1  ACAGAAGCCCTACTTCCAAATTACATTAAGACTTTAATGCTTTCTGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCCCTACTTCCAAATTACATTAAGACTTTAATGCTTTCTGCAGA  800

seq1  TATCTTACCCTCTCCTCCCACCTTAGATGGTGGTGGTGACTTTAGGCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTACCCTCTCCTCCCACCTTAGATGGTGGTGGTGACTTTAGGCCTT  850

seq1  TGGAGGGAGGTGTTGTGGGGACAAATGGGGACAGCCTTTCAAATACAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGAGGTGTTGTGGGGACAAATGGGGACAGCCTTTCAAATACAGCC  900

seq1  TCTTTTTTGTGTCCCCTACTTCCAT-CTCCAAACG-AAAAAGACCTAAGC  948
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TCTTTTTGGTGTCCCCTACTTCCATCCTCCAAACGAAAAAAGACCTAAGT  950

seq1  CAAGAGA-TTCAGC-CACATTACCCTAACCACTTTT--GTTTGCCCTTAT  994
      | ||||| ||||||  |||||||||| |||||||||  |||||||  |||
seq2  CGAGAGATTTCAGCTAACATTACCCT-ACCACTTTTTGGTTTGCCTCTAT  999

seq1  C-ACT-GCCCTGAGGAATAAGAATTCA-GATGCAGGAACAGGGCATAATT  1041
      | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  CAACTGGCCCTGAAGAATAAGAATTCAGGATGCAGGAACAGGGCATAAT-  1048

seq1  AAATTA-TGCAGAT-GACACCC  1061
       ||||| ||||||| |||||||
seq2  -AATTATTGCAGATGGACACCC  1069