BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266B12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,530,443 - 25,674,577
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1, LOC621017
Upstream geneEG635702, LOC100039592
Downstream geneLOC229152, Spata16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266B12.bB6Ng01-266B12.g
ACCGA069577GA069578
length1,1841,109
definitionB6Ng01-266B12.b B6Ng01-266B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,530,443 - 25,531,647)(25,673,464 - 25,674,577)
sequence
gaattcttctagaacagaatattgatgtacctgcaaaatatatgtgtaag
aaacacaaaagttaggtatgagtagccaccaaaacaactccaaaaatctc
tatccagactgaatctgatcccagagactgcattgtaggaaggaagaact
ttctaccataagttgtcctctggtggcatgcatgtgaactcccacacaaa
ctctttgatccactcatgagaaagagtctctctcatgagctcatctgccc
tggcatgaccagaggttacccttcagcttttcctgtccacattctctgac
ttgtgtttttcctgtgccctcttctgtggtggtccttgaatcttaatggt
ggtcacttagataggcatgtcattttggttagctgcctgagctccagtga
ataagctcccatccacatttgtgcaatcaactctaatgaaactcagtggg
ttccacccaaaactacatgaaagtacactgggccttgtaggaaacacatg
tttcagaggagatagaagagaagagaagtagaggagttaaaatgacccaa
atttattgtatacatgtgtaaaactgtcaaaaaattaaaaatataaaaaa
atagcctattactcccacccaaggagacaagtaaactattagtaataatt
tcacaatatgttgcatgtaagttatttcttaacttgatttactgtttgga
tgtagtatagtgccctctgagacttaatatgtaccattatcataacgaat
tacaaggatagaattaagctaaacatcaagtttagaaatggaacctgaaa
agtgacagaatcagataatgtcatcacaatggagactctattattgcatg
ccttatattaggagagatcaagcgcgctgtgcgcgtgcacacacacacaa
acacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacactcaccctgggctagcccagtactcttcctctagagtcagc
acagatagactttctaccttggacagcaccacagggaacatgaatttctt
tttctgaatattacaagtctgacatgcattataagaaacgaaaataaatt
acacagctagacaaaggaacaaagaaatttgattacataagacactgtca
gatttctagctaaaatctcaacatgttgagtcat

gaattcttgcttataaccgtgagagcagcatttcgggagcccaacaacgc
atctcaagtgtgaagctgtgacattttgttattcaagaaccaccactgaa
agctgcggagttgtatttctacttaacatttaatgttttgcagctgctaa
agaattattcactaagtggtaaaacagaggcaagtcagcctcttccgcac
atcattgctaataaatatgtttgcttatgttttccaagtgaggtgacagt
gaacgcacataatgagtgaatatttgacaggcgtatgcactcatgtgcca
gctagcattagagaaagcaccaaagaaaaataaagaaaaaaacattttat
tgtttagtagtttggaaacttcattttcaatatccagtgaaattttgtcc
ccatacacagagagttaaaatggaaccaggaggtaaacatcaaactacct
ttttagaaatgggcagatttaaaatatcatttcatagtttattatattcc
caaattgattcagtttcgaatgaatcctgaatgagcatatggaggggaac
acaatgtcacagagaatggccatttgacgtctggctgaagctgtttgtat
acagctgccaggaagtcagtagtaacctcagctgctgaatagaaacgtgg
ctctatggtggggatgctgtgagaatcggcttcacactcctcagcctctg
aagttgagcatgtccgtccatgatccggaatagaggctctgtagcaggct
aagctggaaaggggaactcctgattcagtctgtcagtgtctccagcatca
gattctgctggcaaaggtggaaccctcctctgtttttagtgaccgattta
acattgggtaacatcttctcccttcattttaaacctgtatttgaacgatt
tatatttatgtctttctttttgcccttgctcaaccattagctccttgaag
atgtgtttatgccaattcatagagttacgtagagttagtgtccagaaatg
attatgcggataatggtcataataagagacgactttaggcaatgtttttt
attttatcaagatttttatttgttctcctagctggggagtactttgatta
cttttatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_25530443_25531647
seq2: B6Ng01-266B12.b_48_1231

seq1  GAATTCTTCTAGAACAGAATATTGATGTACCTGCAAAATATATGTGTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTAGAACAGAATATTGATGTACCTGCAAAATATATGTGTAAG  50

seq1  AAACACAAAAGTTAGGTATGAGTAGCCACCAAAACAACTCCAAAAATCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAAAGTTAGGTATGAGTAGCCACCAAAACAACTCCAAAAATCTC  100

seq1  TATCCAGACTGAATCTGATCCCAGAGACTGCATTGTAGGAAGGAAGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAGACTGAATCTGATCCCAGAGACTGCATTGTAGGAAGGAAGAACT  150

seq1  TTCTACCATAAGTTGTCCTCTGGTGGCATGCATGTGAACTCCCACACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCATAAGTTGTCCTCTGGTGGCATGCATGTGAACTCCCACACAAA  200

seq1  CTCTTTGATCCACTCATGAGAAAGAGTCTCTCTCATGAGCTCATCTGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGATCCACTCATGAGAAAGAGTCTCTCTCATGAGCTCATCTGCCC  250

seq1  TGGCATGACCAGAGGTTACCCTTCAGCTTTTCCTGTCCACATTCTCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGACCAGAGGTTACCCTTCAGCTTTTCCTGTCCACATTCTCTGAC  300

seq1  TTGTGTTTTTCCTGTGCCCTCTTCTGTGGTGGTCCTTGAATCTTAATGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTTCCTGTGCCCTCTTCTGTGGTGGTCCTTGAATCTTAATGGT  350

seq1  GGTCACTTAGATAGGCATGTCATTTTGGTTAGCTGCCTGAGCTCCAGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTTAGATAGGCATGTCATTTTGGTTAGCTGCCTGAGCTCCAGTGA  400

seq1  ATAAGCTCCCATCCACATTTGTGCAATCAACTCTAATGAAACTCAGTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTCCCATCCACATTTGTGCAATCAACTCTAATGAAACTCAGTGGG  450

seq1  TTCCACCCAAAACTACATGAAAGTACACTGGGCCTTGTAGGAAACACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCCAAAACTACATGAAAGTACACTGGGCCTTGTAGGAAACACATG  500

seq1  TTTCAGAGGAGATAGAAGAGAAGAGAAGTAGAGGAGTTAAAATGACCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGGAGATAGAAGAGAAGAGAAGTAGAGGAGTTAAAATGACCCAA  550

seq1  ATTTATTGTATACATGTGTAAAACTGTCAAAAAATTAAAAATATAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGTATACATGTGTAAAACTGTCAAAAAATTAAAAATATAAAAAA  600

seq1  ATAGCCTATTACTCCCACCCAAGGAGACAAGTAAACTATTAGTAATAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTATTACTCCCACCCAAGGAGACAAGTAAACTATTAGTAATAATT  650

seq1  TCACAATATGTTGCATGTAAGTTATTTCTTAACTTGATTTACTGTTTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATATGTTGCATGTAAGTTATTTCTTAACTTGATTTACTGTTTGGA  700

seq1  TGTAGTATAGTGCCCTCTGAGACTTAATATGTACCATTATCATAACGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATAGTGCCCTCTGAGACTTAATATGTACCATTATCATAACGAAT  750

seq1  TACAAGGATAGAATTAAGCTAAACATCAAGTTTAGAAATGGAACCTGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGATAGAATTAAGCTAAACATCAAGTTTAGAAATGGAACCTGAAA  800

seq1  AGTGACAGAATCAGATAATGTCATCACAATGGAGACTCTATTATTGCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGAATCAGATAATGTCATCACAATGGAGACTCTATTATTGCATG  850

seq1  CCTTATATTAGGAGAGATCAAGCGCGCTGTGCGCGTGCACACACACACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATTAGGAGAGATCAAGCGCGCTGTGCGCGTGCACACACACACAA  900

seq1  ACACACAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  950

seq1  ACACACACACTCACCCCTGGGCTAGCCCAGTACTCTTCCTCTAGAAGTCA  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACACACACTCA-CCCTGGGCTAGCCCAGTACTCTTCCTCTAG-AGTCA  998

seq1  GCACAGATAAGACTTCTTAACCTTGGACCAGCACCACAAGGGAACATGAA  1050
      |||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GCACAGAT-AGACTT-TCTACCTTGGA-CAGCACCAC-AGGGAACATGAA  1044

seq1  TTTC-TTTTCTGAATA-TAC-AGTCTGACATTGCATTATAAGAAACGAAA  1097
      |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTTCTTTTTCTGAATATTACAAGTCTGACA-TGCATTATAAGAAACG-AA  1092

seq1  AATAAATTTACACAGCTAGACATACAGGAACAAAAGAAATTTGATTTACA  1147
      |||||| ||||||||||||||  | |||||| |||||||||||| |||||
seq2  AATAAA-TTACACAGCTAGAC--AAAGGAAC-AAAGAAATTTGA-TTACA  1137

seq1  TAAGGAGCACTGTCAGTATTTTCTAAGGGCCCTAAAAATCTCAACCATGT  1197
      ||||   |||||||||   ||||||   ||    |||||||||| |||||
seq2  TAAG--ACACTGTCAG--ATTTCTA---GC---TAAAATCTCAA-CATGT  1176

seq1  GAAGTCAT  1205
        ||||||
seq2  TGAGTCAT  1184


seq1: chr3_25673464_25674577
seq2: B6Ng01-266B12.g_68_1176 (reverse)

seq1  ATATAAAGTTATCCAAAGTACT--CCAGCTAGGGAGAACAAATAAAAATC  48
      |||||||  ||  |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAGTAATCAAAGTACTCCCCAGCTA-GGAGAACAAATAAAAATC  49

seq1  TTTGATTAAAATAAAAACATTGCTTAAAGTTCGTCTCTTTATTATGAACC  98
       ||||| |||  ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||
seq2  -TTGATAAAATAAAAAACATTGCCTAAAG-TCGTCTC-TTATTATG-ACC  95

seq1  ATTTATCCGCATAATCATTTCTGGACACTAACTCTACGTAACTCTTATGA  148
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  A-TTATCCGCATAATCATTTCTGGACACTAACTCTACGTAACTC-TATGA  143

seq1  ATTGGCATAAACACATCTTCAAGGAGCTAATGGTTGAGCAAGGGCAAAAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCATAAACACATCTTCAAGGAGCTAATGGTTGAGCAAGGGCAAAAA  193

seq1  GAAAGACATAAATATAAATCGTTCAAATACAGGTTTAAAATGAAGGGAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACATAAATATAAATCGTTCAAATACAGGTTTAAAATGAAGGGAGA  243

seq1  AGATGTTACCCAATGTTAAATCGGTCACTAAAAACAGAGGAGGGTTCCAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTACCCAATGTTAAATCGGTCACTAAAAACAGAGGAGGGTTCCAC  293

seq1  CTTTGCCAGCAGAATCTGATGCTGGAGACACTGACAGACTGAATCAGGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCAGCAGAATCTGATGCTGGAGACACTGACAGACTGAATCAGGAG  343

seq1  TTCCCCTTTCCAGCTTAGCCTGCTACAGAGCCTCTATTCCGGATCATGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTTTCCAGCTTAGCCTGCTACAGAGCCTCTATTCCGGATCATGGA  393

seq1  CGGACATGCTCAACTTCAGAGGCTGAGGAGTGTGAAGCCGATTCTCACAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACATGCTCAACTTCAGAGGCTGAGGAGTGTGAAGCCGATTCTCACAG  443

seq1  CATCCCCACCATAGAGCCACGTTTCTATTCAGCAGCTGAGGTTACTACTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCCACCATAGAGCCACGTTTCTATTCAGCAGCTGAGGTTACTACTG  493

seq1  ACTTCCTGGCAGCTGTATACAAACAGCTTCAGCCAGACGTCAAATGGCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGGCAGCTGTATACAAACAGCTTCAGCCAGACGTCAAATGGCCA  543

seq1  TTCTCTGTGACATTGTGTTCCCCTCCATATGCTCATTCAGGATTCATTCG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGACATTGTGTTCCCCTCCATATGCTCATTCAGGATTCATTCG  593

seq1  AAACTGAATCAATTTGGGAATATAATAAACTATGAAATGATATTTTAAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAATCAATTTGGGAATATAATAAACTATGAAATGATATTTTAAAT  643

seq1  CTGCCCATTTCTAAAAAGGTAGTTTGATGTTTACCTCCTGGTTCCATTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCATTTCTAAAAAGGTAGTTTGATGTTTACCTCCTGGTTCCATTTT  693

seq1  AACTCTCTGTGTATGGGGACAAAATTTCACTGGATATTGAAAATGAAGTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTGTGTATGGGGACAAAATTTCACTGGATATTGAAAATGAAGTT  743

seq1  TCCAAACTACTAAACAATAAAATGTTTTTTTCTTTATTTTTCTTTGGTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTACTAAACAATAAAATGTTTTTTTCTTTATTTTTCTTTGGTGC  793

seq1  TTTCTCTAATGCTAGCTGGCACATGAGTGCATACGCCTGTCAAATATTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAATGCTAGCTGGCACATGAGTGCATACGCCTGTCAAATATTCA  843

seq1  CTCATTATGTGCGTTCACTGTCACCTCACTTGGAAAACATAAGCAAACAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATGTGCGTTCACTGTCACCTCACTTGGAAAACATAAGCAAACAT  893

seq1  ATTTATTAGCAATGATGTGCGGAAGAGGCTGACTTGCCTCTGTTTTACCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTAGCAATGATGTGCGGAAGAGGCTGACTTGCCTCTGTTTTACCA  943

seq1  CTTAGTGAATAATTCTTTAGCAGCTGCAAAACATTAAATGTTAAGTAGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGAATAATTCTTTAGCAGCTGCAAAACATTAAATGTTAAGTAGAA  993

seq1  ATACAACTCCGCAGCTTTCAGTGGTGGTTCTTGAATAACAAAATGTCACA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACTCCGCAGCTTTCAGTGGTGGTTCTTGAATAACAAAATGTCACA  1043

seq1  GCTTCACACTTGAGATGCGTTGTTGGGCTCCCGAAATGCTGCTCTCACGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCACACTTGAGATGCGTTGTTGGGCTCCCGAAATGCTGCTCTCACGG  1093

seq1  TTATAAGCAAGAATTC  1114
      ||||||||||||||||
seq2  TTATAAGCAAGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |