BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257N15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 71,007,545 - 71,158,349
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041384, LOC625868, LOC670542, EG625901
Downstream geneEG667377, LOC667385, LOC100041459
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257N15.bB6Ng01-257N15.g
ACCGA063442GA063443
length1,1731,157
definitionB6Ng01-257N15.b B6Ng01-257N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,007,545 - 71,008,721)(71,157,164 - 71,158,349)
sequence
gaattctatttgtaggtattttgtgccagtcatttgtgggtcgcatagaa
ataccatctcccaagatggtgatcttgtgtttctcatttcaaggtatgca
tctgtttaaatcactgtcaactcctagtgctatatggtaatactaatgta
aaatctagtattttcttgtttgtatgacaccattccaggtgtgatgtgaa
gaaatatctactccctgcagcttgggaacaagtagcagagtacagtaaac
acatgggtggcaatgtctaaactagtgaaccaatgttatgtatgtttcct
tacagaaatatagatgtggggaaatgactcaagaatcagttatcaaagtc
tagccaatatggtgacaacttatggaaactagtaagttggaacttactat
atacacttcaggtggcttcacagttctgacagtctctagcaagcagttct
tttggtctgacttctttctagtaaaatctacttatgccacagttctctta
tcaaccctagttattattgtttgtacactaataactaggtcattaatttg
tggatgaggttagggcttgtgaagttgatcatactcagggacttcctgaa
gctgctgctttgtttacttcctgagttttaagtacttcactttagagcat
cctgagtctcaaagaacttccgtacagatatgagagctcatgccccttta
gaaaaatcctgtgtttcagcaacatgtaattttagatggactgtctagga
gaaacttcttccaagcactgaataaatttattgatgcttggagagatgct
agctttcttccatctcttacgtatatcttcagacagtaataggaaaacac
atctcacttttaatctcgctcacacttagaacgtctcattttatccactt
cataagagagatgagatacttctcacctgattaagtaaagttctttttaa
aattatttcatttatttacatttcaaatgttctacctcttctcagtcctc
cctccatgaacgtccaaccccaccccacccctctctttgcctctaaaagg
ttactccccaacataccccactactcccaccacactgctctagcatcctc
ttgcctgggcatcaccttaacacagggaacaagagcatcccatcccactg
atgtcaacaagtcaatctcttct

gaattctatagacactttatgtcaagaatatatttagattttagagctta
gtgatatctctgctgtataattcaatatttaattagatgatagtgaaaag
ggtctccttcctccatcagtactttaaaagcagaattaaaaatgatcttt
gtgttctgtcagaggattaagtaatgatgttagcacttgaactacattta
tctgccctcagaggcttgagaaacttcccagtggagagaggatgaaatta
tgctcctaacctgtcctttttcaccattgttgctttggcagtggagagag
taagaaggtaagtgcattatgcaatgtgacattaaagtataaacagagca
tacagcaaagctggtaagtggaccctagttacatagcttattcaaatgtg
tgtaaacaccctctgatggagtgtttcactggaatggattttcttgaata
aactatgtaatatctctatgatacattaggaaatccaactggaacttaga
ttgctttatacaactcaactgtggcatcgttcctgtatcttatggcggta
gaggagtgaagatgctgcattcagtgtctgcaggattctttgagagggta
aggttcggtggtcaatacttactggactatttccatttgcagagtaaaag
caaattgtttcacttctcaattcctttgttttaatctgggcaaaaaaaaa
aaaaaatggaacctggcattccattttgaaatccaaaacactacagaaac
agtgttctgtcattttatcaaaataaagtgatagtgacagctataaaact
aagtagctcaatttaagtagaccttttataaaaagacattactctctctt
gatccacaaagaaatctacttcttgcaacaggcttttaacaaatatcctt
aaacacttgtctctgataaaggtttgtcaataaacatcttaacttaaaca
tgaaagtgtcttcgacacatctttactgatttaatatgatttcatataca
ctatcaaaatttgtaatactctattgatattttattttattatacttttt
tttcagtgtcagaggttcagctgtccttacctaagtctcttgactatgct
gtttctgtacagcatcacagtagtctgaacctgctttctgccagtacctc
aagttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_71007545_71008721
seq2: B6Ng01-257N15.b_45_1217

seq1  GAATTCTATTTGTAGGTATTTTGTGCCAGTCATTTGTGGGTCGCATAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTGTAGGTATTTTGTGCCAGTCATTTGTGGGTCGCATAGAA  50

seq1  ATACCATCTCCCAAGATGGTGATCTTGTGTTTCTCATTTCAAGGTATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATCTCCCAAGATGGTGATCTTGTGTTTCTCATTTCAAGGTATGCA  100

seq1  TCTGTTTAAATCACTGTCAACTCCTAGTGCTATATGGTAATACTAATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTAAATCACTGTCAACTCCTAGTGCTATATGGTAATACTAATGTA  150

seq1  AAATCTAGTATTTTCTTGTTTGTATGACACCATTCCAGGTGTGATGTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGTATTTTCTTGTTTGTATGACACCATTCCAGGTGTGATGTGAA  200

seq1  GAAATATCTACTCCCTGCAGCTTGGGAACAAGTAGCAGAGTACAGTAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATCTACTCCCTGCAGCTTGGGAACAAGTAGCAGAGTACAGTAAAC  250

seq1  ACATGGGTGGCAATGTCTAAACTAGTGAACCAATGTTATGTATGTTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTGGCAATGTCTAAACTAGTGAACCAATGTTATGTATGTTTCCT  300

seq1  TACAGAAATATAGATGTGGGGAAATGACTCAAGAATCAGTTATCAAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAATATAGATGTGGGGAAATGACTCAAGAATCAGTTATCAAAGTC  350

seq1  TAGCCAATATGGTGACAACTTATGGAAACTAGTAAGTTGGAACTTACTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAATATGGTGACAACTTATGGAAACTAGTAAGTTGGAACTTACTAT  400

seq1  ATACACTTCAGGTGGCTTCACAGTTCTGACAGTCTCTAGCAAGCAGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTTCAGGTGGCTTCACAGTTCTGACAGTCTCTAGCAAGCAGTTCT  450

seq1  TTTGGTCTGACTTCTTTCTAGTAAAATCTACTTATGCCACAGTTCTCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTGACTTCTTTCTAGTAAAATCTACTTATGCCACAGTTCTCTTA  500

seq1  TCAACCCTAGTTATTATTGTTTGTACACTAATAACTAGGTCATTAATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCCTAGTTATTATTGTTTGTACACTAATAACTAGGTCATTAATTTG  550

seq1  TGGATGAGGTTAGGGCTTGTGAAGTTGATCATACTCAGGGACTTCCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAGGTTAGGGCTTGTGAAGTTGATCATACTCAGGGACTTCCTGAA  600

seq1  GCTGCTGCTTTGTTTACTTCCTGAGTTTTAAGTACTTCACTTTAGAGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTTTGTTTACTTCCTGAGTTTTAAGTACTTCACTTTAGAGCAT  650

seq1  CCTGAGTCTCAAAGAACTTCCGTACAGATATGAGAGCTCATGCCCCTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTCTCAAAGAACTTCCGTACAGATATGAGAGCTCATGCCCCTTTA  700

seq1  GAAAAATCCTGTGTTTCAGCAACATGTAATTTTAGATGGACTGTCTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATCCTGTGTTTCAGCAACATGTAATTTTAGATGGACTGTCTAGGA  750

seq1  GAAACTTCTTCCAAGCACTGAATAAATTTATTGATGCTTGGAGAGATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTCTTCCAAGCACTGAATAAATTTATTGATGCTTGGAGAGATGCT  800

seq1  AGCTTTCTTCCATCTCTTACGTATATCTTCAGACAGTAATAGGAAAACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTTCCATCTCTTACGTATATCTTCAGACAGTAATAGGAAAACAC  850

seq1  ATCTCACTTTTAATCTCGCTCACACTTAGAACGTCTCATTTTATCCACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACTTTTAATCTCGCTCACACTTAGAACGTCTCATTTTATCCACTT  900

seq1  CATAAGAGAGATGAGATACTTCTCACCTGATTAAGTAAAGTTCTTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGAGAGATGAGATACTTCTCACCTGATTAAGTAAAGTTCTTTTTAA  950

seq1  AATTATTTCATTTATTTACATTTCAAATGTTCTACCTCTTCTCAGTCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTCATTTATTTACATTTCAAATGTTCTACCTCTTCTCAGTCCTC  1000

seq1  CCTCCATGAACGTCCAACCCCACCCCACCCCTCTCCTTTGCCTCTAAAAG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTCCATGAACGTCCAACCCCACCCCACCCCTCT-CTTTGCCTCTAAAAG  1049

seq1  GGTACTCCCCAACATACCCAACTACTCCCACCACACTGCTCTAGCATCCT  1100
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCCCCAACATACCCCACTACTCCCACCACACTGCTCTAGCATCCT  1099

seq1  CCTTGGCTGGGGCATCAACCTTACACA-GGACCAAGAGCATCCCATCCCA  1149
       |||| || |||||||| | | ||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  -CTTGCCT-GGGCATCACCTTAACACAGGGAACAAGAGCATCCCATCCCA  1147

seq1  CTGATGTCAAACAAGTCAATCTTCTTCT  1177
      |||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CTGATGTC-AACAAGTCAATC-TCTTCT  1173


seq1: chr3_71157164_71158349
seq2: B6Ng01-257N15.g_70_1226 (reverse)

seq1  TTAACTTGAGGTACCTGCCAGGAGAGGCAGGCTACGACTTACATGGTTTG  50
      ||||||||||||| ||| |||   | ||||| |  ||| |||      ||
seq2  TTAACTTGAGGTA-CTGGCAG--AAAGCAGGTTCAGAC-TAC------TG  40

seq1  GATTGCTTGTAACAGAAAACAGCATAGTCCAGAGACTTAGGTTAGGACCA  100
         ||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||  
seq2  TGATGC-TGT-ACAG-AAACAGCATAGTCAAGAGACTTAGGTAAGGAC--  85

seq1  AGCTTGACCTTCCCTTGACACTGAAAAAAAAAGTATAATAAAAATAAAAT  150
      ||||  ||||     |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCTGAACCT----CTGACACTG-AAAAAAAAGTATAAT-AAAATAAAAT  129

seq1  ATTCATAGAGTATTTACAAATTTTGATAGTGTATATGGAATCATATTTAA  200
      ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  ATCAATAGAGTA-TTACAAATTTTGATAGTGTATATGAAATCATA-TTAA  177

seq1  ATCAAGTAAAGGATGTGTCGAAGACAACTTTCATGTTTAAGTTTAAGATG  250
      ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATC-AGTAAA-GATGTGTCGAAGAC-ACTTTCATGTTTAAG-TTAAGATG  223

seq1  TTTATTTGACAAACCTTTATCAGAGACAAGTGTTTAAGGATATTTTGTTA  300
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTA-TTGACAAACCTTTATCAGAGACAAGTGTTTAAGGATA-TTTGTTA  271

seq1  AAAGCCTGTTGCAAGAAGTAGATTTCTTTGTGGATCAAGAGAGAGTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTGTTGCAAGAAGTAGATTTCTTTGTGGATCAAGAGAGAGTAATG  321

seq1  TCTTTTTATAAAAGGTCTACTTAAATTGAGCTACTTAGTTTTATAGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTATAAAAGGTCTACTTAAATTGAGCTACTTAGTTTTATAGCTGT  371

seq1  CACTATCACTTTATTTTGATAAAATGACAGAACACTGTTTCTGTAGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCACTTTATTTTGATAAAATGACAGAACACTGTTTCTGTAGTGTT  421

seq1  TTGGATTTCAAAATGGAATGCCAGGTTCCATTTTTTTTTTTTTTTGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTCAAAATGGAATGCCAGGTTCCATTTTTTTTTTTTTTTGCCCA  471

seq1  GATTAAAACAAAGGAATTGAGAAGTGAAACAATTTGCTTTTACTCTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAAACAAAGGAATTGAGAAGTGAAACAATTTGCTTTTACTCTGCAA  521

seq1  ATGGAAATAGTCCAGTAAGTATTGACCACCGAACCTTACCCTCTCAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATAGTCCAGTAAGTATTGACCACCGAACCTTACCCTCTCAAAGA  571

seq1  ATCCTGCAGACACTGAATGCAGCATCTTCACTCCTCTACCGCCATAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCAGACACTGAATGCAGCATCTTCACTCCTCTACCGCCATAAGAT  621

seq1  ACAGGAACGATGCCACAGTTGAGTTGTATAAAGCAATCTAAGTTCCAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACGATGCCACAGTTGAGTTGTATAAAGCAATCTAAGTTCCAGTT  671

seq1  GGATTTCCTAATGTATCATAGAGATATTACATAGTTTATTCAAGAAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCCTAATGTATCATAGAGATATTACATAGTTTATTCAAGAAAATC  721

seq1  CATTCCAGTGAAACACTCCATCAGAGGGTGTTTACACACATTTGAATAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCAGTGAAACACTCCATCAGAGGGTGTTTACACACATTTGAATAAG  771

seq1  CTATGTAACTAGGGTCCACTTACCAGCTTTGCTGTATGCTCTGTTTATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAACTAGGGTCCACTTACCAGCTTTGCTGTATGCTCTGTTTATAC  821

seq1  TTTAATGTCACATTGCATAATGCACTTACCTTCTTACTCTCTCCACTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGTCACATTGCATAATGCACTTACCTTCTTACTCTCTCCACTGCC  871

seq1  AAAGCAACAATGGTGAAAAAGGACAGGTTAGGAGCATAATTTCATCCTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACAATGGTGAAAAAGGACAGGTTAGGAGCATAATTTCATCCTCT  921

seq1  CTCCACTGGGAAGTTTCTCAAGCCTCTGAGGGCAGATAAATGTAGTTCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTGGGAAGTTTCTCAAGCCTCTGAGGGCAGATAAATGTAGTTCAA  971

seq1  GTGCTAACATCATTACTTAATCCTCTGACAGAACACAAAGATCATTTTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAACATCATTACTTAATCCTCTGACAGAACACAAAGATCATTTTTA  1021

seq1  ATTCTGCTTTTAAAGTACTGATGGAGGAAGGAGACCCTTTTCACTATCAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTTTTAAAGTACTGATGGAGGAAGGAGACCCTTTTCACTATCAT  1071

seq1  CTAATTAAATATTGAATTATACAGCAGAGATATCACTAAGCTCTAAAATC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAAATATTGAATTATACAGCAGAGATATCACTAAGCTCTAAAATC  1121

seq1  TAAATATATTCTTGACATAAAGTGTCTATAGAATTC  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATTCTTGACATAAAGTGTCTATAGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |