BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263A18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 39,338,738 - 39,518,787
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041443
Upstream geneAnkrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824, Fat4, LOC100041432, LOC100040853
Downstream geneLOC100041458, LOC100040882, Intu, Slc25a31
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263A18.bB6Ng01-263A18.g
ACCGA067312GA067313
length1,0921,113
definitionB6Ng01-263A18.b B6Ng01-263A18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,517,698 - 39,518,787)(39,338,738 - 39,339,852)
sequence
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaaggacctgaaaaaaat
gttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgaga
ttccaccacacaacagtcagaatggctaagaaaaaaattcaggtgacagc
agatgctggtgaggatgtggagaaagaggagcactcctccattgttgttg
ggattgcaggcttgtacaaccactcaggaaatcagtctggtggttcctca
gaaaatttgacatagtactaccagaggatcctgcaataactctcctgggc
atatatccagaagatgttccaaccagtgagaaggacacatgctccactat
gtttatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacacagat
tcccctcaacagaggaaaggatacagaaaatgtggtacatttacacaatg
gagtagagttaatattttaataatcgttttgtctcttctttcctagggct
gaggttttaagattgtgcctccaaacctagctatttaaataaattcttgg
tgctaattgagatccttacgtttacaatatacatatccttaaaacagaca
cttcttatttctccaattctcacttgtttattttatctaatttgttgtgt
ctttctgatctctggcatctatctatcatttattgaattatcagtcatcc
atcaatctatctatactacacacacacacatacacacacacataccaata
tatctatcatatatctataaaggataaatccacctgtctgtcggtctgtc
tatctatctatctatctatccatccatccatccatccatccatccatcta
tctatctatctatctatctatctatctatatttatttacctacttataac
ttttttgcttattgattctaatagttctaagaatctctcattgaagaacg
tgttactttatctaaattgatcagttttcaataatcagtcaggaacagta
ctgttgttttggaggttttccatcatattcaattggggtgtgtgtgtctt
ataccacaatcatgctgtcctattacttattctccacagatt

gaattctttaggtcctggctctaactggcaatctattggcatttcatagc
agctggtggaggggagatgatgagtctgtgagggtgtggtcaaaacaaaa
caaaaagacttgaagtttggattttggaaacatgggagactgacaaggtc
atattttattgtatacctgcacaaaagcctccaaagaatagaattaaaca
aatagaatttataagaataaaacttccaaacaattaattggtaaacatga
acaaatcaaacacattaaaatttaaaaattgaggaaacagcagtcaacat
ggctcctctaaaaataacagttgacagttccacagacgttcatcgtaagg
gtggtgaagaggatgatttggacaaagagttcagaagcatgataactaga
atgatagttaatccaaagagaacactgatgaacgtaagagtgatgttgca
aagaataaccctaagcggtgagctaggagggggcagcttaatagagagaa
attttaaaattagtcaaatagaaattttaaagtaaataattggacctagt
caggaaaaaaatcagagcttggagacaaagtcaagaaattaggatagtca
gatggaaatatagaaagggaacagaatgcctgtgccctgtgaagaaccat
aaataacctaatttacaaaccatttatatagagctaggtgcaaaagatag
agctaagggcaataggaaagatatttaatagagtaacagtaaaatatttc
ccaaatctcatccacatacagaatttcaaataagcctgtccaggtaaaaa
attgtatatgtcactccacagctaaaacacaacatatacagatcatagga
acaatattgcagtgcttattcacatataaaagcgagctaatgaacaatcc
tagacttttttattatgtattttcctcaattacatttccaatgctagccc
aaaagtcccccatgccctccctcactccctacccacccatttcccacttt
tggcacttgccatcccctgtactggggcatataaagtttgcatgtccaaa
tggccttctctttccagtgatgccgactaagcattctttgaaatacatat
gcagctagagtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_39517698_39518787
seq2: B6Ng01-263A18.b_48_1139 (reverse)

seq1  AATCTGTGGAGA--TAGTAATAGAGACAGCATGATTGTGGTATAAGAACA  48
      ||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATCTGTGGAGAATAAGTAATAG-GACAGCATGATTGTGGTATAAG-ACA  48

seq1  CACACACACCAATGGAATATGATGGAAAACCTCCAAAACAACAGTACTGT  98
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCCCAATTGAATATGATGGAAAACCTCCAAAACAACAGTACTGT  98

seq1  TCCTGACTGATTATTGAAAACTGATCAA-TTAGATAAAGT-ACACGTTCT  146
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTGACTGATTATTGAAAACTGATCAATTTAGATAAAGTAACACGTTCT  148

seq1  TCAATGAGAGATTC-TAGAACTATTAGAATCAATAAGCAAAAAAGTTATA  195
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAGAGATTCTTAGAACTATTAGAATCAATAAGCAAAAAAGTTATA  198

seq1  AGTAGGTAAATAAATAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  245
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTAAATAAAT-ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT  247

seq1  GGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGACAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGACAG  297

seq1  ACCGACAGACAGGTGGATTTATCCTTTATAGATATATGATAGATATATTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGACAGACAGGTGGATTTATCCTTTATAGATATATGATAGATATATTG  347

seq1  GTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTAGTATAGATAGATTGATGGATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTAGTATAGATAGATTGATGGATG  397

seq1  ACTGATAATTCAATAAATGATAGATAGATGCCAGAGATCAGAAAGACACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAATTCAATAAATGATAGATAGATGCCAGAGATCAGAAAGACACA  447

seq1  ACAAATTAGATAAAATAAACAAGTGAGAATTGGAGAAATAAGAAGTGTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTAGATAAAATAAACAAGTGAGAATTGGAGAAATAAGAAGTGTCT  497

seq1  GTTTTAAGGATATGTATATTGTAAACGTAAGGATCTCAATTAGCACCAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAGGATATGTATATTGTAAACGTAAGGATCTCAATTAGCACCAAG  547

seq1  AATTTATTTAAATAGCTAGGTTTGGAGGCACAATCTTAAAACCTCAGCCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATTTAAATAGCTAGGTTTGGAGGCACAATCTTAAAACCTCAGCCC  597

seq1  TAGGAAAGAAGAGACAAAACGATTATTAAAATATTAACTCTACTCCATTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGAAGAGACAAAACGATTATTAAAATATTAACTCTACTCCATTG  647

seq1  TGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCTTTCCTCTGTTGAGGGGAATCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCTTTCCTCTGTTGAGGGGAATCTG  697

seq1  TGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATAAACATAGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATAAACATAGT  747

seq1  GGAGCATGTGTCCTTCTCACTGGTTGGAACATCTTCTGGATATATGCCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCATGTGTCCTTCTCACTGGTTGGAACATCTTCTGGATATATGCCCA  797

seq1  GGAGAGTTATTGCAGGATCCTCTGGTAGTACTATGTCAAATTTTCTGAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTTATTGCAGGATCCTCTGGTAGTACTATGTCAAATTTTCTGAGG  847

seq1  AACCACCAGACTGATTTCCTGAGTGGTTGTACAAGCCTGCAATCCCAACA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAGACTGATTTCCTGAGTGGTTGTACAAGCCTGCAATCCCAACA  897

seq1  ACAATGGAGGAGTGCTCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGAGGAGTGCTCCTCTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGCTGT  947

seq1  CACCTGAATTTTTTTCTTAGCCATTCTGACTGTTGTGTGGTGGAATCTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGAATTTTTTTCTTAGCCATTCTGACTGTTGTGTGGTGGAATCTCA  997

seq1  GGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTT  1047

seq1  TTTCAGGTCCTTCTCTGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1090
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGTCCTTCTCTGCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1092


seq1: chr3_39338738_39339852
seq2: B6Ng01-263A18.g_68_1180

seq1  GAATTCTTTAGGTCCTGGCTCTAACTGGCAATCTATTGGCATTTCATAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGGTCCTGGCTCTAACTGGCAATCTATTGGCATTTCATAGC  50

seq1  AGCTGGTGGAGGGGAGATGATGAGTCTGTGAGGGTGTGGTCAAAACAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTGGAGGGGAGATGATGAGTCTGTGAGGGTGTGGTCAAAACAAAA  100

seq1  CAAAAAGACTTGAAGTTTGGATTTTGGAAACATGGGAGACTGACAAGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGACTTGAAGTTTGGATTTTGGAAACATGGGAGACTGACAAGGTC  150

seq1  ATATTTTATTGTATACCTGCACAAAAGCCTCCAAAGAATAGAATTAAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTATTGTATACCTGCACAAAAGCCTCCAAAGAATAGAATTAAACA  200

seq1  AATAGAATTTATAAGAATAAAACTTCCAAACAATTAATTGGTAAACATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATTTATAAGAATAAAACTTCCAAACAATTAATTGGTAAACATGA  250

seq1  ACAAATCAAACACATTAAAATTTAAAAATTGAGGAAACAGCAGTCAACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAACACATTAAAATTTAAAAATTGAGGAAACAGCAGTCAACAT  300

seq1  GGCTCCTCTAAAAATAACAGTTGACAGTTCCACAGACGTTCATCGTAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTCTAAAAATAACAGTTGACAGTTCCACAGACGTTCATCGTAAGG  350

seq1  GTGGTGAAGAGGATGATTTGGACAAAGAGTTCAGAAGCATGATAACTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAAGAGGATGATTTGGACAAAGAGTTCAGAAGCATGATAACTAGA  400

seq1  ATGATAGTTAATCCAAAGAGAACACTGATGAACGTAAGAGTGATGTTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGTTAATCCAAAGAGAACACTGATGAACGTAAGAGTGATGTTGCA  450

seq1  AAGAATAACCCTAAGCGGTGAGCTAGGAGGGGGCAGCTTAATAGAGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAACCCTAAGCGGTGAGCTAGGAGGGGGCAGCTTAATAGAGAGAA  500

seq1  ATTTTAAAATTAGTCAAATAGAAATTTTAAAGTAAATAATTGGACCTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAATTAGTCAAATAGAAATTTTAAAGTAAATAATTGGACCTAGT  550

seq1  CAGGAAAAAAATCAGAGCTTGGAGACAAAGTCAAGAAATTAGGATAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAAAATCAGAGCTTGGAGACAAAGTCAAGAAATTAGGATAGTCA  600

seq1  GATGGAAATATAGAAAGGGAACAGAATGCCTGTGCCCTGTGAAGAACCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAATATAGAAAGGGAACAGAATGCCTGTGCCCTGTGAAGAACCAT  650

seq1  AAATAACCTAATTTACAAACCATTTATATAGAGCTAGGTGCAAAAGATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACCTAATTTACAAACCATTTATATAGAGCTAGGTGCAAAAGATAG  700

seq1  AGCTAAGGGCAATAGGAAAGATATTTAATAGAGTAACAGTAAAATATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGGGCAATAGGAAAGATATTTAATAGAGTAACAGTAAAATATTTC  750

seq1  CCAAATCTCATCCACATACAGAATTTCAAATAAGCCTGTCCAGGTAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCTCATCCACATACAGAATTTCAAATAAGCCTGTCCAGGTAAAAA  800

seq1  ATTGTATATGTCACTCCACAGCTAAAACACAACATATACAGATCATAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATATGTCACTCCACAGCTAAAACACAACATATACAGATCATAGGA  850

seq1  ACAATATTGCAGTGCTTATTCACATATAAAAGCGAGCTAATGAACAATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTGCAGTGCTTATTCACATATAAAAGCGAGCTAATGAACAATCC  900

seq1  TAGACTTTTTTATTATGTATTTTCCTCAATTACATTTCCAATGCTAGCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTTTTTATTATGTATTTTCCTCAATTACATTTCCAATGCTAGCCC  950

seq1  AAAAGTCCCCCATGCCCTCCCCTCCACTCCCCTACCCACCCA-TTCCCAC  999
      |||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAGTCCCCCATGCCCTCCC--TCACT-CCCTACCCACCCATTTCCCAC  997

seq1  TTTTTGGCACTGGCATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCGTGTC  1049
       |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -TTTTGGCACTTGCCATCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCATGTC  1046

seq1  C-AATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTT-TGATA  1097
      | ||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||  |||||   |||
seq2  CAAATGGCCTTCTCTTTCCAGTGAT-GCCGACTAAGCATTCTTTGAAATA  1095

seq1  CATATGCAGCTAGAGTCA  1115
      ||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGCTAGAGTCA  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |