BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269G12
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,684,095 - 41,808,105
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666031
Upstream gene3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2, EG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e
Downstream geneLOC100039204, LOC100039219
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269G12.bB6Ng01-269G12.g
ACCGA072015GA072016
length1,1311,088
definitionB6Ng01-269G12.b B6Ng01-269G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,684,095 - 41,685,224)(41,807,013 - 41,808,105)
sequence
gaattcctcataacttttacttctttctcccatattcatgctctacttga
gtttcctttgatgatagactctggtatagaactatgagctgaactaaact
cttttctcccttagttgcttttggtcatggtgttttgttttttttttttt
tttttttgatttatgtatcaataaaatcacaatttacaagatgttaatac
agtaatttcagggacaattggtaatgataaaagctttatcctacttattc
tcctctgagactctctctctctctctctctctctctttctctctctctgc
aactcttagctccgcctccctttccctgtccaatcacaggcctcccactg
ccccaatgtaattggacaaggaaaagccttcaacactgactctgttacta
agatagagcataaaataagcaaaggtagaggaaagaccaagaatgggctg
agcattgcatgcattacttgaaaattgggccttggtcatagtcatccact
gggcacatctagaaaagtgtgcatctatatttatattcaaatattcatta
ctttagtaacagaagaaacatttacagaaagttctcaataagacataaat
aaaaccagttcaattatacatccatgaaggtctggaatactgtctgatac
gttttgtttattctgtgtttagctaagtgcttccattaatggtaaaatga
tgaaagacttatttgtattaggatttatgcttttatcacaattcaatgaa
tgggtgctccacagataagccagactaagaaagaaagagataatatgtga
acccgtaaataggagtcactgtgtgctcttaatggatatattgtaaatcc
cccaaaagatgacccagtgatcactaccactgtggttatcgataatacta
aaatgggacttttagtattatatccaagagtttttacagtagactaagcg
agtattatttcaatgctaaaatttagcatgggtaataaaatgttattgta
tcatcttacacaaactgttttatcctctttgagattattgggaagttcgt
tcaaacaggtcatggtgtttttttaacacagcatggtaacttaggaggac
ggtaggcagaagtacataaaattaaggctgt
gaattcaggtgatgctctggacttaactccctctcagagggagcaagctc
tgcatagagtaaccagagttttgaaggaaaaggtatcacccataatgagt
gctaagctcctggcttataattggagcttgctccacagcactgtaagaat
cattatgaccctgctttgctctctgatggaaaataaaagtacaataagat
agtcttcccaactgtccattatttcttgttttgtagaggtcacaaagatt
tccataaattaaaagagtctctctgctttgtaccactatgaaatttataa
tgatatactcaccgagaccaaactacacatgagataaagcttcttcaatg
aaatccctttagagtcaggagtcgcctgtatttgttattctaacagtagc
tggagggacagccacattaattattgaactgaaggtagatgaatacattc
ttcatgtgtgttcaaaagcactcaggaagcaaagtcacaatccagagtcc
cttctgagcatgggcccctgcttcccaagctgcttttgctgtccttagag
aagcacccgatgctaataaagactcttttctaaccagcgacttgacttga
aagagaatagaaaaatccacatgctgctgactctctctactgaggcagtt
atccatcactacctagctacacagattacctttgtgcctatcatagctcc
ttctctgagacattacagaaagccctcttttgttcccttctcagtaaatc
agcacttatgtggagtttctccttgtccggtatggaaagctctgaagact
atgcaatcagaaatgaggacgatattgctgccaggagccaaacttttgag
cgtagtttaaatcccctctttctggaaaagagaaagacttaaagaattta
gatgagagatggcaaaattctacaagctgcataatctttcaaggcataag
gagacaggctcaaattttaaatggcgcgatatagaattttatgacacata
cttaggaaaattggaaagcttatcacaaagtatcgagtgtgctttatctt
aagtgaggagcttttggagtgaatagacgaaatcagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41684095_41685224
seq2: B6Ng01-269G12.b_42_1172

seq1  GAATTCCTCATAACTTTTACTTCTTTCTCCCATATTCATGCTCTACTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATAACTTTTACTTCTTTCTCCCATATTCATGCTCTACTTGA  50

seq1  GTTTCCTTTGATGATAGACTCTGGTATAGAACTATGAGCTGAACTAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTTGATGATAGACTCTGGTATAGAACTATGAGCTGAACTAAACT  100

seq1  CTTTTCTCCCTTAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCCCTTAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTT  150

seq1  TTTTTTTGATTTATGTATCAATAAAATCACAATTTACAAGATGTTAATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGATTTATGTATCAATAAAATCACAATTTACAAGATGTTAATAC  200

seq1  AGTAATTTCAGGGACAATTGGTAATGATAAAAGCTTTATCCTACTTATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTCAGGGACAATTGGTAATGATAAAAGCTTTATCCTACTTATTC  250

seq1  TCCTCTGAGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGAGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTGC  300

seq1  AACTCTTAGCTCCGCCTCCCTTTCCCTGTCCAATCACAGGCCTCCCACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTAGCTCCGCCTCCCTTTCCCTGTCCAATCACAGGCCTCCCACTG  350

seq1  CCCCAATGTAATTGGACAAGGAAAAGCCTTCAACACTGACTCTGTTACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATGTAATTGGACAAGGAAAAGCCTTCAACACTGACTCTGTTACTA  400

seq1  AGATAGAGCATAAAATAAGCAAAGGTAGAGGAAAGACCAAGAATGGGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAGCATAAAATAAGCAAAGGTAGAGGAAAGACCAAGAATGGGCTG  450

seq1  AGCATTGCATGCATTACTTGAAAATTGGGCCTTGGTCATAGTCATCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGCATGCATTACTTGAAAATTGGGCCTTGGTCATAGTCATCCACT  500

seq1  GGGCACATCTAGAAAAGTGTGCATCTATATTTATATTCAAATATTCATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACATCTAGAAAAGTGTGCATCTATATTTATATTCAAATATTCATTA  550

seq1  CTTTAGTAACAGAAGAAACATTTACAGAAAGTTCTCAATAAGACATAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTAACAGAAGAAACATTTACAGAAAGTTCTCAATAAGACATAAAT  600

seq1  AAAACCAGTTCAATTATACATCCATGAAGGTCTGGAATACTGTCTGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGTTCAATTATACATCCATGAAGGTCTGGAATACTGTCTGATAC  650

seq1  GTTTTGTTTATTCTGTGTTTAGCTAAGTGCTTCCATTAATGGTAAAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTTATTCTGTGTTTAGCTAAGTGCTTCCATTAATGGTAAAATGA  700

seq1  TGAAAGACTTATTTGTATTAGGATTTATGCTTTTATCACAATTCAATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGACTTATTTGTATTAGGATTTATGCTTTTATCACAATTCAATGAA  750

seq1  TGGGTGCTCCACAGATAAGCCAGACTAAGAAAGAAAGAGATAATATGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTCCACAGATAAGCCAGACTAAGAAAGAAAGAGATAATATGTGA  800

seq1  ACCCGTAAATAGGAGTCACTGTGTGCTCTTAATGGATATATTGTAAATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGTAAATAGGAGTCACTGTGTGCTCTTAATGGATATATTGTAAATCC  850

seq1  CCCAAAAGATGACCCAGTGATCACTACCACTGTGGTTATCGATAATACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAAGATGACCCAGTGATCACTACCACTGTGGTTATCGATAATACTA  900

seq1  AAATGGGACTTTTAGTATTATATCCAAGAG-TTTTACAGTAGACTAAGCG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGACTTTTAGTATTATATCCAAGAGTTTTTACAGTAGACTAAGCG  950

seq1  AGTATTATTCAAATGCTAAAA-TTAGCATTGGTAATAAAATGTTATTGTA  998
      |||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTATTTCAATGCTAAAATTTAGCATGGGTAATAAAATGTTATTGTA  1000

seq1  TCATCTTACACAAACTGTTTTATCCTC-TTGAGATTAT--GGAAG-TCGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||
seq2  TCATCTTACACAAACTGTTTTATCCTCTTTGAGATTATTGGGAAGTTCGT  1050

seq1  TCAAACAGGTCATGGTG-TTTTTTAACACAGCAATGGAAACTTTAAGAAG  1093
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || |
seq2  TCAAACAGGTCATGGTGTTTTTTTAACACAGC-ATGGTAAC-TTAGGAGG  1098

seq1  ACAGGAAGCAAGAAATTAACATAAAAATTAAGGCTGT  1130
      || || ||  |||| |  |||| ||||||||||||||
seq2  AC-GGTAGGCAGAAGT--ACAT-AAAATTAAGGCTGT  1131

seq1: chr3_41807013_41808105
seq2: B6Ng01-269G12.g_64_1151 (reverse)

seq1  GTCTGATTTCGTCTTATTCCACCTCAAAAGCTCCTCACTTAAGATAAAGC  50
      ||||||||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATTTCGTC-TATT-CACTCCAAAAGCTCCTCACTTAAGATAAAGC  48

seq1  ACACTCGATTACTTTGTTGATAAGCTTTCCAATTTTCCTAAGTATTGTGT  100
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACTCGA-TACTTTG-TGATAAGCTTTCCAATTTTCCTAAGTA-TGTGT  95

seq1  CATAAAATTCTATATCGCGCCATTTAAAATTTGAGCCTGTCTCCTTATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATTCTATATCGCGCCATTTAAAATTTGAGCCTGTCTCCTTATGC  145

seq1  CTTGAAAGATTATGCAGCTTGTAGAATTTTGCCATCTCTCATCTAAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGATTATGCAGCTTGTAGAATTTTGCCATCTCTCATCTAAATTC  195

seq1  TTTAAGTCTTTCTCTTTTCCAGAAAGAGGGGATTTAAACTACGCTCAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTCTTTCTCTTTTCCAGAAAGAGGGGATTTAAACTACGCTCAAAA  245

seq1  GTTTGGCTCCTGGCAGCAATATCGTCCTCATTTCTGATTGCATAGTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCTCCTGGCAGCAATATCGTCCTCATTTCTGATTGCATAGTCTTC  295

seq1  AGAGCTTTCCATACCGGACAAGGAGAAACTCCACATAAGTGCTGATTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTCCATACCGGACAAGGAGAAACTCCACATAAGTGCTGATTTAC  345

seq1  TGAGAAGGGAACAAAAGAGGGCTTTCTGTAATGTCTCAGAGAAGGAGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGGAACAAAAGAGGGCTTTCTGTAATGTCTCAGAGAAGGAGCTA  395

seq1  TGATAGGCACAAAGGTAATCTGTGTAGCTAGGTAGTGATGGATAACTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCACAAAGGTAATCTGTGTAGCTAGGTAGTGATGGATAACTGCC  445

seq1  TCAGTAGAGAGAGTCAGCAGCATGTGGATTTTTCTATTCTCTTTCAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGAGAGAGTCAGCAGCATGTGGATTTTTCTATTCTCTTTCAAGTC  495

seq1  AAGTCGCTGGTTAGAAAAGAGTCTTTATTAGCATCGGGTGCTTCTCTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCGCTGGTTAGAAAAGAGTCTTTATTAGCATCGGGTGCTTCTCTAAG  545

seq1  GACAGCAAAAGCAGCTTGGGAAGCAGGGGCCCATGCTCAGAAGGGACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAAAAGCAGCTTGGGAAGCAGGGGCCCATGCTCAGAAGGGACTCT  595

seq1  GGATTGTGACTTTGCTTCCTGAGTGCTTTTGAACACACATGAAGAATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTGACTTTGCTTCCTGAGTGCTTTTGAACACACATGAAGAATGTA  645

seq1  TTCATCTACCTTCAGTTCAATAATTAATGTGGCTGTCCCTCCAGCTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTACCTTCAGTTCAATAATTAATGTGGCTGTCCCTCCAGCTACTG  695

seq1  TTAGAATAACAAATACAGGCGACTCCTGACTCTAAAGGGATTTCATTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATAACAAATACAGGCGACTCCTGACTCTAAAGGGATTTCATTGAA  745

seq1  GAAGCTTTATCTCATGTGTAGTTTGGTCTCGGTGAGTATATCATTATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTATCTCATGTGTAGTTTGGTCTCGGTGAGTATATCATTATAAA  795

seq1  TTTCATAGTGGTACAAAGCAGAGAGACTCTTTTAATTTATGGAAATCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGTGGTACAAAGCAGAGAGACTCTTTTAATTTATGGAAATCTTT  845

seq1  GTGACCTCTACAAAACAAGAAATAATGGACAGTTGGGAAGACTATCTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTCTACAAAACAAGAAATAATGGACAGTTGGGAAGACTATCTTAT  895

seq1  TGTACTTTTATTTTCCATCAGAGAGCAAAGCAGGGTCATAATGATTCTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTTTATTTTCCATCAGAGAGCAAAGCAGGGTCATAATGATTCTTA  945

seq1  CAGTGCTGTGGAGCAAGCTCCAATTATAAGCCAGGAGCTTAGCACTCATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGTGGAGCAAGCTCCAATTATAAGCCAGGAGCTTAGCACTCATT  995

seq1  ATGGGTGATACCTTTTCCTTCAAAACTCTGGTTACTCTATGCAGAGCTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGATACCTTTTCCTTCAAAACTCTGGTTACTCTATGCAGAGCTTG  1045

seq1  CTCCCTCTGAGAGGGAGTTAAGTCCAGAGCATCACCTGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTGAGAGGGAGTTAAGTCCAGAGCATCACCTGAATTC  1088