BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260K16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,727,997 - 40,907,184
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3110057O12Rik, Larp2, Pgrmc2
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 1700034I23Rik
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260K16.bB6Ng01-260K16.g
ACCGA065532GA065533
length1,1321,191
definitionB6Ng01-260K16.b B6Ng01-260K16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,727,997 - 40,729,118)(40,905,980 - 40,907,184)
sequence
gaattccaagaaatggagagactttgcctgacttaatcccagccctttgg
aggcaaaggctggcagatctctgtgacttcaggctattgtgagctacagg
gcaagttctaggataggtgccatacacagaggaaccttctcaggaaaaaa
agaaaagttgattacaaatatataacttttctttttttttttcattttat
ttatttatttatttattttttccattttttattaggtatttagctcattt
acatttccaatgctataccaaaagtcccccatacccacccaccccctatc
ccctacccacccactccccctttttggccctggcgttcccctgtactggg
gcatataaagtttgcgtgtccaatgggcctctctttccagtgatggccga
ctaggccatcttttgatacatatgcagctagagtcaagagctccggggta
ctggttagttcataatgttgttccgcctatagggttgcagatccctttag
ctccttgggtactttctctagctcctccattgggagccctgtgatccatc
cattagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgctaggccctggcata
gtctcacaagagacagctacatctgggtcctttcgataaaatcttgctag
tgtatgcaatggtgtcagcgtttggatgctgattatggggtggatccctg
gatatggaagtctctacatggaccatcctttcatctcagctccaaacttt
gtctctgtaactccttccaagggtgttttgttcccacttctaaggagggg
catagtgtccacacttcagtcttcatttttcttgagtttcatgtgtttag
ggaaattgtatcttatatcttggaaagtatatccttgcttttgctatcgg
ttagaagaaaaatgaactggaagatactttttatctttttttagtgcata
ttagctgtccaagatattttgtgacatttcattatgcatagaatgtaatt
tgataatgtgataatgttcactttatttataccctttcccatccccataa
ccacgaatgtatgcctttggcttgttaaggatacattggaacagaatctc
tttttgttttgtttgttttgttttcgaagaca
gaattcactatgtagaccaggctggactaaagaatgcatttttttaaaaa
aaggtaagtgtggtagcacatgcttacaatcccaatactgtggaggcaaa
gacaggcatatccctgggactcactgactagcctgccgagccaagtcagg
gatcttcagattcagtgagagatcccatctcaaatagaaatgaatgaatg
gtaggcagtatgtgaggaatgaagttggtctctaacctccacatacatgt
gtatcacacacacatgaatacacatatacatgcctgtggtggtttgacta
gaaatggcccctatagacttgtgtgtttgaatgcttgaccataaggagtg
acactattaggaggtgtgaccttgttggagtaggtgtggccttgttggaa
gaaatgtgtcactgtgggggatgggctttgagctctcctatgctcaagct
atgtccaatgtggacccttttgctgcttctagatccagatgtagaactct
cagctccttctccagcaccatgcctgcctggatgctaccatgcttcccgc
catgatgataatgaactaaacctctgaaactgtaagccagcctcaattca
atgttgtcctttatgagttgccttggtcatggtatctcttcacagcaatg
aaaccctaactaagaccttgaccaaataaataaataatctccttaatgaa
tatctaagctttgtttctagactcctagagaaggagccagtgcttgctct
gtcattcactagcattcagtacaagatttttatttcttagagcaaaatct
cttaatgcggggacagcctggtgagtagacttagacatttgtggcatggt
aagacaagacttttaactttcaaccaataaaaaatgaagtaccactcttt
cttccactcaagcccaagcaagctttcacctttacccacagagatagagc
ctgcatcaaaggtccatcggtcgatggatgaaaagtctggaataaggaaa
tccacgcaccgactgagctgcacagtgtctgctctgctcagacagactcc
ctcctctgctgggtggatcctgcattgcagtgatctattgatctctttga
caactcacccgacagaagatgccagcaagtcccttgctgaagaacaaggc
aggacgaaagaattctatttccttggctttctgtgggctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40727997_40729118
seq2: B6Ng01-260K16.b_49_1180

seq1  GAATTCCAAGAAATGGAGAGACTTTGCCTGACTTAATCCCAGCCCTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAAATGGAGAGACTTTGCCTGACTTAATCCCAGCCCTTTGG  50

seq1  AGGCAAAGGCTGGCAGATCTCTGTGACTTCAGGCTATTGTGAGCTACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGGCTGGCAGATCTCTGTGACTTCAGGCTATTGTGAGCTACAGG  100

seq1  GCAAGTTCTAGGATAGGTGCCATACACAGAGGAACCTTCTCAGGAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCTAGGATAGGTGCCATACACAGAGGAACCTTCTCAGGAAAAAA  150

seq1  AGAAAAGTTGATTACAAATATATAACTTTTCTTTTTTTTTTTCATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTTGATTACAAATATATAACTTTTCTTTTTTTTTTTCATTTTAT  200

seq1  TTATTTATTTATTTATTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTTATTTATTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTT  250

seq1  ACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCTATC  300

seq1  CCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGG  350

seq1  GCATATAAAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAAAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGA  400

seq1  CTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTA  450

seq1  CTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCGCCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCGCCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAG  500

seq1  CTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATC  550

seq1  CATTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATA  600

seq1  GTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAG  650

seq1  TGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATCCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGATCCCTG  700

seq1  GATATGGAAGTCTCTACATGGACCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGAAGTCTCTACATGGACCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTT  750

seq1  GTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGG  800

seq1  CATAGTGTCCACACTTCAGTCTTCATTTTTCTTGAGTTTCATGTGTTTA-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATAGTGTCCACACTTCAGTCTTCATTTTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAG  850

seq1  GGAAATTGTATCTTATATCTTGGAAAGTATATCCTTGCTTTTGCTATCGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTGTATCTTATATCTTGGAAAGTATATCCTTGCTTTTGCTATCGG  900

seq1  TTAGAAGAAAAATGAACTGGAAGATAC-TTTTATCTTTTTTTAGTGCATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGAAAAATGAACTGGAAGATACTTTTTATCTTTTTTTAGTGCATA  950

seq1  TTAGCTGTCCAAGATATTTTGTGACATTTCATTATGCATAGAATGTAATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGTCCAAGATATTTTGTGACATTTCATTATGCATAGAATGTAATT  1000

seq1  TGATAATGTGATAATGTTCACTTTATTTATTACCTTTCTCCATCCCCAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  
seq2  TGATAATGTGATAATGTTCACTTTATTTATACCCTTTC-CCATCCCCATA  1049

seq1  ACCACGAATGTATG-CTTTGTC-TGTT-AGGATACATT-GAACAGA--CT  1092
      |||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| |||||||  ||
seq2  ACCACGAATGTATGCCTTTGGCTTGTTAAGGATACATTGGAACAGAATCT  1099

seq1  CTTTTTG-TTTGTTTG-TTTGTTTTCG-AGACA  1122
      ||||||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  CTTTTTGTTTTGTTTGTTTTGTTTTCGAAGACA  1132

seq1: chr3_40905980_40907184
seq2: B6Ng01-260K16.g_68_1258 (reverse)

seq1  TCAGCC--AAGAAAGCCAAGGAAATAGGAATCTCTTTCTCCCTGCCCTTT  48
      ||||||   ||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||  ||
seq2  TCAGCCCACAGAAAGCCAAGGAAATA-GAAT-TCTTTCGTCCTGCC--TT  46

seq1  GTCTCTCCAGCAGGGCACTGCCTGGCCACTCTCTGTCGGGTGAGTTGTC-  97
      || ||| ||||| || |||  |||||  || |||||||||||||||||| 
seq2  GT-TCTTCAGCAAGGGACTTGCTGGCATCT-TCTGTCGGGTGAGTTGTCA  94

seq1  AAGAGACCAATAGAATCACCTGCCAATGCAGGATCCACCCCAGCAGAGGA  147
      |||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAGATCAATAG-ATCA-CTG-CAATGCAGGATCCA-CCCAGCAGAGGA  140

seq1  GGGAGTCTGTCCCGGAGCAGAGCAGACACTGTGCAGCTCAGTCGGGTGCC  197
      ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  GGGAGTCTGT--CTGAGCAGAGCAGACACTGTGCAGCTCAGTC-GGTG-C  186

seq1  GTGGATTTTCCTTATTCCAGACCTTTTCATCCATCGACCGATGGACCTTT  247
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGA-TTTCCTTATTCCAGA-CTTTTCATCCATCGACCGATGGACCTTT  234

seq1  GATGCAGGCTCTTATCTCTGTGGGTAAAGGTGAAAGCTTGCTTGGGCTTG  297
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGGCTC-TATCTCTGTGGGTAAAGGTGAAAGCTTGCTTGGGCTTG  283

seq1  AGTGGAAGAAAGAGTGGTACTTCATTTTTTATTGGTTGAAAGTTAAAAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGAAAGAGTGGTACTTCATTTTTTATTGGTTGAAAGTTAAAAGT  333

seq1  CTTGTCTTACCATGCCACAAATGTCTAAGTCTACTCACCAGGCTGTCCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTACCATGCCACAAATGTCTAAGTCTACTCACCAGGCTGTCCCC  383

seq1  GCATTAAGAGATTTTGCTCTAAGAAATAAAAATCTTGTACTGAATGCTAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAAGAGATTTTGCTCTAAGAAATAAAAATCTTGTACTGAATGCTAG  433

seq1  TGAATGACAGAGCAAGCACTGGCTCCTTCTCTAGGAGTCTAGAAACAAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGACAGAGCAAGCACTGGCTCCTTCTCTAGGAGTCTAGAAACAAAG  483

seq1  CTTAGATATTCATTAAGGAGATTATTTATTTATTTGGTCAAGGTCTTAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATATTCATTAAGGAGATTATTTATTTATTTGGTCAAGGTCTTAGT  533

seq1  TAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGATACCATGACCAAGGCAACTCATAAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTCATTGCTGTGAAGAGATACCATGACCAAGGCAACTCATAAAG  583

seq1  GACAACATTGAATTGAGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACATTGAATTGAGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGGTTTAGTTCATTA  633

seq1  TCATCATGGCGGGAAGCATGGTAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCTGGAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGGCGGGAAGCATGGTAGCATCCAGGCAGGCATGGTGCTGGAGA  683

seq1  AGGAGCTGAGAGTTCTACATCTGGATCTAGAAGCAGCAAAAGGGTCCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGAGAGTTCTACATCTGGATCTAGAAGCAGCAAAAGGGTCCACA  733

seq1  TTGGACATAGCTTGAGCATAGGAGAGCTCAAAGCCCATCCCCCACAGTGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACATAGCTTGAGCATAGGAGAGCTCAAAGCCCATCCCCCACAGTGA  783

seq1  CACATTTCTTCCAACAAGGCCACACCTACTCCAACAAGGTCACACCTCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTCTTCCAACAAGGCCACACCTACTCCAACAAGGTCACACCTCCT  833

seq1  AATAGTGTCACTCCTTATGGTCAAGCATTCAAACACACAAGTCTATAGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGTCACTCCTTATGGTCAAGCATTCAAACACACAAGTCTATAGGG  883

seq1  GCCATTTCTAGTCAAACCACCACAGGCATGTATATGTGTATTCATGTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTCTAGTCAAACCACCACAGGCATGTATATGTGTATTCATGTGTG  933

seq1  TGTGATACACATGTATGTGGAGGTTAGAGACCAACTTCATTCCTCACATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATACACATGTATGTGGAGGTTAGAGACCAACTTCATTCCTCACATA  983

seq1  CTGCCTACCATTCATTCATTTCTATTTGAGATGGGATCTCTCACTGAATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTACCATTCATTCATTTCTATTTGAGATGGGATCTCTCACTGAATC  1033

seq1  TGAAGATCCCTGACTTGGCTCGGCAGGCTAGTCAGTGAGTCCCAGGGATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATCCCTGACTTGGCTCGGCAGGCTAGTCAGTGAGTCCCAGGGATA  1083

seq1  TGCCTGTCTTTGCCTCCACAGTATTGGGATTGTAAGCATGTGCTACCACA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTCTTTGCCTCCACAGTATTGGGATTGTAAGCATGTGCTACCACA  1133

seq1  CTTACCTTTTTTTAAAAAAATGCATTCTTTAGTCCAGCCTGGTCTACATA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTTTTTTAAAAAAATGCATTCTTTAGTCCAGCCTGGTCTACATA  1183

seq1  GTGAATTC  1205
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1191