BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-263F05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 45,293,438 - 45,379,805
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC676484, LOC100039296, Pcdh10, LOC100039282
Downstream geneLOC433580, LOC671801, EG241989
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263F05.bB6Ng01-263F05.g
ACCGA067524GA067525
length1,106274
definitionB6Ng01-263F05.b B6Ng01-263F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,378,698 - 45,379,805)(45,293,438 - 45,293,717)
sequence
gaattcttgtgatattttctaagtaaaaataaatagatacaggtatttta
agcaatcagaaggcttactcgttaaaaacattagcagttcagtcctcgtg
acttttcttcattcctaaacacttactgtgaattgtaaagacatttttgt
tcaaattatggtaagaaagtttataccgtttagtatacactaaaatagct
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tctgttttttttttttttttcaagaaaaaggtttctctctctgtgtcgca
gtccgg

ctattagtgatggaggatattccatggccaaactaggtttttgcatacat
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agcctgaaagtagttagatcaccatttctttattgcacacggtgttcaag
ccaattttgggaaggatattataaatgaattttcataaattgaagatctt
gtctcttctatgattatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatttatatgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_45378698_45379805
seq2: B6Ng01-263F05.b_45_1150 (reverse)

seq1  CAGGACTGC-------ACAGAGGAACC-TTGTCTTGAAAAAAAAAAAAAA  42
      | |||||||       | |||| |||| || |||||        ||||||
seq2  CCGGACTGCGACACAGAGAGAGAAACCTTTTTCTTG--------AAAAAA  42

seq1  AAAAAAAAAACAGAAAAGAAAGTAGGAAAAAAAGAAATAAGAGATATTTT  92
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAACAG-AAAGAAAGTAGGAAAAAAAGAAATAAGAGATATTTT  91

seq1  CAAGTAATTGTTAGCTATTGAGTAGGCCTAGTTT-CCATTTCTTAAGTTT  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGTAATTGTTAGCTATTGAGTAGGCCTAGTTTCCCATTTCTTAAGTTT  141

seq1  CTATATTAGTTGTGTCTCTTGAATAGATGTCATTATTTTCAAAATATACT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTAGTTGTGTCTCTTGAATAGATGTCATTATTTTCAAAATATACT  191

seq1  GTGACACATATTCATGAAAAAATGACTATTTACATTACAAAATTCATTAG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACATATTCATGAAAAAATGACTATTTACATTACAAAATTCATTAG  241

seq1  ATCGGATTGAGTTAGTAATAACACTGTATTTCTGTGAGTTCTCCAGATAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGGATTGAGTTAGTAATAACACTGTATTTCTGTGAGTTCTCCAGATAT  291

seq1  ATAAGAAGTATTTCCCTCCTATAATAAAGCAAACTAGTCAAGAGTCTGTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGTATTTCCCTCCTATAATAAAGCAAACTAGTCAAGAGTCTGTT  341

seq1  GAATAATAAAAAATGTTTTCTAAATCTGAAAATTGAATATTCATAGAAAC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATAAAAAATGTTTTCTAAATCTGAAAATTGAATATTCATAGAAAC  391

seq1  CAATTAATGGAATATTGTAAATATATTATCTTTTAAGACACATGAATTTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATGGAATATTGTAAATATATTATCTTTTAAGACACATGAATTTT  441

seq1  TATATATTTAATCTTGTATCTACATATGTATGTGTCCCTCTATAACAATA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTTAATCTTGTATCTACATATGTATGTGTCCCTCTATAACAATA  491

seq1  TACATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATGTATATATATATATATA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  TACATGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATG--TATATATATATATA  539

seq1  TACTAATGTTTGTATATATATATATATGTATGTATATGTATAGATATATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATGTTTGTATATATATATATATGTATGTATATGTATAGATATATA  589

seq1  TGAGTGTTCTTGCATCTATGCATTTACATATAGTCACAGATATTTTAAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTTCTTGCATCTATGCATTTACATATAGTCACAGATATTTTAAAA  639

seq1  TGATCATAGTCACAAACAATTTTAAATGATTTAATGCTGTTAGTATTAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATAGTCACAAACAATTTTAAATGATTTAATGCTGTTAGTATTAAA  689

seq1  ACAATTTGGGGTAAATGAATCCCTTCCTACTGAAACAGCAGGCATAGACT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTGGGGTAAATGAATCCCTTCCTACTGAAACAGCAGGCATAGACT  739

seq1  CAATTATCATATTTTCATAAATATCATGTTATAAAAAATGAGCTTCAAAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATCATATTTTCATAAATATCATGTTATAAAAAATGAGCTTCAAAA  789

seq1  TATAATACATTTGTCATAAAGGTTGAAAAATTGTGTTAATATAAGGAAAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACATTTGTCATAAAGGTTGAAAAATTGTGTTAATATAAGGAAAA  839

seq1  CAGCATGAAGGACAGGCACATTATATTAAAGAGCATTTACATAATATGAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGAAGGACAGGCACATTATATTAAAGAGCATTTACATAATATGAT  889

seq1  GCATTTTGAATATGAACAGCTATTTTAGTGTATACTAAACGGTATAAACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTGAATATGAACAGCTATTTTAGTGTATACTAAACGGTATAAACT  939

seq1  TTCTTACCATAATTTGAACAAAAATGTCTTTACAATTCACAGTAAGTGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACCATAATTTGAACAAAAATGTCTTTACAATTCACAGTAAGTGTT  989

seq1  TAGGAATGAAGAAAAGTCACGAGGACTGAACTGCTAATGTTTTTAACGAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATGAAGAAAAGTCACGAGGACTGAACTGCTAATGTTTTTAACGAG  1039

seq1  TAAGCCTTCTGATTGCTTAAAATACCTGTATCTATTTATTTTTACTTAGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTTCTGATTGCTTAAAATACCTGTATCTATTTATTTTTACTTAGA  1089

seq1  AAATATCACAAGAATTC  1108
      |||||||||||||||||
seq2  AAATATCACAAGAATTC  1106


seq1: chr3_45293438_45293717
seq2: B6Ng01-263F05.g_66_345

seq1  GAATTCCTATTAGTGATGGAGGATATTCCATGGCCAAACTAGGTTTTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTAGTGATGGAGGATATTCCATGGCCAAACTAGGTTTTTGC  50

seq1  ATACATCAGGAAGTGCAGATAATGACATGGCTGATATGGATTAGCCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCAGGAAGTGCAGATAATGACATGGCTGATATGGATTAGCCAGTG  100

seq1  TAACCAAGCCTGAAAGTAGTTAGATCACCATTTCTTTATTGCACACGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAGCCTGAAAGTAGTTAGATCACCATTTCTTTATTGCACACGGTG  150

seq1  TTCAAGCCAATTTTGGGAAGGATATTATAAATGAATTTTCATAAATTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCAATTTTGGGAAGGATATTATAAATGAATTTTCATAAATTGAA  200

seq1  GATCTTGTCTCTTCTATGATTATATATATATATATATATATATATATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGTCTCTTCTATGATTATATATATATATATATATATATATATATA  250

seq1  TATATATATATATATTTATATGTGTGTGTG  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATTTATATGTGTGTGTG  280


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