BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258G22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,277,943 - 38,396,788
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665838, Ankrd50, LOC100041378
Upstream geneFgf2, LOC100040649, Nudt6, Spata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785
Downstream geneLOC665855, LOC100040824, Fat4, LOC100041432, LOC100040853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258G22.bB6Ng01-258G22.g
ACCGA063872GA063873
length1,0631,018
definitionB6Ng01-258G22.b B6Ng01-258G22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,277,943 - 38,278,989)(38,395,773 - 38,396,788)
sequence
gaattcacaatgttgaccaggctagccttaaactcacagaactctaacct
gcctcttttacctgaaagacagcactaaaggtataagctactatatatac
ccagctctgacttgggctctgaataccaagatcagaagagcagctggtgc
cataaaaatattagtataaaactacagtataaaaataatttatacagact
taggctgcagtgacagcattaagaacttataggattgtgtgctctcgtat
atgtacatgtgtgtatgtgcatgtgtgtatgtgtgtatgtgcatgtgtat
atgtgtgtatgtacatgtgtgtatgtgtgtatgtacatgtgtgtatgcat
gtatgtagaccaaaggctaatgttgaatatcttcctttattgtcctccac
attttttttgagctggacctcttcctgaacctggagctcaatgttttggc
tagggggacctgatatctctgccccaagtgctgaggttacacacagggta
cgtttgcactttgtattttaaagtgactagtgaagacaatatttgttgtg
tgtaaaaaatttaatctgcatttataaaatataaaataaagattctgtta
tttcattttttcttattaacacatgtcatcattaaccctcagctcttacg
tgctactcagattaatggctcttttctttatgactgaccagcaaatatcg
gagcatatgaaagagctgctagaagtggaaaaataccttatcaatatttc
ttgttcattaagatgatattttttaagttctacatagtaagcaatgtcca
tagttccatttaaacattataaaagtatcctaagatatctggctttgata
gtagctaatatatctaaatgcctacgcattcagatttttataaatataaa
acccatgtgtgaacattgaaatactatatgggtgctcactgtcaaaggtc
atgttttaagaaattgacaaggattagcagcatgctgtgaacttagattg
tgcacacattgaaaattactagcaaggtcagtgataggctgcaagagagg
actgaacctttca
gaattctaagtccaaggacaaatgctatagaatggctgcagagggttgta
aacctcacagatccaaggccaggaattttggaagaaaatttatgcttttc
atggtggtagtgggggcaggggtatctcaggacatggacaaacagacagg
ttatcctttctgccctcttattcggtctgactccaattctttagatggtg
ccagatccactgagcttgatgttcccctaactatctgccaactcaggcac
tagtctcccctggatgtcccttcacagacactcagaaataatgcttaacc
agctgtcttggctgatggtggtggtacacacctttcgtcccagggaaggc
agaggcaggcgagtctctgtgaacttgaggccagccagggctacacagtg
agatcctgtcttgatataaaacccaatcaacccctttctgcagctaattg
gagttgctgctctcctgccgtggccttaattgctaaatggtgacatgaat
gaagatagtgaccatagttttgtatgttcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgcaggcacatgcgcacatgtttctaaaccacatcaaagggt
tctaagataaaaagcaatttgctttttctctatgctgatgttcaactgat
agctaaggggctggtgcctctctagatccagctggaaggtgcaccagtgg
aactaactgtaagtccctgcagctcaccactccacagacagagtgaagaa
acaaagccagcttgacttatgtcactgccaagggaagtacagaggctatt
ttttactaaaaatctcacagctgggtgtatttcctgctacatatctgtgt
gaccctgttactttggtaaccactcagtgtgctctgagcggtcagttgaa
ctataacagttttcatgaaccactgtcctgaactgtcaggtgactaacac
agcagtcatcatactttgttatgcagtctacggagtgtagtgtagttttt
ctcaacaatggaaagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38277943_38278989
seq2: B6Ng01-258G22.b_50_1112

seq1  GAATTCACAATGTTGACCAGGCTAGCCTTAAACTCACAGAACTCTAACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAATGTTGACCAGGCTAGCCTTAAACTCACAGAACTCTAACCT  50

seq1  GCCTCTTTTACCTGAAAGACAGCACTAAAGGTATAAGCTACTATATATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTTTACCTGAAAGACAGCACTAAAGGTATAAGCTACTATATATAC  100

seq1  CCAGCTCTGACTTGGGCTCTGAATACCAAGATCAGAAGAGCAGCTGGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCTGACTTGGGCTCTGAATACCAAGATCAGAAGAGCAGCTGGTGC  150

seq1  CATAAAAATATTAGTATAAAACTACAGTATAAAAATAATTTATACAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAATATTAGTATAAAACTACAGTATAAAAATAATTTATACAGACT  200

seq1  TAGGCTGCAGTGACAGCATTAAGAACTTATAGGATTGTGTGCTCTCGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGCAGTGACAGCATTAAGAACTTATAGGATTGTGTGCTCTCGTAT  250

seq1  ATGTACATGTGTGTATGTGCATGTGTGTATGTGTGTATGTGCATGTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATGTGTGTATGTGCATGTGTGTATGTGTGTATGTGCATGTGTAT  300

seq1  ATGTGTGTATGTACATGTGTGTATGTGTGTATGTACATGTGTGTATGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTATGTACATGTGTGTATGTGTGTATGTACATGTGTGTATGCAT  350

seq1  GTATGTAGACCAAAGGCTAATGTTGAATATCTTCCTTTATTGTCCTCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTAGACCAAAGGCTAATGTTGAATATCTTCCTTTATTGTCCTCCAC  400

seq1  ATTTTTTTTGAGCTGGACCTCTTCCTGAACCTGGAGCTCAATGTTTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTGAGCTGGACCTCTTCCTGAACCTGGAGCTCAATGTTTTGGC  450

seq1  TAGGGGGACCTGATATCTCTGCCCCAAGTGCTGAGGTTACACACAGGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGACCTGATATCTCTGCCCCAAGTGCTGAGGTTACACACAGGGTA  500

seq1  CGTTTGCACTTTGTATTTTAAAGTGACTAGTGAAGACAATATTTGTTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGCACTTTGTATTTTAAAGTGACTAGTGAAGACAATATTTGTTGTG  550

seq1  TGTAAAAAATTTAATCTGCATTTATAAAATATAAAATAAAGATTCTGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAAATTTAATCTGCATTTATAAAATATAAAATAAAGATTCTGTTA  600

seq1  TTTCATTTTTTCTTATTAACACATGTCATCATTAACCCTCAGCTCTTACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTTTCTTATTAACACATGTCATCATTAACCCTCAGCTCTTACG  650

seq1  TGCTACTCAGATTAATGGCTCTTTTCTTTATGACTGACCAGCAAATATCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTCAGATTAATGGCTCTTTTCTTTATGACTGACCAGCAAATATCG  700

seq1  GAGCATATGAAAGAGCTGCTAGAAGTGGAAAAATACCTTATCAATATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATATGAAAGAGCTGCTAGAAGTGGAAAAATACCTTATCAATATTTC  750

seq1  TTGTTCATTAAGATGATA-TTTTTAAGTTCTACATAGTAAGCAATGTCCA  799
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCATTAAGATGATATTTTTTAAGTTCTACATAGTAAGCAATGTCCA  800

seq1  TAGTTCCA-TTAAACATTATAAAAGTATCCTAAGATATCTGGCTTTGATA  848
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCATTTAAACATTATAAAAGTATCCTAAGATATCTGGCTTTGATA  850

seq1  GTAGCTATTATATCT-AATGCCTACGCATTCAGA-TTTTATAAATATAAA  896
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTAGCTAATATATCTAAATGCCTACGCATTCAGATTTTTATAAATATAAA  900

seq1  ACCCATGTGTGAACA-TGAATAACTATAT-GGTGCTCACTGTCAAA-GTC  943
      ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  ACCCATGTGTGAACATTGAAATACTATATGGGTGCTCACTGTCAAAGGTC  950

seq1  ATGTTTTAAGAAA-TGACAAGGATTAGCAGCATGCTGTGAACTAAGA-TG  991
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  ATGTTTTAAGAAATTGACAAGGATTAGCAGCATGCTGTGAACTTAGATTG  1000

seq1  TGCACACA-TGAAAA-TAC-AGCAAGG-CAGTGA-AAGCTGCAGGAGA-G  1035
      |||||||| |||||| ||| ||||||| |||||| | |||||| |||| |
seq2  TGCACACATTGAAAATTACTAGCAAGGTCAGTGATAGGCTGCAAGAGAGG  1050

seq1  ACTGAA-CTTTCA  1047
      |||||| ||||||
seq2  ACTGAACCTTTCA  1063

seq1: chr3_38395773_38396788
seq2: B6Ng01-258G22.g_69_1086 (reverse)

seq1  TGTCTTT-CATTGTTGAGAAAACCTACACTACACTCCCTAGACTGCATAA  49
      ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCTTTCCATTGTTGAGAAAAACTACACTACACTCCGTAGACTGCATAA  50

seq1  CAAAGTATGATGACTGCTGTGTTAGTCACCCTGACAGTTCAGGACAGT-G  98
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CAAAGTATGATGACTGCTGTGTTAGTCA-CCTGACAGTTCAGGACAGTGG  99

seq1  TTCATGAAAACTG-TATAGTTCAACTGACCGCTCAGAGCACACTGAGTGG  147
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGAAAACTGTTATAGTTCAACTGACCGCTCAGAGCACACTGAGTGG  149

seq1  TTACCAAGGTAACAGGTTCACACAGATATGTAGCAGGAAATACACCCAGC  197
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAAGTAACAGGGTCACACAGATATGTAGCAGGAAATACACCCAGC  199

seq1  TGTGAGATTTTTAGT-AAAAATAGCCTCTGTACTTCCCTTGGCAGTGACA  246
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGATTTTTAGTAAAAAATAGCCTCTGTACTTCCCTTGGCAGTGACA  249

seq1  TTAAGTCAAGCTGGCTTTGTTTCTTCACTCTGTCTGTGGAGTGGTGAGCT  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAAGTCAAGCTGGCTTTGTTTCTTCACTCTGTCTGTGGAGTGGTGAGCT  298

seq1  GCAGGGACTTACAGTTAGTTCCACTGGTGCACCTTCCAGCTGGATCTAGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGACTTACAGTTAGTTCCACTGGTGCACCTTCCAGCTGGATCTAGA  348

seq1  GAGGCACCAGCCCCTTAGCTATCAGTTGAACATCAGCATAGAGAAAAAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACCAGCCCCTTAGCTATCAGTTGAACATCAGCATAGAGAAAAAGC  398

seq1  AAATTGCTTTTTATCTTAGAACCCTTTGATGTGGTTTAGAAACATGTGCG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCTTTTTATCTTAGAACCCTTTGATGTGGTTTAGAAACATGTGCG  448

seq1  CATGTGCCTGCACACACACACACACACACACACACACACACGAACATACA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCCTGCACACACACACACACACACACACACACACACGAACATACA  498

seq1  AAACTATGGTCACTATCTTCATTCATGTCACCATTTAGCAATTAAGGCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTATGGTCACTATCTTCATTCATGTCACCATTTAGCAATTAAGGCCA  548

seq1  CGGCAGGAGAGCAGCAACTCCAATTAGCTGCAGAAAGGGGTTGATTGGGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGGAGAGCAGCAACTCCAATTAGCTGCAGAAAGGGGTTGATTGGGT  598

seq1  TTTATATCAAGACAGGATCTCACTGTGTAGCCCTGGCTGGCCTCAAGTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCAAGACAGGATCTCACTGTGTAGCCCTGGCTGGCCTCAAGTTC  648

seq1  ACAGAGACTCGCCTGCCTCTGCCTTCCCTGGGACGAAAGGTGTGTACCAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACTCGCCTGCCTCTGCCTTCCCTGGGACGAAAGGTGTGTACCAC  698

seq1  CACCATCAGCCAAGACAGCTGGTTAAGCATTATTTCTGAGTGTCTGTGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCAGCCAAGACAGCTGGTTAAGCATTATTTCTGAGTGTCTGTGAA  748

seq1  GGGACATCCAGGGGAGACTAGTGCCTGAGTTGGCAGATAGTTAGGGGAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATCCAGGGGAGACTAGTGCCTGAGTTGGCAGATAGTTAGGGGAAC  798

seq1  ATCAAGCTCAGTGGATCTGGCACCATCTAAAGAATTGGAGTCAGACCGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCTCAGTGGATCTGGCACCATCTAAAGAATTGGAGTCAGACCGAA  848

seq1  TAAGAGGGCAGAAAGGATAACCTGTCTGTTTGTCCATGTCCTGAGATACC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGGCAGAAAGGATAACCTGTCTGTTTGTCCATGTCCTGAGATACC  898

seq1  CCTGCCCCCACTACCACCATGAAAAGCATAAATTTTCTTCCAAAATTCCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCCCACTACCACCATGAAAAGCATAAATTTTCTTCCAAAATTCCT  948

seq1  GGCCTTGGATCTGTGAGGTTTACAACCCTCTGCAGCCATTCTATAGCATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGGATCTGTGAGGTTTACAACCCTCTGCAGCCATTCTATAGCATT  998

seq1  TGTCCTTGGACTTAGAATTC  1016
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGGACTTAGAATTC  1018