BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254B17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 78,908,964 - 79,065,724
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRapgef2, LOC100041741
Upstream geneLOC626479, LOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766
Downstream geneLOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254B17.bB6Ng01-254B17.g
ACCGA060661GA060662
length1,1671,142
definitionB6Ng01-254B17.b B6Ng01-254B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,908,964 - 78,910,130)(79,064,601 - 79,065,724)
sequence
gaattcaccaactgcttctgcatactgagaatgaatttacatacatatta
attgcatcgactttaaacatcattaatgtctttttcacccaagaaagtaa
acttaggaagacatattataaaataacttagtaagaaacattataaagtt
caccagcttaaaatcacagctcacatgatgttcaaagatatttcagaatt
ggacaatggtaaattttaaatattgagtgtaaaatattgagtttaataac
agaccagcactgaatacgttactatgccaggcaatgctaggagcactata
cacgttatctcatttaatccttctaaggagagcttaaggagagtctttat
ctcccatagttttctaaacctaaaataaaggtcaaggtcatgctactgct
gaaccacagagtgagccgagaatccaggaaatctaacttcagcatcttaa
tcattttcttatacttatgcccatgaaattagcagaacagttaagaaagc
aaataaaataatttaagaccccacctccccattctttatatgaggtacaa
agtcttgctatatattgctcgttagtctcaaacttgtgggttcagactca
aactcctgcttcagcctctagaatgctgggattacaggcctgagctacca
cactcaccaataaaaaaagtgactctacatggcatgagtaccatagaaag
agcactaaattttacatttgtaataaaatctttaaaacagttcaaattaa
tgttatatgcagacacacacacacacccagagacacacacatttatccaa
agaagataatcacgtatccaataaatatatgaagggatgatcaacacctt
taattattagaaaaatgcaaataaaaatcatgatatataatctcatatcc
actaggattaccatagcttatatatatgtgtgtgtgtgtgtatatatgta
tatgtattaatacatacacatacatatgtatttacttagtatacctatgt
atacatatttaattatacacatgtacttaaatacttatgtatgtgtattt
taagtagaatactggctattttctaattttcttcaagctaccacttgacc
ctaagattactgcagtctttaactgcctatttctaactcaccagatactt
catattgaagcagtctg

gaattcactgtgtagcctaggttggacatgaacttatcctcttgcttcca
tattctgagtgcaaggatttcaggcacgtgccactgtacctggctccagc
atccctttatgattggacctcacagtctcaatgaccgaatgaaagacaga
tttaacttgatgtgtttgggattgtgagctctcaaggagtcctagctgct
tctgaagtcctaaagtaatcccttctgatgtttggttgttgtactgtctg
gttgtgtgtgtcaacttgacacagctggagttatcacagagaagggagct
tcagttggggaaatgcctccatgagatccagctatgaggcattttctcaa
ttagtgatcaagagggaaaggcccattgtgagtggtgctatctctgggct
ggtagtcttggttctataagagagcaggctgagcaagccaggggaagcaa
gctagtaaggaacatccctccatggcctctgcatcagctcctgtttcctg
atctgctttagtttcagtcctgacttcctttggtgatgaacagcaatttg
gaagtgtaagctgaataaaccctttcctccccaacttgcttcttggtcgt
gatgtttgtgcaaggtttctattcagaaaccctgactaaaacagttgtga
tgggtgtgtctgtttaaatatgttgttgagtctttgactttcagactatg
tgttttcatctgtggcaagatctctggtcttctggtacatagacggcacc
ttcattacttcaagagagacagtcacagcacctcagaaatggagacgttt
caaaagttcctggcttttttctgtgatatttttctcattttatcttaccc
ccctccatttaaattataacttctcttttcaaaccaattctttgttctct
atttctcacactcttatttttcttctattttttgtgggatgctggggtca
gaaaggaagggttaagtacacaagtctgctattgtgggatgcttgttttc
ttctgggtaaatgacaggttaacttgcattctggagtgctcatgggtcgt
gatttctggtctctggaatgtttttcaggtttagaaagtgctatcacttg
ttacctccactatttatatttttaaaaataagtgtttccagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_78908964_78910130
seq2: B6Ng01-254B17.b_43_1209

seq1  GAATTCACCAACTGCTTCTGCATACTGAGAATGAATTTACATACATATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAACTGCTTCTGCATACTGAGAATGAATTTACATACATATTA  50

seq1  ATTGCATCGACTTTAAACATCATTAATGTCTTTTTCACCCAAGAAAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATCGACTTTAAACATCATTAATGTCTTTTTCACCCAAGAAAGTAA  100

seq1  ACTTAGGAAGACATATTATAAAATAACTTAGTAAGAAACATTATAAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGAAGACATATTATAAAATAACTTAGTAAGAAACATTATAAAGTT  150

seq1  CACCAGCTTAAAATCACAGCTCACATGATGTTCAAAGATATTTCAGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCTTAAAATCACAGCTCACATGATGTTCAAAGATATTTCAGAATT  200

seq1  GGACAATGGTAAATTTTAAATATTGAGTGTAAAATATTGAGTTTAATAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGGTAAATTTTAAATATTGAGTGTAAAATATTGAGTTTAATAAC  250

seq1  AGACCAGCACTGAATACGTTACTATGCCAGGCAATGCTAGGAGCACTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGCACTGAATACGTTACTATGCCAGGCAATGCTAGGAGCACTATA  300

seq1  CACGTTATCTCATTTAATCCTTCTAAGGAGAGCTTAAGGAGAGTCTTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTATCTCATTTAATCCTTCTAAGGAGAGCTTAAGGAGAGTCTTTAT  350

seq1  CTCCCATAGTTTTCTAAACCTAAAATAAAGGTCAAGGTCATGCTACTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATAGTTTTCTAAACCTAAAATAAAGGTCAAGGTCATGCTACTGCT  400

seq1  GAACCACAGAGTGAGCCGAGAATCCAGGAAATCTAACTTCAGCATCTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACAGAGTGAGCCGAGAATCCAGGAAATCTAACTTCAGCATCTTAA  450

seq1  TCATTTTCTTATACTTATGCCCATGAAATTAGCAGAACAGTTAAGAAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTTATACTTATGCCCATGAAATTAGCAGAACAGTTAAGAAAGC  500

seq1  AAATAAAATAATTTAAGACCCCACCTCCCCATTCTTTATATGAGGTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATAATTTAAGACCCCACCTCCCCATTCTTTATATGAGGTACAA  550

seq1  AGTCTTGCTATATATTGCTCGTTAGTCTCAAACTTGTGGGTTCAGACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGCTATATATTGCTCGTTAGTCTCAAACTTGTGGGTTCAGACTCA  600

seq1  AACTCCTGCTTCAGCCTCTAGAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGCTACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTGCTTCAGCCTCTAGAATGCTGGGATTACAGGCCTGAGCTACCA  650

seq1  CACTCACCAATAAAAAAAGTGACTCTACATGGCATGAGTACCATAGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACCAATAAAAAAAGTGACTCTACATGGCATGAGTACCATAGAAAG  700

seq1  AGCACTAAATTTTACATTTGTAATAAAATCTTTAAAACAGTTCAAATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTAAATTTTACATTTGTAATAAAATCTTTAAAACAGTTCAAATTAA  750

seq1  TGTTATATGCAGACACACACACACACCCAGAGACACACACATTTATCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATGCAGACACACACACACACCCAGAGACACACACATTTATCCAA  800

seq1  AGAAGATAATCACGTATCCAATAAATATATGAAGGGATGATCAACACCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAATCACGTATCCAATAAATATATGAAGGGATGATCAACACCTT  850

seq1  TAATTATTAGAAAAATGCAAATAAAAATCATGATATATAATCTCATATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTAGAAAAATGCAAATAAAAATCATGATATATAATCTCATATCC  900

seq1  ACTAGGATTACCATAGCTTATATATATGTGTGTGTGTGTGTATATATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGATTACCATAGCTTATATATATGTGTGTGTGTGTGTATATATGTA  950

seq1  TATGTATTAATACATACACATACATATGTA-TTACTTAAGTATACCTATG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  TATGTATTAATACATACACATACATATGTATTTACTT-AGTATACCTATG  999

seq1  TATACATATTTAATTATACACATGTACTTAAATACTTATGTATGTGTA-T  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATACATATTTAATTATACACATGTACTTAAATACTTATGTATGTGTATT  1049

seq1  TTAAGTAGAATACTGGCTATTTTCTAATTTCTTCCAAGCTA-CACTT-AC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| ||||| ||
seq2  TTAAGTAGAATACTGGCTATTTTCTAATTTTCTTCAAGCTACCACTTGAC  1099

seq1  CCTAAGATTACTGCAGGTCTTTAAACTG-CTATTCTAAACTCA-CAGATA  1144
      ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||   |||||| ||||||
seq2  CCTAAGATTACTGCA-GTCTTT-AACTGCCTATTTCTAACTCACCAGATA  1147

seq1  CTTCATATTTAAAAGGCAGTCTG  1167
      ||||||||| ||   ||||||||
seq2  CTTCATATTGAA---GCAGTCTG  1167


seq1: chr3_79064601_79065724
seq2: B6Ng01-254B17.g_69_1210 (reverse)

seq1  ACTGGAAACATTAATTTTTAAAAATAT--ATAGTGGAGGT-ACAAGTGAT  47
      |||||||||| | ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| 
seq2  ACTGGAAACACTTATTTTTAAAAATATAAATAGTGGAGGTAACAAGTGA-  49

seq1  TAGCAC-TTCTAAAACCCTG-AAAACATTCCAGAGA-CAGAAATCACGA-  93
      |||||| |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TAGCACTTTCTAAA--CCTGAAAAACATTCCAGAGACCAGAAATCACGAC  97

seq1  CCATGAGCACT-CAGAATGCAAGTTAA-CTGTCAATTA-CCAGAAGAAAA  140
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||
seq2  CCATGAGCACTCCAGAATGCAAGTTAACCTGTCATTTACCCAGAAGAAAA  147

seq1  CAAGCAT-CCAC-ATAGCAGAC-TGTGTACTTAA-CCTTCCTTTCTGA-C  185
      ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  CAAGCATCCCACAATAGCAGACTTGTGTACTTAACCCTTCCTTTCTGACC  197

seq1  CCAGCATCCCAC-AAAAATAGAAG-AAAATAAGAGTGTGAGAAATAGAGA  233
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCCCACAAAAAATAGAAGAAAAATAAGAGTGTGAGAAATAGAGA  247

seq1  ACAAAGAA-TGGTTTGAAAAGAGAAGTTATAATTTAAATGGAGGGGGGTA  282
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAATTGGTTTGAAAAGAGAAGTTATAATTTAAATGGAGGGGGGTA  297

seq1  AGAT-AAATGAG-AAAATATCACAGAAAAAAGCCAGGAACTTTTGAAACG  330
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAATGAGAAAAATATCACAGAAAAAAGCCAGGAACTTTTGAAACG  347

seq1  TCTCCA-TTCTGAGGTGCTGTGACTGTCTCTCTTGAAGTAATGAAGGTGC  379
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTTCTGAGGTGCTGTGACTGTCTCTCTTGAAGTAATGAAGGTGC  397

seq1  CGTCTATGTACCAGAAGACCAGAGATCTTGCCACAGATGAAAACACATAG  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTATGTACCAGAAGACCAGAGATCTTGCCACAGATGAAAACACATAG  447

seq1  TCTGAAAGTCAAAGACTCAACAACATATTTAAACAGACACACCCATCACA  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGTCAAAGACTCAACAACATATTTAAACAGACACACCCATCACA  497

seq1  ACTGTTTTAGTCAGGGTTTCTGAATAGAAACCTTGCACAAACATCACGAC  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTAGTCAGGGTTTCTGAATAGAAACCTTGCACAAACATCACGAC  547

seq1  CAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCAAAT  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCAAAT  597

seq1  TGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGAAACTAAAGCAGATCAGGA  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGAAACTAAAGCAGATCAGGA  647

seq1  AACAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTAGCTTGCT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCCTTACTAGCTTGCT  697

seq1  TCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCC  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCC  747

seq1  AGAGATAGCACCACTCACAATGGGCCTTTCCCTCTTGATCACTAATTGAG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGCACCACTCACAATGGGCCTTTCCCTCTTGATCACTAATTGAG  797

seq1  AAAATGCCTCATAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTC  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCCTCATAGCTGGATCTCATGGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTC  847

seq1  CCTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACACACAACCAGAC  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTGACACACACAACCAGAC  897

seq1  AGTACAACAACCAAACATCAGAAGGGATTACTTTAGGACTTCAGAAGCAG  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAACAACCAAACATCAGAAGGGATTACTTTAGGACTTCAGAAGCAG  947

seq1  CTAGGACTCCTTGAGAGCTCACAATCCCAAACACATCAAGTTAAATCTGT  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACTCCTTGAGAGCTCACAATCCCAAACACATCAAGTTAAATCTGT  997

seq1  CTTTCATTCGGTCATTGAGACTGTGAGGTCCAATCATAAAGGGATGCTGG  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTCGGTCATTGAGACTGTGAGGTCCAATCATAAAGGGATGCTGG  1047

seq1  AGCCAGGTACAGTGGCACGTGCCTGAAATCCTTGCACTCAGAATATGGAA  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGTACAGTGGCACGTGCCTGAAATCCTTGCACTCAGAATATGGAA  1097

seq1  GCAAGAGGATAAGTTCATGTCCAACCTAGGCTACACAGTGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGGATAAGTTCATGTCCAACCTAGGCTACACAGTGAATTC  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |