BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253L01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 156,316,232 - 156,476,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNegr1, LOC100041152
Upstream geneEG668902, LOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik
Downstream geneLOC668853, LOC546818, Zranb2, Ptger3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253L01.bB6Ng01-253L01.g
ACCGA060356GA060357
length1,1421,182
definitionB6Ng01-253L01.b B6Ng01-253L01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(156,475,061 - 156,476,187)(156,316,232 - 156,317,396)
sequence
gaattccaaattcacaagatgaatctatgttgctgcttgggtgatcccct
ggccattatctagaagagcatcgccaactcaaaaccaacacatgagctca
agggaaaggtactatatcagagaatgtgagcattccatggctcatgagaa
agccttctctgctcacaacagagctacatccagatcacactagagcgcta
agatgaggtcttcagaacagcacatgtgtgtcagggctggataccccatg
agaaatccctgtgactccattcagggaaataataaaaagaaggaaccgac
atgttcctgtgcttgtgcctctgccctggtggcctgactggccatgcact
ggaggaaaatggcgacctgttttcatctcctggagactctgactcagaac
tccacagtctctccacccagcttgctaggttcccactggtgagttgttac
cacgccaaccccatgcttcaaatcccccacatcctttgtggaacccagat
gagtatcagtgttaaggaaaacgcaacacaaacttagttcagaaataatg
gtaacccaatctctgggcacaacaactaaaaccttataaaccttattaaa
atctgattccttcagtggcaaatcattgtggattcccccatgataccagg
aaactctagtgctgtatttgttaggtcataatcttgatattatgctttca
gtcaagttagccataaagacctcatctatttttatggagatgttaggacc
atgcgatgttgcaatgtttcagccttttttgctctttctttgggagtggc
tgtctaccttcctaatgctacaactatttaatacagtccctcattttttg
gtgagccccaaccacaaaattatttttgttgttagttcataactataatt
ttgctacagttatgaattgtattagaaatgtctgtatattcaatgggtgt
tttgtgactcatatgaaaaggtcctgtgatcccctcagtgttgcaaccca
ttgggtagaaaaaccactctggttcttctttgcttttttctcaaacttgg
ccacaagaagatgattgaaagctttccaagggaaatttctgaggacgaag
tcacccattcacaaaaaaatcatcatcgttcattgggtgggg
gaattccagaaagaagactaaagacacatttgagcaagttgcatttgatg
tgagccattgtccctacacatatctcagagctatcgcagtgtgcttgtca
ctgacagctgaatggggaggctttggaagtgtcctatgaaatttcatggc
agtttgtcccttgaatccctgttacttctttgaataaagaaaaataagac
attattggactaggataccaagcagttgtgacatttgattgtaatgatga
aactgtttattacttagatctcaaggaagacccagtgtgggcatcacact
ggatatctagtgtgcagacacatgtgggatgctttgattaaaaatcaatc
atataagatcaatagaaaaatgacagaacaatttccctacattgcccagc
ccagatgactgtttcacagtctgaaaacttttagctgtgccttctagtaa
ttttttcccattcagtatccctttgagactttcaaattcatagcctgaca
aattgagtcttaaattgtcttcatactatatcctacatttgaaagcaggt
tcaggttgtaataacctggccaaagagttcagttgttgaaacagtatttt
aataattgtttcatcaactttgctaccttttcataaaacctcacaaaaat
agtcttaaacaattcttttgaaatatgtggaatttaccttagtaaagagt
aagaaactgatttggataatctttggtaagatgtaagtgttgatgttttc
aatgtagtttaaatttattttttatccagaaaaaatgtatgacaaaaata
tagtaccattcagtataaatcaaaatacacacacatttaaagctggatgg
tatgttgacttaggccggtaaccctacctaccattaggattctgaggctg
gaggattgccatgggctggctataaatctgccatggctggctacagagta
agactatgtctcaagaaactacagtctcagacagttaatggtgacacctg
cacgtggtatcagtttgaatatgcatctacttccacgtgttaattgacaa
aaatttgctggaggtttccaatgatgccttctccgtttaaacccagtagg
cgtggtgccttgaatgccccaaatagttacttcgatttattagaacagga
cagttatataatgatggttttgtttccaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_156475061_156476187
seq2: B6Ng01-253L01.b_44_1185 (reverse)

seq1  CCCCA-CCAATG-ACGATGATGATTTTTGTG---ATGGGTGACTTCGTCC  45
      ||||| |||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCAATGAACGATGATGATTTTTTTGTGAATGGGTGACTTCGTCC  50

seq1  TCAGAA--TTCCC-TGGAAAGCTTCAAATCATCT--CTGTGGGCAAGTTT  90
      ||||||  ||||| ||||||||||  ||||||||   ||||| |||||||
seq2  TCAGAAATTTCCCTTGGAAAGCTTTCAATCATCTTCTTGTGGCCAAGTTT  100

seq1  GAG-AAAAAGCAAAG-AGAACCAGAGTGG-TTTTCTA-CCAATGGGTTGC  136
      ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GAGAAAAAAGCAAAGAAGAACCAGAGTGGTTTTTCTACCCAATGGGTTGC  150

seq1  AACACTGAGGGGATCACAGGACCTTTTCATATGAGTCACAAAACA-CCAT  185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACACTGAGGGGATCACAGGACCTTTTCATATGAGTCACAAAACACCCAT  200

seq1  TGAATATACAGACATTTCTAATACAATTCATAACTGTAGCAAAATTATAG  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATACAGACATTTCTAATACAATTCATAACTGTAGCAAAATTATAG  250

seq1  TTATGAACTAACAACAAAAATAATTTTGTGGTTGGGGCTCACCAAAAAAT  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTAACAACAAAAATAATTTTGTGGTTGGGGCTCACCAAAAAAT  300

seq1  GAGGGACTGTATTAAATAGTTGTAGCATTAGGAAGGTAGACAGCCACTCC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGACTGTATTAAATAGTTGTAGCATTAGGAAGGTAGACAGCCACTCC  350

seq1  CAAAGAAAGAGCAAAAAAGGCTGAAACATTGCAACATCGCATGGTCCTAA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAGAGCAAAAAAGGCTGAAACATTGCAACATCGCATGGTCCTAA  400

seq1  CATCTCCATAAAAATAGATGAGGTCTTTATGGCTAACTTGACTGAAAGCA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCATAAAAATAGATGAGGTCTTTATGGCTAACTTGACTGAAAGCA  450

seq1  TAATATCAAGATTATGACCTAACAAATACAGCACTAGAGTTTCCTGGTAT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCAAGATTATGACCTAACAAATACAGCACTAGAGTTTCCTGGTAT  500

seq1  CATGGGGGAATCCACAATGATTTGCCACTGAAGGAATCAGATTTTAATAA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGGAATCCACAATGATTTGCCACTGAAGGAATCAGATTTTAATAA  550

seq1  GGTTTATAAGGTTTTAGTTGTTGTGCCCAGAGATTGGGTTACCATTATTT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATAAGGTTTTAGTTGTTGTGCCCAGAGATTGGGTTACCATTATTT  600

seq1  CTGAACTAAGTTTGTGTTGCGTTTTCCTTAACACTGATACTCATCTGGGT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTAAGTTTGTGTTGCGTTTTCCTTAACACTGATACTCATCTGGGT  650

seq1  TCCACAAAGGATGTGGGGGATTTGAAGCATGGGGTTGGCGTGGTAACAAC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAAGGATGTGGGGGATTTGAAGCATGGGGTTGGCGTGGTAACAAC  700

seq1  TCACCAGTGGGAACCTAGCAAGCTGGGTGGAGAGACTGTGGAGTTCTGAG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGTGGGAACCTAGCAAGCTGGGTGGAGAGACTGTGGAGTTCTGAG  750

seq1  TCAGAGTCTCCAGGAGATGAAAACAGGTCGCCATTTTCCTCCAGTGCATG  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGTCTCCAGGAGATGAAAACAGGTCGCCATTTTCCTCCAGTGCATG  800

seq1  GCCAGTCAGGCCACCAGGGCAGAGGCACAAGCACAGGAACATGTCGGTTC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCAGGCCACCAGGGCAGAGGCACAAGCACAGGAACATGTCGGTTC  850

seq1  CTTCTTTTTATTATTTCCCTGAATGGAGTCACAGGGATTTCTCATGGGGT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTTTATTATTTCCCTGAATGGAGTCACAGGGATTTCTCATGGGGT  900

seq1  ATCCAGCCCTGACACACATGTGCTGTTCTGAAGACCTCATCTTAGCGCTC  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCCTGACACACATGTGCTGTTCTGAAGACCTCATCTTAGCGCTC  950

seq1  TAGTGTGATCTGGATGTAGCTCTGTTGTGAGCAGAGAAGGCTTTCTCATG  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGATCTGGATGTAGCTCTGTTGTGAGCAGAGAAGGCTTTCTCATG  1000

seq1  AGCCATGGAATGCTCACATTCTCTGATATAGTACCTTTCCCTTGAGCTCA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGGAATGCTCACATTCTCTGATATAGTACCTTTCCCTTGAGCTCA  1050

seq1  TGTGTTGGTTTTGAGTTGGCGATGCTCTTCTAGATAATGGCCAGGGGATC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGTTTTGAGTTGGCGATGCTCTTCTAGATAATGGCCAGGGGATC  1100

seq1  ACCCAAGCAGCAACATAGATTCATCTTGTGAATTTGGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGCAGCAACATAGATTCATCTTGTGAATTTGGAATTC  1142

seq1: chr3_156316232_156317396
seq2: B6Ng01-253L01.g_66_1247

seq1  GAATTCCAGAAAGAAGACTAAAGACACATTTGAGCAAGTTGCATTTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAAGAAGACTAAAGACACATTTGAGCAAGTTGCATTTGATG  50

seq1  TGAGCCATTGTCCCTACACATATCTCAGAGCTATCGCAGTGTGCTTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATTGTCCCTACACATATCTCAGAGCTATCGCAGTGTGCTTGTCA  100

seq1  CTGACAGCTGAATGGGGAGGCTTTGGAAGTGTCCTATGAAATTTCATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGCTGAATGGGGAGGCTTTGGAAGTGTCCTATGAAATTTCATGGC  150

seq1  AGTTTGTCCCTTGAATCCCTGTTACTTCTTTGAATAAAGAAAAATAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTCCCTTGAATCCCTGTTACTTCTTTGAATAAAGAAAAATAAGAC  200

seq1  ATTATTGGACTAGGATACCAAGCAGTTGTGACATTTGATTGTAATGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGACTAGGATACCAAGCAGTTGTGACATTTGATTGTAATGATGA  250

seq1  AACTGTTTATTACTTAGATCTCAAGGAAGACCCAGTGTGGGCATCACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTATTACTTAGATCTCAAGGAAGACCCAGTGTGGGCATCACACT  300

seq1  GGATATCTAGTGTGCAGACACATGTGGGATGCTTTGATTAAAAATCAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATCTAGTGTGCAGACACATGTGGGATGCTTTGATTAAAAATCAATC  350

seq1  ATATAAGATCAATAGAAAAATGACAGAACAATTTCCCTACATTGCCCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGATCAATAGAAAAATGACAGAACAATTTCCCTACATTGCCCAGC  400

seq1  CCAGATGACTGTTTCACAGTCTGAAAACTTTTAGCTGTGCCTTCTAGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGACTGTTTCACAGTCTGAAAACTTTTAGCTGTGCCTTCTAGTAA  450

seq1  TTTTTTCCCATTCAGTATCCCTTTGAGACTTTCAAATTCATAGCCTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCCATTCAGTATCCCTTTGAGACTTTCAAATTCATAGCCTGACA  500

seq1  AATTGAGTCTTAAATTGTCTTCATACTATATCCTACATTTGAAAGCAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGTCTTAAATTGTCTTCATACTATATCCTACATTTGAAAGCAGGT  550

seq1  TCAGGTTGTAATAACCTGGCCAAAGAGTTCAGTTGTTGAAACAGTATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGTAATAACCTGGCCAAAGAGTTCAGTTGTTGAAACAGTATTTT  600

seq1  AATAATTGTTTCATCAACTTTGCTACCTTTTCATAAAACCTCACAAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGTTTCATCAACTTTGCTACCTTTTCATAAAACCTCACAAAAAT  650

seq1  AGTCTTAAACAATTCTTTTGAAATATGTGGAATTTACCTTAGTAAAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAAACAATTCTTTTGAAATATGTGGAATTTACCTTAGTAAAGAGT  700

seq1  AAGAAACTGATTTGGATAATCTTTGGTAAGATGTAAGTGTTGATGTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACTGATTTGGATAATCTTTGGTAAGATGTAAGTGTTGATGTTTTC  750

seq1  AATGTAGTTTAAATTTATTTTTTATCCAGAAAAAATGTATGACAAAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGTTTAAATTTATTTTTTATCCAGAAAAAATGTATGACAAAAATA  800

seq1  TAGTACCATTCAGTATAAATCAAAATACACACACATTTAAAGCTGGATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCATTCAGTATAAATCAAAATACACACACATTTAAAGCTGGATGG  850

seq1  TATGTTGACTTAGGCCGGTAACCCTACCTACCATTAGGATTCTGAGGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTGACTTAGGCCGGTAACCCTACCTACCATTAGGATTCTGAGGCTG  900

seq1  GAGGATTGCCAT-GGCTGGCTATAAATCTGCCATGGCTGGCTACAGAGTA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTGCCATGGGCTGGCTATAAATCTGCCATGGCTGGCTACAGAGTA  950

seq1  AGACTATGTCTCAAGAAACTACAGTCTCAGACAGTTAATGGTGACACCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATGTCTCAAGAAACTACAGTCTCAGACAGTTAATGGTGACACCTG  1000

seq1  CACGTGGTATCAG-TTGAATATGCATCTAC-TCCACGTGTT-ATTGACAA  1046
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  CACGTGGTATCAGTTTGAATATGCATCTACTTCCACGTGTTAATTGACAA  1050

seq1  AA--TTGCTGGAGGGTTCC-ATGGTG-CTTCTCC-TTTAAA-CCAGGAGG  1090
      ||  |||||||||| |||| ||| || ||||||| |||||| |||| |||
seq2  AAATTTGCTGGAGGTTTCCAATGATGCCTTCTCCGTTTAAACCCAGTAGG  1100

seq1  CGGTGGTGC--TG-ATGCCC--AATAGGTACTTTCAGATTTATAGAAACA  1135
      | |||||||  || ||||||  ||||| |||||   |||||||   ||||
seq2  C-GTGGTGCCTTGAATGCCCCAAATAGTTACTT--CGATTTATTAGAACA  1147

seq1  GGACAGT--TATAATGATG--TTTG-TTCCAAGAA  1165
      |||||||  ||||||||||  |||| |||||||||
seq2  GGACAGTTATATAATGATGGTTTTGTTTCCAAGAA  1182