BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251A08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 46,913,883 - 47,085,281
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383850
Upstream geneEG241989, LOC545517, LOC383849
Downstream geneLOC100039426, LOC666202
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251A08.bB6Ng01-251A08.g
ACCGA058401GA058402
length1,0991,104
definitionB6Ng01-251A08.b B6Ng01-251A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,084,177 - 47,085,281)(46,913,883 - 46,914,992)
sequence
gaattcacatgtaaacacacacacaacaagagaaaaaataactagataat
gtaaattttatactaaacaagaagactagtaaatatgatgtaatttattc
tatggtcaggaccatacatttatccactgtactgctcataccagagcaca
cttcttgcactttgattcaaggtaagaatgttgtgacttcttatacaggc
acataaaacactatttaaagtcacagctactgttttctctctgtatgtct
ttttttaaagagtaaaaattgatgtgaatcagtgattacattatttttta
agtgcgatactaaaataagagagaaagagagagcattttaaacttattaa
aaactgcaaagtaaaatttgcataatttacaaagtgatatctttttcaaa
catgtagttaaaacattagcaaataaaactttgttggagcacaaaactta
acaaaaagtctcacaagcacttgtgaccacaaactttagcagacttctac
aacttgtcaaatccataagatgtaatattaattatccatatacgctttaa
atggatgagggggctgataccttctttttacatggaagcattgtaatttc
ttctaaatcagacctctcttcttatcacttaataactattcttagcagta
gttcacaatgatatttacaaagcacagcctgagtcctagctccaaatata
tatctttgtcagcactgaaagcaaatataactctctggataaagcaggtg
agtggcgccctgttatcttagcagagtggagaggcaatgacctactttcc
tttcacatgctgcctacgagcggtattaaatcaaatggagcacattaaaa
ccatcacggaaagcagacaatagcttccctctgattgcctgcctcagcct
ggtagcactgtggaagttgcaaaagtcatttgtatcaactcattaccatg
tcacctcatttcatgcccctgctggatagtggcactgagccctgtgtttc
tgtactccacattctccccattggaacaaatcctaatagcacccagctgt
cgagattaccccagacagttactaaaatttagagggcactggtactggt

gaattcagcctctgccataagagagaaaagtcctgaaatgtgaaagatta
gatcattcgaggacaatggactgttttgtctgtggacacggcaatctaca
gagatgtagttctgttcagctgaatttcacatctaatgctgccatctctc
tataaagacatataaatagttgtaaaggagttattctttcaaatgactgg
gcatataaaagtagatatgttctattaataaaataaaagagtaatttgct
gtcttatgcccagaactactctgattagccttatgaagatcttaagcaag
tcttgtattatttctgtaggtgagaagacattatgaatagctgtggaatt
tgtggaaatataataagtgtccctatgttttttgctcagaattcatgact
aaaatgcccttccttgatgatgtagcccttacaacacataattaggtttc
ttttttcaagggaattgaatatgagtattcctgttagcagcaacttgtaa
tgaaatattgatccaatagatgaaaatggcatctcatacttttgtctagc
tccatttaataattgggcttattgataagaataatggaaattttcatcac
tgttttgacatttagaataatattgtatataagatggctctagagcacct
aaatattctcaactttgatatatttcaacaacatgatcacatggacttct
aggatatatatgagttggcggttacagaaaagaaactcaatcatgtaaag
ttacagctagaaacttaattatatgttttctttacaaacaaatccctaaa
ctaaaagtctttgttacattccatagtttataggtattcttaacagacag
taaaatccacaaagttattatgagcaacttctttaaagacatgtgatcac
atacattaatttcagcaagataatcataagataccagatgatgtcagaca
ttttaaaggtagaataacaaaacactacagaatatttattttcacatttc
ctcaaggtcatgatcacttcttcacagtataaaaatatttcagatcacta
tttatgtatctatggttaatacttcctgggctttttgtataaaaacatta
gtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_47084177_47085281
seq2: B6Ng01-251A08.b_44_1142 (reverse)

seq1  ACCAGTACCAAGTTGCCCCTTCTAAATTTTAGTAACTGTCTGGGGTAATC  50
      ||||||||||   |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTACCA--GTGCCC--TCTAAATTTTAGTAACTGTCTGGGGTAATC  46

seq1  TTCGACAGCTGGGTGCTATTAGGATTTGTTCCAATGGGGAGAATGTGGAG  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCGACAGCTGGGTGCTATTAGGATTTGTTCCAATGGGGAGAATGTGGAG  95

seq1  TACAGAAACACAGGGCTCAGTGCCACTTATCCAGCAGGGGCATGAAATGA  150
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAACACAGGGCTCAGTGCCAC-TATCCAGCAGGGGCATGAAATGA  144

seq1  GGTGACATGGTAATGAGTTGATACAAATGACTTTTGCAACTTCCACAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATGGTAATGAGTTGATACAAATGACTTTTGCAACTTCCACAGTG  194

seq1  CTACCAGGCTGAGGCAGGCAATCAGAGGGAAGCTATTGTCTGCTTTCCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGGCTGAGGCAGGCAATCAGAGGGAAGCTATTGTCTGCTTTCCGT  244

seq1  GATGGTTTTAATGTGCTCCATTTGATTTAATACCGCTCGTAGGCAGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTTAATGTGCTCCATTTGATTTAATACCGCTCGTAGGCAGCATG  294

seq1  TGAAAGGAAAGTAGGTCATTGCCTCTCCACTCTGCTAAGATAACAGGGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGAAAGTAGGTCATTGCCTCTCCACTCTGCTAAGATAACAGGGCG  344

seq1  CCACTCACCTGCTTTATCCAGAGAGTTATATTTGCTTTCAGTGCTGACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCACCTGCTTTATCCAGAGAGTTATATTTGCTTTCAGTGCTGACAA  394

seq1  AGATATATATTTGGAGCTAGGACTCAGGCTGTGCTTTGTAAATATCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATATATTTGGAGCTAGGACTCAGGCTGTGCTTTGTAAATATCATTG  444

seq1  TGAACTACTGCTAAGAATAGTTATTAAGTGATAAGAAGAGAGGTCTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTACTGCTAAGAATAGTTATTAAGTGATAAGAAGAGAGGTCTGATT  494

seq1  TAGAAGAAATTACAATGCTTCCATGTAAAAAGAAGGTATCAGCCCCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAAATTACAATGCTTCCATGTAAAAAGAAGGTATCAGCCCCCTCA  544

seq1  TCCATTTAAAGCGTATATGGATAATTAATATTACATCTTATGGATTTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTAAAGCGTATATGGATAATTAATATTACATCTTATGGATTTGAC  594

seq1  AAGTTGTAGAAGTCTGCTAAAGTTTGTGGTCACAAGTGCTTGTGAGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTAGAAGTCTGCTAAAGTTTGTGGTCACAAGTGCTTGTGAGACTT  644

seq1  TTTGTTAAGTTTTGTGCTCCAACAAAGTTTTATTTGCTAATGTTTTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAAGTTTTGTGCTCCAACAAAGTTTTATTTGCTAATGTTTTAACT  694

seq1  ACATGTTTGAAAAAGATATCACTTTGTAAATTATGCAAATTTTACTTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTTTGAAAAAGATATCACTTTGTAAATTATGCAAATTTTACTTTGC  744

seq1  AGTTTTTAATAAGTTTAAAATGCTCTCTCTTTCTCTCTTATTTTAGTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTAATAAGTTTAAAATGCTCTCTCTTTCTCTCTTATTTTAGTATC  794

seq1  GCACTTAAAAAATAATGTAATCACTGATTCACATCAATTTTTACTCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAAAAAATAATGTAATCACTGATTCACATCAATTTTTACTCTTTA  844

seq1  AAAAAAGACATACAGAGAGAAAACAGTAGCTGTGACTTTAAATAGTGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGACATACAGAGAGAAAACAGTAGCTGTGACTTTAAATAGTGTTT  894

seq1  TATGTGCCTGTATAAGAAGTCACAACATTCTTACCTTGAATCAAAGTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCTGTATAAGAAGTCACAACATTCTTACCTTGAATCAAAGTGCA  944

seq1  AGAAGTGTGCTCTGGTATGAGCAGTACAGTGGATAAATGTATGGTCCTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTGCTCTGGTATGAGCAGTACAGTGGATAAATGTATGGTCCTGA  994

seq1  CCATAGAATAAATTACATCATATTTACTAGTCTTCTTGTTTAGTATAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAATAAATTACATCATATTTACTAGTCTTCTTGTTTAGTATAAAA  1044

seq1  TTTACATTATCTAGTTATTTTTTCTCTTGTTGTGTGTGTGTTTACATGTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATTATCTAGTTATTTTTTCTCTTGTTGTGTGTGTGTTTACATGTG  1094

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1099


seq1: chr3_46913883_46914992
seq2: B6Ng01-251A08.g_66_1169

seq1  GAATTCAGCCTCTGCCATAAGAGAGAAAAGTCCTGAAATGTGAAAGATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCCTCTGCCATAAGAGAGAAAAGTCCTGAAATGTGAAAGATTA  50

seq1  GATCATTCGAGGACAATGGACTGTTTTGTCTGTGGACACGGCAATCTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATTCGAGGACAATGGACTGTTTTGTCTGTGGACACGGCAATCTACA  100

seq1  GAGATGTAGTTCTGTTCAGCTGAATTTCACATCTAATGCTGCCATCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTAGTTCTGTTCAGCTGAATTTCACATCTAATGCTGCCATCTCTC  150

seq1  TATAAAGACATATAAATAGTTGTAAAGGAGTTATTCTTTCAAATGACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGACATATAAATAGTTGTAAAGGAGTTATTCTTTCAAATGACTGG  200

seq1  GCATATAAAAGTAGATATGTTCTATTAATAAAATAAAAGAGTAATTTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAAAAGTAGATATGTTCTATTAATAAAATAAAAGAGTAATTTGCT  250

seq1  GTCTTATGCCCAGAACTACTCTGATTAGCCTTATGAAGATCTTAAGCAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGCCCAGAACTACTCTGATTAGCCTTATGAAGATCTTAAGCAAG  300

seq1  TCTTGTATTATTTCTGTAGGTGAGAAGACATTATGAATAGCTGTGGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATTATTTCTGTAGGTGAGAAGACATTATGAATAGCTGTGGAATT  350

seq1  TGTGGAAATATAATAAGTGTCCCTATGTTTTTTGCTCAGAATTCATGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAATATAATAAGTGTCCCTATGTTTTTTGCTCAGAATTCATGACT  400

seq1  AAAATGCCCTTCCTTGATGATGTAGCCCTTACAACACATAATTAGGTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCCCTTCCTTGATGATGTAGCCCTTACAACACATAATTAGGTTTC  450

seq1  TTTTTTCAAGGGAATTGAATATGAGTATTCCTGTTAGCAGCAACTTGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCAAGGGAATTGAATATGAGTATTCCTGTTAGCAGCAACTTGTAA  500

seq1  TGAAATATTGATCCAATAGATGAAAATGGCATCTCATACTTTTGTCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATTGATCCAATAGATGAAAATGGCATCTCATACTTTTGTCTAGC  550

seq1  TCCATTTAATAATTGGGCTTATTGATAAGAATAATGGAAATTTTCATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTAATAATTGGGCTTATTGATAAGAATAATGGAAATTTTCATCAC  600

seq1  TGTTTTGACATTTAGAATAATATTGTATATAAGATGGCTCTAGAGCACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGACATTTAGAATAATATTGTATATAAGATGGCTCTAGAGCACCT  650

seq1  AAATATTCTCAACTTTGATATATTTCAACAACATGATCACATGGACTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTCTCAACTTTGATATATTTCAACAACATGATCACATGGACTTCT  700

seq1  AGGATATATATGAGTTGGCGGTTACAGAAAAGAAACTCAATCATGTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATATATGAGTTGGCGGTTACAGAAAAGAAACTCAATCATGTAAAG  750

seq1  TTACAGCTAGAAACTTAATTATATGTTTTCTTTACAAACAAATCCCTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTAGAAACTTAATTATATGTTTTCTTTACAAACAAATCCCTAAA  800

seq1  CTAAAAGTCTTTGTTACATTCCATAGTTTATAGGTATTCTTAACAGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGTCTTTGTTACATTCCATAGTTTATAGGTATTCTTAACAGACAG  850

seq1  TAAAATCCACAAAGTTATTATGAGCAACTTCTTTAAAGACATGTGATCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCCACAAAGTTATTATGAGCAACTTCTTTAAAGACATGTGATCAC  900

seq1  ATACATTAATTTCAGCAAGATAATCATAAGATACCAGATGATGTCAGACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTAATTTCAGCAAGATAATCATAAGATACCAGATGATGTCAGACA  950

seq1  TTTTAAAGGTAGAATAACAAAACACTACAGAATATTTATTTTCACATTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGGTAGAATAACAAAACACTACAGAATATTTATTTTCACATTTC  1000

seq1  CTCAAAGGTCAATGATCACTTCTCCACAGTATAAAAATAATTTCAGATCA  1050
      ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CTC-AAGGTC-ATGATCACTTCTTCACAGTATAAAAAT-ATTTCAGATC-  1046

seq1  ACTATTTATGTATCTATGTTATATAACTCCCTGGC-TTTTGTATAAAAAC  1099
      |||||||||||||||||| |  |||  |||  ||| ||||||||||||||
seq2  ACTATTTATGTATCTATGGTTAATACTTCCTGGGCTTTTTGTATAAAAAC  1096

seq1  ATTTTAAGTGG  1110
      |||   |||||
seq2  ATT---AGTGG  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |