BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-259O14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 16,795,792 - 16,943,854
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC664795, LOC381484, Ythdf3, LOC100040034
Downstream geneLOC100040059, EG383936, LOC622737, ENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259O14.bB6Ng01-259O14.g
ACCGA064972GA064973
length1,1411,053
definitionB6Ng01-259O14.b B6Ng01-259O14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,795,792 - 16,796,936)(16,942,793 - 16,943,854)
sequence
gaattcacagaaaagttagtattttttgtaaaatatgcagatgcttaaga
acatttgccactctacaatagcctctagtagtctgttttctttaactcaa
gaatagcttttgtgttcttgttttttcctcgcattttaactgcaattagt
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tggagatatgaataagttaaggcactggatgatcttctgaaggattctag
cactacttagtgttcgcacctctgtaatcatatctaaggatacagccctt
ttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_16795792_16796936
seq2: B6Ng01-259O14.b_46_1186

seq1  GAATTCACAGAAAAGTTAGTATTTTTTGTAAAATATGCAGATGCTTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAAAAGTTAGTATTTTTTGTAAAATATGCAGATGCTTAAGA  50

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCTTTTGTGTTCTTGTTTTTTCCTCGCATTTTAACTGCAATTAGT  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGTGCTTTGAAAAAAAAATGAATCTGACATAATTTAATTCCAAAT  200

seq1  AGAGAAAAAAATTTGCTAAAGTATTTATTAAACAAATATTGAATTACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAAAAATTTGCTAAAGTATTTATTAAACAAATATTGAATTACTTA  250

seq1  TCAGTTTATTTTTAATTATATTTTTGTCCCAAATTATTTGGTTGTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AACATGACAATTTGTTTCTGGCTATTATTCTTAATGTATTTTTTATGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATTCCCTATTGTTGTAATTAATTAATGCAAATTTATATCAACAATGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTATTGTTGTAATTAATTAATGCAAATTTATATCAACAATGAAGG  400

seq1  TTTTTAGAATGTTTTTTTCTGACAAAGTTTTGGCTCTTTTTACATCATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGAATGTTTTTTTCTGACAAAGTTTTGGCTCTTTTTACATCATTC  450

seq1  TTTTGTACGTTCATAATATATAGCTTGTGGGTTTATTAAAAGTTCTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTACGTTCATAATATATAGCTTGTGGGTTTATTAAAAGTTCTGGTA  500

seq1  GCAGTAATTTCAATGTAATTTATAGTTTTACAATGTTGAGGCTTCTTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAATTTCAATGTAATTTATAGTTTTACAATGTTGAGGCTTCTTATA  550

seq1  AGAATATACCATAAGCCTCTCTTTATTTAGGCCAGAAATACTACAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATACCATAAGCCTCTCTTTATTTAGGCCAGAAATACTACAATTTT  600

seq1  TTATTGAGATCTTGAGCTATTATTAACATTATTTATGGGTAGTCCACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGATCTTGAGCTATTATTAACATTATTTATGGGTAGTCCACTTT  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTCATACCTGAAAAATTTTACAACTTCATGGGATCCATACATGCA  700

seq1  CCTGTGATGACATTGCAACTTTCCTTCACTTGATCAGGTATTATTAAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGATGACATTGCAACTTTCCTTCACTTGATCAGGTATTATTAAGGT  750

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTAAATGCGTGGGAAGGCAGCTGTCCCTGACTAGCTGAATACAAT  800

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      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GCTGGTTAACTTTTTTTTTTTGAATTTTTATACACAGGTTAACTATTTTT  850

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACATTTTTAATTCATTTTTAATTACAATATTTCAGAAAATACTAT  900

seq1  TAATCACCAAATGTGTGATTTTATTTCTCTTATTTGTAGTCTATTGAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACCAAATGTGTGATTTTATTTCTCTTATTTGTAGTCTATTGAAAT  950

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      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGTTTGGTGGTGACACTTTCTGAAAACTATTCCTTT-AAGTTAAGAAAA  999

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      |||||||||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  CTCATATAATTCTT-ATTACTAAAGGTTTT--GAGATTTTCTAATTTTTA  1046

seq1  TCATACATA-TCTTGGCATAAAATGTGATATTTTGCTTTAGGCAGTGATT  1095
      ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  TCATACATATTCCTGGCATAAAATGTGATATTTTGCTT--AGCAGTGATT  1094

seq1  GTGATTGATAATGTCTTTAGACAAAAATTAG-TAATACACTGTTAAACTG  1144
      |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  GTGA-TGATAATGTCTTTAGACAAAAATTAGTTAATACACTGT---ACTG  1140

seq1  A  1145
      |
seq2  A  1141


seq1: chr3_16942793_16943854
seq2: B6Ng01-259O14.g_69_1121 (reverse)

seq1  GAAAAGGGCTTGTATCCCTAGGATTATGAATTACAGAGGGTTGCGAACAC  50
      ||||||||| ||||||| |||   |||| ||||||||||  |||||||| 
seq2  GAAAAGGGC-TGTATCCTTAG--ATATG-ATTACAGAGG--TGCGAACA-  43

seq1  CTAAGTAGGTGCTAGGAATCCTTCAGAAGATCATCCAGTGCCTTTAACTT  100
      ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTAAGTA-GTGCTA-GAATCCTTCAGAAGATCATCCAGTGCC-TTAACTT  90

seq1  ATTCATATCTCCATCCTCACAAAGTCATTAAAATATATATTTAAATTAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATCTCCATCCTCACAAAGTCATTAAAATATATATTTAAATTAGC  140

seq1  TTTAAAATTAGCAGGCTGCTTCATAAACTCTTTTAGTTTGATTAAGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTAGCAGGCTGCTTCATAAACTCTTTTAGTTTGATTAAGCCTA  190

seq1  CCCCTACTGTTTTCCCTCCACC-TTCTTTCCTCATACTCATTTAAAACAT  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTACTGTTTTCCCTCCACCTTTCTTTCCTCATACTCATTTAAAACAT  240

seq1  TAGTTTCCAATATTGTTACCATGTAACAGTCTATGTATCTATCTATGAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCAATATTGTTACCATGTAACAGTCTATGTATCTATCTATGAAT  290

seq1  CTATTATCTATGTATCAATATGTATGTATGTATATATGTATGTATGTATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATCTATGTATCAATATGTATGTATGTATATATGTATGTATGTATG  340

seq1  TATGTATGTATGTAAGTATGTATGTATGTATGTATCATCGATCTCGGTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTATGTAAGTATGTATGTATGTATGTATCATCGATCTCGGTAT  390

seq1  CACATATATATGTATATGTATACATAGATATTGATCTATTTATCTATCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATATATGTATATGTATACATAGATATTGATCTATTTATCTATCAT  440

seq1  CTATCTGTCTGTCTATTTATCTATTTACCTATCTATCTATCTACTTATAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGTCTGTCTATTTATCTATTTACCTATCTATCTATCTACTTATAA  490

seq1  ATAATTTGGATTTCAAGATCATAGCTTCCACGTAGCTTCTTTATGCACAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGGATTTCAAGATCATAGCTTCCACGTAGCTTCTTTATGCACAC  540

seq1  TTCATTTTGGTCATGTCCTCCCCTGGCCTCTCCACATATATTCCTTGTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AATACACAAAAGTTTTAAATGAAGAACCTCATTTAAGAGAGCGCTTGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACAAAAGTTTTAAATGAAGAACCTCATTTAAGAGAGCGCTTGTGA  640

seq1  CAACTCTCTTTTGGGGATTTGGTGACTTCTGTTAGACCCATAATTTTCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTCCAATCAATTTACCTACAAATTTTATGATTTCATTTTTCTTTATAGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GGATAATAATAATTCATTACAAATATGTTCCACATTTTCATTATTCATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTAAAGTTGTTTAACATCTATGTTGATTACATTTCCGGACTAGTGTTAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGCTAACCAGTGAATACGGATTTTGCAAGTGCTGTGTCTGAAAAAAGAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TACATATTTTGGGTTATGCAGAAGACTTACCAATTCAATGCCAGTAACAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTTTGGGTTATGCAGAAGACTTACCAATTCAATGCCAGTAACAT  940

seq1  AGGAACGAAATTCATCTATGGTACTAAAAACAAAACATATACCTAAAATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACGAAATTCATCTATGGTACTAAAAACAAAACATATACCTAAAATT  990

seq1  CTCAACTTGTAAAGATTATGAAAATTAAGAGCAATTACAGGCCAAAGTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTTGTAAAGATTATGAAAATTAAGAGCAATTACAGGCCAAAGTGT  1040

seq1  CAAAGAAGAATTC  1062
      |||||||||||||
seq2  CAAAGAAGAATTC  1053


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