BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256F24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,858,917 - 117,967,463
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC674908, D3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256F24.bB6Ng01-256F24.g
ACCGA062350GA062351
length6891,138
definitionB6Ng01-256F24.b B6Ng01-256F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,858,917 - 117,859,605)(117,966,328 - 117,967,463)
sequence
gaattcatgcacgttgccactaaatcatgggaaggacccattcaaagtat
tcatctcacatctcacaaatgaaatttgatctaatagactatggaaagtt
tattgttttgtttccagattccacaacacaaccagactttcagaaatatt
tgtcaagtttcagtacagtatcaaaaaagaatatccaaaagtccattgaa
agattttctttaaggggctggctactgggtgtttgaccgtgctccaatga
gtacatgagcaacacaaatcaaacttggttttgttgttgttgttgctgat
gtttggttggtttttttctcttcttcatctttttcttcttcatcttttgg
aggaggttgttgggggtcacaaggatgagcatggacctaggaggccgggg
aagcgagtgtgctctgagctcatgatgtgaaattctcaaataattaataa
aaatatgaagaaagtatttgtctctttcaaaccccttatctcagaagttt
tgtttgcttcccaagactgcctcctgttggccttcctcaataacaggtga
cacttgacctacaatgatttgacttagtgagttttaaaatgtatttattg
ttattattatggttgttattattattaattgtgtgggcttgtatgtggga
aacaggtatgtatatatatatatatatatgtgtgcgtgt

gaattcatgctgtccaggttgcttcccacagggctctttctgtttgtgta
cagcatcagaaaataacataggaagactccatgtctgagtgacagtgata
gacaagatgatttttaaaacttttgttttaaccccttgatttgttttctt
accaactcctttgttaacactgtgggcacattcttttttcttttaatgaa
aaaatgaatagaaagagtgaaataaagtataccatcaaaaaataaaaccc
aaattatagagaggtgcttagtgaagttatagaggcatctggaggtcttg
gattggacttcgatcactatgacccttaaagtagatgtctcccaagtgga
agctttagagtaggggttcagaagtgtctgtattaaaatgtctatgctac
ttttatacaggttagtgatttggagtacatttcccttcatctgcatcagt
tgctttatgtgtgaaatgcaaataatagtaccctcaatgagtgttatgac
tgtgttagtctaaattagaataacaatgtagtttttgatgttctagttga
tatctaaaatgcatttagagtgtcatctctcacatatcacgataagtgat
ttgttaatgaaataaatacataaaatatggaccatgggaaagctgtcttg
gattctgaacatacatacatacatacatacatacatacatacacatatga
tacacatagaaaataataaatgttaatttatagaatttatatgtaaatat
atatatgtatatattttttctttcattctaaaacttatatcatctacttg
tatttaaaagttgttcttaacataactcactgacattcatatctaatttg
tacattggaggctgtgctaaaattgttgtttgttgcatcacggaaactga
caagtggcacttgagataagattttacctgtaaaaacaaaagctggcatt
gtatagggatatagatatgggaagtattgctatatttttacataatcaca
tttctaagactgttatatagattctgaactttcatacaggctctgtaaac
aagttaaaaatcacttattctctctggttgaagttataaattatgaatca
gaatccagcaaaatcgataatctttccataaggaattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117858917_117859605
seq2: B6Ng01-256F24.b_46_734

seq1  GAATTCATGCACGTTGCCACTAAATCATGGGAAGGACCCATTCAAAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCACGTTGCCACTAAATCATGGGAAGGACCCATTCAAAGTAT  50

seq1  TCATCTCACATCTCACAAATGAAATTTGATCTAATAGACTATGGAAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCACATCTCACAAATGAAATTTGATCTAATAGACTATGGAAAGTT  100

seq1  TATTGTTTTGTTTCCAGATTCCACAACACAACCAGACTTTCAGAAATATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTTGTTTCCAGATTCCACAACACAACCAGACTTTCAGAAATATT  150

seq1  TGTCAAGTTTCAGTACAGTATCAAAAAAGAATATCCAAAAGTCCATTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGTTTCAGTACAGTATCAAAAAAGAATATCCAAAAGTCCATTGAA  200

seq1  AGATTTTCTTTAAGGGGCTGGCTACTGGGTGTTTGACCGTGCTCCAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTCTTTAAGGGGCTGGCTACTGGGTGTTTGACCGTGCTCCAATGA  250

seq1  GTACATGAGCAACACAAATCAAACTTGGTTTTGTTGTTGTTGTTGCTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGAGCAACACAAATCAAACTTGGTTTTGTTGTTGTTGTTGCTGAT  300

seq1  GTTTGGTTGGTTTTTTTCTCTTCTTCATCTTTTTCTTCTTCATCTTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTGGTTTTTTTCTCTTCTTCATCTTTTTCTTCTTCATCTTTTGG  350

seq1  AGGAGGTTGTTGGGGGTCACAAGGATGAGCATGGACCTAGGAGGCCGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTTGTTGGGGGTCACAAGGATGAGCATGGACCTAGGAGGCCGGGG  400

seq1  AAGCGAGTGTGCTCTGAGCTCATGATGTGAAATTCTCAAATAATTAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCGAGTGTGCTCTGAGCTCATGATGTGAAATTCTCAAATAATTAATAA  450

seq1  AAATATGAAGAAAGTATTTGTCTCTTTCAAACCCCTTATCTCAGAAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAAGAAAGTATTTGTCTCTTTCAAACCCCTTATCTCAGAAGTTT  500

seq1  TGTTTGCTTCCCAAGACTGCCTCCTGTTGGCCTTCCTCAATAACAGGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTTCCCAAGACTGCCTCCTGTTGGCCTTCCTCAATAACAGGTGA  550

seq1  CACTTGACCTACAATGATTTGACTTAGTGAGTTTTAAAATGTATTTATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGACCTACAATGATTTGACTTAGTGAGTTTTAAAATGTATTTATTG  600

seq1  TTATTATTATGGTTGTTATTATTATTAATTGTGTGGGCTTGTATGTGGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATGGTTGTTATTATTATTAATTGTGTGGGCTTGTATGTGGGA  650

seq1  AACAGGTATGTATATATATATATATATATGTGTGTGTGT  689
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACAGGTATGTATATATATATATATATATGTGTGCGTGT  689


seq1: chr3_117966328_117967463
seq2: B6Ng01-256F24.g_66_1203 (reverse)

seq1  CAATTCCTTAT-GAAAGATAATCTGATTTTTGCT-GATCTGGATCAATAT  48
      ||||||||||| ||||||| ||| || ||||||| |||   |||  ||| 
seq2  CAATTCCTTATGGAAAGATTATC-GA-TTTTGCTGGATTCTGATTCATA-  47

seq1  TTTTATTAC-TCAACCAGAGAGAATTAGTGGAATTATTACCTTGTTTACA  97
       ||||| || ||||||||||||||| ||||  ||| ||| ||||||||||
seq2  ATTTATAACTTCAACCAGAGAGAATAAGTG--ATTTTTAACTTGTTTACA  95

seq1  GAGGCTGTATG-AAGTTCAGAATCTATATAACAGTCTTAG-AATGTGATT  145
      ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGCCTGTATGAAAGTTCAGAATCTATATAACAGTCTTAGAAATGTGATT  145

seq1  ATGTAAAAATAATAGCAATACTT-CCATATCTATTATCCCTATACAATGC  194
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGTAAAAAT-ATAGCAATACTTCCCATATCTA-TATCCCTATACAATGC  193

seq1  CAGCTTT--GTTTTACAGGTAAAATCTTATCTAAAGTGCCACTTGTCAGT  242
      |||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTTGTTTTTACAGGTAAAATCTTATCTCAAGTGCCACTTGTCAGT  243

seq1  TTCCCTGATGCAACAAACAACAATTTTAGCACAGCCTCCAATGTACAAAT  292
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGATGCAACAAACAACAATTTTAGCACAGCCTCCAATGTACAAAT  293

seq1  TAGATATGAATGTCAGTGAGTTATGTTAAGAACAACTTTTAAATACAAGT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATGAATGTCAGTGAGTTATGTTAAGAACAACTTTTAAATACAAGT  343

seq1  AGATGATATAAGTTTTAGAATGAAAG-AAAAATATATACATATATATATT  391
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATATAAGTTTTAGAATGAAAGAAAAAATATATACATATATATATT  393

seq1  TACATATAAATTCTATAAATTAACATTTATTATTTTCTATGTGTATCATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATAAATTCTATAAATTAACATTTATTATTTTCTATGTGTATCATA  443

seq1  TGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTCAGAATCCAAGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTCAGAATCCAAGA  493

seq1  CAGCTTTCCCATGGTCCATATTTTATGTATTTATTTCATTAACAAATCAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTCCCATGGTCCATATTTTATGTATTTATTTCATTAACAAATCAC  543

seq1  TTATCGTGATATGTGAGAGATGACACTCTAAATGCATTTTAGATATCAAC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCGTGATATGTGAGAGATGACACTCTAAATGCATTTTAGATATCAAC  593

seq1  TAGAACATCAAAAACTACATTGTTATTCTAATTTAGACTAACACAGTCAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATCAAAAACTACATTGTTATTCTAATTTAGACTAACACAGTCAT  643

seq1  AACACTCATTGAGGGTACTATTATTTGCATTTCACACATAAAGCAACTGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCATTGAGGGTACTATTATTTGCATTTCACACATAAAGCAACTGA  693

seq1  TGCAGATGAAGGGAAATGTACTCCAAATCACTAACCTGTATAAAAGTAGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGAAGGGAAATGTACTCCAAATCACTAACCTGTATAAAAGTAGC  743

seq1  ATAGACATTTTAATACAGACACTTCTGAACCCCTACTCTAAAGCTTCCAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACATTTTAATACAGACACTTCTGAACCCCTACTCTAAAGCTTCCAC  793

seq1  TTGGGAGACATCTACTTTAAGGGTCATAGTGATCGAAGTCCAATCCAAGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGACATCTACTTTAAGGGTCATAGTGATCGAAGTCCAATCCAAGA  843

seq1  CCTCCAGATGCCTCTATAACTTCACTAAGCACCTCTCTATAATTTGGGTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGATGCCTCTATAACTTCACTAAGCACCTCTCTATAATTTGGGTT  893

seq1  TTATTTTTTGATGGTATACTTTATTTCACTCTTTCTATTCATTTTTTCAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTGATGGTATACTTTATTTCACTCTTTCTATTCATTTTTTCAT  943

seq1  TAAAAGAAAAAAGAATGTGCCCACAGTGTTAACAAAGGAGTTGGTAAGAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAAAAAGAATGTGCCCACAGTGTTAACAAAGGAGTTGGTAAGAA  993

seq1  AACAAATCAAGGGGTTAAAACAAAAGTTTTAAAAATCATCTTGTCTATCA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATCAAGGGGTTAAAACAAAAGTTTTAAAAATCATCTTGTCTATCA  1043

seq1  CTGTCACTCAGACATGGAGTCTTCCTATGTTATTTTCTGATGCTGTACAC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTCAGACATGGAGTCTTCCTATGTTATTTTCTGATGCTGTACAC  1093

seq1  AAACAGAAAGAGCCCTGTGGGAAGCAACCTGGACAGCATGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAAGAGCCCTGTGGGAAGCAACCTGGACAGCATGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |