BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267P01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 38,834,793 - 38,970,935
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat4
Upstream geneLOC665811, EG665821, LOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824
Downstream geneLOC100041432, LOC100040853, LOC100041443, LOC100041458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267P01.bB6Ng01-267P01.g
ACCGA070932GA070933
length1,1071,160
definitionB6Ng01-267P01.b B6Ng01-267P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,834,793 - 38,835,910)(38,969,778 - 38,970,935)
sequence
gaattccttgtgagaagaccttttcatctttatgagaaggcctttagcga
ctgagccacttacccaatcacccaggcttttcttttagctagtcagttaa
agatgagtcttgctctctcgcttaggctaagattgactttctggacagcc
acttgcctaggcctcccaaatgtaggacttatggttctgaacagccacac
ctggctttcttttcattctaaagtggggaaagagatggcctctagctaga
tagggagctcagcatttatgagcactcattgctcttacagaggacctgga
ttaagtttctaacagccacataacagcttctaactgtttgtaactcctgt
accaggggatccaacacccttttctggcttccttgagcaccaggcatgca
cagaatgcacatacagatttcagttttcactagtgtgatgttagctgagg
cagaacataattttcagccccccctggctttcctgacacctcacacacag
ctcctgccagactctaatggtatgtgatgtgaagtctttcctccaaagtc
taatttccatgacaaggattcccagttcttagttctagaccatcttcaag
atgagacatacactcttagaaccacaggctgtggaattgggtcggttcta
tgtgataaataaataaatgcctgagcatattgctcataggctgatcatga
ccctgtgtgcctccatagtccaaacgctgtggtcctgacatttgggcatt
taaatgtaagctgttccttgttaagaccttctcataactaaaatgtgagt
cactcccaaactgtaatggaagttggccctgcagcatgataaaccaactg
ctcagaacacagggtaagctttgcccagactcatgacaacagaattccca
gtggtcgccccaaatagggaaaggcccgaggaacaaactgaaagcagtcg
ggtggatcctggcaccatcctttacagcagcatcgtttttcttttaagaa
atgaaattcgcagaggcagagctacagtacagcgtggacagggttgggtg
tttgtacacttatgataagtttaggttctattgagatgttaacttgagtc
aggtcat

gaattcagctcaataaatcaaaattgtatacagtaaaagcaaagccaaga
actagttttattggggagcaagtggctgaaaggctcaccagaccatcaat
tcttccatgaaatagaaaagactgcagttaactatgcaaggggctgtttc
tctcaaaacaaattttaaattggaatcaaatattctttatatctacaatc
ttgctgatgttaaggtttggcactaatatcttctgctgactagttgaagg
tttgccctttatagctttctgctttaaagaagtatcgttctttctgtcta
ttgctgtctctgtctctgtctgtctctgtctctctctctctctgactctc
tctgtctctgtctctgtctctctctctctccctctctctcagtgtatgtg
tgtgtacacttgtgtgtgggtatgcatgttataggtatgtgtggacatca
aaagacagcttactggaatcatgtttctccttccaatctcagaagaaaca
aatacacaacagcaggctttccagcgacatgctttctctaggaaggacac
acctctaaacatccggagaaagcactagaagactatggggtcatctcatt
caatctacagcactaaatgctatcccattgttctataatttgaagcaatg
tgtggagattgaatagtgtcgagataagactgtaccctgatctaaagccc
tggaaattgtataagtgggatttcaggctatgctaatcctttcagactcc
accttataagtgcatttctacttcatttgagtagaaataataaaggcaag
gtgactgaatctttgtggaaatataacaacattgtctttttctgactctc
tctgacaccatccacaaaatgtagattagctatgcctcaaatgtgccact
ctataaatgttaccacattaaattggcaccatcagaacacataagcacat
taaattcatattggggttaggaaaggcctgagaacttatcaaatatattc
acacttaggacggctatgtacaccctcactaagcccataaaacaggagga
acacttcactgcagtaggtgtcacccaggctaccagtcatttgaccaccc
aatgttatgcatggagaatctacaagactgttctgactgcttcagaattc
tcagctagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_38834793_38835910
seq2: B6Ng01-267P01.b_41_1147

seq1  GAATTCCTTGTGAGAAGACCTTTTCATCTTTATGAGAAGGCCTTTAGCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTGAGAAGACCTTTTCATCTTTATGAGAAGGCCTTTAGCGA  50

seq1  CTGAGCCACTTACCCAATCACCCAGGCTTTTCTTTTAGCTAGTCAGTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCCACTTACCCAATCACCCAGGCTTTTCTTTTAGCTAGTCAGTTAA  100

seq1  AGATGAGTCTTGCTCTCTCGCTTAGGCTAAGATTGACTTTCTGGACAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTCTTGCTCTCTCGCTTAGGCTAAGATTGACTTTCTGGACAGCC  150

seq1  ACTTGCCTAGGCCTCCCAAATGTAGGACTTATGGTTCTGAACAGCCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTAGGCCTCCCAAATGTAGGACTTATGGTTCTGAACAGCCACAC  200

seq1  CTGGCTTTCTTTTCATTCTAAAGTGGGGAAAGAGATGGCCTCTAGCTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTCTTTTCATTCTAAAGTGGGGAAAGAGATGGCCTCTAGCTAGA  250

seq1  TAGGGAGCTCAGCATTTATGAGCACTCATTGCTCTTACAGAGGACCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGCTCAGCATTTATGAGCACTCATTGCTCTTACAGAGGACCTGGA  300

seq1  TTAAGTTTCTAACAGCCACATAACAGCTTCTAACTGTTTGTAACTCCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTTCTAACAGCCACATAACAGCTTCTAACTGTTTGTAACTCCTGT  350

seq1  ACCAGGGGATCCAACACCCTTTTCTGGCTTCCTTGAGCACCAGGCATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGGATCCAACACCCTTTTCTGGCTTCCTTGAGCACCAGGCATGCA  400

seq1  CAGAATGCACATACAGATTTCAGTTTTCACTAGTGTGATGTTAGCTGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCACATACAGATTTCAGTTTTCACTAGTGTGATGTTAGCTGAGG  450

seq1  CAGAACATAATTTTCAGCCCCCCCTGGCTTTCCTGACACCTCACACACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATAATTTTCAGCCCCCCCTGGCTTTCCTGACACCTCACACACAG  500

seq1  CTCCTGCCAGACTCTAATGGTATGTGATGTGAAGTCTTTCCTCCAAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCAGACTCTAATGGTATGTGATGTGAAGTCTTTCCTCCAAAGTC  550

seq1  TAATTTCCATGACAAGGATTCCCAGTTCTTAGTTCTAGACCATCTTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCCATGACAAGGATTCCCAGTTCTTAGTTCTAGACCATCTTCAAG  600

seq1  ATGAGACATACACTCTTAGAACCACAGGCTGTGGAATTGGGTCGGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACATACACTCTTAGAACCACAGGCTGTGGAATTGGGTCGGTTCTA  650

seq1  TGTGATAAATAAATAAATGCCTGAGCATATTGCTCATAGGCTGATCATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAAATAAATAAATGCCTGAGCATATTGCTCATAGGCTGATCATGA  700

seq1  CCCTGTGTGCCTCCATAGTCCAAACGCTGTGGTCCTGACATTTGGGCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTGCCTCCATAGTCCAAACGCTGTGGTCCTGACATTTGGGCATT  750

seq1  TAAATGTAAGCTGTTCCTTGTTAAGACCTTCTCATAACTAAAATGTGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTAAGCTGTTCCTTGTTAAGACCTTCTCATAACTAAAATGTGAGT  800

seq1  CACTCCCAAACTGTAATGGAAGTTGGCCCTGCAGCATGATAAACCAACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCAAACTGTAATGGAAGTTGGCCCTGCAGCATGATAAACCAACTG  850

seq1  CTCAGAACACAGGGTAAGCTTTGCCCAGACTCATGACAACAGAATTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAACACAGGGTAAGCTTTGCCCAGACTCATGACAACAGAATTCCCA  900

seq1  GTGGTCGCCCCAAATAGGGAAAGGCCCGAGGAACAAACTGAAAGCAGTCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCGCCCCAAATAGGGAAAGGCCCGAGGAACAAACTGAAAGCAGTCG  950

seq1  GGTGGATCCTGGCACCATCCTTTACAGCAGCATCGTTTTTCCTTTTAAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTGGATCCTGGCACCATCCTTTACAGCAGCATCGTTTTT-CTTTTAAGA  999

seq1  AATGAAAATTCGCAGAGGCCAGAGCCTAACAGTACAGCGTGGAACAGGGG  1050
      |||| ||||||||||||| ||||||   |||||||||||||| ||| |||
seq2  AATG-AAATTCGCAGAGG-CAGAGC--TACAGTACAGCGTGG-ACA-GGG  1043

seq1  TTGGGTGTTTGTTACACTTATGATAAGTTTTAAGTTTCTATTTGAGATGT  1100
      ||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||
seq2  TTGGGTGTTTG-TACACTTATGATAAGTTT--AGGTTCTA-TTGAGATGT  1089

seq1  TAACCTGGAGTCA-GTCAT  1118
      ||| || |||||| |||||
seq2  TAA-CTTGAGTCAGGTCAT  1107


seq1: chr3_38969778_38970935
seq2: B6Ng01-267P01.g_67_1226 (reverse)

seq1  AGCTAAGCTGAG-ATTCTGAGGCAGTCAAGACATGTCTTGTAGATTCTTC  49
      |||| ||||||| ||||||| |||||||  ||| ||||||||||||| ||
seq2  AGCT-AGCTGAGAATTCTGAAGCAGTCAGAACA-GTCTTGTAGATTC-TC  47

seq1  CATGCAT-ACATTGGGTGTTCAAATGACTGGTAGCTGGGTTGACA-CTAC  97
      ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||
seq2  CATGCATAACATTGGGTGGTCAAATGACTGGTAGCCTGGGTGACACCTAC  97

seq1  TGCAGTGAAGTG-TCCTCCTG-TTTATGGGCTTAGGTGAGGGTGTTACAT  145
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TGCAGTGAAGTGTTCCTCCTGTTTTATGGGCTTA-GTGAGGGTG-TACAT  145

seq1  AGCCGTTCCTAAGTGTG-ATATATTTGATAAGTTCTCAGGCCTTTCCTA-  193
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCCG-TCCTAAGTGTGAATATATTTGATAAGTTCTCAGGCCTTTCCTAA  194

seq1  -CCCAATATGATTTTAATGTGCTTATGTGTTCTGATGGTGCCAATTTATT  242
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCCAATATGAATTTAATGTGCTTATGTGTTCTGATGGTGCCAATTTAAT  244

seq1  GTGGTAACATTTATAGAGTGGCACATTTGAGGCATAGCTAATCTACATTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAACATTTATAGAGTGGCACATTTGAGGCATAGCTAATCTACATTT  294

seq1  TGTGGATGGTGTCAGAGAGAGTCAGAAAAAGACAATGTTGTTTATATTTC  342
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGGATGGTGTCAGAGAGAGTCAGAAAAAGACAATGTTG-TTATATTTC  343

seq1  CACAAAGATTCAGTCACCTTGCC-TTATTATTTCTACTCAAATGAAGTAG  391
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGATTCAGTCACCTTGCCTTTATTATTTCTACTCAAATGAAGTAG  393

seq1  AAATGCACTTATAAGGTGGAGTCTGAAAGGATTAGCATAGCCTGAAATCC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACTTATAAGGTGGAGTCTGAAAGGATTAGCATAGCCTGAAATCC  443

seq1  CACTTATACAATTTCCAGGGCTTTAGATCAGGGTACAGTCTTATCTCGAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATACAATTTCCAGGGCTTTAGATCAGGGTACAGTCTTATCTCGAC  493

seq1  ACTATTCAATCTCCACACATTGCTTCAAATTATAGAACAATGGGATAGCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCAATCTCCACACATTGCTTCAAATTATAGAACAATGGGATAGCA  543

seq1  TTTAGTGCTGTAGATTGAATGAGATGACCCCATAGTCTTCTAGTGCTTTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGCTGTAGATTGAATGAGATGACCCCATAGTCTTCTAGTGCTTTC  593

seq1  TCCGGATGTTTAGAGGTGTGTCCTTCCTAGAGAAAGCATGTCGCTGGAAA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGATGTTTAGAGGTGTGTCCTTCCTAGAGAAAGCATGTCGCTGGAAA  643

seq1  GCCTGCTGTTGTGTATTTGTTTCTTCTGAGATTGGAAGGAGAAACATGAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTGTTGTGTATTTGTTTCTTCTGAGATTGGAAGGAGAAACATGAT  693

seq1  TCCAGTAAGCTGTCTTTTGATGTCCACACATACCTATAACATGCATACCC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTAAGCTGTCTTTTGATGTCCACACATACCTATAACATGCATACCC  743

seq1  ACACACAAGTGTACACACACATACACTGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAG  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGTGTACACACACATACACTGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAG  793

seq1  ACAGAGACAGAGACAGAGAGAGTCAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACAGAGACAGAGAGAGTCAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAC  843

seq1  AGAGACAGAGACAGCAATAGACAGAAAGAACGATACTTCTTTAAAGCAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGAGACAGCAATAGACAGAAAGAACGATACTTCTTTAAAGCAGA  893

seq1  AAGCTATAAAGGGCAAACCTTCAACTAGTCAGCAGAAGATATTAGTGCCA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATAAAGGGCAAACCTTCAACTAGTCAGCAGAAGATATTAGTGCCA  943

seq1  AACCTTAACATCAGCAAGATTGTAGATATAAAGAATATTTGATTCCAATT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAACATCAGCAAGATTGTAGATATAAAGAATATTTGATTCCAATT  993

seq1  TAAAATTTGTTTTGAGAGAAACAGCCCCTTGCATAGTTAACTGCAGTCTT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTGTTTTGAGAGAAACAGCCCCTTGCATAGTTAACTGCAGTCTT  1043

seq1  TTCTATTTCATGGAAGAATTGATGGTCTGGTGAGCCTTTCAGCCACTTGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTCATGGAAGAATTGATGGTCTGGTGAGCCTTTCAGCCACTTGC  1093

seq1  TCCCCAATAAAACTAGTTCTTGGCTTTGCTTTTACTGTATACAATTTTGA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAATAAAACTAGTTCTTGGCTTTGCTTTTACTGTATACAATTTTGA  1143

seq1  TTTATTGAGCTGAATTC  1158
      |||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAGCTGAATTC  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |