BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255P04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 133,746,401 - 133,892,676
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039168, LOC668862, LOC100039199
Upstream geneGstcd, Ints12, 9130221D24Rik, Ppa2, E130014J05Rik, EG620205
Downstream geneCxxc4, Ppia-ps3_1390.1, LOC100039234, Tacr3, LOC229837, LOC100039290, EG620439, Cenpe
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255P04.bB6Ng01-255P04.g
ACCGA062032GA062033
length1,1521,095
definitionB6Ng01-255P04.b B6Ng01-255P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(133,891,530 - 133,892,676)(133,746,401 - 133,747,503)
sequence
gaattctagataatatcactgaattgttaaaattcaatccagacaggatc
cccaccccctccctgtgctgacctttgttattctgtagttatagcaacaa
gaagacttccttctgtccgtctgcctagttctctttctaacgtaatggca
gccccttatatgttgttgtggagtatggagagtcgtttatgtgcactgaa
tttgccatggtatatatagtattatggaatatagtccatcctattagatg
ttctttcatctcatcttcaagcttccttaaacaacttgcagttgaatgtc
tcagtttacttgtcattatatcttaatctaagcctgcagagagaacaaga
cataaaacagacaagccctttctaggatagtcatctggcataagaatgta
taactgagctgtgaaactaggccttacagttttactctgaccttggggta
ttttaagtctcattttaccagtctgaaatatcactttaattatagtaatt
acctatctcacagggtttgtgaggtttaattaatgttagcaaagtgttaa
agctatttagtagaacagtactatagaagcaaactacctgaaaatacaac
ctcccaccttccagagttgttaattttacactgattttctttgtttcttc
ggaatgaacattgcatttgctccctttttaaagctttcccttccacattg
tggccttttcttcttgaaatctaccttggatgaaaacattcctcagtcag
aaaggcttggaaataagagacctatctggcaaggaggtcctatctggcaa
gagtcctatctgtcacattcctctattcagaattgcaatccagttgacaa
tttgaatgtaatccccaatacatcttttatttgggtccaagaagttaaac
aaactgagtgaaacattaattttctttcagacatcgagagattggtgtac
tccattctggtgggtggagttggtgccacttcaggtgatggagcctcaag
ttaccagtattttgggatactttactatctgacacctgttcatagaaagc
aactagcatctgcactcagggtctgtgtcaatttgttgcctgctgcctac
ttacacagccatgcttagccaaggtagagccattggaggcttgacattca
ga

gaattcaaggaaaataggtgaaggaaaaggcctgactctgctgagatgaa
cttcatttacttgacaatttcctttcaggctaaccttgtgtgtaggccat
cacctgaactgagctcagtgtacctataaggcgagcccttagtttcaggg
ggaggaggttgctatctacaaagcccatgggagactctgtctctcaactt
tactaaaacacttttccttgagtgctcccctgcttgatacagccacctat
tgcaatgtatctctttgtggaaaaaaatccccagcagtattcactaaatt
gttcaattaatccttgaagaatttcttcttttccagtggtcaaatagatg
gtgtgaagatattgaagagctagaagaaaccttgtcacaaggataaagag
aaaacaacttattttaaactggtaggcatctgagtgtgggagatcatttg
caacagctctcagtgttaatgactatcagcatcacgaacaacagtgccat
caccttgggactacaaaggtaaaggtttcaggggtgattgggttgatttt
taaatggccgttagtaaatgtaggcagctacatcagatacaaaggacttg
tccttgtacaggaacgcttcagtttagttaaaagaatagcacccgaggta
aggctgttttaaacctctgaagcacatatcataagtgcactctggacaac
tagaaatacttcatgagggactcctggggttgtcctgtactgacacatga
tgctgtagaatcaaggacaacttcacagaccctgtggaattcattctttc
tgcatgtagctacacctattcgtaatgctttgattgagtcctggcatgct
tctctgctgcttcctcctgtatgatcaatacagttgactattaaatttag
gacaactttgtatttgtaactttgatacattgtcgttcccttgaagatct
atgttaataactggtcttctcagagaggagaatgtcttcttaaaagtcag
gaccacacaaagcattcgatgatgcactgtaagtattttatagtcttatg
tagcattatgtacctcagtagctctggacagcagcaagaggtgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_133891530_133892676
seq2: B6Ng01-255P04.b_46_1197 (reverse)

seq1  TCTGGATGTC-AGCCTCCAAT-GCTCTACC-TGGCTAGGCATTGCTGTGT  47
      |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||||
seq2  TCTGAATGTCAAGCCTCCAATGGCTCTACCTTGGCTAAGCATGGCTGTGT  50

seq1  -AGTA---AGCAGGCAGCACAAATGGACACAGACCTTGAGTTGCAGATTC  93
       ||||   ||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||||| |
seq2  AAGTAGGCAGCAGGCA--ACAAATTGACACAGACCCTGAG-TGCAGATGC  97

seq1  TAG-TGCTTTCTATGGACAGGTGTCAGATAGTAAAGTATCCAAAAATACT  142
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGTTGCTTTCTATGAACAGGTGTCAGATAGTAAAGTATCCCAAAATACT  147

seq1  GGTAAACTTGAGGCTCCATCACCTGAAGTGGCACCAACTCCA-CCACCAG  191
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGT-AACTTGAGGCTCCATCACCTGAAGTGGCACCAACTCCACCCACCAG  196

seq1  AATGGAGTACACCAATCTCTCGATGTCTGAAAGAAAATTAATGTTTCACT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTACACCAATCTCTCGATGTCTGAAAGAAAATTAATGTTTCACT  246

seq1  CAGTTTGTTTAACTTCTTGGACCCAAATAAAAGATGTATTGGGGATTACA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGTTTAACTTCTTGGACCCAAATAAAAGATGTATTGGGGATTACA  296

seq1  TTCAAATTGTCAACTGGATTGCAATTCTGAATAGAGGAATGTGACAGATA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTGTCAACTGGATTGCAATTCTGAATAGAGGAATGTGACAGATA  346

seq1  GGACTCTTGCCAGATAGGACCTCCTTGCCAGATAGGTCTCTTATTTCCAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTTGCCAGATAGGACCTCCTTGCCAGATAGGTCTCTTATTTCCAA  396

seq1  GCCTTTCTGACTGAGGAATGTTTTCATCCAAGGTAGATTTCAAGAAGAAA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTGACTGAGGAATGTTTTCATCCAAGGTAGATTTCAAGAAGAAA  446

seq1  AGGCCACAATGTGGAAGGGAAAGCTTTAAAAAGGGAGCAAATGCAATGTT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACAATGTGGAAGGGAAAGCTTTAAAAAGGGAGCAAATGCAATGTT  496

seq1  CATTCCGAAGAAACAAAGAAAATCAGTGTAAAATTAACAACTCTGGAAGG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCGAAGAAACAAAGAAAATCAGTGTAAAATTAACAACTCTGGAAGG  546

seq1  TGGGAGGTTGTATTTTCAGGTAGTTTGCTTCTATAGTACTGTTCTACTAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGTTGTATTTTCAGGTAGTTTGCTTCTATAGTACTGTTCTACTAA  596

seq1  ATAGCTTTAACACTTTGCTAACATTAATTAAACCTCACAAACCCTGTGAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTTTAACACTTTGCTAACATTAATTAAACCTCACAAACCCTGTGAG  646

seq1  ATAGGTAATTACTATAATTAAAGTGATATTTCAGACTGGTAAAATGAGAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTAATTACTATAATTAAAGTGATATTTCAGACTGGTAAAATGAGAC  696

seq1  TTAAAATACCCCAAGGTCAGAGTAAAACTGTAAGGCCTAGTTTCACAGCT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATACCCCAAGGTCAGAGTAAAACTGTAAGGCCTAGTTTCACAGCT  746

seq1  CAGTTATACATTCTTATGCCAGATGACTATCCTAGAAAGGGCTTGTCTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATACATTCTTATGCCAGATGACTATCCTAGAAAGGGCTTGTCTGT  796

seq1  TTTATGTCTTGTTCTCTCTGCAGGCTTAGATTAAGATATAATGACAAGTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTCTTGTTCTCTCTGCAGGCTTAGATTAAGATATAATGACAAGTA  846

seq1  AACTGAGACATTCAACTGCAAGTTGTTTAAGGAAGCTTGAAGATGAGATG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGACATTCAACTGCAAGTTGTTTAAGGAAGCTTGAAGATGAGATG  896

seq1  AAAGAACATCTAATAGGATGGACTATATTCCATAATACTATATATACCAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACATCTAATAGGATGGACTATATTCCATAATACTATATATACCAT  946

seq1  GGCAAATTCAGTGCACATAAACGACTCTCCATACTCCACAACAACATATA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATTCAGTGCACATAAACGACTCTCCATACTCCACAACAACATATA  996

seq1  AGGGGCTGCCATTACGTTAGAAAGAGAACTAGGCAGACGGACAGAAGGAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGCCATTACGTTAGAAAGAGAACTAGGCAGACGGACAGAAGGAA  1046

seq1  GTCTTCTTGTTGCTATAACTACAGAATAACAAAGGTCAGCACAGGGAGGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTGTTGCTATAACTACAGAATAACAAAGGTCAGCACAGGGAGGG  1096

seq1  GGTGGGGATCCTGTCTGGATTGAATTTTAACAATTCAGTGATATTATCTA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGATCCTGTCTGGATTGAATTTTAACAATTCAGTGATATTATCTA  1146

seq1  GAATTC  1147
      ||||||
seq2  GAATTC  1152


seq1: chr3_133746401_133747503
seq2: B6Ng01-255P04.g_68_1162

seq1  GAATTCAAGGAAAATAGGTGAAGGAAAAGGCCTGACTCTGCTGAGATGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAAAATAGGTGAAGGAAAAGGCCTGACTCTGCTGAGATGAA  50

seq1  CTTCATTTACTTGACAATTTCCTTTCAGGCTAACCTTGTGTGTAGGCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTACTTGACAATTTCCTTTCAGGCTAACCTTGTGTGTAGGCCAT  100

seq1  CACCTGAACTGAGCTCAGTGTACCTATAAGGCGAGCCCTTAGTTTCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAACTGAGCTCAGTGTACCTATAAGGCGAGCCCTTAGTTTCAGGG  150

seq1  GGAGGAGGTTGCTATCTACAAAGCCCATGGGAGACTCTGTCTCTCAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGTTGCTATCTACAAAGCCCATGGGAGACTCTGTCTCTCAACTT  200

seq1  TACTAAAACACTTTTCCTTGAGTGCTCCCCTGCTTGATACAGCCACCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAACACTTTTCCTTGAGTGCTCCCCTGCTTGATACAGCCACCTAT  250

seq1  TGCAATGTATCTCTTTGTGGAAAAAAATCCCCAGCAGTATTCACTAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTATCTCTTTGTGGAAAAAAATCCCCAGCAGTATTCACTAAATT  300

seq1  GTTCAATTAATCCTTGAAGAATTTCTTCTTTTCCAGTGGTCAAATAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTAATCCTTGAAGAATTTCTTCTTTTCCAGTGGTCAAATAGATG  350

seq1  GTGTGAAGATATTGAAGAGCTAGAAGAAACCTTGTCACAAGGATAAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGATATTGAAGAGCTAGAAGAAACCTTGTCACAAGGATAAAGAG  400

seq1  AAAACAACTTATTTTAAACTGGTAGGCATCTGAGTGTGGGAGATCATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACTTATTTTAAACTGGTAGGCATCTGAGTGTGGGAGATCATTTG  450

seq1  CAACAGCTCTCAGTGTTAATGACTATCAGCATCACGAACAACAGTGCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCTCTCAGTGTTAATGACTATCAGCATCACGAACAACAGTGCCAT  500

seq1  CACCTTGGGACTACAAAGGTAAAGGTTTCAGGGGTGATTGGGTTGATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGGGACTACAAAGGTAAAGGTTTCAGGGGTGATTGGGTTGATTTT  550

seq1  TAAATGGCCGTTAGTAAATGTAGGCAGCTACATCAGATACAAAGGACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGCCGTTAGTAAATGTAGGCAGCTACATCAGATACAAAGGACTTG  600

seq1  TCCTTGTACAGGAACGCTTCAGTTTAGTTAAAAGAATAGCACCCGAGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTACAGGAACGCTTCAGTTTAGTTAAAAGAATAGCACCCGAGGTA  650

seq1  AGGCTGTTTTAAACCTCTGAAGCACATATCATAAGTGCACTCTGGACAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTTTTAAACCTCTGAAGCACATATCATAAGTGCACTCTGGACAAC  700

seq1  TAGAAATACTTCATGAGGGACTCCTGGGGTTGTCCTGTACTGACACATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATACTTCATGAGGGACTCCTGGGGTTGTCCTGTACTGACACATGA  750

seq1  TGCTGTAGAATCAAGGACAACTTCACAGACCCTGTGGAATTCATTCTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAGAATCAAGGACAACTTCACAGACCCTGTGGAATTCATTCTTTC  800

seq1  TGCATGTAGCTACACCTATTCGTAATGCTTTGATTGAGTCCTGGCATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTAGCTACACCTATTCGTAATGCTTTGATTGAGTCCTGGCATGCT  850

seq1  TCTCTGCTGCTTCCTCCTGTATGATCAATACAGTTGACTATTAAATTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTGCTTCCTCCTGTATGATCAATACAGTTGACTATTAAATTTAG  900

seq1  GACAACTTTGTATTTGTAACTTTGATAACATTGTCGTT-CCTTGAAGATC  949
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GACAACTTTGTATTTGTAACTTTGAT-ACATTGTCGTTCCCTTGAAGATC  949

seq1  TATGTTAATAACTGGTCTTCTCAGGAGAGGAGAATGTCTTCTTAAAAGTC  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTAATAACTGGTCTTCTCA-GAGAGGAGAATGTCTTCTTAAAAGTC  998

seq1  AGGGACCACACAAAAGGCATTCGATGATGGCACTGTAAAGGTA-TTTATA  1048
      | ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||  ||| ||||||
seq2  A-GGACCACACAAA--GCATTCGATGAT-GCACTGTAA--GTATTTTATA  1042

seq1  GTCTTATGTAGCA-TATGTAACTCAGTTAGCTCTTGGGACAGGCAGC-AG  1096
      ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||| ||||| ||
seq2  GTCTTATGTAGCATTATGTACCTCAG-TAGCTCT--GGACA-GCAGCAAG  1088

seq1  AGGTGTT  1103
      |||||||
seq2  AGGTGTT  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |