BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255F03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 140,240,321 - 140,330,608
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneB930007M17Rik, LOC100039840, LOC229883
Downstream geneLOC621343, 4930590L14Rik, Pdha2, Unc5c, LOC100039923
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255F03.bB6Ng01-255F03.g
ACCGA061554GA061555
length1,1581,114
definitionB6Ng01-255F03.b B6Ng01-255F03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,240,321 - 140,241,487)(140,329,476 - 140,330,608)
sequence
gaattcctggaatcttattagtgtgtaaaaataataccctgtgaggattt
ttaggaaaaaaatagaattaaatcattttcttgagttcagtgccaagaca
gttcattagtactttaaagagaatcctaaatttattactttattccttat
ggatagcatgtatgggataagatttctgaaaaaactctttttatgtcagc
aaaagcattcacaatccaggtgattacacgatctaaacagagatgctatt
gaatatgctacagaaccaggcatggtgaaacataactggagaatcctagc
acttagaggctgcagttcaagctcctctggtctgcagagtatcatcaggt
cagcagagagacagtgaaactctctatcaaataacaaattgaaacaagtc
ttctaaagtaagtctttatggaagagtagtgggtgaataaatggtgattt
atggatctcacaaggaagtgggataatcagaagataatgttgaactgtac
ctttatttgaaggctctcggataagtgactgcaccattctttgcctgagg
taaacaacaatgaattgatagatggaggctggagagatgcctcagaggtt
aagaggactgaggttaagaggttaagaggacctgaccttccagaggtcct
gagttcaattcccagccaccacatggtggctcacaaccatctgtaatggg
attcgatgacctcttctggtgtgtctgaagacagctacagtgtactcata
cataaaacaaatgaactgatagatggacatttgaccctcagtgtttgtgg
gttctgtgtccaagcatctcagatctaccaaactgcagattaaaaagaat
tgaacttagggtggtttcatctgtacttaacatgcacagactttcagtgt
ctttttcccctaagcactataccatcatacccctttacctctttgcttat
ggggtagtatatattttgagtatagagacagtacacactatacgtttgat
gagactaagctatatgcaggtacttataccactctatatgcacataaaaa
tgtgcatatttagtattctgtagggcatctggagtaatccctagacatat
gtgtagagaaaataaattaacccatttttggaagtgtaacgtatggatca
cagctgta

gaattccagtccagtctgagatacacagaaaagtcttgtcttaaataaca
aacacacaaaacaaaagcaaacaagtaaaaactcaaaggcaagagttgct
taatttggctataagttcatctcaggtttatacagagtgtggaaggatca
ggtgaaagtagctttcatctaacatgtaagcaggtctagcaaaaggaaca
tgactatatatattatgcataatctatattgtacataaggcatgtatata
tatatatatatatatattacacatgcatcatacatatacacatatacata
ttagaatgagcaatccatttttttcttttagtatttttattggatatttt
ctttatttacatttcaaaggtgatatatcccctttcccagtttcctagcc
cccaggattcctctaacccattgtcccttcaactgcctctatgaggatgc
tgccccaccaactcacccactcctgcttccccactgtggaattcctttac
agtggggtgtccaatccccacaggaccaagggccgctcctcccattgatg
cccaacatggccatcctctgccacatacgggccagagccatgggtccata
catgtgtactctttgattggtggtccagtccccaggaattctgggggtct
ggccagttgacacagctaacagtttgggactacaaactcccctcagctct
tgcagtcccttctccaactcctccatgagctatcttaatgtccacacaga
agaataaaaatctcctaggcactcagtagtaatgtgcacttataggtaga
ccatactgacatttaccaccatgctatataaaatgaaaaggaagggtaat
ttggcaagcaaggaagaaaggaaactctagatgggacaagacttttctct
atgtgctaaccctgaaacaactgggataactgtgctctttaatgagaagt
tgaatgagcactaaatgttggttattttaatcatagaaacttaatcctag
aaattagttagcattacagtaaaaagtcatcaatgttatcagtacacgtt
cagcctcatatatgatttcataaaccctttcatgtggtggtcacaatgca
gtctgtatttctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_140240321_140241487
seq2: B6Ng01-255F03.b_45_1202

seq1  GAATTCCTGGAATCTTATTAGTGTGTAAAAATAATACCCTGTGAGGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAATCTTATTAGTGTGTAAAAATAATACCCTGTGAGGATTT  50

seq1  TTAGGAAAAAAATAGAATTAAATCATTTTCTTGAGTTCAGTGCCAAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAAAAAATAGAATTAAATCATTTTCTTGAGTTCAGTGCCAAGACA  100

seq1  GTTCATTAGTACTTTAAAGAGAATCCTAAATTTATTACTTTATTCCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTAGTACTTTAAAGAGAATCCTAAATTTATTACTTTATTCCTTAT  150

seq1  GGATAGCATGTATGGGATAAGATTTCTGAAAAAACTCTTTTTATGTCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCATGTATGGGATAAGATTTCTGAAAAAACTCTTTTTATGTCAGC  200

seq1  AAAAGCATTCACAATCCAGGTGATTACACGATCTAAACAGAGATGCTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCATTCACAATCCAGGTGATTACACGATCTAAACAGAGATGCTATT  250

seq1  GAATATGCTACAGAACCAGGCATGGTGAAACATAACTGGAGAATCCTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGCTACAGAACCAGGCATGGTGAAACATAACTGGAGAATCCTAGC  300

seq1  ACTTAGAGGCTGCAGTTCAAGCTCCTCTGGTCTGCAGAGTATCATCAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAGGCTGCAGTTCAAGCTCCTCTGGTCTGCAGAGTATCATCAGGT  350

seq1  CAGCAGAGAGACAGTGAAACTCTCTATCAAATAACAAATTGAAACAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGAGACAGTGAAACTCTCTATCAAATAACAAATTGAAACAAGTC  400

seq1  TTCTAAAGTAAGTCTTTATGGAAGAGTAGTGGGTGAATAAATGGTGATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGTAAGTCTTTATGGAAGAGTAGTGGGTGAATAAATGGTGATTT  450

seq1  ATGGATCTCACAAGGAAGTGGGATAATCAGAAGATAATGTTGAACTGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCTCACAAGGAAGTGGGATAATCAGAAGATAATGTTGAACTGTAC  500

seq1  CTTTATTTGAAGGCTCTCGGATAAGTGACTGCACCATTCTTTGCCTGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTGAAGGCTCTCGGATAAGTGACTGCACCATTCTTTGCCTGAGG  550

seq1  TAAACAACAATGAATTGATAGATGGAGGCTGGAGAGATGCCTCAGAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAACAATGAATTGATAGATGGAGGCTGGAGAGATGCCTCAGAGGTT  600

seq1  AAGAGGACTGAGGTTAAGAGGTTAAGAGGACCTGACCTTCCAGAGGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGACTGAGGTTAAGAGGTTAAGAGGACCTGACCTTCCAGAGGTCCT  650

seq1  GAGTTCAATTCCCAGCCACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATTCCCAGCCACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGG  700

seq1  ATTCGATGACCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGATGACCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATA  750

seq1  CATAAAACAAATGAACTGATAGATGGACATTTGACCCTCAGTGTTTGTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACAAATGAACTGATAGATGGACATTTGACCCTCAGTGTTTGTGG  800

seq1  GTTCTGTGTCCAAGCATCTCAGGATCTACCAAACTGCAGATTAAAAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTGTCCAAGCATCTCA-GATCTACCAAACTGCAGATTAAAAAGAA  849

seq1  TTGAACTTAGGGTGGTTTCATCTGTACTTAACATGCACAGACTTTCAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTAGGGTGGTTTCATCTGTACTTAACATGCACAGACTTTCAGTG  899

seq1  TCTTTTTCCCCTAAGCACTATACCATCATACCCC-TTACCTCTTTGCTTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTTTTCCCCTAAGCACTATACCATCATACCCCTTTACCTCTTTGCTTA  949

seq1  TGGGGTAGTATATATTTTGAGTATAGAGACAGTACACACTATACGTTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGGTAGTATATATTTTGAGTATAGAGACAGTACACACTATACGTTTG-  998

seq1  ATGAGACTAAGCTATATGCAGGTAC-TATACCACTTCTAATATGCAACAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||
seq2  ATGAGACTAAGCTATATGCAGGTACTTATACCAC-TCT-ATATGC-ACAT  1045

seq1  AAAAATGTGCATATTTAGTA-TCTGTAGGGCATCTGGAAGTAATCCCTAA  1097
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  AAAAATGTGCATATTTAGTATTCTGTAGGGCATCTGG-AGTAATCCCT-A  1093

seq1  GACATATGTGTAGAGAAAAATAAAAAATAACACATTTTTGAAAGTGTAAA  1147
      ||||||||||||||||||   | ||| |||| |||||||| |||||| ||
seq2  GACATATGTGTAGAGAAA---ATAAATTAACCCATTTTTGGAAGTGT-AA  1139

seq1  CGTAATGGATCACAGCTGTA  1167
      ||| ||||||||||||||||
seq2  CGT-ATGGATCACAGCTGTA  1158


seq1: chr3_140329476_140330608
seq2: B6Ng01-255F03.g_66_1179 (reverse)

seq1  TCAGAAAATACAGACTGGCCATTGTGACACACACATGAAAGGGTTTTATG  50
      |||| ||||||||||||  |||||||||   |||||||||||| ||||| 
seq2  TCAG-AAATACAGACTG--CATTGTGACCACCACATGAAAGGG-TTTAT-  45

seq1  GAAATCATTAATAATGAGGGCTGGAACGTGTTACTGATAACAATTTGGAT  100
      ||||||||  || |||| |||| ||||||| |||||||||||   | |||
seq2  GAAATCAT--AT-ATGA-GGCT-GAACGTG-TACTGATAACA---TTGAT  86

seq1  GACTTTTTTACCTTGTAATGCTAACTTAATTTCTAGGATTAAGTTTCTAT  150
      ||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAC-TTTTTAC--TGTAATGCTAAC-TAATTTCTAGGATTAAGTTTCTAT  132

seq1  GATTAAAATTAACCAACATTTAGTGCTCATTCAACTTCTCATTAAAGAGC  200
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAA-TAACCAACATTTAGTGCTCATTCAACTTCTCATTAAAGAGC  181

seq1  ACAGTTATCCCAGTTGTTTCAGGGTTAGCACATAGAGAAAAGTCTTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTATCCCAGTTGTTTCAGGGTTAGCACATAGAGAAAAGTCTTGTCC  231

seq1  CATCTAGAGTTTCCTTTCTTCCTTGCTTGCCAAATTACCCTTCCTTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGAGTTTCCTTTCTTCCTTGCTTGCCAAATTACCCTTCCTTTTCA  281

seq1  TTTTATATAGCATGGTGGTAAATGTCAGTATGGTCTACCTATAAGTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATAGCATGGTGGTAAATGTCAGTATGGTCTACCTATAAGTGCAC  331

seq1  ATTACTACTGAGTGCCTAGGAGATTTTTATTCTTCTGTGTGGACATTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACTGAGTGCCTAGGAGATTTTTATTCTTCTGTGTGGACATTAAG  381

seq1  ATAGCTCATGGAGGAGTTGGAGAAGGGACTGCAAGAGCTGAGGGGAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCATGGAGGAGTTGGAGAAGGGACTGCAAGAGCTGAGGGGAGTTT  431

seq1  GTAGTCCCAAACTGTTAGCTGTGTCAACTGGCCAGACCCCCAGAATTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCCCAAACTGTTAGCTGTGTCAACTGGCCAGACCCCCAGAATTCCT  481

seq1  GGGGACTGGACCACCAATCAAAGAGTACACATGTATGGACCCATGGCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTGGACCACCAATCAAAGAGTACACATGTATGGACCCATGGCTCT  531

seq1  GGCCCGTATGTGGCAGAGGATGGCCATGTTGGGCATCAATGGGAGGAGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCGTATGTGGCAGAGGATGGCCATGTTGGGCATCAATGGGAGGAGCG  581

seq1  GCCCTTGGTCCTGTGGGGATTGGACACCCCACTGTAAAGGAATTCCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGGTCCTGTGGGGATTGGACACCCCACTGTAAAGGAATTCCACAG  631

seq1  TGGGGAAGCAGGAGTGGGTGAGTTGGTGGGGCAGCATCCTCATAGAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAGCAGGAGTGGGTGAGTTGGTGGGGCAGCATCCTCATAGAGGCA  681

seq1  GTTGAAGGGACAATGGGTTAGAGGAATCCTGGGGGCTAGGAAACTGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGGGACAATGGGTTAGAGGAATCCTGGGGGCTAGGAAACTGGGAA  731

seq1  AGGGGATATATCACCTTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATATATCACCTTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATAAAAA  781

seq1  TACTAAAAGAAAAAAATGGATTGCTCATTCTAATATGTATATGTGTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAAGAAAAAAATGGATTGCTCATTCTAATATGTATATGTGTATAT  831

seq1  GTATGATGCATGTGTAATATATATATATATATATATATACATGCCTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATGCATGTGTAATATATATATATATATATATATACATGCCTTATG  881

seq1  TACAATATAGATTATGCATAATATATATAGTCATGTTCCTTTTGCTAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATATAGATTATGCATAATATATATAGTCATGTTCCTTTTGCTAGAC  931

seq1  CTGCTTACATGTTAGATGAAAGCTACTTTCACCTGATCCTTCCACACTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTACATGTTAGATGAAAGCTACTTTCACCTGATCCTTCCACACTCT  981

seq1  GTATAAACCTGAGATGAACTTATAGCCAAATTAAGCAACTCTTGCCTTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAACCTGAGATGAACTTATAGCCAAATTAAGCAACTCTTGCCTTTG  1031

seq1  AGTTTTTACTTGTTTGCTTTTGTTTTGTGTGTTTGTTATTTAAGACAAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTACTTGTTTGCTTTTGTTTTGTGTGTTTGTTATTTAAGACAAGA  1081

seq1  CTTTTCTGTGTATCTCAGACTGGACTGGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGTGTATCTCAGACTGGACTGGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |