BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261C04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 29,062,655 - 29,207,699
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6130401L20Rik
Upstream geneTnik, Slc2a2, EG624446, Eif5a2, Rpl22l1, Gm1527
Downstream geneLOC100040676, Evi1, Mds1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261C04.bB6Ng01-261C04.g
ACCGA065881GA065882
length1,1541,106
definitionB6Ng01-261C04.b B6Ng01-261C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,062,655 - 29,063,811)(29,206,580 - 29,207,699)
sequence
gaattcaccccaaggttcaaacatgcctgcctttccactcaaatgcaagt
gcttgaatttggtaacagtccctatctctgcctaatatgtcaagctctca
actcctgatacctgtatctgctgctcccatcaaatcctaatagtctggtt
ttcgactaccaaacacattgccttccacacctattacttccactattact
gcccctgcctccacatgttctcagatcaactagctttatcatccactatt
ttaataagtatctcttgaccttccaaatagcaacagccataggtacatct
gtaatgagtatgtaagtcggagataagtgctccaaatcaaagatttaaga
gaaactaaaaatgcatattaaagaaattaaccttatccatgagtgttttg
cccctttgacttcagcctctgtgaggttgtctttaagaccttaaaatgat
atactctatggcttcctgtctcactgtagagcttgggtcaccagataagc
taataaagtaacaaggcagaggttggcacatacccaacttgtcttaaggt
tcttagcccaccacaaaaactaacagtgtgaccaaagattcgggctttgg
gtggccattagaaggtcttgctctagaggctcaagccaactctgtggata
tctgtgatcagcatcctgagatatggatccccagcaatgactttgaatgg
tggagttagaatgagctttcctattggtgagattctgttcacgtgatcac
aatagttccaagaggttgatttatattaccaccatgggaaaatgatagca
gaagctttaattctggtatttctgcacactcaatcctatgcaagccttcc
tcttgtagttttaatacaacagttttctatgagtttaatgggtccctgta
gcaaattattaaatttgaggatggttttggaaccccctgactgtacctgc
agttggtattagggctgaacatggccatcttgtagatgcttcagttgctt
tggactttcaagagggaagtctcttttcttgtcagagtaaagtgtttggg
tatctgcactgtttcatgactgtatgaaacagggaacaattgagacggtg
cagcactcttgcctagctagtgatggggataaggtaaggtgttttcctca
tcgc

gaattccaggaaagaggcagtcccagtgaccaagagaccagaaaaatcct
caggatgtctcaagcagagagctgcaggtaaggatgtgtgtctgtagagt
caagcctagagagaggtcagcacagcagggggtgataattacacagaaat
ctaccttggcatactttggagaataaataaatattgaagaagaaaggaca
aaactagaaatgaaagttataataaggatgtctgggaaggatgagtcgaa
ggcttaaagaagcagtaagaagcttgagcctccagcaaggaaggcacaag
gagggcaggcaaaggagagaagagaaagctttggcacacagctcaggtcc
ccaaggaaatggcaagcacaggaagcaggcaggggatcaagctcaaccat
gaaacagagcgatgacaggcttcctcgggctgggtttaacattcaaaagc
aaaagatttaacttcagcgttttctccccagagaaaattctaacagtgtg
cttgctttttttctcacagtgttttgacaacacctgtttatcacaggggg
agctaatgggagctggaaaaagacacaggctctggtgtcccttgaaatga
aatcataggtagacctttccacctgctgcttctaaagccttaaagaggtc
gcgtgactttcattcgctccatctgcaaaatgaagataatgcctgcctca
ctgtgccagcgactgcaaatataggcaatatgcctacagtaacccacatc
ttattcagtaactaaacggtacttaattcacctgcaacctttagaacagc
cctgttaattagtcctcactggcaagggaagcttaagaaactgtcatggt
cttcttctggccatctgatgaaaaggatgggccagtttttgtattgagaa
acccttcctgaggccctctctccaccatgtctgggactccagtttgacct
aacttcttccaggttcctctagatttctcagctagatctcacttgtctgg
tcctagcttgtgatgctactcctgagacaagacttccatagtggtcctga
gggaatgattcagctccgtagtctagtagtcactcactccactctgccag
aactgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_29062655_29063811
seq2: B6Ng01-261C04.b_46_1199

seq1  GAATTCACCCCAAGGTTCAAACATGCCTGCCTTTCCACTCAAATGCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCCAAGGTTCAAACATGCCTGCCTTTCCACTCAAATGCAAGT  50

seq1  GCTTGAATTTGGTAACAGTCCCTATCTCTGCCTAATATGTCAAGCTCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAATTTGGTAACAGTCCCTATCTCTGCCTAATATGTCAAGCTCTCA  100

seq1  ACTCCTGATACCTGTATCTGCTGCTCCCATCAAATCCTAATAGTCTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGATACCTGTATCTGCTGCTCCCATCAAATCCTAATAGTCTGGTT  150

seq1  TTCGACTACCAAACACATTGCCTTCCACACCTATTACTTCCACTATTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGACTACCAAACACATTGCCTTCCACACCTATTACTTCCACTATTACT  200

seq1  GCCCCTGCCTCCACATGTTCTCAGATCAACTAGCTTTATCATCCACTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGCCTCCACATGTTCTCAGATCAACTAGCTTTATCATCCACTATT  250

seq1  TTAATAAGTATCTCTTGACCTTCCAAATAGCAACAGCCATAGGTACATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGTATCTCTTGACCTTCCAAATAGCAACAGCCATAGGTACATCT  300

seq1  GTAATGAGTATGTAAGTCGGAGATAAGTGCTCCAAATCAAAGATTTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAGTATGTAAGTCGGAGATAAGTGCTCCAAATCAAAGATTTAAGA  350

seq1  GAAACTAAAAATGCATATTAAAGAAATTAACCTTATCCATGAGTGTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTAAAAATGCATATTAAAGAAATTAACCTTATCCATGAGTGTTTTG  400

seq1  CCCCTTTGACTTCAGCCTCTGTGAGGTTGTCTTTAAGACCTTAAAATGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGACTTCAGCCTCTGTGAGGTTGTCTTTAAGACCTTAAAATGAT  450

seq1  ATACTCTATGGCTTCCTGTCTCACTGTAGAGCTTGGGTCACCAGATAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTATGGCTTCCTGTCTCACTGTAGAGCTTGGGTCACCAGATAAGC  500

seq1  TAATAAAGTAACAAGGCAGAGGTTGGCACATACCCAACTTGTCTTAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGTAACAAGGCAGAGGTTGGCACATACCCAACTTGTCTTAAGGT  550

seq1  TCTTAGCCCACCACAAAAACTAACAGTGTGACCAAAGATTCGGGCTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCCCACCACAAAAACTAACAGTGTGACCAAAGATTCGGGCTTTGG  600

seq1  GTGGCCATTAGAAGGTCTTGCTCTAGAGGCTCAAGCCAACTCTGTGGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCATTAGAAGGTCTTGCTCTAGAGGCTCAAGCCAACTCTGTGGATA  650

seq1  TCTGTGATCAGCATCCTGAGATATGGATCCCCAGCAATGACTTTGAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATCAGCATCCTGAGATATGGATCCCCAGCAATGACTTTGAATGG  700

seq1  TGGAGTTAGAATGAGCTTTCCTATTGGTGAGATTCTGTTCACGTGATCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTAGAATGAGCTTTCCTATTGGTGAGATTCTGTTCACGTGATCAC  750

seq1  AATAGTTCCAAGAGGTTGATTTATATTACCACCATGGGAAAATGATAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTCCAAGAGGTTGATTTATATTACCACCATGGGAAAATGATAGCA  800

seq1  GAAGCTTTAATTCTGGTATTTCTGCACACTCAATCCTATGCAAGCCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTAATTCTGGTATTTCTGCACACTCAATCCTATGCAAGCCTTCC  850

seq1  TCTTGTAGTTTTAATACAACAGTTTTCTATGAGTTTAATGGGTCCCTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTAGTTTTAATACAACAGTTTTCTATGAGTTTAATGGGTCCCTGTA  900

seq1  GCAAATTATTAAATTTGAGGATGGTTTTGGAACCCCCTGACTGTACCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTATTAAATTTGAGGATGGTTTTGGAACCCCCTGACTGTACCTGC  950

seq1  AGTTGGTATTAGGGCTGAACATGG-CATCTTGTAGATGCTTCAGTTGCTT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTATTAGGGCTGAACATGGCCATCTTGTAGATGCTTCAGTTGCTT  1000

seq1  TGGACTTTCAAAGAGGGAAAGTCTCTTTTCTTGTTCAAGAGTAAAGTGTT  1049
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| |
seq2  TGGACTTTC-AAGAGGG-AAGTCTCTTTTCTTGT--CAGAGTAAAGTG-T  1045

seq1  TTGGGTATCTGCACTGTTTTCCATGACTGTATGACACAGGG-ACAA-TGA  1097
      |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |||
seq2  TTGGGTATCTGCACTGTTT--CATGACTGTATGAAACAGGGAACAATTGA  1093

seq1  GACGGTGCAGCACTC-TGCTTAGCTAAGTGGATGGGGATAAAGT-AGGTG  1145
      ||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||| || |||||
seq2  GACGGTGCAGCACTCTTGCCTAGCT-AGT-GATGGGGATAAGGTAAGGTG  1141

seq1  -TTTCCTCATCGC  1157
       ||||||||||||
seq2  TTTTCCTCATCGC  1154


seq1: chr3_29206580_29207699
seq2: B6Ng01-261C04.g_67_1172 (reverse)

seq1  CCAGTTCCTGGGCAGAGTGGAGTGAGTGAACTAACTAGACTTAAGGGAGC  50
      |||||||   |||||||||||||||||| ||| ||||||||  | |||||
seq2  CCAGTTC--TGGCAGAGTGGAGTGAGTG-ACT-ACTAGACT--ACGGAGC  44

seq1  TGGATTCATTCCCTCAGGACCACTATGGGAAAGTCTTGTCTCAGGAGTAG  100
      | || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  T-GAATCATTCCCTCAGGACCACTATGG--AAGTCTTGTCTCAGGAGTAG  91

seq1  CATCCACAAGCTAAGGACCAGACAAGGTGAGATCTAGCTGAGAAATCTTA  150
      ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAT-CACAAGCT-AGGACCAGACAA-GTGAGATCTAGCTGAGAAATC-TA  137

seq1  GAGGAACCTGGAAGAAGTTAGGTCAACTGGGAGTCCCAGACATGGTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTGGAAGAAGTTAGGTCAAACTGGAGTCCCAGACATGGTGGAG  187

seq1  AGAGGGCCCTCAGGAAGGGTTTCTCAATACAAAAACTGGCCCATCCTTTT  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGG-CCTCAGGAAGGGTTTCTCAATACAAAAACTGGCCCATCCTTTT  236

seq1  CATCAGATGGCCAGAAGAAGACCATGACAGTTTCTTAAGCTTCCCTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGATGGCCAGAAGAAGACCATGACAGTTTCTTAAGCTTCCCTTGCC  286

seq1  AGTGAGGACTAATTAACAGGGCTGTTCTAAAGGTTGCAGGTGAATTAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGACTAATTAACAGGGCTGTTCTAAAGGTTGCAGGTGAATTAAGT  336

seq1  ACCGTTTAGTTACTGAATAAGATGTGGGTTACTGTAGGCATATTGCCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTTAGTTACTGAATAAGATGTGGGTTACTGTAGGCATATTGCCTAT  386

seq1  ATTTGCAGTCGCTGGCACAGTGAGGCAGGCATTATCTTCATTTTGCAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAGTCGCTGGCACAGTGAGGCAGGCATTATCTTCATTTTGCAGAT  436

seq1  GGAGCGAATGAAAGTCACGCGACCTCTTTAAGGCTTTAGAAGCAGCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCGAATGAAAGTCACGCGACCTCTTTAAGGCTTTAGAAGCAGCAGGT  486

seq1  GGAAAGGTCTACCTATGATTTCATTTCAAGGGACACCAGAGCCTGTGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGTCTACCTATGATTTCATTTCAAGGGACACCAGAGCCTGTGTCT  536

seq1  TTTTCCAGCTCCCATTAGCTCCCCCTGTGATAAACAGGTGTTGTCAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGCTCCCATTAGCTCCCCCTGTGATAAACAGGTGTTGTCAAAAC  586

seq1  ACTGTGAGAAAAAAAGCAAGCACACTGTTAGAATTTTCTCTGGGGAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAGAAAAAAAGCAAGCACACTGTTAGAATTTTCTCTGGGGAGAAA  636

seq1  ACGCTGAAGTTAAATCTTTTGCTTTTGAATGTTAAACCCAGCCCGAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGAAGTTAAATCTTTTGCTTTTGAATGTTAAACCCAGCCCGAGGAA  686

seq1  GCCTGTCATCGCTCTGTTTCATGGTTGAGCTTGATCCCCTGCCTGCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCATCGCTCTGTTTCATGGTTGAGCTTGATCCCCTGCCTGCTTCC  736

seq1  TGTGCTTGCCATTTCCTTGGGGACCTGAGCTGTGTGCCAAAGCTTTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGCCATTTCCTTGGGGACCTGAGCTGTGTGCCAAAGCTTTCTCT  786

seq1  TCTCTCCTTTGCCTGCCCTCCTTGTGCCTTCCTTGCTGGAGGCTCAAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTTTGCCTGCCCTCCTTGTGCCTTCCTTGCTGGAGGCTCAAGCT  836

seq1  TCTTACTGCTTCTTTAAGCCTTCGACTCATCCTTCCCAGACATCCTTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGCTTCTTTAAGCCTTCGACTCATCCTTCCCAGACATCCTTATT  886

seq1  ATAACTTTCATTTCTAGTTTTGTCCTTTCTTCTTCAATATTTATTTATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTTCATTTCTAGTTTTGTCCTTTCTTCTTCAATATTTATTTATTC  936

seq1  TCCAAAGTATGCCAAGGTAGATTTCTGTGTAATTATCACCCCCTGCTGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTATGCCAAGGTAGATTTCTGTGTAATTATCACCCCCTGCTGTG  986

seq1  CTGACCTCTCTCTAGGCTTGACTCTACAGACACACATCCTTACCTGCAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCTCTCTAGGCTTGACTCTACAGACACACATCCTTACCTGCAGC  1036

seq1  TCTCTGCTTGAGACATCCTGAGGATTTTTCTGGTCTCTTGGTCACTGGGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTGAGACATCCTGAGGATTTTTCTGGTCTCTTGGTCACTGGGA  1086

seq1  CTGCCTCTTTCCTGGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTTTCCTGGAATTC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |