BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262P09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,168,587 - 83,279,041
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2
Downstream gene1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik, Mnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262P09.bB6Ng01-262P09.g
ACCGA067246GA067247
length1,2051,176
definitionB6Ng01-262P09.b B6Ng01-262P09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,168,587 - 83,169,787)(83,277,858 - 83,279,041)
sequence
gaattcattgacattgtatgactttgtttatatgtaatatccacaatgag
caaatatacagatgcatatagacccttagaattggaagaattgaggaatt
ttagaaactaagtggtaatcagtatacaatttctgtttggtggtgaaaat
ttcctaacatgtcttgaggtcatggttatgcaactctgtgactataccaa
aagcattgaattgcatacttccaggggatggatggatgatgtggtgcatt
gcctccatctcaataaagctattgaaataaattacaagaaattaacagct
ccacaaatgtcatttaatcggattgattgtaaaattaattagaatgcaaa
tcagaagacatgtcaaaaggaaatatacacactcaaacatggccattgct
tggaactgctgaaaagagcgattgactggaaaggttttaagcttctgcat
agggaggaattcagatgctgaaagaagaatggagacaagaggccagaggc
aatgcatgaaaggtgatagccaggaaccttcacatgctgacatctaacca
tcacagcagggctacaaattagcctacagctcagacatggtgcataaaag
tctacaaccacatgagaaaattgtcaaggacattcaaatagtaatggcac
atcctcaagctgctgatggcacaagatccagcactgagtgaaagtagaac
atcccaccattcaggagaaggttctcagtggggttgtgagaactggttag
gcagatggaaagaggttagacgaatttattctctcatactgtttttcaga
tgagctataccaataaatacaactaaacactgcaagaaaacctaagtgtg
ttttttgacagcctccctccactgcccaggctgccatcaaacacagtcct
cttccttgggtcattgacatactcaggctcaggttgcattcagattgcat
tgccacatggaaaggcaatatgataactttgtgattctaaataaataata
gctacattttaccagtgcacattatatgccataattatatgctattaatc
tttgtatgtagtatgtttttcttagtttcaaagtatcctgaagaagagga
atcggccatagtttaactaatcagtgaagcaaacataggcatagagagaa
taattggattgatccggttcagcgtataactgggagcctcttctaacgcc
tcttc
gaattcttcctatagaccaggctggcctggaactcagagacccatttacc
tctgccttctgagtgctgagattaaagacttgtttcctaaatgccatgtt
gtcaaactgccttctaaatatctatgtttacttgtttccacagatatgcg
cttctcccaaccttggtcatggaagcttcttactacaggggcaataatgg
ttagcacagagagacatcatgcaagctcatggcatggaagaaaagctatc
tcctgcctacacgagagaaagaccagtgagactgatggcaaacagatcct
ttgctatgagagcagcatcccattaggtggctgaggacatggagaggcca
atctggacccagctgatgtgaatacactgaagacatgggctgacacgtaa
gcgagataagagcatatttgtcaactgaaagctcagcatggggattagcc
caagagggtagccacataatgagtgactttggaaaatagtaaaactaggg
ctttgcaatagagagtttgaaagaggaggacaggcaggccagccgtcaac
actggctagaccacatctggttattgtgttcagcctgtgactcacatttt
gagaaagtggaacatattgttttgcctgatagtgttgattgaagttaggc
caattgatcccaagtctctcctcatgctgtggtttagtaactaactcctg
atactcacgaatgccccacctctgtgtctgtaaccctatgcaagcatcac
ctttccactggtctgtctctattaaagagatgctgtccatgtctttgctg
tgacagtgccaatggctctggcctgggcgctcccacagaataatatagta
ggtctcagtctagcacatactctgctacacagcttaagtcacatttttct
gcacctccatttgttcatctatgaagtggggacgaataagagtattctca
gatttcaggacaatttaaatgagacatgttgattgggagttagcccaata
taatgaaaaccatgagatcagccaagaaatatttgttattgcaaagtgtg
cttgtgctagtcagtatactagcatgctcttaacaatagcctctgcattc
cgaactctaagaattagtcatattcagtggtaatagatccagagaaaaac
ctatagaaattgtgagtctcaatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83168587_83169787
seq2: B6Ng01-262P09.b_44_1248

seq1  GAATTCATTGACATTGTATGACTTTGTTTATATGTAATATCCACAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGACATTGTATGACTTTGTTTATATGTAATATCCACAATGAG  50

seq1  CAAATATACAGATGCATATAGACCCTTAGAATTGGAAGAATTGAGGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATACAGATGCATATAGACCCTTAGAATTGGAAGAATTGAGGAATT  100

seq1  TTAGAAACTAAGTGGTAATCAGTATACAATTTCTGTTTGGTGGTGAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAACTAAGTGGTAATCAGTATACAATTTCTGTTTGGTGGTGAAAAT  150

seq1  TTCCTAACATGTCTTGAGGTCATGGTTATGCAACTCTGTGACTATACCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAACATGTCTTGAGGTCATGGTTATGCAACTCTGTGACTATACCAA  200

seq1  AAGCATTGAATTGCATACTTCCAGGGGATGGATGGATGATGTGGTGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGAATTGCATACTTCCAGGGGATGGATGGATGATGTGGTGCATT  250

seq1  GCCTCCATCTCAATAAAGCTATTGAAATAAATTACAAGAAATTAACAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCATCTCAATAAAGCTATTGAAATAAATTACAAGAAATTAACAGCT  300

seq1  CCACAAATGTCATTTAATCGGATTGATTGTAAAATTAATTAGAATGCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAATGTCATTTAATCGGATTGATTGTAAAATTAATTAGAATGCAAA  350

seq1  TCAGAAGACATGTCAAAAGGAAATATACACACTCAAACATGGCCATTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGACATGTCAAAAGGAAATATACACACTCAAACATGGCCATTGCT  400

seq1  TGGAACTGCTGAAAAGAGCGATTGACTGGAAAGGTTTTAAGCTTCTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTGCTGAAAAGAGCGATTGACTGGAAAGGTTTTAAGCTTCTGCAT  450

seq1  AGGGAGGAATTCAGATGCTGAAAGAAGAATGGAGACAAGAGGCCAGAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGAATTCAGATGCTGAAAGAAGAATGGAGACAAGAGGCCAGAGGC  500

seq1  AATGCATGAAAGGTGATAGCCAGGAACCTTCACATGCTGACATCTAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGAAAGGTGATAGCCAGGAACCTTCACATGCTGACATCTAACCA  550

seq1  TCACAGCAGGGCTACAAATTAGCCTACAGCTCAGACATGGTGCATAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCAGGGCTACAAATTAGCCTACAGCTCAGACATGGTGCATAAAAG  600

seq1  TCTACAACCACATGAGAAAATTGTCAAGGACATTCAAATAGTAATGGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAACCACATGAGAAAATTGTCAAGGACATTCAAATAGTAATGGCAC  650

seq1  ATCCTCAAGCTGCTGATGGCACAAGATCCAGCACTGAGTGAAAGTAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAAGCTGCTGATGGCACAAGATCCAGCACTGAGTGAAAGTAGAAC  700

seq1  ATCCCACCATTCAGGAGAAGGTTCTCAGTGGGGTTGTGAGAACTGGTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCACCATTCAGGAGAAGGTTCTCAGTGGGGTTGTGAGAACTGGTTAG  750

seq1  GCAGATGGAAAGAGGTTAGACGAATTTATTCTCTCATACTGTTTTTCAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCAGATGGAAAGAGGTTAGACGAATTTATTCTCTCATACTGTTTTTCA-G  799

seq1  ATGAGCTATACCAATAAATACAACTAAACACTGCAAGAAAACCTAAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTATACCAATAAATACAACTAAACACTGCAAGAAAACCTAAGTGT  849

seq1  GTTTTTTGACAGCCTCCCTCCACTGCCCAGGCTGCCATCAAACACAGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTGACAGCCTCCCTCCACTGCCCAGGCTGCCATCAAACACAGTCC  899

seq1  TCTTCCTTGGGTCATTGACATACTCAGGCTCAGGTTGCATTCAGATTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTGGGTCATTGACATACTCAGGCTCAGGTTGCATTCAGATTGCA  949

seq1  TTGCCACATGG-AAGGCAATATGATAACTTTGTGATCTTAAATAAATAAT  999
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTGCCACATGGAAAGGCAATATGATAACTTTGTGATTCTAAATAAATAAT  999

seq1  AGCTACATTTTACCAGTGCACATTATATGCCATAATTATATGCTA-TAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGCTACATTTTACCAGTGCACATTATATGCCATAATTATATGCTATTAAT  1049

seq1  CTTTGTATGTAGTATGTTTTCTTTAAGTTTCAAAGTATCCTGAAGAAGAG  1098
      |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATGTAGTATGTTTT-TCTTAGTTTCAAAGTATCCTGAAGAAGAG  1098

seq1  AAACCGG-CATAGTTTAAATTATCAGTGAGGAAACCATA-GCATAGAGAT  1146
       || ||| |||||||||| | |||||||| | || |||| ||||||||| 
seq2  GAATCGGCCATAGTTTAACTAATCAGTGAAGCAAACATAGGCATAGAGAG  1148

seq1  AATAGAATATGGA---ATCTCGGTCAGCCGTATAACTGGAAG-CTCTTCT  1192
      |||  ||| ||||   |||  | |||| ||||||||||| || |||||||
seq2  AAT--AAT-TGGATTGATCCGGTTCAG-CGTATAACTGGGAGCCTCTTCT  1194

seq1  AA--CCTCTTC  1201
      ||  |||||||
seq2  AACGCCTCTTC  1205

seq1: chr3_83277858_83279041
seq2: B6Ng01-262P09.g_64_1239 (reverse)

seq1  TCCAT---GACTCACCA--TCTATAAGTTTTTCTCTGGATCTATTTACCC  45
      |||||   ||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||   ||
seq2  TCCATTGAGACTCACAATTTCTATAGGTTTTTCTCTGGATCTATT--ACC  48

seq1  ACTGGATATGACTAATTCTAGAAGGTCTGGGATGCAGAAGCTATTGTAAG  95
      |||| ||||||||||||||   || || || ||||||| |||||||| | 
seq2  ACTGAATATGACTAATTCTTAGAGTTC-GGAATGCAGAGGCTATTGTTAA  97

seq1  AAGCATGCTAGGTATTACTTGACTAGCACAAGGCACACTTTGCAAT-ACA  144
       ||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  GAGCATGCTA-GTA-TAC-TGACTAGCACAA-GCACACTTTGCAATAACA  143

seq1  AATATTTCTTTGGCCTGATTCTCATGGTTTTTCATTATATTGGGCTAAAC  194
      ||||||||||  | |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AATATTTCTT--GGCTGA-TCTCATGG-TTTTCATTATATTGGGCT-AAC  188

seq1  TCCCAATCAACATTGTCTCATTT-AATTGTCCCTGAAATCTGAGAATACT  243
      |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATCAACA-TGTCTCATTTAAATTGT-CCTGAAATCTGAGAATACT  236

seq1  CTTATTCGTCCCCACTTCATAGATGAACAAATGGAGGTGCAGAAAAATGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCGTCCCCACTTCATAGATGAACAAATGGAGGTGCAGAAAAATGT  286

seq1  GACTTAAGCTGTGTAGCAGAGTATGTGCTAGACCTGAGACCTACTATATT  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GACTTAAGCTGTGTAGCAGAGTATGTGCTAGA-CTGAGACCTACTATATT  335

seq1  ATTCTGTGGGAGCGCCCAGGCCAGAGCCATTGGCACTGTCACAGCAAAGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGGGAGCGCCCAGGCCAGAGCCATTGGCACTGTCACAGCAAAGA  385

seq1  CATGGACAGCATCTCTTTAATAGAGACAGACCAGTGGAAAGGTGATGCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGACAGCATCTCTTTAATAGAGACAGACCAGTGGAAAGGTGATGCTT  435

seq1  GCATAGGGTTACAGACACAGAGGTGGGGCATTCGTGAGTATCAGGAGTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGGTTACAGACACAGAGGTGGGGCATTCGTGAGTATCAGGAGTTA  485

seq1  GTTACTAAACCACAGCATGAGGAGAGACTTGGGATCAATTGGCCTAACTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTAAACCACAGCATGAGGAGAGACTTGGGATCAATTGGCCTAACTT  535

seq1  CAATCAACACTATCAGGCAAAACAATATGTTCCACTTTCTCAAAATGTGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAACACTATCAGGCAAAACAATATGTTCCACTTTCTCAAAATGTGA  585

seq1  GTCACAGGCTGAACACAATAACCAGATGTGGTCTAGCCAGTGTTGACGGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGCTGAACACAATAACCAGATGTGGTCTAGCCAGTGTTGACGGC  635

seq1  TGGCCTGCCTGTCCTCCTCTTTCAAACTCTCTATTGCAAAGCCCTAGTTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGCCTGTCCTCCTCTTTCAAACTCTCTATTGCAAAGCCCTAGTTT  685

seq1  TACTATTTTCCAAAGTCACTCATTATGTGGCTACCCTCTTGGGCTAATCC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTTTCCAAAGTCACTCATTATGTGGCTACCCTCTTGGGCTAATCC  735

seq1  CCATGCTGAGCTTTCAGTTGACAAATATGCTCTTATCTCGCTTACGTGTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTGAGCTTTCAGTTGACAAATATGCTCTTATCTCGCTTACGTGTC  785

seq1  AGCCCATGTCTTCAGTGTATTCACATCAGCTGGGTCCAGATTGGCCTCTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATGTCTTCAGTGTATTCACATCAGCTGGGTCCAGATTGGCCTCTC  835

seq1  CATGTCCTCAGCCACCTAATGGGATGCTGCTCTCATAGCAAAGGATCTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTCAGCCACCTAATGGGATGCTGCTCTCATAGCAAAGGATCTGT  885

seq1  TTGCCATCAGTCTCACTGGTCTTTCTCTCGTGTAGGCAGGAGATAGCTTT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATCAGTCTCACTGGTCTTTCTCTCGTGTAGGCAGGAGATAGCTTT  935

seq1  TCTTCCATGCCATGAGCTTGCATGATGTCTCTCTGTGCTAACCATTATTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATGCCATGAGCTTGCATGATGTCTCTCTGTGCTAACCATTATTG  985

seq1  CCCCTGTAGTAAGAAGCTTCCATGACCAAGGTTGGGAGAAGCGCATATCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTAGTAAGAAGCTTCCATGACCAAGGTTGGGAGAAGCGCATATCT  1035

seq1  GTGGAAACAAGTAAACATAGATATTTAGAAGGCAGTTTGACAACATGGCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAACAAGTAAACATAGATATTTAGAAGGCAGTTTGACAACATGGCA  1085

seq1  TTTAGGAAACAAGTCTTTAATCTCAGCACTCAGAAGGCAGAGGTAAATGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAACAAGTCTTTAATCTCAGCACTCAGAAGGCAGAGGTAAATGG  1135

seq1  GTCTCTGAGTTCCAGGCCAGCCTGGTCTATAGGAAGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGAGTTCCAGGCCAGCCTGGTCTATAGGAAGAATTC  1176