BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260H07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,616,744 - 65,823,332
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcnl1
Upstream gene4933425M15Rik, LOC670110, Kcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866
Downstream geneLOC625048, Veph1, Tpi-rs2, Ptx3, LOC625115, Shox2, Rsrc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260H07.bB6Ng01-260H07.g
ACCGA065375GA065376
length1,2111,064
definitionB6Ng01-260H07.b B6Ng01-260H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,616,744 - 65,617,950)(65,822,257 - 65,823,332)
sequence
gaattcatcttctcaacggtaagtaagtaatatagttaagtaattcactg
tgatcatattcttctcatgtcaggattggtagccttgtgctatgatgaca
cctggtcacagcttccctcgagttttggagattccaccagaagagaatca
ctttccttgtctttctcagtttgtgcacactgaaagcaaactgccactgc
tcggccactcttcctctttcccactccccccttcagtcctttctttctgt
cctccctttcctataatagccctaaggtgaaaggacccccgtgctgagac
atgacggagccctctgctcactaaggggctggccacctcaccctctcctt
cctgcaccagctctgtatctcatctacacttgggacccactcatctccta
aggaatcccttgtccatgaacagaattaagggaactccatcttttaaagg
ctcttcctaagccccctgtcatctagtttgtagtttatcctgtcccacat
actttatgtaaatgtacaagatacagtctgtcctaaaataatttctggta
tctacccatcaaccatacaggttctttttcaatttaccacttggtactta
aatgccttggcacatcttttgtcccagagtgctccaaaattgtttaaagt
gctgaagatgcagtttagtggcagagctctttgtagctcacatggagtca
tagattcaaccaccagccccagtgcaaaaattggagagagaagagtggga
aaggaaaaggagaaggagcatggagaaagataaagagggagaaagaaaaa
cattgcacaataaaggagccatgttgcttacaaacaagcaaaaaagcgct
tgcttcatcagcacatactaaaaaaaaaaaaaattaaaaaaatcccaaaa
cccaaaacccaacaaaacaccagtgtctgagcaacttataaactgttaac
gcttcaagtcctgcctggaacttctcactttcttcctcaccagttgttgg
cttctccgtccccacccagacttgctgaagcccagtagtcatgtttgagc
actggggagtcagatggaaagcaaaagatgcagaacttcagctgcatctg
gccgagtctgcagggaaaggagtcggggagtccagctgaatgctaccagc
aaccccggcgtggatttttaccgtaaggagggatctgtcagtccaccaga
gggttccctgt
gaattctgagcaatgtgccctgaagggcttagacacaagtctaaatagtg
taagtcactccataagcctctttgaggtactcagtgatgccaaaaataca
tttttacagtaagtttgtttatttaagttgaaggaatctactcaaaaagc
tgttaagttagacatggtagtgtttgcctgtaatacccgcactcaaaatg
tgtgtgtaataggggtagacaggaaaccagcaaatttgaaaccagctttg
gctaagtagatgaactcttaaaaaagcataagaaaactgttgaaaaatat
agtagctacataaaacagtaacggtctttttttttttttttttttttttt
tttggtttttctgaaacagctctgtgtagcactggctgtcctaaaactca
ttttgtagaccaggatgaccccacacacagagctccacctactcttgcct
tctgagtactgggatcactgggattaaaggtatgtgccaccatgcctggt
taacatagtcatttttatcgttaagtaggaattgtacataacctgtatcg
ctatacttttctaggctggtagtagatttgtttataccacacacccatca
ggactgttttgcatcgcattagggatggccccacagttactaggtaacag
gaagtttcattataaccctacgcgatcacaactgacttaatgtcagtgtg
gggtgcattaccaagatactttatcagctctcaactctcctttaatccag
ttagttcacacctaacattagccatacatgtataccgaagatgcatagcc
taaagtgtaatcatgaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaccacagtttcacat
taacacacgttggtacatgataaatgggccagttgaaagccaaaggaaca
ctgaagactttccagaacagaagaactgaagcgacagagcactgggtctg
aaggggctttgctacaagcgctttgctactacaggtggggactttgctat
cagcatgcaagaaacatgaaaggactgacaggcttggggctcagcacagc
gtctccatgtcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65616744_65617950
seq2: B6Ng01-260H07.b_45_1255

seq1  GAATTCATCTTCTCAACGGTAAGTAAGTAATATAGTTAAGTAATTCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTCTCAACGGTAAGTAAGTAATATAGTTAAGTAATTCACTG  50

seq1  TGATCATATTCTTCTCATGTCAGGATTGGTAGCCTTGTGCTATGATGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATATTCTTCTCATGTCAGGATTGGTAGCCTTGTGCTATGATGACA  100

seq1  CCTGGTCACAGCTTCCCTCGAGTTTTGGAGATTCCACCAGAAGAGAATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCACAGCTTCCCTCGAGTTTTGGAGATTCCACCAGAAGAGAATCA  150

seq1  CTTTCCTTGTCTTTCTCAGTTTGTGCACACTGAAAGCAAACTGCCACTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTTGTCTTTCTCAGTTTGTGCACACTGAAAGCAAACTGCCACTGC  200

seq1  TCGGCCACTCTTCCTCTTTCCCACTCCCCCCTTCAGTCCTTTCTTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCCACTCTTCCTCTTTCCCACTCCCCCCTTCAGTCCTTTCTTTCTGT  250

seq1  CCTCCCTTTCCTATAATAGCCCTAAGGTGAAAGGACCCCCGTGCTGAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTTCCTATAATAGCCCTAAGGTGAAAGGACCCCCGTGCTGAGAC  300

seq1  ATGACGGAGCCCTCTGCTCACTAAGGGGCTGGCCACCTCACCCTCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGGAGCCCTCTGCTCACTAAGGGGCTGGCCACCTCACCCTCTCCTT  350

seq1  CCTGCACCAGCTCTGTATCTCATCTACACTTGGGACCCACTCATCTCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACCAGCTCTGTATCTCATCTACACTTGGGACCCACTCATCTCCTA  400

seq1  AGGAATCCCTTGTCCATGAACAGAATTAAGGGAACTCCATCTTTTAAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCCTTGTCCATGAACAGAATTAAGGGAACTCCATCTTTTAAAGG  450

seq1  CTCTTCCTAAGCCCCCTGTCATCTAGTTTGTAGTTTATCCTGTCCCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTAAGCCCCCTGTCATCTAGTTTGTAGTTTATCCTGTCCCACAT  500

seq1  ACTTTATGTAAATGTACAAGATACAGTCTGTCCTAAAATAATTTCTGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATGTAAATGTACAAGATACAGTCTGTCCTAAAATAATTTCTGGTA  550

seq1  TCTACCCATCAACCATACAGGTTCTTTTTCAATTTACCACTTGGTACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCCATCAACCATACAGGTTCTTTTTCAATTTACCACTTGGTACTTA  600

seq1  AATGCCTTGGCACATCTTTTGTCCCAGAGTGCTCCAAAATTGTTTAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTTGGCACATCTTTTGTCCCAGAGTGCTCCAAAATTGTTTAAAGT  650

seq1  GCTGAAGATGCAGTTTAGTGGCAGAGCTCTTTGTAGCTCACATGGAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGATGCAGTTTAGTGGCAGAGCTCTTTGTAGCTCACATGGAGTCA  700

seq1  TAGATTCAACCACCAGCCCCAGTGCAAAAATTGGAGAGAGAAGAGTGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTCAACCACCAGCCCCAGTGCAAAAATTGGAGAGAGAAGAGTGGGA  750

seq1  AAGGAAAAGGAGAAGGAGCATGGAGAAAGATAAAGAGGGAGAAAGAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAGGAGAAGGAGCATGGAGAAAGATAAAGAGGGAGAAAGAAAAA  800

seq1  CATTGCACAATAAAGGAGCCATGTTGCTTACAAACAAGCAAAAAAGCGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCACAATAAAGGAGCCATGTTGCTTACAAACAAGCAAAAAAGCGCT  850

seq1  TGCTTCATCAGCACATACT-AAAAAAAAAAAAATTAAAAAAATCCCAAAA  899
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCATCAGCACATACTAAAAAAAAAAAAAATTAAAAAAATCCCAAAA  900

seq1  CCCAAAACCCAACAAAACACCAGTGTCTGAGCAACTTATAAACTGTTAAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAACCCAACAAAACACCAGTGTCTGAGCAACTTATAAACTGTTAAC  950

seq1  GCTTCAAGTCCTGCCTGGAACTTCTCACTTTCTTCCTCACCAGTTGTTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAAGTCCTGCCTGGAACTTCTCACTTTCTTCCTCACCAGTTGTTGG  1000

seq1  CTTCTCCGTCCCCACCCAGACTTGCTGAAGCCCAGTAGTCAATGTTTGAA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CTTCTCCGTCCCCACCCAGACTTGCTGAAGCCCAGTAGTC-ATGTTTG-A  1048

seq1  GCACT-GGGAGTCAGGATGGGAAAGCCAAAAGATGCAG-ACTTCAGGCTG  1097
      ||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||
seq2  GCACTGGGGAGTCA-GAT-GGAAAG-CAAAAGATGCAGAACTTCA-GCTG  1094

seq1  CATCTGGCAGAGTCCTGGCCAGGGAAAAGGGAGCGGGAGTCCAGCCTGCA  1147
      |||||||| |||| |||  |||||||| | |   |||||||||| |||  
seq2  CATCTGGCCGAGT-CTG--CAGGGAAAGGAGTCGGGGAGTCCAG-CTG--  1138

seq1  CATGCTTAACAAGCACACCCGGCGTGGGATTTTTATCACTTAAGGA----  1193
       |||||  || ||||  |||||||| |||||||||   | ||||||    
seq2  AATGCT--ACCAGCAACCCCGGCGT-GGATTTTTA--CCGTAAGGAGGGA  1183

seq1  --------------AAGGGGTTCCCTGT  1207
                    |  |||||||||||
seq2  TCTGTCAGTCCACCAGAGGGTTCCCTGT  1211

seq1: chr3_65822257_65823332
seq2: B6Ng01-260H07.g_63_1126 (reverse)

seq1  ACTGACATGGAGACGCTGTTGCTGGGAGCCCCAAGGCCCTGTCCAGTCCT  50
      |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||| |||||||
seq2  ACTGACATGGAGACGCTG-TGCT--GAGCCCCAAG--CCTGT-CAGTCCT  44

seq1  CTCATTTGTTTTCTTGGCATGCCTGATAGCAAAGTCCCCACCTGGTAGGT  100
       ||||    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TTCAT---GTTTCTT-GCATG-CTGATAGCAAAGTCCCCACCT-GTA-GT  87

seq1  AGCAAAGCGCCTGGTAGCAAAGCCCCCTTCAGAACCAGTGCTCTTGTCGC  150
      ||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  AGCAAAGCG-CTTGTAGCAAAG-CCCCTTCAGACCCAGTGCTC-TGTCGC  134

seq1  TTCAGTTCTTCTG-TCTGGGAAGTCTTCAGTGTTCCTTTGGCTTTC-ACT  198
      ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTCAGTTCTTCTGTTCTGGAAAGTCTTCAGTGTTCCTTTGGCTTTCAACT  184

seq1  GG-CCATTTATCATGTA-CAACGTGTGTTAATGTGAAACTGTGGTTTTTT  246
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATTTATCATGTACCAACGTGTGTTAATGTGAAACTGTGGTTTTTT  234

seq1  TTTTTTTTTTTCTTTCATGATTACACTTTAGGCTATGCATCTTCGGTATA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTCTTTCATGATTACACTTTAGGCTATGCATCTTCGGTATA  284

seq1  CATGTATGGCTAATGTTAGGTGTGAACTAACTGGATTAAAGGAGAGTTGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGGCTAATGTTAGGTGTGAACTAACTGGATTAAAGGAGAGTTGA  334

seq1  GAGCTGATAAAGTATCTTGGTAATGCACCCCACACTGACATTAAGTCAGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGATAAAGTATCTTGGTAATGCACCCCACACTGACATTAAGTCAGT  384

seq1  TGTGATCGCGTAGGGTTATAATGAAACTTCCTGTTACCTAGTAACTGTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCGCGTAGGGTTATAATGAAACTTCCTGTTACCTAGTAACTGTGG  434

seq1  GGCCATCCCTAATGCGATGCAAAACAGTCCTGATGGGTGTGTGGTATAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCCTAATGCGATGCAAAACAGTCCTGATGGGTGTGTGGTATAAA  484

seq1  CAAATCTACTACCAGCCTAGAAAAGTATAGCGATACAGGTTATGTACAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTACTACCAGCCTAGAAAAGTATAGCGATACAGGTTATGTACAAT  534

seq1  TCCTACTTAACGATAAAAATGACTATGTTAACCAGGCATGGTGGCACATA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTTAACGATAAAAATGACTATGTTAACCAGGCATGGTGGCACATA  584

seq1  CCTTTAATCCCAGTGATCCCAGTACTCAGAAGGCAAGAGTAGGTGGAGCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAATCCCAGTGATCCCAGTACTCAGAAGGCAAGAGTAGGTGGAGCT  634

seq1  CTGTGTGTGGGGTCATCCTGGTCTACAAAATGAGTTCTAGGACAGCCAGT  696
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGGGGTCATCCTGGTCTACAAAATGAGTTTTAGGACAGCCAGT  684

seq1  GCTACACAGAGCTGTCTCAGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  746
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACACAGAGCTGTTTCAGAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  734

seq1  AAAAGACCGTTACTGTTTTATGTAGCTACTATATTTTTCAACAGTTTTCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACCGTTACTGTTTTATGTAGCTACTATATTTTTCAACAGTTTTCT  784

seq1  TATGCTTTTTTAAGAGTTCATCTACTTAGCCAAAGCTGGTTTCAAATTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTTTTTAAGAGTTCATCTACTTAGCCAAAGCTGGTTTCAAATTTG  834

seq1  CTGGTTTCCTGTCTACCCCTATTACACACACATTTTGAGTGCGGGTATTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTCCTGTCTACCCCTATTACACACACATTTTGAGTGCGGGTATTA  884

seq1  CAGGCAAACACTACCATGTCTAACTTAACAGCTTTTTGAGTAGATTCCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAACACTACCATGTCTAACTTAACAGCTTTTTGAGTAGATTCCTT  934

seq1  CAACTTAAATAAACAAACTTACTGTAAAAATGTATTTTTGGCATCACTGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTAAATAAACAAACTTACTGTAAAAATGTATTTTTGGCATCACTGA  984

seq1  GTACCTCAAAGAGGCTTATGGAGTGACTTACACTATTTAGACTTGTGTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTCAAAGAGGCTTATGGAGTGACTTACACTATTTAGACTTGTGTCT  1034

seq1  AAGCCCTTCAGGGCACATTGCTCAGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCTTCAGGGCACATTGCTCAGAATTC  1064