BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258G09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,307,044 - 117,455,911
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik, EG668759
Upstream geneA930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneSnx7, LOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258G09.bB6Ng01-258G09.g
ACCGA063846GA063847
length1,156161
definitionB6Ng01-258G09.b B6Ng01-258G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,307,044 - 117,308,196)(117,455,751 - 117,455,911)
sequence
gaattctaattcgctcatttcatactcggccccatagttaagtctatatg
gcaatcgaaatgaactagctatctccttaaggacacttttcgtgtcttct
tcccagagactatattctactttgtgccttgtggtagccacagtcctaag
atcttggtttcaatattgctaagctttatatctcacattcaacaatatag
taatttgcatggtaaattctatttccaccccacctactaggctgctcctt
ctcaattcttgctcctcctcttaatcattttcctgatgttatgagaattc
tttcccatatggatataaacaatgtttattccattcttacagagtccaag
caacatagcgacatttgttccactccagttcaccacaataaccaatatgt
ttcttggacttccagagcatgcatgatgctaagaaagtttgcatgattca
tagccaatacgaatgatggactatataaataatatttctaattctgtgct
cttttaataaaacagttcctcatattgtggtgaccaacatatatgaagtt
attttctttggttatttataactgtaattttgctactgttatgaattgta
atataaaagctctgttttccaatggtcttaggcaactcctgtgaccctaa
atgggttgcaacccactggttgagaatcactgatatggctatttccccac
ctatgtcctctaatcttctcccagaccccaaggccctatgtagtttggtc
caactaacatagaaatggcagtcaagtgtctagaatatcaggtgcaacat
aaataactctcctcatctgattctttttttatgagtggctgtcaacagcc
cagaggccttctcctgactaactcctgtgagcaggcacagttcatctgat
gaagatggcagcaggattgctcagaggacagtgctgtgcagcacccagtc
tcccactgcactcaactactcttgtaaacatagcttgattctttcaagtc
aggccatgaaaaatattgactttcgtaataatccccccctttcctcaaca
ctcctatcactaattattgcaagtcttttcttgcttttatcttccacatc
tacaaaatggtaatgggaggttatcttgtatttatgaaataaatatttat
atatat

ctggttaaaacttccctgtgctctaaaaggttgtgttctatgcttttaag
tactcagagtagagctcgtggaagaaaatgaatcatttatttcagtagca
atgtcttttctctgtcgagctctgaatggttttttgttgttgttggtggt
ggtggtggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117307044_117308196
seq2: B6Ng01-258G09.b_45_1200

seq1  GAATTCTAATTCGCTCATTTCATACTCGGCCCCATAGTTAAGTCTATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTCGCTCATTTCATACTCGGCCCCATAGTTAAGTCTATATG  50

seq1  GCAATCGAAATGAACTAGCTATCTCCTTAAGGACACTTTTCGTGTCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCGAAATGAACTAGCTATCTCCTTAAGGACACTTTTCGTGTCTTCT  100

seq1  TCCCAGAGACTATATTCTACTTTGTGCCTTGTGGTAGCCACAGTCCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAGACTATATTCTACTTTGTGCCTTGTGGTAGCCACAGTCCTAAG  150

seq1  ATCTTGGTTTCAATATTGCTAAGCTTTATATCTCACATTCAACAATATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGTTTCAATATTGCTAAGCTTTATATCTCACATTCAACAATATAG  200

seq1  TAATTTGCATGGTAAATTCTATTTCCACCCCACCTACTAGGCTGCTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGCATGGTAAATTCTATTTCCACCCCACCTACTAGGCTGCTCCTT  250

seq1  CTCAATTCTTGCTCCTCCTCTTAATCATTTTCCTGATGTTATGAGAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTCTTGCTCCTCCTCTTAATCATTTTCCTGATGTTATGAGAATTC  300

seq1  TTTCCCATATGGATATAAACAATGTTTATTCCATTCTTACAGAGTCCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATATGGATATAAACAATGTTTATTCCATTCTTACAGAGTCCAAG  350

seq1  CAACATAGCGACATTTGTTCCACTCCAGTTCACCACAATAACCAATATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATAGCGACATTTGTTCCACTCCAGTTCACCACAATAACCAATATGT  400

seq1  TTCTTGGACTTCCAGAGCATGCATGATGCTAAGAAAGTTTGCATGATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGACTTCCAGAGCATGCATGATGCTAAGAAAGTTTGCATGATTCA  450

seq1  TAGCCAATACGAATGATGGACTATATAAATAATATTTCTAATTCTGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAATACGAATGATGGACTATATAAATAATATTTCTAATTCTGTGCT  500

seq1  CTTTTAATAAAACAGTTCCTCATATTGTGGTGACCAACATATATGAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATAAAACAGTTCCTCATATTGTGGTGACCAACATATATGAAGTT  550

seq1  ATTTTCTTTGGTTATTTATAACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTTGGTTATTTATAACTGTAATTTTGCTACTGTTATGAATTGTA  600

seq1  ATATAAAAGCTCTGTTTTCCAATGGTCTTAGGCAACTCCTGTGACCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAGCTCTGTTTTCCAATGGTCTTAGGCAACTCCTGTGACCCTAA  650

seq1  ATGGGTTGCAACCCACTGGTTGAGAATCACTGATATGGCTATTTCCCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTGCAACCCACTGGTTGAGAATCACTGATATGGCTATTTCCCCAC  700

seq1  CTATGTCCTCTAATCTTCTCCCAGACCCCAAGGCCCTATGTAGTTTGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCCTCTAATCTTCTCCCAGACCCCAAGGCCCTATGTAGTTTGGTC  750

seq1  CAACTAACATAGAAATGGCAGTCAAGTGTCTAGAATATCAGGTGCAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAACATAGAAATGGCAGTCAAGTGTCTAGAATATCAGGTGCAACAT  800

seq1  AAATAACTCTCCTCATCTGATTCTTTTTTTATGAGTGGCTGTCAACAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTCTCCTCATCTGATTCTTTTTTTATGAGTGGCTGTCAACAGCC  850

seq1  CAGAGGCCTTCTCCTGACTAACTCCTGTGAGCAGGCACAGTTCATCTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCTTCTCCTGACTAACTCCTGTGAGCAGGCACAGTTCATCTGAT  900

seq1  GAAGATGGCAGCAGGATTGCTCAGAGGACAGTGCTGTGCAGCACCCAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGCAGCAGGATTGCTCAGAGGACAGTGCTGTGCAGCACCCAGTC  950

seq1  T-CCACTGCACTTCAACTACTCTTGTAAACATAGCTTGATTCTTTCAAGT  999
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCAC-TCAACTACTCTTGTAAACATAGCTTGATTCTTTCAAGT  999

seq1  CAGGCCATGAAAAAATATTGACTTTCGTAATAATCCCCCCCTTTCCTC-A  1048
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGGCCATG-AAAAATATTGACTTTCGTAATAATCCCCCCCTTTCCTCAA  1048

seq1  CACTCCTATCACTAATTTATTGC-AGTCTTTTCTTGCTTTTAATCTCCAC  1097
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||   |||||
seq2  CACTCCTATCACTAA-TTATTGCAAGTCTTTTCTTGCTTTTATCTTCCAC  1097

seq1  ATCTACCAAAATGGTAATGG--AGTTATC-TGTATTTATG-AATAAATAT  1143
      ||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||||||||
seq2  ATCTA-CAAAATGGTAATGGGAGGTTATCTTGTATTTATGAAATAAATAT  1146

seq1  TTATATATAT  1153
      ||||||||||
seq2  TTATATATAT  1156


seq1: chr3_117455751_117455911
seq2: B6Ng01-258G09.g_72_232 (reverse)

seq1  CCACCACCACCACCACCAACAACAACAAAAAACCATTCAGAGCTCGACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACCACCACCACCAACAACAACAAAAAACCATTCAGAGCTCGACAG  50

seq1  AGAAAAGACATTGCTACTGAAATAAATGATTCATTTTCTTCCACGAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGACATTGCTACTGAAATAAATGATTCATTTTCTTCCACGAGCTC  100

seq1  TACTCTGAGTACTTAAAAGCATAGAACACAACCTTTTAGAGCACAGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGAGTACTTAAAAGCATAGAACACAACCTTTTAGAGCACAGGGAA  150

seq1  GTTTTAACCAG  161
      |||||||||||
seq2  GTTTTAACCAG  161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |