BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265C05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 92,202,530 - 92,311,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSprr2i, Sprr2j, LOC100043022, Sprr2k, Sprr1b, Sprr3, LOC100042575, Sprr1a, Sprr4
Upstream geneLOC100042463, Pglyrp3, EG619750, Lor, A030004J04Rik, Sprr2a, LOC100042999, LOC545543, LOC100043005, LOC545545, LOC100042514, LOC619984, Sprr2b, Sprr2c, Sprr2d, Sprr2e, Sprr2f, Sprr2g, Sprr2h
Downstream geneLOC100042581, Ivl, Smcp, Lce1a1, Lce1b, LOC620325, Lce1a2, Lce1c, Lce1d, LOC100043062, Lce1e, Lce1f, LOC668264, Lce1g, Lce1h, Lce1i, LOC545547, LOC631101, Kprp, Lce1l, 2310050C09Rik, Lce3a, Lce3b, Lce3c, LOC630994, 2310001H18Rik, Lce3f, Crct1, Lce1m, EG229571, Crnn, EG229574, EG668300, LOC668304, Flg, LOC100042701, Hrnr, Rptn, EG383891, Tchh, Tchhl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265C05.bB6Ng01-265C05.g
ACCGA068866GA068867
length1,120989
definitionB6Ng01-265C05.b B6Ng01-265C05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,202,530 - 92,203,666)(92,310,682 - 92,311,718)
sequence
gaattcatcacaatgtcttaccaacagcagcagtgcaagcagttctgcca
gcctcctccatccaccacaaagttgttcagagccctgtcctcctcaaagt
tccctgacccttgtctttcttcctcttgaagcagaagtggcctcctccag
ttttgcaaagaaaagtgcccaccaaagaacaagtgagagattcaaccatc
atcaggaccaagagacaagaagtaaattgatctcaaatacctccatagaa
atacctccatcttcccttcaaaacctctaatggatgcaaaggaatttccc
ctgatatcattcttcctcatatgcctgtcatgatatctgatagagaagaa
tttacgtgagactgcaatgctgctgctgtcagggggccactgagaatggt
ccttcttcagtggttcaatatctcaagattacagagggaagaccagaaaa
tgtctccttagtgtccataaaggatatcttaaaatatccctatcacttgg
acagggtagttaccattgttgtttcatttactgaataaagtattgctttg
ttgatggtattcatgttttcttacttctaacagttgctttattaccatta
tgataggctcatgctcttagctatctaacccttgtttggcttctcagttg
gctataatgggttttgatggaattttggatcatatcaaggaataactatt
ctcaacagtatagaacctctggtggaatcaccatgcctgacattaagctg
tactacagagcaattgtgataaaaactgcatggtactggtacaatgacag
acaggtagatcaatggaatagaattgaagacccagaaatgaatccacaca
cctatggtcacttgatctttgacaagggagctaaaagcatccagtggaaa
aaagacagcattttcaacaaatggtgctggcacaacttgtagttatcatg
taaaataaaagatgcgaattgatccattcttatctccttgtacaaagctc
agtctagtggatcaagacctccacataaatcagagaacactgaaattaaa
gagagaaagtggggaaaagctggagatatggcacagggggaaattctaac
gaagagtatgctgtgctgta
gaattctcaattgcttgttagtctgttagttggccagtcaccagtgacta
gagtgtgagttctgtcctaaatatcctttcttgctcatagggaacttgta
cttttgctgggtataaaaattactgacatgtataagatagccaagcattc
ttaaagtaaatatgatcttcaagtatatggaatataaaggatagactgta
ataaacatcaaattgaatttgagaatataagacagttcagaaagtactag
aaaattatgggttcaacttattaagccaaaatgagattggaatgaaggtt
caggaaccatggttgatccattagagtacctacattctcctacaagttcc
cagataatggctaacaagcatctgtaactccagttccagggaatctgaca
gcctcctttacctttcattggcactaggcatagctgtatccaggcaaaca
tacatgtaggcaaaatgcccatttacataaagtagtaaagtaatatatga
atttttgaaaagttaaagacaaattatctgatgctgaatttctatttcag
ttcatccataaacctattcatgcatccaacttatggttcatatttatagg
cacatatatgtgtgactgtctagattatttgattataaaaatgactgaat
gataaagacaagttatctcctaggatcaaggaatttagatttggtactta
gtttacagacatcttatagtttacagaagcatcataagcatattacatgt
gaaacattccaaacaggtatagataaaacgcttactgtactaaggagagg
aggaaaacatattttgtaaagatttagagaacagggttgtggagaaagag
gtatttaaaatattttcttaggtctgggaatataatttagtagtagaaaa
tttgtctagaatgcacatgtccttgagtttgatcccacataaaggaaaag
gaaaggaaaggagagagaggagaggagaggagaggagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_92202530_92203666
seq2: B6Ng01-265C05.b_47_1166

seq1  GAATTCATCACAATGTCTTACCAACAGCAGCAGTGCAAGCAGTTCTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACAATGTCTTACCAACAGCAGCAGTGCAAGCAGTTCTGCCA  50

seq1  GCCTCCTCCATCCACCACAAAGTTGTTCAGAGCCCTGTCCTCCTCAAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTCCATCCACCACAAAGTTGTTCAGAGCCCTGTCCTCCTCAAAGT  100

seq1  TCCCTGACCCTTGTCTTTCTTCCTCTTGAAGCAGAAGTGGCCTCCTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGACCCTTGTCTTTCTTCCTCTTGAAGCAGAAGTGGCCTCCTCCAG  150

seq1  TTTTGCAAAGAAAAGTGCCCACCAAAGAACAAGTGAGAGATTCAACCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAAGAAAAGTGCCCACCAAAGAACAAGTGAGAGATTCAACCATC  200

seq1  ATCAGGACCAAGAGACAAGAAGTAAATTGATCTCAAATACCTCCATAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGACCAAGAGACAAGAAGTAAATTGATCTCAAATACCTCCATAGAA  250

seq1  ATACCTCCATCTTCCCTTCAAAACCTCTAATGGATGCAAAGGAATTTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCCATCTTCCCTTCAAAACCTCTAATGGATGCAAAGGAATTTCCC  300

seq1  CTGATATCATTCTTCCTCATATGCCTGTCATGATATCTGATAGAGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATCATTCTTCCTCATATGCCTGTCATGATATCTGATAGAGAAGAA  350

seq1  TTTACGTGAGACTGCAATGCTGCTGCTGTCAGGGGGCCACTGAGAATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACGTGAGACTGCAATGCTGCTGCTGTCAGGGGGCCACTGAGAATGGT  400

seq1  CCTTCTTCAGTGGTTCAATATCTCAAGATTACAGAGGGAAGACCAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTCAGTGGTTCAATATCTCAAGATTACAGAGGGAAGACCAGAAAA  450

seq1  TGTCTCCTTAGTGTCCATAAAGGATATCTTAAAATATCCCTATCACTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTTAGTGTCCATAAAGGATATCTTAAAATATCCCTATCACTTGG  500

seq1  ACAGGGTAGTTACCATTGTTGTTTCATTTACTGAATAAAGTATTGCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTAGTTACCATTGTTGTTTCATTTACTGAATAAAGTATTGCTTTG  550

seq1  TTGATGGTATTCATGTTTTCTTACTTCTAACAGTTGCTTTATTACCATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTATTCATGTTTTCTTACTTCTAACAGTTGCTTTATTACCATTA  600

seq1  TGATAGGCTCATGCTCTTAGCTATCTAACCCTTGTTTGGCTTCTCAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCTCATGCTCTTAGCTATCTAACCCTTGTTTGGCTTCTCAGTTG  650

seq1  GCTATAATGGGTTTTGATGGAATTTTGGATCATATCAAGGAATAACTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAATGGGTTTTGATGGAATTTTGGATCATATCAAGGAATAACTATT  700

seq1  CTCAACAGTATAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACATTAAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGTATAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACATTAAGCTG  750

seq1  TACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATGGTACTGGTACAATGACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAGAGCAATTGTGATAAAAACTGCATGGTACTGGTACAATGACAG  800

seq1  ACAGGTAGATCAATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAATCCACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAGATCAATGGAATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAATCCACACA  850

seq1  CCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAAGCATCCAGTGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAGCTAAAAGCATCCAGTGGAAA  900

seq1  AAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCACAACTTGTAGTTATCATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCACAACTTGTAGTTATCATG  950

seq1  TAAAATAAAAGAATGCGAATTGATCCATTCTTATCTCCTTGTACAAAGCT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAAG-ATGCGAATTGATCCATTCTTATCTCCTTGTACAAAGCT  999

seq1  CAAGTCTAAGTGGATCAAAGACCTCCACATAAAATCAGAG-ACACTGAAA  1049
      | ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  C-AGTCT-AGTGGATC-AAGACCTCCACAT-AAATCAGAGAACACTGAAA  1045

seq1  TTAACAGAGGAGAAAGTGGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGCACAGGGGG  1099
      |||| ||| ||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||
seq2  TTAA-AGA-GAGAAAGTGGGGAAAAGC--TGGAGATAT-GGCACAGGGGG  1090

seq1  GAAAATTCCTAAACAGAAGAGTAATGGCTTGTGCTGTA  1137
        ||||| ||||   ||||||| |||   |||||||||
seq2  --AAATT-CTAA--CGAAGAGT-ATG--CTGTGCTGTA  1120

seq1: chr3_92310682_92311718
seq2: B6Ng01-265C05.g_67_1055 (reverse)

seq1  CTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTC  50
                                                   |||||
seq2  ---------------------------------------------CTCTC  5

seq1  CTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTTTCCTTTCCTTTTTCCTTTTATG  100
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||
seq2  CTCTCCTCTCCTCTCCTCT-CTCTCCTTTCCTTTCCTTTT--CCTTTATG  52

seq1  TGGGATCAAACTCAAGGACATGTGCATTCTAGACAAATTTTCTACTACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCAAACTCAAGGACATGTGCATTCTAGACAAATTTTCTACTACTA  102

seq1  AATTATATTCCCAGACCTAAGAAAATATTTTAAATACCTCTTTCTCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATTCCCAGACCTAAGAAAATATTTTAAATACCTCTTTCTCCACA  152

seq1  ACCCTGTTCTCTAAATCTTTACAAAATATGTTTTCCTCCTCTCCTTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTTCTCTAAATCTTTACAAAATATGTTTTCCTCCTCTCCTTAGTA  202

seq1  CAGTAAGCGTTTTATCTATACCTGTTTGGAATGTTTCACATGTAATATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGCGTTTTATCTATACCTGTTTGGAATGTTTCACATGTAATATGC  252

seq1  TTATGATGCTTCTGTAAACTATAAGATGTCTGTAAACTAAGTACCAAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATGCTTCTGTAAACTATAAGATGTCTGTAAACTAAGTACCAAATC  302

seq1  TAAATTCCTTGATCCTAGGAGATAACTTGTCTTTATCATTCAGTCATTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCCTTGATCCTAGGAGATAACTTGTCTTTATCATTCAGTCATTTT  352

seq1  TATAATCAAATAATCTAGACAGTCACACATATATGTGCCTATAAATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAAATAATCTAGACAGTCACACATATATGTGCCTATAAATATGA  402

seq1  ACCATAAGTTGGATGCATGAATAGGTTTATGGATGAACTGAAATAGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAGTTGGATGCATGAATAGGTTTATGGATGAACTGAAATAGAAAT  452

seq1  TCAGCATCAGATAATTTGTCTTTAACTTTTCAAAAATTCATATATTACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATCAGATAATTTGTCTTTAACTTTTCAAAAATTCATATATTACTT  502

seq1  TACTACTTTATGTAAATGGGCATTTTGCCTACATGTATGTTTGCCTGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACTTTATGTAAATGGGCATTTTGCCTACATGTATGTTTGCCTGGAT  552

seq1  ACAGCTATGCCTAGTGCCAATGAAAGGTAAAGGAGGCTGTCAGATTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTATGCCTAGTGCCAATGAAAGGTAAAGGAGGCTGTCAGATTCCCT  602

seq1  GGAACTGGAGTTACAGATGCTTGTTAGCCATTATCTGGGAACTTGTAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGGAGTTACAGATGCTTGTTAGCCATTATCTGGGAACTTGTAGGA  652

seq1  GAATGTAGGTACTCTAATGGATCAACCATGGTTCCTGAACCTTCATTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGGTACTCTAATGGATCAACCATGGTTCCTGAACCTTCATTCCA  702

seq1  ATCTCATTTTGGCTTAATAAGTTGAACCCATAATTTTCTAGTACTTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCATTTTGGCTTAATAAGTTGAACCCATAATTTTCTAGTACTTTCTG  752

seq1  AACTGTCTTATATTCTCAAATTCAATTTGATGTTTATTACAGTCTATCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTTATATTCTCAAATTCAATTTGATGTTTATTACAGTCTATCCT  802

seq1  TTATATTCCATATACTTGAAGATCATATTTACTTTAAGAATGCTTGGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTCCATATACTTGAAGATCATATTTACTTTAAGAATGCTTGGCTA  852

seq1  TCTTATACATGTCAGTAATTTTTATACCCAGCAAAAGTACAAGTTCCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATACATGTCAGTAATTTTTATACCCAGCAAAAGTACAAGTTCCCTA  902

seq1  TGAGCAAGAAAGGATATTTAGGACAGAACTCACACTCTAGTCACTGGTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGAAAGGATATTTAGGACAGAACTCACACTCTAGTCACTGGTGA  952

seq1  CTGGCCAACTAACAGACTAACAAGCAATTGAGAATTC  1037
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAACTAACAGACTAACAAGCAATTGAGAATTC  989