BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253E01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 73,808,603 - 73,999,309
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlitrk3, Bche, LOC667425
Downstream geneLOC619764, LOC667434, LOC100041551, EG667459, BC050789
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253E01.bB6Ng01-253E01.g
ACCGA060038GA060039
length1,061788
definitionB6Ng01-253E01.b B6Ng01-253E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,998,251 - 73,999,309)(73,808,603 - 73,809,389)
sequence
gaattcataatcgtctatctcactaaaacaaatggttgcattgataaaga
ctatactacactagagtagaggaggtaacacttggaatttcttgccagtc
aatcgagaggagggatcttagaaatagcatgcaatttcattttgccaggt
gatgataaatgtgtgacattaagctactaatacactctaccagatttaca
tcagtaacaaacttatgcaccctacaaggttagttgatgacatttcaggc
acaagttatgctttactcattgtttcacctctactagttacaatagaacc
ttgatattacatatagccatgtaacccacttgagttctctggtaatattg
caaacaagctttgtgataaatgacatcagtactgatattaatatggttgc
ttttctctcctagattttggttctagtttttaatctataccgtaatgttt
cctttgtagcatgtttggaagaaaatttgaaggtgtgctttaattccttc
tagaattgagaatttcttcttatctttagatgttagctggttgcataata
ccattgaagacgactcctgattccaaaccttattgtatgtgggccacagg
caggctaaatgtaacatgtaacattaacaagtatctcttccttaaggctt
atgatttttaaatggtatcactcagggaatgagtgtgtcattcttcaaca
cactgccattaaaaatactttgcaaagctcacaagcatcacagtgatgag
atgatttatgtatactcaaatgatgatgcttcaaggaacatttgtctaag
tgggtctatgtgaagatataatgggaagaaaaatgctcagagccttaggg
aagtttttaatccagtatttactatgaagtaaaaataccaaataagagga
ggtttatgataaatttaagcctattgactttcttaaattccatgtatagt
aagtctctctgtagctactatgagatgattttcagtttattgggaacctc
tacacaaatagatgcagcaagaatagaatgaaacaatgattggatacagg
tgttacaacta

gaattccagggagggtgggaaagttgaaggtgactgcaagcactcatcaa
gatgaagggtcaccagcagagagctggtaacagatatacaaactgaagtc
tgtagtccaggtcagagaatgaatttgtgcctcgttctaagtgtggtgct
agagcattaggtcagtgtctttctgtcattaatgcagtctttgtcgtatt
cttgttggttcccttctgagatgtctttttcacccctattcctggcttct
ggaagaaatgttttagttcctcaagtggagtgctgtcatgagctcccttt
caaatattttaactcttacagaaattatgtgagtaaagaaagtaacagaa
tgtcagggtgtcttctacttggttatataacacattacatcataggcacg
aatcatttcttaaaaatccatataaaggctcacgtacctacaatgcaatc
tgtctcatcctcctgacattttcaattcacatttctctctaagcttgcat
gcttttcaagcttgtttaagcagacagatagcagtgttagcattctaagt
gagcaaatgttatcatctgtctgaaaatgaagggcttactttattaagga
cagcctatgactttcaagagatattgtagtatagaaatcctaactgaaga
ggggcaagatgtctgcatgcacttactctagtggtggaattcctatcatg
gatagcatgtgtcaacaaattatgtaaattactgaataaataagtaacat
cttttgaaaagaatattgtggggatatgggggagggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_73998251_73999309
seq2: B6Ng01-253E01.b_47_1107 (reverse)

seq1  TAGTTGTAACAACCTGTAT-CAATCA-TGTTTCA-TCTA-TCTTGCTGCC  46
      |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||| |
seq2  TAGTTGTAAC-ACCTGTATCCAATCATTGTTTCATTCTATTCTTGCTG-C  48

seq1  TTCTATTTGTGTAGAGGTT-CCAATAAACTGAAAATCATCTTCATAGTAG  95
       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATCTATTTGTGTAGAGGTTCCCAATAAACTGAAAATCATC-TCATAGTAG  97

seq1  CTACAGAGAGACTTACTATACATGGAATTTAAGAAAGTCAATAGGCTTAA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGAGACTTACTATACATGGAATTTAAGAAAGTCAATAGGCTTAA  147

seq1  ATTTATCATAAACCTCCTCTTATTTGGTATTTTTACTTCATAGTAAATAC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCATAAACCTCCTCTTATTTGGTATTTTTACTTCATAGTAAATAC  197

seq1  TGGATTAAAAACTTCCCTAAGGCTCTGAGCATTTTTCTTCCCATTATATC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAAAAACTTCCCTAAGGCTCTGAGCATTTTTCTTCCCATTATATC  247

seq1  TTCACATAGACCCACTTAGACAAATGTTCCTTGAAGCATCATCATTTGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATAGACCCACTTAGACAAATGTTCCTTGAAGCATCATCATTTGAG  297

seq1  TATACATAAATCATCTCATCACTGTGATGCTTGTGAGCTTTGCAAAGTAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATAAATCATCTCATCACTGTGATGCTTGTGAGCTTTGCAAAGTAT  347

seq1  TTTTAATGGCAGTGTGTTGAAGAATGACACACTCATTCCCTGAGTGATAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATGGCAGTGTGTTGAAGAATGACACACTCATTCCCTGAGTGATAC  397

seq1  CATTTAAAAATCATAAGCCTTAAGGAAGAGATACTTGTTAATGTTACATG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAAAATCATAAGCCTTAAGGAAGAGATACTTGTTAATGTTACATG  447

seq1  TTACATTTAGCCTGCCTGTGGCCCACATACAATAAGGTTTGGAATCAGGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTAGCCTGCCTGTGGCCCACATACAATAAGGTTTGGAATCAGGA  497

seq1  GTCGTCTTCAATGGTATTATGCAACCAGCTAACATCTAAAGATAAGAAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGTCTTCAATGGTATTATGCAACCAGCTAACATCTAAAGATAAGAAGA  547

seq1  AATTCTCAATTCTAGAAGGAATTAAAGCACACCTTCAAATTTTCTTCCAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCAATTCTAGAAGGAATTAAAGCACACCTTCAAATTTTCTTCCAA  597

seq1  ACATGCTACAAAGGAAACATTACGGTATAGATTAAAAACTAGAACCAAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTACAAAGGAAACATTACGGTATAGATTAAAAACTAGAACCAAAA  647

seq1  TCTAGGAGAGAAAAGCAACCATATTAATATCAGTACTGATGTCATTTATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGAGAGAAAAGCAACCATATTAATATCAGTACTGATGTCATTTATC  697

seq1  ACAAAGCTTGTTTGCAATATTACCAGAGAACTCAAGTGGGTTACATGGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTTGTTTGCAATATTACCAGAGAACTCAAGTGGGTTACATGGCT  747

seq1  ATATGTAATATCAAGGTTCTATTGTAACTAGTAGAGGTGAAACAATGAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAATATCAAGGTTCTATTGTAACTAGTAGAGGTGAAACAATGAGT  797

seq1  AAAGCATAACTTGTGCCTGAAATGTCATCAACTAACCTTGTAGGGTGCAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATAACTTGTGCCTGAAATGTCATCAACTAACCTTGTAGGGTGCAT  847

seq1  AAGTTTGTTACTGATGTAAATCTGGTAGAGTGTATTAGTAGCTTAATGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGTTACTGATGTAAATCTGGTAGAGTGTATTAGTAGCTTAATGTC  897

seq1  ACACATTTATCATCACCTGGCAAAATGAAATTGCATGCTATTTCTAAGAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTATCATCACCTGGCAAAATGAAATTGCATGCTATTTCTAAGAT  947

seq1  CCCTCCTCTCGATTGACTGGCAAGAAATTCCAAGTGTTACCTCCTCTACT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCTCGATTGACTGGCAAGAAATTCCAAGTGTTACCTCCTCTACT  997

seq1  CTAGTGTAGTATAGTCTTTATCAATGCAACCATTTGTTTTAGTGAGATAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTAGTATAGTCTTTATCAATGCAACCATTTGTTTTAGTGAGATAG  1047

seq1  ACGATTATGAATTC  1059
      ||||||||||||||
seq2  ACGATTATGAATTC  1061


seq1: chr3_73808603_73809389
seq2: B6Ng01-253E01.g_66_853

seq1  GAATTCCAGGGAGGGTGGGAAAGTTGAAGGTGACTGCAAGCACTCATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGAGGGTGGGAAAGTTGAAGGTGACTGCAAGCACTCATCAA  50

seq1  GATGAAGGGTCACCAGCAGAGAGCTGGTAACAGATATACAAACTGAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGGGTCACCAGCAGAGAGCTGGTAACAGATATACAAACTGAAGTC  100

seq1  TGTAGTCCAGGTCAGAGAATGAATTTGTGCCTCGTTCTAAGTGTGGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCCAGGTCAGAGAATGAATTTGTGCCTCGTTCTAAGTGTGGTGCT  150

seq1  AGAGCATTAGGTCAGTGTCTTTCTGTCATTAATGCAGTCTTTGTCGTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATTAGGTCAGTGTCTTTCTGTCATTAATGCAGTCTTTGTCGTATT  200

seq1  CTTGTTGGTTCCCTTCTGAGATGTCTTTTTCACCCCTATTCCTGGCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGTTCCCTTCTGAGATGTCTTTTTCACCCCTATTCCTGGCTTCT  250

seq1  GGAAGAAATGTTTTAGTTCCTCAAGTGGAGTGCTGTCATGAGCTCCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAATGTTTTAGTTCCTCAAGTGGAGTGCTGTCATGAGCTCCCTTT  300

seq1  CAAATATTTTAACTCTTACAGAAATTATGTGAGTAAAGAAAGTAACAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTTAACTCTTACAGAAATTATGTGAGTAAAGAAAGTAACAGAA  350

seq1  TGTCAGGGTGTCTTCTACTTGGTTATATAACACATTACATCATAGGCACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGGTGTCTTCTACTTGGTTATATAACACATTACATCATAGGCACG  400

seq1  AATCATTTCTTAAAAATCCATATAAAGGCTCACGTACCTACAATGCAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTTCTTAAAAATCCATATAAAGGCTCACGTACCTACAATGCAATC  450

seq1  TGTCTCATCCTCCTGACATTTTCAATTCACATTTCTCTCTAAGCTTGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCATCCTCCTGACATTTTCAATTCACATTTCTCTCTAAGCTTGCAT  500

seq1  GCTTTTCAAGCTTGTTTAAGCAGACAGATAGCAGTGTTAGCATTCTAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAAGCTTGTTTAAGCAGACAGATAGCAGTGTTAGCATTCTAAGT  550

seq1  GAGCAAATGTTATCATCTGTCTGAAAATGAAGGGCTTACTTTATTAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAATGTTATCATCTGTCTGAAAATGAAGGGCTTACTTTATTAAGGA  600

seq1  CAGCCTATGACTTTCAAGAGATATTGTAGTATAGAAATCCTAACTGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTATGACTTTCAAGAGATATTGTAGTATAGAAATCCTAACTGAAGA  650

seq1  GGGGCAAGATGTCTGCATGCACTTACTCTAGTGGTGGAATTCCTATCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAAGATGTCTGCATGCACTTACTCTAGTGGTGGAATTCCTATCATG  700

seq1  GATAGCATGTGTCAACAAATTATGTAAATTACTGAATAAATAAGTAACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATGTGTCAACAAATTATGTAAATTACTGAATAAATAAGTAACAT  750

seq1  CTTTTGAAAAGAATATTGTGGGGATAT-GGGGAGGGTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTTGAAAAGAATATTGTGGGGATATGGGGGAGGGTT  788


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |