BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246I11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 67,933,244 - 68,076,827
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRsrc1, Mlf1, Gfm1, Lxn, Rarres1, Mfsd1, LOC667207, Gm412, EG208426
Downstream geneEG545531, LOC631379, Schip1, Il12a, LOC639530, 1110032F04Rik, Ift80, Smc4, Trim59, LOC667272, Kpna4, Arl14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246I11.bB6Ng01-246I11.g
ACCGA055122GA055123
length1,1921,097
definitionB6Ng01-246I11.b B6Ng01-246I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,933,244 - 67,934,427)(68,075,723 - 68,076,827)
sequence
gaattccacaactattgcatttccatctggcagcatcttcctacactgaa
tatttgcataaatatttcagcaataaagtaaaattatgaaacataaactc
tttaggttctattccaaattgataacctcttcaaaatttaataagctaag
aaagtatgcaattgtaaggaaattgctatatagtgcttccacccattgtg
aactgtcctgggggaaacagttccttcttaccttacaatacacaccttcc
cttttccgtctgtgaggagtgagtggttgaaaaaaataaatctctactca
atgtatgtatgaatgtttaatagtctggctgctagtttctaaagcacgac
tcagcctgaatgcaagagttatgtgctgggttaatgacaggtgcctgtag
tggaactgggttatgattgagcaagaaccttctcttttatttaaatgaat
gccatctttttttagtgcaaagataacacttatcctcagaactacgattt
ccaggattggtcatgattggcatgctaaccatgtttctaagagctcattt
ggtttcccccagtgataatggacagcatctacatctgcacttaaattgag
aggtgaagttcactgtctctgatgtcagtgggactagggataagagaggt
tcttcatatgctacacttcttaatattattctgctatcattattatactt
taggagatagctaaagatctgctagtgtattcagacagaaccggcttaga
atttgactctaatacttattaattctgtgatggcgggcaagttcctaact
cttaattctttagatcaaatcaagtgaatggtagcataatgccaaccagt
ggagctaatctgtgagtacagatgaagatgtctgtcaatacatagctcat
ggctcagtgactggcatggggaaagggccaagaaacataaaggttttgct
gctataaaactattctcatttttattattgctgccatttatacatatgag
cccaaattggctaaatatcctctattaaatacagctagtttacattattt
aattgagaagtgttggctgagactcaagcaacttgacttctaatccgaac
cattcaccttcctaagggtctttcagttaggtatgttgtgttcctggaaa
cctggagaataagtcctgaagggtaattggcaaagatttgtt
gaattcaccttttggaaagaaaagtttcttcaggtcagtgtcttgtcttt
aactgttgcagttgacaagagtgtgtgaagaacagagaccacaaagaccc
tggcagtcacagggaggagaggaaacactgtagctagggaagctgaggct
gagctttcagtgtccagaattagcatagttgctaaccacatgctctcctc
aaaaactgttctcatgtatcttgtctgggaaaattcttgacttatataag
aattttaaaagttaaaagtgttctttcttctctgaattgccagaaaactc
gcatgttaattgtggcttggagaagccattgccaatctgaagggacaagt
ttcatttgctcccttgaaactgtgacaaaattgtttcacgcaggtcagag
gtaagagatacggataaagttcagtgaaagatggaggaatcaggcccttg
gaggtgtgaattttccttaagtgatgtatggctgtgaacttggagagctt
acagaatctgcctgtccatatcataattgcctaattgagtaccatagaaa
gacaacaaaggagtgcattaaagtatttcatcactaaaactcaaggtcaa
aactttgcaggaacactgtcagaatggtttcatcctaccaggttcaggat
ggcttgcttctgcctgccacgcctcctcttcttgtgcattgttttccttc
acctttgcctctggaggcacaccctccacactctgtcatgtgctgtgtcc
ctcactgtggcagctgtgcaccgcctgtgccctactacctcagcctcttg
tgtcagctccattccctcatccatccaggcttggactcaagccccattct
ccattgctgtctctgaggggtttgggcattcattcgtgccatttggatag
tgtccattctgtttactagatcatgaccccagggggcaagcatggaaatt
atggtgcaataattgctatactaaccagcaaatatccacctactgtttag
atgttatatgacacttggtttttttttttttttttggtttttttttatct
ttttctaggtaagtcacataccgaaaatgtggtggtttacacttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_67933244_67934427
seq2: B6Ng01-246I11.b_44_1235

seq1  GAATTCCACAACTATTGCATTTCCATCTGGCAGCATCTTCCTACACTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAACTATTGCATTTCCATCTGGCAGCATCTTCCTACACTGAA  50

seq1  TATTTGCATAAATATTTCAGCAATAAAGTAAAATTATGAAACATAAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCATAAATATTTCAGCAATAAAGTAAAATTATGAAACATAAACTC  100

seq1  TTTAGGTTCTATTCCAAATTGATAACCTCTTCAAAATTTAATAAGCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTTCTATTCCAAATTGATAACCTCTTCAAAATTTAATAAGCTAAG  150

seq1  AAAGTATGCAATTGTAAGGAAATTGCTATATAGTGCTTCCACCCATTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGCAATTGTAAGGAAATTGCTATATAGTGCTTCCACCCATTGTG  200

seq1  AACTGTCCTGGGGGAAACAGTTCCTTCTTACCTTACAATACACACCTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCCTGGGGGAAACAGTTCCTTCTTACCTTACAATACACACCTTCC  250

seq1  CTTTTCCGTCTGTGAGGAGTGAGTGGTTGAAAAAAATAAATCTCTACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCGTCTGTGAGGAGTGAGTGGTTGAAAAAAATAAATCTCTACTCA  300

seq1  ATGTATGTATGAATGTTTAATAGTCTGGCTGCTAGTTTCTAAAGCACGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGAATGTTTAATAGTCTGGCTGCTAGTTTCTAAAGCACGAC  350

seq1  TCAGCCTGAATGCAAGAGTTATGTGCTGGGTTAATGACAGGTGCCTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGAATGCAAGAGTTATGTGCTGGGTTAATGACAGGTGCCTGTAG  400

seq1  TGGAACTGGGTTATGATTGAGCAAGAACCTTCTCTTTTATTTAAATGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTGGGTTATGATTGAGCAAGAACCTTCTCTTTTATTTAAATGAAT  450

seq1  GCCATCTTTTTTTAGTGCAAAGATAACACTTATCCTCAGAACTACGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTTTTTTAGTGCAAAGATAACACTTATCCTCAGAACTACGATTT  500

seq1  CCAGGATTGGTCATGATTGGCATGCTAACCATGTTTCTAAGAGCTCATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTGGTCATGATTGGCATGCTAACCATGTTTCTAAGAGCTCATTT  550

seq1  GGTTTCCCCCAGTGATAATGGACAGCATCTACATCTGCACTTAAATTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCCCCAGTGATAATGGACAGCATCTACATCTGCACTTAAATTGAG  600

seq1  AGGTGAAGTTCACTGTCTCTGATGTCAGTGGGACTAGGGATAAGAGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAGTTCACTGTCTCTGATGTCAGTGGGACTAGGGATAAGAGAGGT  650

seq1  TCTTCATATGCTACACTTCTTAATATTATTCTGCTATCATTATTATACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATATGCTACACTTCTTAATATTATTCTGCTATCATTATTATACTT  700

seq1  TAGGAGATAGCTAAAGATCTGCTAGTGTATTCAGACAGAACCGGCTTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGATAGCTAAAGATCTGCTAGTGTATTCAGACAGAACCGGCTTAGA  750

seq1  ATTTGACTCTAATACTTATTAATTCTGTGATGGCGGGCAAGTTCCTAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACTCTAATACTTATTAATTCTGTGATGGCGGGCAAGTTCCTAACT  800

seq1  CTTAATTCTTTAGATCAAATCAAGTGAATGGTAGCATAATGCCAACCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTCTTTAGATCAAATCAAGTGAATGGTAGCATAATGCCAACCAGT  850

seq1  GGAGCTAATCTGTGAGTACAGATGAAGATGTCTGTCAAATACATAGCTCA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGAGCTAATCTGTGAGTACAGATGAAGATGTCTGTC-AATACATAGCTCA  899

seq1  TGGCTCAGTGACTGGCATGGGGAAAGGGCCAAGAAACAT-AAGGTTTTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGCTCAGTGACTGGCATGGGGAAAGGGCCAAGAAACATAAAGGTTTTGC  949

seq1  TGCTATAAAACTATTCTCATTTTTATTATTGCTGCCATTTATACATATGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAAAACTATTCTCATTTTTATTATTGCTGCCATTTATACATATGA  999

seq1  GCCCAAATTTGGCTAAATATCCTCTATTAAATACAGCTAGTTTACATTAT  1049
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAA-TTGGCTAAATATCCTCTATTAAATACAGCTAGTTTACATTAT  1048

seq1  TTAATTGAGGAAGTGTTGGCCTGAGACTC-AGC-ACCTGACTTCTATTCC  1097
      |||||||| |||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||| |||
seq2  TTAATTGA-GAAGTGTTGG-CTGAGACTCAAGCAACTTGACTTCTAATCC  1096

seq1  AGACCCATCACC-TCCT-AGGGTCTTCCAG-TAGGTATG-TGTG-TCCTG  1142
        |||  ||||| |||| |||||||| ||| |||||||| |||| |||||
seq2  GAACCATTCACCTTCCTAAGGGTCTTTCAGTTAGGTATGTTGTGTTCCTG  1146

seq1  GAAA-CTGGAG-ATGAGGCCTG-AGGGTGA-TGGGAAAGATTTGTT  1184
      |||| |||||| || || |||| ||||| | ||| |||||||||||
seq2  GAAACCTGGAGAATAAGTCCTGAAGGGTAATTGGCAAAGATTTGTT  1192

seq1: chr3_68075723_68076827
seq2: B6Ng01-246I11.g_67_1163 (reverse)

seq1  TTTAAGTGTAA--CA-CACACTTTCAGTATG-AACTTACCTAAAAAAAAA  46
      |||||||||||  || |||| |||| |||||  ||||||||        |
seq2  TTTAAGTGTAAACCACCACATTTTCGGTATGTGACTTACCT--------A  42

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACCCAAAGTGTCAT  96
       ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| 
seq2  GAAAAAGATAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAACC--AAGTGTCA-  89

seq1  TATAACATCTAAAACAGTAGGTGGATATTTGCTGGTTAGTATAGCAATTA  146
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATCT-AAACAGTAGGTGGATATTTGCTGGTTAGTATAGCAATTA  138

seq1  TTGCACCATAATTTCCATGCCTGCCCCCTGGGGTCATGATCTAGTAAACA  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACCATAATTTCCATGCTTGCCCCCTGGGGTCATGATCTAGTAAACA  188

seq1  GAATGGACACTATCCAAATGGCACGAATGAATGCCCAAACCCCTCAGAGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGACACTATCCAAATGGCACGAATGAATGCCCAAACCCCTCAGAGA  238

seq1  CAGCAATGGAGAATGGGGCTTGAGTCCAAGCCTGGATGGATGAGGGAATG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATGGAGAATGGGGCTTGAGTCCAAGCCTGGATGGATGAGGGAATG  288

seq1  GAGCTGACACAAGAGGCTGAGGTAGTAGGGCACAGGCGGTGCACAGCTGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGACACAAGAGGCTGAGGTAGTAGGGCACAGGCGGTGCACAGCTGC  338

seq1  CACAGTGAGGGACACAGCACATGACAGAGTGTGGAGGGTGTGCCTCCAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGAGGGACACAGCACATGACAGAGTGTGGAGGGTGTGCCTCCAGA  388

seq1  GGCAAAGGTGAAGGAAAACAATGCACAAGAAGAGGAGGCGTGGCAGGCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGGTGAAGGAAAACAATGCACAAGAAGAGGAGGCGTGGCAGGCAG  438

seq1  AAGCAAGCCATCCTGAACCTGGTAGGATGAAACCATTCTGACAGTGTTCC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCCATCCTGAACCTGGTAGGATGAAACCATTCTGACAGTGTTCC  488

seq1  TGCAAAGTTTTGACCTTGAGTTTTAGTGATGAAATACTTTAATGCACTCC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGTTTTGACCTTGAGTTTTAGTGATGAAATACTTTAATGCACTCC  538

seq1  TTTGTTGTCTTTCTATGGTACTCAATTAGGCAATTATGATATGGACAGGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTCTTTCTATGGTACTCAATTAGGCAATTATGATATGGACAGGC  588

seq1  AGATTCTGTAAGCTCTCCAAGTTCACAGCCATACATCACTTAAGGAAAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTGTAAGCTCTCCAAGTTCACAGCCATACATCACTTAAGGAAAAT  638

seq1  TCACACCTCCAAGGGCCTGATTCCTCCATCTTTCACTGAACTTTATCCGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACCTCCAAGGGCCTGATTCCTCCATCTTTCACTGAACTTTATCCGT  688

seq1  ATCTCTTACCTCTGACCTGCGTGAAACAATTTTGTCACAGTTTCAAGGGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTACCTCTGACCTGCGTGAAACAATTTTGTCACAGTTTCAAGGGA  738

seq1  GCAAATGAAACTTGTCCCTTCAGATTGGCAATGGCTTCTCCAAGCCACAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGAAACTTGTCCCTTCAGATTGGCAATGGCTTCTCCAAGCCACAA  788

seq1  TTAACATGCGAGTTTTCTGGCAATTCAGAGAAGAAAGAACACTTTTAACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATGCGAGTTTTCTGGCAATTCAGAGAAGAAAGAACACTTTTAACT  838

seq1  TTTAAAATTCTTATATAAGTCAAGAATTTTCCCAGACAAGATACATGAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTCTTATATAAGTCAAGAATTTTCCCAGACAAGATACATGAGA  888

seq1  ACAGTTTTTGAGGAGAGCATGTGGTTAGCAACTATGCTAATTCTGGACAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTTGAGGAGAGCATGTGGTTAGCAACTATGCTAATTCTGGACAC  938

seq1  TGAAAGCTCAGCCTCAGCTTCCCTAGCTACAGTGTTTCCTCTCCTCCCTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTCAGCCTCAGCTTCCCTAGCTACAGTGTTTCCTCTCCTCCCTG  988

seq1  TGACTGCCAGGGTCTTTGTGGTCTCTGTTCTTCACACACTCTTGTCAACT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCAGGGTCTTTGTGGTCTCTGTTCTTCACACACTCTTGTCAACT  1038

seq1  GCAACAGTTAAAGACAAGACACTGACCTGAAGAAACTTTTCTTTCCAAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTTAAAGACAAGACACTGACCTGAAGAAACTTTTCTTTCCAAAA  1088

seq1  GGTGAATTC  1105
      |||||||||
seq2  GGTGAATTC  1097