BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259D19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,121,957 - 65,269,136
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnab1, Ssr3, EG433604
Upstream gene4930518C23Rik, EG667031, EG637053, LOC672951, EG639869, EG667060, EG667069, LOC100040918, 4933425M15Rik, LOC670110
Downstream geneEG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866, Ccnl1, LOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259D19.bB6Ng01-259D19.g
ACCGA064470GA064471
length9451,115
definitionB6Ng01-259D19.b B6Ng01-259D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,268,196 - 65,269,136)(65,121,957 - 65,123,078)
sequence
gaattcttaaactaatctacaaaacgggaagttgtgcttttgtttctgag
tctccaggttctgttgactggcctgattgccttcagagctgtggtgagcc
agcgagggtgtaggagtatgtgcctgagagcaagctcagaaaaatgaagg
acatcaaagacactgggcttcatgtcctttcaaagacattcactccgtga
cctaaagacctcccacaaggccccatttcctactgtctcaccatctccca
atgaggcttgtcaggagcacagcctgggggagggagggtgttttgaagat
caaaactatagaaccagcagtcccacttgtgagcattttacccgtgggaa
taaaattgtttgtgcaaacacttactcacacgtgaatgtttatagtagcc
tttcattagtgacaaaagctagaaacaactcagctgtccgccaactggta
tatagataaattaaaatgttgggactctacacaattgaacattattccgt
aacacataagaacaaagtactggcacacaacaatatagctggttctctca
attgctttattttatggaaagaaggcatctccagaaagctatatttggca
taatggaacattctggaaaaaccaacataggaatggaaaacagttgactg
gctgacagaagcaggagataattacaagggccaagtgtaaaagggcatgg
ggaatggctgttaagatgatgaaatgtattctactgaggtggtgagattg
cttacctaaccatatacacttgtgaaaatgtatggaacttcattctaaaa
agagctaattctttgtaagtaaaattaacacacacacacacacacacaca
cacacacactattaaactttttagaataaaacaagggggctggagagatg
gagagatggagagatgggctcacagataagagcacttgactgctt
gaattctaagaaggtcgttctggagcctgtatttattgcccacggttgca
acactagagggcgctagtcccagtaaattcaaaactagtgctgctattct
gctatccctagcttaggtttgttgcaattggtaccgctgtatgtggtaga
ttaggggactgcctagataaggtgatccaatctcaggaccgaacacctca
tctacaatcactagcctgcagtcaggaacaacagggttctaagcagccct
gagccttaccacaagggatgcagctcaaaaggccaggtttgggtgcctct
ctggagcccttaggttcctgagtccagtgtaactatgtttccatggcctg
tctggtgatgtcgtccctttggctggacaccactgcagccaggtacaggc
aatgcaaactggaattttatgtgacatccaggcttttctgcatgggtgtt
gttcatgggaagaatctacagccccagcactgagtttcaagtaaaagttc
tatacctctttccatcatacgttacttgcaaataaaatgtctttgaactt
gctgcctgagattgaaggtgaatagtggaggtaatcccttggctaacaag
attggtgttaagtagtgtcatacctgatgctacaacctttagaactggta
tactggctgagttagcaattgtgtaagtgagaacccgggtccagctcacc
aatgtcagagatgcttgcctagctctggggtggatccagagactctctgt
gaagattagcctgggagcaagggcagggtggaggagtctactcagtactg
aatttcaccctagtgagaggttggttcaagtctccctcccctcccaaaaa
gtgtctctctctaggccatttgctctcaacctttgatccaagtgaccctt
ttacaggggtcgcctaaggccatcggaaaacacagatatttaggttacaa
tttataacagtgaaaaaataatcttatggttgtgggtccaccatagcata
aagaactgtatagagcactggaatggtgaggagcctctgtgtctctagct
gtttgattcttgatttggaggattccctcggccttgctccaaacatcagt
tccaatattaactaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65268196_65269136
seq2: B6Ng01-259D19.b_43_986 (reverse)

seq1  AGCAGTC-AGTGCTCTTAACTGCTGAG-CCATCTCTCCATCTCTCCATCT  48
      ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAAGTGCTCTTATCTG-TGAGCCCATCTCTCCATCTCTCCATCT  49

seq1  CTCCAG-CCCCTTGTTTTATTCTTAAAAGTTTAATTGTGTGTGTGTGTGT  97
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCCCCTTGTTTTATTCTAAAAAGTTTAATAGTGTGTGTGTGTGT  99

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTTAATTTTACTTAC-AAGAATTAGCTCTTTTTA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTTAATTTTACTTACAAAGAATTAGCTCTTTTTA  149

seq1  GAATGAAGTTCCATACATTTTCACAAGTGTATATGGTTAGGTAAGCAATC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGTTCCATACATTTTCACAAGTGTATATGGTTAGGTAAGCAATC  199

seq1  TCACCACCTCAGTAGAATACATTTCATCATCTTAACAGCCATTCCCCATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCTCAGTAGAATACATTTCATCATCTTAACAGCCATTCCCCATG  249

seq1  CCCTTTTACACTTGGCCCTTGTAATTATCTCCTGCTTCTGTCAGCCAGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTACACTTGGCCCTTGTAATTATCTCCTGCTTCTGTCAGCCAGTC  299

seq1  AACTGTTTTCCATTCCTATGTTGGTTTTTCCAGAATGTTCCATTATGCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTTCCATTCCTATGTTGGTTTTTCCAGAATGTTCCATTATGCCA  349

seq1  AATATAGCTTTCTGGAGATGCCTTCTTTCCATAAAATAAAGCAATTGAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCTTTCTGGAGATGCCTTCTTTCCATAAAATAAAGCAATTGAGA  399

seq1  GAACCAGCTATATTGTTGTGTGCCAGTACTTTGTTCTTATGTGTTACGGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAGCTATATTGTTGTGTGCCAGTACTTTGTTCTTATGTGTTACGGA  449

seq1  ATAATGTTCAATTGTGTAGAGTCCCAACATTTTAATTTATCTATATACCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTTCAATTGTGTAGAGTCCCAACATTTTAATTTATCTATATACCA  499

seq1  GTTGGCGGACAGCTGAGTTGTTTCTAGCTTTTGTCACTAATGAAAGGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCGGACAGCTGAGTTGTTTCTAGCTTTTGTCACTAATGAAAGGCTA  549

seq1  CTATAAACATTCACGTGTGAGTAAGTGTTTGCACAAACAATTTTATTCCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAACATTCACGTGTGAGTAAGTGTTTGCACAAACAATTTTATTCCC  599

seq1  ACGGGTAAAATGCTCACAAGTGGGACTGCTGGTTCTATAGTTTTGATCTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGTAAAATGCTCACAAGTGGGACTGCTGGTTCTATAGTTTTGATCTT  649

seq1  CAAAACACCCTCCCTCCCCCAGGCTGTGCTCCTGACAAGCCTCATTGGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACCCTCCCTCCCCCAGGCTGTGCTCCTGACAAGCCTCATTGGGA  699

seq1  GATGGTGAGACAGTAGGAAATGGGGCCTTGTGGGAGGTCTTTAGGTCACG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGAGACAGTAGGAAATGGGGCCTTGTGGGAGGTCTTTAGGTCACG  749

seq1  GAGTGAATGTCTTTGAAAGGACATGAAGCCCAGTGTCTTTGATGTCCTTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATGTCTTTGAAAGGACATGAAGCCCAGTGTCTTTGATGTCCTTC  799

seq1  ATTTTTCTGAGCTTGCTCTCAGGCACATACTCCTACACCCTCGCTGGCTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTGAGCTTGCTCTCAGGCACATACTCCTACACCCTCGCTGGCTC  849

seq1  ACCACAGCTCTGAAGGCAATCAGGCCAGTCAACAGAACCTGGAGACTCAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGCTCTGAAGGCAATCAGGCCAGTCAACAGAACCTGGAGACTCAG  899

seq1  AAACAAAAGCACAACTTCCCGTTTTGTAGATTAGTTTAAGAATTC  941
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGCACAACTTCCCGTTTTGTAGATTAGTTTAAGAATTC  944

seq1: chr3_65121957_65123078
seq2: B6Ng01-259D19.g_66_1180

seq1  GAATTCTAAGAAGGTCGTTCTGGAGCCTGTATTTATTGCCCACGGTTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGAAGGTCGTTCTGGAGCCTGTATTTATTGCCCACGGTTGCA  50

seq1  ACACTAGAGGGCGCTAGTCCCAGTAAATTCAAAACTAGTGCTGCTATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGAGGGCGCTAGTCCCAGTAAATTCAAAACTAGTGCTGCTATTCT  100

seq1  GCTATCCCTAGCTTAGGTTTGTTGCAATTGGTACCGCTGTATGTGGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCCTAGCTTAGGTTTGTTGCAATTGGTACCGCTGTATGTGGTAGA  150

seq1  TTAGGGGACTGCCTAGATAAGGTGATCCAATCTCAGGACCGAACACCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGACTGCCTAGATAAGGTGATCCAATCTCAGGACCGAACACCTCA  200

seq1  TCTACAATCACTAGCCTGCAGTCAGGAACAACAGGGTTCTAAGCAGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAATCACTAGCCTGCAGTCAGGAACAACAGGGTTCTAAGCAGCCCT  250

seq1  GAGCCTTACCACAAGGGATGCAGCTCAAAAGGCCAGGTTTGGGTGCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTACCACAAGGGATGCAGCTCAAAAGGCCAGGTTTGGGTGCCTCT  300

seq1  CTGGAGCCCTTAGGTTCCTGAGTCCAGTGTAACTATGTTTCCATGGCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCCCTTAGGTTCCTGAGTCCAGTGTAACTATGTTTCCATGGCCTG  350

seq1  TCTGGTGATGTCGTCCCTTTGGCTGGACACCACTGCAGCCAGGTACAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGATGTCGTCCCTTTGGCTGGACACCACTGCAGCCAGGTACAGGC  400

seq1  AATGCAAACTGGAATTTTATGTGACATCCAGGCTTTTCTGCATGGGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAACTGGAATTTTATGTGACATCCAGGCTTTTCTGCATGGGTGTT  450

seq1  GTTCATGGGAAGAATCTACAGCCCCAGCACTGAGTTTCAAGTAAAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGGGAAGAATCTACAGCCCCAGCACTGAGTTTCAAGTAAAAGTTC  500

seq1  TATACCTCTTTCCATCATACGTTACTTGCAAATAAAATGTCTTTGAACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTCTTTCCATCATACGTTACTTGCAAATAAAATGTCTTTGAACTT  550

seq1  GCTGCCTGAGATTGAAGGTGAATAGTGGAGGTAATCCCTTGGCTAACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGAGATTGAAGGTGAATAGTGGAGGTAATCCCTTGGCTAACAAG  600

seq1  ATTGGTGTTAAGTAGTGTCATACCTGATGCTACAACCTTTAGAACTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTGTTAAGTAGTGTCATACCTGATGCTACAACCTTTAGAACTGGTA  650

seq1  TACTGGCTGAGTTAGCAATTGTGTAAGTGAGAACCCGGGTCCAGCTCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTGAGTTAGCAATTGTGTAAGTGAGAACCCGGGTCCAGCTCACC  700

seq1  AATGTCAGAGATGCTTGCCTAGCTCTGGGGTGGATCCAGAGACTCTCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAGAGATGCTTGCCTAGCTCTGGGGTGGATCCAGAGACTCTCTGT  750

seq1  GAAGATTAGCCTGGGAGCAAGGGCAGGGTGGAGGAGTCTACTCAGTACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTAGCCTGGGAGCAAGGGCAGGGTGGAGGAGTCTACTCAGTACTG  800

seq1  AATTTCACCCTAGTGAGAGGTTGGTTCAAGTCTCCCTCCCCTCCCAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCACCCTAGTGAGAGGTTGGTTCAAGTCTCCCTCCCCTCCCAAAAA  850

seq1  GTGTCTCTCTCTAGGCCATTTGCTCTCAACCTTTGATCCAAGTGACCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTCTCTAGGCCATTTGCTCTCAACCTTTGATCCAAGTGACCCTT  900

seq1  TTACAGGGGTCGCCTAAGGCCATCGGAAAACACAGATATTTAGGTTACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGGGTCGCCTAAGGCCATCGGAAAACACAGATATTTAGGTTACAA  950

seq1  TTTATAACAGTGAAAAAATAATCTTATGGTTGTGGGT-CACCATAGCATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTATAACAGTGAAAAAATAATCTTATGGTTGTGGGTCCACCATAGCATA  1000

seq1  AAGAACTGTATTAGGAGCACTGGGAATGGTGA-GAGCCTCTGTGGTTCTC  1048
      |||||||||||   ||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||
seq2  AAGAACTGTAT--AGAGCACT-GGAATGGTGAGGAGCCTCTGTG--TCTC  1045

seq1  TAGGCTGTTTGATTCTTGGATTTGGAGGGTTTCCCTCCGGCTTGCT-CAA  1097
      || |||||||||||||| |||||||| || ||||||| | |||||| |||
seq2  TA-GCTGTTTGATTCTT-GATTTGGA-GGATTCCCTCGGCCTTGCTCCAA  1092

seq1  ACATCATTTTCCATTATTATACTAA  1122
      ||||||  ||||| ||||| |||||
seq2  ACATCA-GTTCCAATATTA-ACTAA  1115