BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253J12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,171,598 - 120,285,003
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
Downstream gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253J12.bB6Ng01-253J12.g
ACCGA060284GA060285
length1,0841,009
definitionB6Ng01-253J12.b B6Ng01-253J12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,171,598 - 120,172,674)(120,283,998 - 120,285,003)
sequence
gaattcagtaacatgaagttgcatgttaaagcattttggttccttacaag
gggttttgaagacccctccctgccccagcttgtcattaacctctccagtg
ttgttctctgtaccacacaagaattgccacatgacttgtccatgaagtta
taatggtcagaggtgatgtgacgggctagcacaggtgctagttttctcca
tggagctgagaattacacattaactctggtcaactctctgcagacagaat
tcttttcatggcttccaagtcagctttgtgctgaagctctgtaaattgaa
ttaagacacagcttttctaagaaccggcactcctgggataagaaacaagg
aaaggctctcccctttgccaagagatttacagtctagtgatgagaaaaat
acacgcatgtgctctcagtggacaccagggccctccactccaatcctgat
tttcacacttgccagaacagctgacacagaaattctagaactatttattg
ttttaaactttgcactctgttactgtatgttaattgctcagaatatgttg
tttcattgtggcaatttcatacatatatcaacatgagttgctcatgttca
aatcctactactttggctttcttccctccccttcctactgtccctttcct
catcccaaagatcctctttctactttcgttttattgtatgttttgttttc
catctataagagaaaaaagctgatctgtgcatttctgagccgggtttctc
ctagcttaacatgatggtttccagttctacctaggttcctgaataacagc
atgacctcacagggaggattcttgatactcttgtcctaaagtcttgactg
agctttatatcattcacgagagttttatcatagcacaaggagagggctgg
ggaacatgacttagtttataaagtgcttgcccttgcacacacaaggatct
gatttcaagttccaatccaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaccctgccagg
tgtggggagcactcattttctaatccaaggctacagagttggagcttggt
ggatccctgatagcctgcaacaaccagaaaagct

gaattctaatcaatatttaataatgatttcacggtaagtgggagggtagg
ctcattagaacagtaagtgaggaaaggatgcattttaatggagaattagt
acatggtgctctggaggcaggggacgtttgctttagagatttgttgtgat
ttaaagtaaggtgtcttaaatatagcatttccatgcatttcttttaaatg
ataaattgtgttctgaatctaaaagtgtcagcattattatgatggatgtg
accagagatggagtctgaacagcttaaatgaattaacattctgagaacac
agctcaaacaatttggagtggctcagcttttaactcattcagacaaaata
tgtatttcttctgttctaaaattcaatagagtaagttgaaaatctagcta
cttatttatgatactgtggattgaatatggctttaatcatacttttttta
catattataaatatattatacattgcatatattatgtctttatgtgtctg
tgtgtctttatctttctttcttttgtttatctgtcaataatacctatata
tttaatctatctatctctgtctatatctatcatctatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatatccatccatctattccct
ccattcattctatctctctctttctattcacaaagtaaagcaatctcttt
cctattggctaaagattcaactatgagataatccacaaaaacccctcaaa
tctaaaaaccacttctattgatcaaaaggtaaatttaagagtcattatca
ttgtgctataaaaattttatgagcaagctgacaatgaccactaagcatca
caatggcatatgtacaaacacacacacacacatacacacacacacacaca
cacacacacacacacacatgatttcacagtaagttgggagggtaggcttc
attagaacacacacacacacacattacacacgtgtgtgtgtatgtgtgtg
tgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_120171598_120172674
seq2: B6Ng01-253J12.b_45_1128

seq1  GAATTCAGTAACATGAAGTTGCATGTTAAAGCATTTTGGTTCCTTACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAACATGAAGTTGCATGTTAAAGCATTTTGGTTCCTTACAAG  50

seq1  GGGTTTTGAAGACCCCTCCCTGCCCCAGCTTGTCATTAACCTCTCCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGAAGACCCCTCCCTGCCCCAGCTTGTCATTAACCTCTCCAGTG  100

seq1  TTGTTCTCTGTACCACACAAGAATTGCCACATGACTTGTCCATGAAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCTGTACCACACAAGAATTGCCACATGACTTGTCCATGAAGTTA  150

seq1  TAATGGTCAGAGGTGATGTGACGGGCTAGCACAGGTGCTAGTTTTCTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGTCAGAGGTGATGTGACGGGCTAGCACAGGTGCTAGTTTTCTCCA  200

seq1  TGGAGCTGAGAATTACACATTAACTCTGGTCAACTCTCTGCAGACAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGAGAATTACACATTAACTCTGGTCAACTCTCTGCAGACAGAAT  250

seq1  TCTTTTCATGGCTTCCAAGTCAGCTTTGTGCTGAAGCTCTGTAAATTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCATGGCTTCCAAGTCAGCTTTGTGCTGAAGCTCTGTAAATTGAA  300

seq1  TTAAGACACAGCTTTTCTAAGAACCGGCACTCCTGGGATAAGAAACAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACACAGCTTTTCTAAGAACCGGCACTCCTGGGATAAGAAACAAGG  350

seq1  AAAGGCTCTCCCCTTTGCCAAGAGATTTACAGTCTAGTGATGAGAAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTCCCCTTTGCCAAGAGATTTACAGTCTAGTGATGAGAAAAAT  400

seq1  ACACGCATGTGCTCTCAGTGGACACCAGGGCCCTCCACTCCAATCCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGCATGTGCTCTCAGTGGACACCAGGGCCCTCCACTCCAATCCTGAT  450

seq1  TTTCACACTTGCCAGAACAGCTGACACAGAAATTCTAGAACTATTTATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACACTTGCCAGAACAGCTGACACAGAAATTCTAGAACTATTTATTG  500

seq1  TTTTAAACTTTGCACTCTGTTACTGTATGTTAATTGCTCAGAATATGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACTTTGCACTCTGTTACTGTATGTTAATTGCTCAGAATATGTTG  550

seq1  TTTCATTGTGGCAATTTCATACATATATCAACATGAGTTGCTCATGTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTGTGGCAATTTCATACATATATCAACATGAGTTGCTCATGTTCA  600

seq1  AATCCTACTACTTTGGCTTTCTTCCCTCCCCTTCCTACTGTCCCTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTACTACTTTGGCTTTCTTCCCTCCCCTTCCTACTGTCCCTTTCCT  650

seq1  CATCCCAAAGATCCTCTTTCTACTTTCGTTTTATTGTATGTTTTGTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAAAGATCCTCTTTCTACTTTCGTTTTATTGTATGTTTTGTTTTC  700

seq1  CATCTATAAGAGAAAAAAGCTGATCTGTGCATTTCTGAGCCGGGTTTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATAAGAGAAAAAAGCTGATCTGTGCATTTCTGAGCCGGGTTTCTC  750

seq1  CTAGCTTAACATGATGGTTTCCAGTTCTACCTAGGTTCCTGAATAACAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTTAACATGATGGTTTCCAGTTCTACCTAGGTTCCTGAATAACAGC  800

seq1  ATGACCTCACAGGGAGGATTCTTGATACTCTTGTCCTAAAGTCTTGACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTCACAGGGAGGATTCTTGATACTCTTGTCCTAAAGTCTTGACTG  850

seq1  AGCTTTATATCATTCACGAGAGTTTTATCATAGCACAAGGAGAGGGCT-G  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCTTTATATCATTCACGAGAGTTTTATCATAGCACAAGGAGAGGGCTGG  900

seq1  GGAACATGACTTAGTTTATAAAGTGCTTG-CCTTGCACACACAAGGATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATGACTTAGTTTATAAAGTGCTTGCCCTTGCACACACAAGGATCT  950

seq1  GATTTCAAGTTCCAAATCCAATT----AAAAAAAAAAAAAAACCTGCCAG  994
      ||||||||||||| |||||||||    |||||||||||||| ||||||||
seq2  GATTTCAAGTTCC-AATCCAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGCCAG  999

seq1  GTGT-GGGAGCACTCA-TTTCTAATCCAAAGGCTACAGAGTTGGAGCTTG  1042
      |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGGAGCACTCATTTTCTAATCC-AAGGCTACAGAGTTGGAGCTTG  1048

seq1  GTGGATCCCTGATAGCCTGC-ACAACCAGAAAAGCT  1077
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTGGATCCCTGATAGCCTGCAACAACCAGAAAAGCT  1084


seq1: chr3_120283998_120285003
seq2: B6Ng01-253J12.g_68_1076 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACATACACACACACGTGTGT-ATGTGTGTGTGTGTG  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATACACACACACGTGTGTAATGTGTGTGTGTGTG  50

seq1  TGTTCTAATG-AGCCTACCCTCCC-ACTTACTGTGAAATCATGTGTGTGT  97
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAATGAAGCCTACCCTCCCAACTTACTGTGAAATCATGTGTGTGT  100

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTTTGTACAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTTTGTACAT  150

seq1  ATGCCATTGTGATGCTTAGTGGTCATTGTCAGCTTGCTCATAAAATTTTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATTGTGATGCTTAGTGGTCATTGTCAGCTTGCTCATAAAATTTTT  200

seq1  ATAGCACAATGATAATGACTCTTAAATTTACCTTTTGATCAATAGAAGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACAATGATAATGACTCTTAAATTTACCTTTTGATCAATAGAAGTG  250

seq1  GTTTTTAGATTTGAGGGGTTTTTGTGGATTATCTCATAGTTGAATCTTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGATTTGAGGGGTTTTTGTGGATTATCTCATAGTTGAATCTTTA  300

seq1  GCCAATAGGAAAGAGATTGCTTTACTTTGTGAATAGAAAGAGAGAGATAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATAGGAAAGAGATTGCTTTACTTTGTGAATAGAAAGAGAGAGATAG  350

seq1  AATGAATGGAGGGAATAGATGGATGGATATAGATAGATAGATAGATAGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATGGAGGGAATAGATGGATGGATATAGATAGATAGATAGATAGAT  400

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATATAGACAGAGATAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATATAGACAGAGATAGA  450

seq1  TAGATTAAATATATAGGTATTATTGACAGATAAACAAAAGAAAGAAAGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAAATATATAGGTATTATTGACAGATAAACAAAAGAAAGAAAGAT  500

seq1  AAAGACACACAGACACATAAAGACATAATATATGCAATGTATAATATATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACACACAGACACATAAAGACATAATATATGCAATGTATAATATATT  550

seq1  TATAATATGTAAAAAAAGTATGATTAAAGCCATATTCAATCCACAGTATC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATATGTAAAAAAAGTATGATTAAAGCCATATTCAATCCACAGTATC  600

seq1  ATAAATAAGTAGCTAGATTTTCAACTTACTCTATTGAATTTTAGAACAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAGTAGCTAGATTTTCAACTTACTCTATTGAATTTTAGAACAGA  650

seq1  AGAAATACATATTTTGTCTGAATGAGTTAAAAGCTGAGCCACTCCAAATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACATATTTTGTCTGAATGAGTTAAAAGCTGAGCCACTCCAAATT  700

seq1  GTTTGAGCTGTGTTCTCAGAATGTTAATTCATTTAAGCTGTTCAGACTCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGCTGTGTTCTCAGAATGTTAATTCATTTAAGCTGTTCAGACTCC  750

seq1  ATCTCTGGTCACATCCATCATAATAATGCTGACACTTTTAGATTCAGAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGGTCACATCCATCATAATAATGCTGACACTTTTAGATTCAGAAC  800

seq1  ACAATTTATCATTTAAAAGAAATGCATGGAAATGCTATATTTAAGACACC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTATCATTTAAAAGAAATGCATGGAAATGCTATATTTAAGACACC  850

seq1  TTACTTTAAATCACAACAAATCTCTAAAGCAAACGTCCCCTGCCTCCAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAAATCACAACAAATCTCTAAAGCAAACGTCCCCTGCCTCCAGA  900

seq1  GCACCATGTACTAATTCTCCATTAAAATGCATCCTTTCCTCACTTACTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATGTACTAATTCTCCATTAAAATGCATCCTTTCCTCACTTACTGT  950

seq1  TCTAATGAGCCTACCCTCCCACTTACCGTGAAATCATTATTAAATATTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGAGCCTACCCTCCCACTTACCGTGAAATCATTATTAAATATTGA  1000

seq1  TTAGAATTC  1006
      |||||||||
seq2  TTAGAATTC  1009


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |