BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252L06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 11,818,292 - 11,991,329
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383826, EG667978, LOC667999
Downstream geneEG621965, LOC100039798, EG668033, LOC668037
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252L06.bB6Ng01-252L06.g
ACCGA059628GA059629
length5761,076
definitionB6Ng01-252L06.b B6Ng01-252L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,990,748 - 11,991,329)(11,818,292 - 11,819,369)
sequence
aataaaagtaagttaaaaaaaaggatataaatttgaggggttgggggcaa
aggagttggagtggactgtaagagaggtggaaaggataggaaaggatata
agtatgatactcatttatgaaattatcaaaaaaagaatgatagtagattt
tagcctaaactcttttatgtagtgacaatacaatcatggatggcataatg
tttcattaccataattcattcatctgtgctttcttcatgtctgtcttcct
cctctcccctcccctcccttccaaccccctctcttttcctcacactctta
cttccatttccctactttccttttgatctttctatattggcaagccacag
cacatgtgtggaggttagaggtcagcttgcatgagcaagttagttctcct
cttgctccatgtgagcctttgggattccaaatcatcatctggtttggtga
caaactctttgaccagctgagccatatcactggcatgtattaccttaatt
tcctggcagagttaggtgaatactggccttttttgtgtttctgagaagtc
tggtggtgatggtggtggtggtggtg

gaattcctatacttcacagttcctcttgcagttgcttcaaaacacataca
gttgcttgccacatgattccaagttgggacaagggcatcctctactgtac
taatagctgaagttgattatagatgattacctctacaactcaggtaattt
cttggatgttacaacctctatagatttggaaagccaacatagttacatca
cacagtttctgtcagtctaaatattgtctgaggaaacaatttttttttct
gtgtttttcctactctgtcatttttccagaatgcttatggataatatatg
gtttggagaaaagaaaattatacttaaattcttggagcctttatttcttt
cttatacccatcctactctaagctacttgatatttctaggtacaaagtta
cagtttgacaaaagacttttgaagatcaccataaagaataaaactagaga
ccaaacacactaggaaactatgctatataaaccaatataggttctagcaa
ctaaaataaaaaagcaaggttaagtgaggatttgtgtgttttactacctt
aaacttttagaaatgatgcaatgctatagaactgtggtatttgatacatt
agttactaagcaagtggcagttagtctcttttgaattgtgtttgaaaagc
taattgttaaggctttattgttttaaattaatttatacttatggtcaagt
gttgctcagttaacatttattttgaacaagatctttatttgattgaatac
agtaaacacatattatttaggaatgtgaatccagaaacttgacttttcta
ggaagagatcacatgcaaagacctagttcttatagaatctgtctagaata
tagacatgtcacacaaacttgaatccctggtggctgggaatatatactca
cccttagtacaggcttttaaaggtaaattagtttgtagaaagaagcaacc
atatttggaaagtgatgtctatttgagggcaaacaagtgatgaatcatac
aagatctgagagaatcatcagagataaggttatgctactctccagacagg
cacagagaaaagaagctacttagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_11990748_11991329
seq2: B6Ng01-252L06.b_46_627 (reverse)

seq1  CACCACCACCACCACCATCACCACCAGACTTCTCAGAAACACAAAAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCACCACCACCATCACCACCAGACTTCTCAGAAACACAAAAAAGG  50

seq1  CCAGTATTCACCTAACTCTGCCAGGAAATTAAGGTAATACATGCCAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATTCACCTAACTCTGCCAGGAAATTAAGGTAATACATGCCAGTGA  100

seq1  TATGGCTCAGCTGGTCAAAGAGTTTGTCACCAAACCAGATGATGATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTCAGCTGGTCAAAGAGTTTGTCACCAAACCAGATGATGATTTGG  150

seq1  AATCCCAAAGGCTCACATGGAGCAAGAGGAGAACTAACTTGCTCATGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAAAGGCTCACATGGAGCAAGAGGAGAACTAACTTGCTCATGCAA  200

seq1  GCTGACCTCTAACCTCCACACATGTGCTGTGGCTTGCCAATATAGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACCTCTAACCTCCACACATGTGCTGTGGCTTGCCAATATAGAAAGA  250

seq1  TCAAAAGGAAAGTAGGGAAATGGAAGTAAGAGTGTGAGGAAAAGAGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGAAAGTAGGGAAATGGAAGTAAGAGTGTGAGGAAAAGAGAGGG  300

seq1  GGTTGGAAGGGAGGGGAGGGGAGAGGAGGAAGACAGACATGAAGAAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAAGGGAGGGGAGGGGAGAGGAGGAAGACAGACATGAAGAAAGCA  350

seq1  CAGATGAATGAATTATGGTAATGAAACATTATGCCATCCATGATTGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAATGAATTATGGTAATGAAACATTATGCCATCCATGATTGTATT  400

seq1  GTCACTACATAAAAGAGTTTAGGCTAAAATCTACTATCATTCTTTTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTACATAAAAGAGTTTAGGCTAAAATCTACTATCATTCTTTTTTTG  450

seq1  ATAATTTCATAAATGAGTATCATACTTATATCCTTTCCTATCCTTTCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCATAAATGAGTATCATACTTATATCCTTTCCTATCCTTTCCAC  500

seq1  CTCTCTTACAGTCCACTCCAACTCCTTTGCCCCCAACCCCTCAAATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTACAGTCCACTCCAACTCCTTTGCCCCCAACCCCTCAAATTTAT  550

seq1  ATCCTTTTTTTTAACTTACTTTTATTGAATTC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTTTTTAACTTACTTTTATTGAATTC  582


seq1: chr3_11818292_11819369
seq2: B6Ng01-252L06.g_68_1143

seq1  GAATTCCTATACTTCACAGTTCCTCTTGCAGTTGCTTCAAAACACATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATACTTCACAGTTCCTCTTGCAGTTGCTTCAAAACACATACA  50

seq1  GTTGCTTGCCACATGATTCCAAGTTGGGACAAGGGCATCCTCTACTGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTGCCACATGATTCCAAGTTGGGACAAGGGCATCCTCTACTGTAC  100

seq1  TAATAGCTGAAGTTGATTATAGATGATTACCTCTACAACTCAGGTAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCTGAAGTTGATTATAGATGATTACCTCTACAACTCAGGTAATTT  150

seq1  CTTGGATGTTACAACCTCTATAGATTTGGAAAGCCAACATAGTTACATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATGTTACAACCTCTATAGATTTGGAAAGCCAACATAGTTACATCA  200

seq1  CACAGTTTCTGTCAGTCTAAATATTGTCTGAGGAAACAATTTTTTTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTCTGTCAGTCTAAATATTGTCTGAGGAAACAATTTTTTTTTCT  250

seq1  GTGTTTTTCCTACTCTGTCATTTTTCCAGAATGCTTATGGATAATATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTTCCTACTCTGTCATTTTTCCAGAATGCTTATGGATAATATATG  300

seq1  GTTTGGAGAAAAGAAAATTATACTTAAATTCTTGGAGCCTTTATTTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAGAAAAGAAAATTATACTTAAATTCTTGGAGCCTTTATTTCTTT  350

seq1  CTTATACCCATCCTACTCTAAGCTACTTGATATTTCTAGGTACAAAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACCCATCCTACTCTAAGCTACTTGATATTTCTAGGTACAAAGTTA  400

seq1  CAGTTTGACAAAAGACTTTTGAAGATCACCATAAAGAATAAAACTAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGACAAAAGACTTTTGAAGATCACCATAAAGAATAAAACTAGAGA  450

seq1  CCAAACACACTAGGAAACTATGCTATATAAACCAATATAGGTTCTAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACACTAGGAAACTATGCTATATAAACCAATATAGGTTCTAGCAA  500

seq1  CTAAAATAAAAAAGCAAGGTTAAGTGAGGATTTGTGTGTTTTACTACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATAAAAAAGCAAGGTTAAGTGAGGATTTGTGTGTTTTACTACCTT  550

seq1  AAACTTTTAGAAATGATGCAATGCTATAGAACTGTGGTATTTGATACATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTTAGAAATGATGCAATGCTATAGAACTGTGGTATTTGATACATT  600

seq1  AGTTACTAAGCAAGTGGCAGTTAGTCTCTTTTGAATTGTGTTTGAAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTAAGCAAGTGGCAGTTAGTCTCTTTTGAATTGTGTTTGAAAAGC  650

seq1  TAATTGTTAAGGCTTTATTGTTTTAAATTAATTTATACTTATGGTCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTAAGGCTTTATTGTTTTAAATTAATTTATACTTATGGTCAAGT  700

seq1  GTTGCTCAGTTAACATTTATTTTGAACAAGATCTTTATTTGATTGAATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCAGTTAACATTTATTTTGAACAAGATCTTTATTTGATTGAATAC  750

seq1  AGTAAACACATATTATTTAGGAATGTGAATCCAGAAACTTGACTTTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACACATATTATTTAGGAATGTGAATCCAGAAACTTGACTTTTCTA  800

seq1  GGAAGAGATCACATGCAAAGACCTAGTTC-TATAGAATCTGTCTAGAATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGATCACATGCAAAGACCTAGTTCTTATAGAATCTGTCTAGAATA  850

seq1  TAGACATGTCACAC-AACTTGAATCCCT-GTGGCT-GGAATATATACTCA  896
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TAGACATGTCACACAAACTTGAATCCCTGGTGGCTGGGAATATATACTCA  900

seq1  CCCTTAGTACAGGCTTTTAAGGTAAAATTAGTTTGTAGAAAGAAGCAACC  946
      |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAGTACAGGCTTTTAAAGGTAAATTAGTTTGTAGAAAGAAGCAACC  950

seq1  ATATTT-GAAAGTGATGTCTAATTGAGGGGCAAACAAAGTGATGAATCAT  995
      |||||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  ATATTTGGAAAGTGATGTCTATTTGA-GGGCAAAC-AAGTGATGAATCAT  998

seq1  ACAAGATCTGAGAGAATTCATCAGAGATAA-GTTATGCCAAACTCTCCCA  1044
      |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||   |||||||  
seq2  ACAAGATCTGAGAGAA-TCATCAGAGATAAGGTTATGC--TACTCTCC--  1043

seq1  AGAACAGCACAGAGAAGAGAAGCTACTTAAGAGT  1078
      |||   |||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  AGACAGGCACAGAGAAAAGAAGCTACTT-AGAGT  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |