BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265H05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 119,048,997 - 119,227,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd, LOC100043275
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265H05.bB6Ng01-265H05.g
ACCGA069098GA069099
length1,190618
definitionB6Ng01-265H05.b B6Ng01-265H05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,048,997 - 119,050,199)(119,227,233 - 119,227,832)
sequence
gaattcactggttgtcagcaacttgacatgatttgttgaagcacaaaagg
ccctggggaattggacttggtgttgctcacttttaagctaataaagagaa
aaccctacaatcaaaggcagtgaagggtataattggtgcaatgctgtttg
ctatcagtgtacttcccagggtcatttttgttaactgaagaatgaagtaa
aacatttttaagtgctcagccctccaataagaatatatatggttaccctg
agcagtcaagtccaaatacatgattattacagaagcacctgttccactgg
gctccttgtaaaggatctcattttttcagttgcagaaatacatcatgtgg
agtcaacccatgtctagaaatatatcacttttagctccatctaccattaa
ggatgaataaaaatgtcagaaacataagagagcttatacacatattgcag
gtatggtagtgcctgtgcaacttgaaaatatatccatcaagaagtatggg
cagttttcatggaacataaaattcttcagaagtcacactccattctgcac
catgcaatatgcctttcctgagcaaggagatatttgaagtctccttttat
tctgtctcctatgtttgagctagagccttatgaccacagcttccttgtcc
catcaccatagaaatgaaaaggactttcttgtggatagacaacggactta
ataatatgaaataacagagagggataaccgggcacccatgttcctcatgg
tagtgtagtaataaaatctatgttatttgaggaatgaaatcccacataag
cagcaaaggattcccaataagaaaaaggcaaggtggtggaaatctaccaa
ggaaggatctcattggcgtgtgaatggagagaaaaggggagcggtgtttg
aacatgggtaaatgctaaggccacttgtcaccatggacttgaaaaaaact
ctccgaacaccatcctatcaaagacagagctttagattctcagaagagaa
aaccagctaaaatgtctcttttctgagagtataaaatgagccacttactt
catgttaaaatcaaagaactcattcattcaaatagcatattttaaaagag
tccagaaagaaaaataaaataattcattttccttaaaatgtaagacacaa
ctacctgcaggtttgtttcaacccacctgaaatgcatagc

gaattctgaaaaccatcatcatttgtttctaaacagatcaagagctattt
accatcacagtgttttgtgcacagctgggtgtctggcaaatgtccaatat
ccattaacatttaaaaattagttccataatgcatcttttctagggctgga
gaagtacacatggtgacacgtgttgggaaccaattacacttgcaccgcca
ttagtctgcccgcattcgacttcccagtaaatgcaggctaatttagtttc
cagaatggcgtgtctaaattcatacaataacctcagagaaggccgggtat
ctgaagatggatagtgtagctgctgctagatgacaaacatgagttctcct
gtggaagcaccagggtgcatggtacaactgtgccttgagtttctgcacag
ttcttgtagagcattttttctagtcagggtgagactagagggcagacact
tagcatatttcaataaccatccgtaataccactttgtaagtcagctaata
actttacatgagtgtattctctctctctctccctctttctctctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctctctcactctatcgaaca
ctaagagaaactctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_119048997_119050199
seq2: B6Ng01-265H05.b_47_1236

seq1  GAATTCACTGGTTGTCAGCAACTTGACATGATTTGTTGAAGCACAAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGTTGTCAGCAACTTGACATGATTTGTTGAAGCACAAAAGG  50

seq1  CCCTGGGGAATTGGACTTGGTGTTGCTCACTTTTAAGCTAATAAAGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGGAATTGGACTTGGTGTTGCTCACTTTTAAGCTAATAAAGAGAA  100

seq1  AACCCTACAATCAAAGGCAGTGAAGGGTATAATTGGTGCAATGCTGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTACAATCAAAGGCAGTGAAGGGTATAATTGGTGCAATGCTGTTTG  150

seq1  CTATCAGTGTACTTCCCAGGGTCATTTTTGTTAACTGAAGAATGAAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGTGTACTTCCCAGGGTCATTTTTGTTAACTGAAGAATGAAGTAA  200

seq1  AACATTTTTAAGTGCTCAGCCCTCCAATAAGAATATATATGGTTACCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTTAAGTGCTCAGCCCTCCAATAAGAATATATATGGTTACCCTG  250

seq1  AGCAGTCAAGTCCAAATACATGATTATTACAGAAGCACCTGTTCCACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAAGTCCAAATACATGATTATTACAGAAGCACCTGTTCCACTGG  300

seq1  GCTCCTTGTAAAGGATCTCATTTTTTCAGTTGCAGAAATACATCATGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTGTAAAGGATCTCATTTTTTCAGTTGCAGAAATACATCATGTGG  350

seq1  AGTCAACCCATGTCTAGAAATATATCACTTTTAGCTCCATCTACCATTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACCCATGTCTAGAAATATATCACTTTTAGCTCCATCTACCATTAA  400

seq1  GGATGAATAAAAATGTCAGAAACATAAGAGAGCTTATACACATATTGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAATAAAAATGTCAGAAACATAAGAGAGCTTATACACATATTGCAG  450

seq1  GTATGGTAGTGCCTGTGCAACTTGAAAATATATCCATCAAGAAGTATGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTAGTGCCTGTGCAACTTGAAAATATATCCATCAAGAAGTATGGG  500

seq1  CAGTTTTCATGGAACATAAAATTCTTCAGAAGTCACACTCCATTCTGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCATGGAACATAAAATTCTTCAGAAGTCACACTCCATTCTGCAC  550

seq1  CATGCAATATGCCTTTCCTGAGCAAGGAGATATTTGAAGTCTCCTTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATATGCCTTTCCTGAGCAAGGAGATATTTGAAGTCTCCTTTTAT  600

seq1  TCTGTCTCCTATGTTTGAGCTAGAGCCTTATGACCACAGCTTCCTTGTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCCTATGTTTGAGCTAGAGCCTTATGACCACAGCTTCCTTGTCC  650

seq1  CATCACCATAGAAATGAAAAGGACTTTCTTGTGGATAGACAACGGACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCATAGAAATGAAAAGGACTTTCTTGTGGATAGACAACGGACTTA  700

seq1  ATAATATGAAATAACAGAGAGGGATAACCGGGCACCCATGTTCCTCATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATGAAATAACAGAGAGGGATAACCGGGCACCCATGTTCCTCATGG  750

seq1  TAGTGTAGTAATAAAATCTATGTTATTTGAGGAATGAAATCCCACATAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAGTAATAAAATCTATGTTATTTGAGGAATGAAATCCCACATAAG  800

seq1  CAGCAAAGGATTCCCAATAAGAAAAAGGCAAGGTGGTGGAAATCTACCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAAGGATTCCCAATAAGAAAAAGGCAAGGTGGTGGAAATCTACCAA  850

seq1  GGAAGGATCTCATTGGCGTGTGAATGGAGAGAAAAGGGGAGCGGTGTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGATCTCATTGGCGTGTGAATGGAGAGAAAAGGGGAGCGGTGTTTG  900

seq1  AACATGGGTAAATGCTAAGGCCACTTGTCACCATGGACTTGAAAAAAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACATGGGTAAATGCTAAGGCCACTTGTCACCATGGACTTG-AAAAAAAC  949

seq1  TCTCCGAACACCATCCTATCAAAGACAGAGCTTTAGATTCTCCAGAAGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTCCGAACACCATCCTATCAAAGACAGAGCTTTAGATTCT-CAGAAGAG  998

seq1  AAAACCAGCTAAAATGTCTC-TTTCTGAGAGTTATAAAATGAGCCACTTA  1049
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGCTAAAATGTCTCTTTTCTGAGAG-TATAAAATGAGCCACTTA  1047

seq1  CTTCATGTTAAAATCAAAGAACTCCATTCAATTCAAATAGCCATAATTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||
seq2  CTTCATGTTAAAATCAAAGAACT-CATTC-ATTCAAATAG-CAT-ATTTT  1093

seq1  AAAAGAGTCCCAGAAAGAAAAAATAAAATAA-TCATTTTCCTTAAAAATG  1148
      |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AAAAGAGT-CCAGAAAG-AAAAATAAAATAATTCATTTTCCTT-AAAATG  1140

seq1  T-AGACACAATTAACCTGCAAAGGTTTTGTTTCAAAACCACCTTGAATAG  1197
      | |||||||| | |||||||   | |||||||| || ||||| ||||  |
seq2  TAAGACACAACT-ACCTGCA---GGTTTGTTTC-AACCCACC-TGAAATG  1184

seq1  CATAGC  1203
      ||||||
seq2  CATAGC  1190


seq1: chr3_119227233_119227832
seq2: B6Ng01-265H05.g_67_684 (reverse)

seq1  AGAGAGAG------------------AGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAG  32
      ||||||||                  |||| ||||| |||||||||||||
seq2  AGAGAGAGTTTCTCTTAGTGTTCGATAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  50

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGGGAGAGAGAGAGAG  82
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGGGAGAGAGAGAGAG  100

seq1  AATACACTCATGTAAAGTTATTAGCTGACTTACAAAGTGGTATTACGGAT  132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACTCATGTAAAGTTATTAGCTGACTTACAAAGTGGTATTACGGAT  150

seq1  GGTTATTGAAATATGCTAAGTGTCTGCCCTCTAGTCTCACCCTGACTAGA  182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGAAATATGCTAAGTGTCTGCCCTCTAGTCTCACCCTGACTAGA  200

seq1  AAAAATGCTCTACAAGAACTGTGCAGAAACTCAAGGCACAGTTGTACCAT  232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGCTCTACAAGAACTGTGCAGAAACTCAAGGCACAGTTGTACCAT  250

seq1  GCACCCTGGTGCTTCCACAGGAGAACTCATGTTTGTCATCTAGCAGCAGC  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCTGGTGCTTCCACAGGAGAACTCATGTTTGTCATCTAGCAGCAGC  300

seq1  TACACTATCCATCTTCAGATACCCGGCCTTCTCTGAGGTTATTGTATGAA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTATCCATCTTCAGATACCCGGCCTTCTCTGAGGTTATTGTATGAA  350

seq1  TTTAGACACGCCATTCTGGAAACTAAATTAGCCTGCATTTACTGGGAAGT  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACACGCCATTCTGGAAACTAAATTAGCCTGCATTTACTGGGAAGT  400

seq1  CGAATGCGGGCAGACTAATGGCGGTGCAAGTGTAATTGGTTCCCAACACG  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGCGGGCAGACTAATGGCGGTGCAAGTGTAATTGGTTCCCAACACG  450

seq1  TGTCACCATGTGTACTTCTCCAGCCCTAGAAAAGATGCATTATGGAACTA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCATGTGTACTTCTCCAGCCCTAGAAAAGATGCATTATGGAACTA  500

seq1  ATTTTTAAATGTTAATGGATATTGGACATTTGCCAGACACCCAGCTGTGC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAATGTTAATGGATATTGGACATTTGCCAGACACCCAGCTGTGC  550

seq1  ACAAAACACTGTGATGGTAAATAGCTCTTGATCTGTTTAGAAACAAATGA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACACTGTGATGGTAAATAGCTCTTGATCTGTTTAGAAACAAATGA  600

seq1  TGATGGTTTTCAGAATTC  600
      ||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTTTTCAGAATTC  618


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |